# TARGET T0372 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.004 0.003 0.014 0.010 0.017 0.070 0.001 0.001 0.021 0.846 2 I 0.027 0.001 0.001 0.007 0.117 0.050 0.110 0.008 0.001 0.044 0.636 3 P 0.017 0.001 0.001 0.034 0.016 0.024 0.091 0.002 0.001 0.022 0.792 4 F 0.054 0.003 0.001 0.054 0.010 0.015 0.106 0.004 0.001 0.029 0.724 5 K 0.043 0.003 0.001 0.039 0.041 0.020 0.124 0.008 0.001 0.021 0.701 6 D 0.004 0.002 0.001 0.029 0.018 0.019 0.126 0.002 0.001 0.005 0.795 7 I 0.002 0.006 0.001 0.094 0.058 0.056 0.105 0.005 0.001 0.007 0.666 8 T 0.137 0.520 0.002 0.057 0.013 0.017 0.039 0.011 0.001 0.008 0.195 9 L 0.230 0.409 0.004 0.039 0.006 0.009 0.030 0.009 0.001 0.059 0.204 10 A 0.016 0.297 0.013 0.033 0.007 0.008 0.058 0.002 0.004 0.209 0.354 11 D 0.043 0.792 0.004 0.004 0.002 0.003 0.021 0.009 0.001 0.026 0.095 12 R 0.095 0.273 0.005 0.009 0.010 0.007 0.027 0.013 0.002 0.380 0.179 13 D 0.023 0.542 0.008 0.006 0.006 0.009 0.052 0.005 0.003 0.071 0.274 14 T 0.103 0.600 0.005 0.004 0.003 0.009 0.026 0.013 0.001 0.031 0.205 15 I 0.070 0.262 0.026 0.009 0.006 0.009 0.044 0.019 0.008 0.298 0.249 16 T 0.082 0.556 0.002 0.003 0.004 0.009 0.057 0.008 0.001 0.034 0.243 17 A 0.075 0.328 0.030 0.014 0.003 0.008 0.050 0.016 0.009 0.052 0.416 18 F 0.134 0.149 0.032 0.015 0.013 0.017 0.115 0.018 0.013 0.106 0.387 19 T 0.177 0.045 0.004 0.012 0.007 0.018 0.102 0.007 0.003 0.077 0.548 20 M 0.146 0.043 0.009 0.023 0.007 0.013 0.101 0.008 0.004 0.059 0.586 21 K 0.091 0.026 0.004 0.020 0.006 0.013 0.127 0.006 0.002 0.035 0.671 22 S 0.055 0.026 0.001 0.016 0.014 0.023 0.109 0.008 0.001 0.039 0.709 23 D 0.049 0.044 0.002 0.031 0.026 0.035 0.138 0.006 0.001 0.056 0.612 24 R 0.056 0.027 0.006 0.046 0.036 0.055 0.127 0.005 0.002 0.045 0.596 25 R 0.079 0.065 0.002 0.056 0.046 0.064 0.117 0.011 0.001 0.059 0.499 26 N 0.163 0.047 0.003 0.045 0.021 0.032 0.118 0.006 0.001 0.095 0.470 27 C 0.042 0.131 0.004 0.076 0.024 0.053 0.126 0.008 0.001 0.066 0.468 28 D 0.054 0.127 0.003 0.041 0.024 0.054 0.107 0.004 0.001 0.104 0.481 29 L 0.021 0.189 0.005 0.064 0.062 0.072 0.095 0.004 0.001 0.167 0.320 30 S 0.033 0.289 0.003 0.033 0.059 0.093 0.073 0.006 0.001 0.170 0.242 31 F 0.043 0.551 0.005 0.025 0.029 0.045 0.039 0.007 0.001 0.076 0.180 32 S 0.029 0.238 0.004 0.031 0.032 0.050 0.056 0.004 0.001 0.380 0.176 33 N 0.014 0.563 0.005 0.017 0.029 0.047 0.034 0.005 0.001 0.150 0.134 34 L 0.050 0.630 0.007 0.017 0.021 0.032 0.030 0.012 0.002 0.061 0.138 35 C 0.035 0.600 0.013 0.025 0.030 0.033 0.031 0.008 0.005 0.067 0.153 36 S 0.074 0.533 0.008 0.013 0.022 0.035 0.050 0.013 0.004 0.044 0.204 37 W 0.130 0.276 0.019 0.024 0.028 0.041 0.062 0.026 0.009 0.116 0.269 38 R 0.130 0.080 0.031 0.028 0.028 0.044 0.123 0.010 0.021 0.101 0.404 39 F 0.145 0.020 0.007 0.023 0.025 0.047 0.141 0.005 0.004 0.082 0.500 40 L 0.046 0.012 0.006 0.040 0.025 0.056 0.144 0.004 0.003 0.075 0.589 41 Y 0.066 0.018 0.004 0.043 0.039 0.076 0.162 0.005 0.002 0.059 0.527 42 D 0.015 0.011 0.002 0.085 0.079 0.206 0.114 0.005 0.001 0.057 0.425 43 T 0.007 0.013 0.001 0.046 0.093 0.212 0.082 0.002 0.001 0.067 0.477 44 Q 0.005 0.005 0.001 0.123 0.236 0.391 0.031 0.002 0.001 0.069 0.137 45 F 0.005 0.003 0.001 0.151 0.155 0.259 0.043 0.001 0.001 0.045 0.337 46 A 0.002 0.001 0.003 0.158 0.290 0.381 0.024 0.001 0.001 0.049 0.090 47 V 0.055 0.001 0.004 0.134 0.135 0.253 0.056 0.002 0.004 0.082 0.274 48 I 0.346 0.001 0.002 0.041 0.060 0.109 0.077 0.007 0.002 0.069 0.284 49 D 0.013 0.001 0.001 0.027 0.016 0.051 0.129 0.001 0.001 0.026 0.734 50 D 0.001 0.001 0.001 0.044 0.090 0.320 0.099 0.001 0.001 0.034 0.412 51 F 0.001 0.001 0.001 0.062 0.322 0.405 0.031 0.001 0.001 0.056 0.123 52 L 0.001 0.001 0.001 0.075 0.400 0.398 0.010 0.001 0.001 0.037 0.079 53 V 0.001 0.001 0.001 0.055 0.341 0.436 0.011 0.001 0.001 0.032 0.123 54 F 0.003 0.001 0.001 0.053 0.365 0.431 0.012 0.001 0.001 0.042 0.092 55 K 0.006 0.001 0.001 0.052 0.254 0.404 0.044 0.001 0.001 0.080 0.156 56 F 0.010 0.001 0.004 0.046 0.177 0.254 0.065 0.002 0.005 0.028 0.409 57 W 0.466 0.002 0.003 0.014 0.063 0.078 0.046 0.008 0.005 0.059 0.256 58 A 0.225 0.002 0.002 0.009 0.008 0.012 0.060 0.003 0.001 0.042 0.637 59 G 0.015 0.001 0.001 0.005 0.006 0.015 0.073 0.001 0.001 0.012 0.871 60 E 0.004 0.001 0.001 0.015 0.094 0.127 0.122 0.002 0.001 0.024 0.610 61 Q 0.004 0.002 0.001 0.043 0.186 0.316 0.089 0.002 0.001 0.071 0.287 62 L 0.002 0.002 0.001 0.075 0.285 0.346 0.034 0.001 0.001 0.048 0.207 63 A 0.002 0.001 0.001 0.060 0.283 0.383 0.034 0.001 0.001 0.030 0.207 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.101 0.271 0.327 0.032 0.001 0.001 0.030 0.237 65 M 0.006 0.002 0.001 0.116 0.180 0.275 0.054 0.002 0.001 0.059 0.305 66 M 0.062 0.003 0.001 0.042 0.253 0.211 0.063 0.003 0.001 0.092 0.270 67 P 0.018 0.007 0.003 0.041 0.106 0.125 0.119 0.001 0.002 0.041 0.537 68 V 0.028 0.011 0.003 0.021 0.052 0.112 0.106 0.014 0.003 0.021 0.631 69 G 0.727 0.036 0.001 0.004 0.007 0.006 0.026 0.009 0.001 0.031 0.154 70 N 0.120 0.026 0.001 0.006 0.006 0.010 0.084 0.002 0.001 0.037 0.708 71 G 0.002 0.019 0.001 0.010 0.002 0.007 0.063 0.001 0.001 0.008 0.887 72 D 0.054 0.724 0.002 0.003 0.012 0.006 0.031 0.006 0.001 0.049 0.113 73 L 0.025 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.009 0.030 74 K 0.010 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.032 75 A 0.006 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.024 0.019 76 V 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.007 77 L 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 78 R 0.005 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.012 79 K 0.002 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.035 0.018 80 L 0.012 0.936 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.002 0.011 0.012 81 I 0.047 0.763 0.006 0.002 0.001 0.001 0.009 0.009 0.003 0.097 0.064 82 E 0.031 0.559 0.017 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 0.012 0.088 0.253 83 D 0.109 0.544 0.016 0.001 0.001 0.001 0.034 0.011 0.008 0.065 0.210 84 A 0.167 0.208 0.094 0.003 0.001 0.003 0.042 0.023 0.063 0.098 0.298 85 D 0.233 0.099 0.003 0.002 0.001 0.002 0.052 0.006 0.002 0.022 0.577 86 K 0.127 0.030 0.004 0.004 0.001 0.004 0.049 0.003 0.002 0.035 0.742 87 E 0.062 0.028 0.003 0.008 0.003 0.006 0.112 0.003 0.001 0.035 0.740 88 K 0.035 0.064 0.002 0.014 0.004 0.009 0.092 0.002 0.001 0.027 0.749 89 H 0.062 0.137 0.003 0.028 0.029 0.031 0.127 0.013 0.001 0.049 0.520 90 N 0.046 0.159 0.002 0.080 0.042 0.072 0.106 0.008 0.001 0.070 0.414 91 F 0.047 0.092 0.007 0.124 0.058 0.086 0.102 0.006 0.002 0.088 0.388 92 C 0.070 0.079 0.003 0.179 0.081 0.095 0.097 0.012 0.001 0.093 0.290 93 M 0.085 0.066 0.003 0.142 0.050 0.101 0.109 0.008 0.001 0.072 0.364 94 L 0.041 0.016 0.002 0.151 0.059 0.102 0.113 0.002 0.001 0.046 0.467 95 G 0.018 0.028 0.003 0.095 0.052 0.109 0.148 0.002 0.002 0.061 0.483 96 V 0.029 0.184 0.004 0.028 0.036 0.031 0.106 0.006 0.002 0.046 0.528 97 C 0.122 0.736 0.002 0.003 0.003 0.004 0.017 0.014 0.001 0.013 0.085 98 S 0.059 0.572 0.003 0.006 0.002 0.003 0.032 0.005 0.001 0.089 0.228 99 N 0.018 0.756 0.006 0.004 0.002 0.004 0.023 0.004 0.002 0.071 0.110 100 M 0.017 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.004 0.033 101 R 0.044 0.857 0.003 0.001 0.003 0.004 0.006 0.010 0.001 0.016 0.056 102 A 0.011 0.855 0.002 0.002 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.028 0.085 103 D 0.040 0.530 0.120 0.002 0.002 0.003 0.023 0.015 0.062 0.104 0.099 104 L 0.428 0.308 0.018 0.002 0.002 0.002 0.020 0.072 0.008 0.061 0.079 105 E 0.208 0.028 0.002 0.004 0.003 0.008 0.050 0.003 0.002 0.045 0.648 106 A 0.008 0.010 0.002 0.008 0.002 0.007 0.075 0.001 0.001 0.011 0.876 107 I 0.009 0.007 0.010 0.017 0.007 0.015 0.099 0.002 0.004 0.031 0.800 108 L 0.491 0.026 0.002 0.004 0.009 0.007 0.071 0.033 0.001 0.078 0.278 109 P 0.194 0.022 0.001 0.008 0.001 0.003 0.085 0.003 0.001 0.035 0.646 110 E 0.017 0.022 0.001 0.042 0.011 0.045 0.118 0.005 0.001 0.041 0.700 111 R 0.021 0.017 0.001 0.106 0.046 0.113 0.111 0.002 0.001 0.098 0.483 112 F 0.008 0.014 0.001 0.135 0.213 0.152 0.061 0.001 0.001 0.037 0.377 113 I 0.014 0.026 0.002 0.114 0.208 0.228 0.055 0.002 0.001 0.037 0.314 114 F 0.021 0.047 0.002 0.058 0.115 0.098 0.078 0.008 0.002 0.030 0.542 115 T 0.320 0.096 0.004 0.038 0.060 0.087 0.068 0.017 0.004 0.057 0.248 116 E 0.073 0.145 0.006 0.028 0.022 0.050 0.079 0.010 0.003 0.037 0.547 117 D 0.160 0.094 0.008 0.013 0.037 0.062 0.062 0.005 0.004 0.031 0.524 118 R 0.089 0.111 0.010 0.019 0.036 0.036 0.070 0.006 0.003 0.047 0.571 119 A 0.053 0.056 0.002 0.007 0.023 0.029 0.078 0.005 0.001 0.029 0.716 120 Y 0.218 0.093 0.006 0.011 0.021 0.021 0.065 0.007 0.002 0.060 0.496 121 A 0.044 0.047 0.002 0.008 0.011 0.018 0.098 0.004 0.001 0.033 0.734 122 D 0.104 0.076 0.004 0.010 0.014 0.023 0.093 0.007 0.001 0.046 0.621