# TARGET T0372 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.322 0.141 0.056 0.110 0.081 0.070 0.075 0.052 0.044 0.029 0.019 2 I 0.125 0.077 0.036 0.085 0.086 0.115 0.148 0.117 0.096 0.083 0.032 3 P 0.492 0.217 0.044 0.116 0.068 0.031 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 4 F 0.085 0.028 0.014 0.048 0.068 0.068 0.130 0.171 0.179 0.124 0.086 5 K 0.233 0.291 0.116 0.179 0.097 0.043 0.026 0.009 0.004 0.002 0.001 6 D 0.141 0.153 0.116 0.332 0.161 0.064 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 7 I 0.023 0.010 0.006 0.012 0.022 0.040 0.110 0.150 0.227 0.240 0.162 8 T 0.029 0.327 0.266 0.284 0.068 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.132 0.052 0.032 0.066 0.074 0.095 0.203 0.130 0.115 0.070 0.033 10 A 0.426 0.220 0.142 0.123 0.055 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 11 D 0.013 0.141 0.064 0.161 0.114 0.119 0.188 0.093 0.061 0.032 0.013 12 R 0.042 0.052 0.041 0.175 0.259 0.208 0.119 0.050 0.032 0.015 0.007 13 D 0.592 0.144 0.176 0.057 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 T 0.003 0.018 0.038 0.173 0.190 0.204 0.234 0.084 0.037 0.016 0.004 15 I 0.002 0.002 0.006 0.004 0.005 0.010 0.054 0.114 0.236 0.292 0.277 16 T 0.010 0.026 0.148 0.321 0.251 0.148 0.063 0.020 0.008 0.003 0.001 17 A 0.017 0.064 0.583 0.167 0.083 0.048 0.026 0.007 0.004 0.002 0.001 18 F 0.001 0.002 0.006 0.016 0.029 0.071 0.236 0.208 0.200 0.148 0.083 19 T 0.008 0.010 0.011 0.022 0.030 0.063 0.238 0.212 0.201 0.131 0.072 20 M 0.028 0.069 0.213 0.208 0.156 0.124 0.091 0.047 0.033 0.019 0.010 21 K 0.129 0.141 0.211 0.174 0.119 0.093 0.076 0.029 0.017 0.008 0.004 22 S 0.179 0.097 0.048 0.092 0.091 0.095 0.148 0.101 0.078 0.049 0.022 23 D 0.377 0.195 0.072 0.138 0.081 0.053 0.042 0.018 0.013 0.007 0.004 24 R 0.091 0.117 0.089 0.184 0.165 0.142 0.110 0.049 0.030 0.015 0.007 25 R 0.098 0.107 0.078 0.170 0.150 0.126 0.129 0.067 0.040 0.023 0.013 26 N 0.046 0.048 0.028 0.109 0.141 0.152 0.193 0.118 0.089 0.051 0.026 27 C 0.040 0.024 0.016 0.039 0.055 0.083 0.181 0.172 0.182 0.127 0.080 28 D 0.072 0.062 0.059 0.155 0.141 0.140 0.154 0.084 0.064 0.043 0.028 29 L 0.019 0.023 0.035 0.068 0.074 0.090 0.179 0.148 0.155 0.128 0.082 30 S 0.020 0.026 0.037 0.071 0.073 0.084 0.163 0.151 0.168 0.129 0.078 31 F 0.011 0.011 0.023 0.032 0.034 0.053 0.153 0.155 0.190 0.191 0.148 32 S 0.007 0.013 0.041 0.053 0.057 0.073 0.168 0.178 0.185 0.146 0.080 33 N 0.005 0.014 0.032 0.046 0.049 0.078 0.197 0.177 0.176 0.141 0.085 34 L 0.003 0.005 0.017 0.018 0.016 0.023 0.075 0.125 0.213 0.279 0.225 35 C 0.003 0.005 0.013 0.024 0.036 0.061 0.191 0.195 0.227 0.159 0.087 36 S 0.005 0.011 0.034 0.038 0.030 0.039 0.121 0.154 0.226 0.201 0.141 37 W 0.003 0.007 0.014 0.044 0.055 0.077 0.158 0.170 0.209 0.165 0.098 38 R 0.023 0.041 0.045 0.136 0.146 0.164 0.194 0.121 0.085 0.034 0.012 39 F 0.035 0.046 0.050 0.136 0.134 0.136 0.177 0.126 0.092 0.049 0.018 40 L 0.030 0.041 0.033 0.103 0.102 0.107 0.166 0.141 0.140 0.086 0.051 41 Y 0.033 0.050 0.029 0.115 0.130 0.152 0.220 0.133 0.084 0.039 0.013 42 D 0.105 0.175 0.096 0.256 0.163 0.103 0.058 0.023 0.013 0.006 0.002 43 T 0.008 0.009 0.008 0.023 0.027 0.038 0.110 0.161 0.230 0.224 0.163 44 Q 0.036 0.078 0.057 0.252 0.197 0.153 0.122 0.053 0.030 0.014 0.007 45 F 0.003 0.010 0.012 0.028 0.032 0.048 0.143 0.177 0.234 0.188 0.125 46 A 0.006 0.007 0.012 0.037 0.045 0.075 0.156 0.167 0.190 0.163 0.142 47 V 0.009 0.026 0.030 0.093 0.107 0.131 0.215 0.135 0.127 0.079 0.047 48 I 0.005 0.013 0.022 0.066 0.075 0.088 0.168 0.155 0.194 0.129 0.085 49 D 0.125 0.122 0.089 0.234 0.173 0.111 0.087 0.034 0.017 0.006 0.003 50 D 0.090 0.115 0.065 0.222 0.166 0.122 0.127 0.053 0.025 0.011 0.004 51 F 0.001 0.006 0.006 0.042 0.068 0.127 0.206 0.189 0.158 0.125 0.072 52 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.027 0.108 0.191 0.242 0.243 0.171 53 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.018 0.035 0.142 0.229 0.253 0.190 0.122 54 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.052 0.125 0.257 0.321 0.227 55 K 0.001 0.005 0.003 0.060 0.106 0.122 0.212 0.194 0.176 0.085 0.035 56 F 0.003 0.008 0.005 0.044 0.065 0.094 0.197 0.218 0.214 0.112 0.040 57 W 0.019 0.052 0.029 0.197 0.200 0.169 0.161 0.095 0.050 0.020 0.006 58 A 0.039 0.081 0.028 0.131 0.124 0.138 0.181 0.126 0.083 0.046 0.022 59 G 0.446 0.212 0.042 0.135 0.075 0.038 0.025 0.013 0.008 0.004 0.002 60 E 0.502 0.197 0.040 0.114 0.057 0.036 0.027 0.013 0.009 0.004 0.002 61 Q 0.081 0.122 0.041 0.142 0.128 0.125 0.137 0.089 0.071 0.042 0.023 62 L 0.022 0.044 0.023 0.108 0.121 0.147 0.185 0.144 0.107 0.065 0.034 63 A 0.010 0.022 0.024 0.086 0.127 0.160 0.215 0.147 0.112 0.064 0.033 64 Y 0.003 0.005 0.008 0.025 0.038 0.058 0.156 0.205 0.228 0.173 0.099 65 M 0.003 0.005 0.005 0.032 0.058 0.091 0.187 0.205 0.188 0.140 0.087 66 M 0.003 0.009 0.011 0.040 0.057 0.087 0.175 0.191 0.204 0.149 0.074 67 P 0.009 0.010 0.008 0.035 0.051 0.079 0.202 0.202 0.197 0.140 0.068 68 V 0.002 0.003 0.002 0.010 0.018 0.030 0.114 0.177 0.257 0.229 0.161 69 G 0.039 0.071 0.036 0.123 0.129 0.124 0.165 0.111 0.088 0.068 0.047 70 N 0.172 0.184 0.069 0.232 0.137 0.089 0.069 0.026 0.013 0.006 0.003 71 G 0.190 0.071 0.028 0.098 0.128 0.124 0.147 0.102 0.063 0.034 0.015 72 D 0.029 0.515 0.071 0.173 0.097 0.053 0.036 0.013 0.007 0.004 0.002 73 L 0.001 0.004 0.002 0.017 0.061 0.119 0.228 0.187 0.176 0.116 0.089 74 K 0.437 0.290 0.060 0.129 0.062 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.024 0.082 0.054 0.373 0.242 0.145 0.066 0.011 0.003 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.090 0.213 0.314 0.350 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.164 0.196 0.214 0.205 0.185 78 R 0.001 0.008 0.520 0.308 0.113 0.035 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 79 K 0.001 0.004 0.018 0.069 0.135 0.326 0.345 0.073 0.019 0.008 0.003 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.095 0.259 0.364 0.261 81 I 0.001 0.001 0.002 0.016 0.051 0.140 0.346 0.206 0.135 0.072 0.032 82 E 0.006 0.023 0.730 0.167 0.052 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.009 0.019 0.034 0.075 0.121 0.253 0.346 0.094 0.033 0.012 0.004 84 A 0.006 0.003 0.003 0.007 0.008 0.021 0.098 0.180 0.264 0.251 0.158 85 D 0.070 0.124 0.116 0.188 0.158 0.135 0.115 0.048 0.026 0.013 0.007 86 K 0.183 0.163 0.360 0.141 0.066 0.042 0.025 0.010 0.006 0.003 0.001 87 E 0.095 0.065 0.047 0.109 0.109 0.136 0.192 0.103 0.069 0.048 0.027 88 K 0.291 0.173 0.074 0.129 0.083 0.074 0.077 0.040 0.030 0.019 0.012 89 H 0.043 0.064 0.085 0.150 0.161 0.160 0.157 0.087 0.055 0.027 0.011 90 N 0.097 0.150 0.113 0.247 0.169 0.105 0.068 0.026 0.015 0.007 0.004 91 F 0.005 0.008 0.011 0.026 0.042 0.072 0.168 0.200 0.216 0.159 0.093 92 C 0.008 0.015 0.019 0.085 0.131 0.159 0.228 0.144 0.111 0.060 0.040 93 M 0.004 0.005 0.009 0.014 0.015 0.027 0.089 0.150 0.214 0.234 0.239 94 L 0.004 0.009 0.019 0.078 0.110 0.143 0.223 0.162 0.135 0.079 0.038 95 G 0.028 0.050 0.068 0.081 0.085 0.103 0.180 0.139 0.119 0.094 0.053 96 V 0.001 0.002 0.003 0.006 0.007 0.010 0.035 0.071 0.180 0.304 0.382 97 C 0.007 0.058 0.050 0.114 0.162 0.161 0.237 0.102 0.067 0.028 0.014 98 S 0.394 0.158 0.143 0.175 0.071 0.028 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 99 N 0.438 0.154 0.121 0.127 0.074 0.043 0.027 0.008 0.005 0.002 0.002 100 M 0.001 0.004 0.003 0.012 0.020 0.066 0.193 0.194 0.222 0.173 0.112 101 R 0.003 0.009 0.015 0.064 0.156 0.256 0.290 0.114 0.057 0.024 0.011 102 A 0.181 0.107 0.601 0.079 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.007 0.022 0.044 0.184 0.235 0.226 0.183 0.058 0.026 0.012 0.005 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.060 0.195 0.314 0.404 105 E 0.004 0.010 0.097 0.245 0.319 0.212 0.089 0.016 0.006 0.002 0.001 106 A 0.018 0.045 0.774 0.105 0.034 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 107 I 0.002 0.004 0.004 0.019 0.045 0.153 0.393 0.193 0.104 0.058 0.024 108 L 0.007 0.011 0.005 0.014 0.019 0.047 0.173 0.209 0.206 0.171 0.138 109 P 0.050 0.154 0.212 0.193 0.165 0.097 0.064 0.029 0.019 0.010 0.006 110 E 0.698 0.116 0.074 0.070 0.024 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 111 R 0.064 0.103 0.052 0.238 0.207 0.155 0.120 0.036 0.016 0.007 0.003 112 F 0.003 0.003 0.003 0.008 0.011 0.031 0.111 0.173 0.262 0.219 0.176 113 I 0.034 0.141 0.134 0.351 0.200 0.094 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 114 F 0.002 0.006 0.011 0.012 0.017 0.036 0.113 0.168 0.257 0.228 0.148 115 T 0.055 0.092 0.073 0.253 0.228 0.135 0.101 0.036 0.017 0.006 0.003 116 E 0.175 0.129 0.082 0.152 0.123 0.096 0.126 0.057 0.035 0.017 0.008 117 D 0.055 0.082 0.113 0.224 0.139 0.121 0.120 0.065 0.043 0.025 0.012 118 R 0.030 0.039 0.057 0.112 0.137 0.161 0.192 0.118 0.084 0.049 0.021 119 A 0.204 0.184 0.212 0.165 0.084 0.050 0.047 0.025 0.016 0.009 0.004 120 Y 0.097 0.087 0.104 0.146 0.127 0.125 0.150 0.074 0.051 0.029 0.011 121 A 0.163 0.084 0.054 0.068 0.061 0.073 0.116 0.103 0.118 0.095 0.066 122 D 0.123 0.174 0.095 0.194 0.140 0.087 0.077 0.046 0.033 0.019 0.011