# TARGET T0372 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.238 0.044 0.017 0.015 0.009 0.013 0.023 0.012 0.001 0.004 0.624 2 I 0.111 0.016 0.033 0.040 0.037 0.047 0.091 0.007 0.001 0.005 0.613 3 P 0.008 0.001 0.005 0.008 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.958 4 F 0.020 0.001 0.004 0.067 0.024 0.052 0.058 0.001 0.001 0.002 0.771 5 K 0.055 0.002 0.001 0.152 0.039 0.064 0.092 0.001 0.001 0.004 0.591 6 D 0.030 0.003 0.001 0.060 0.014 0.027 0.047 0.001 0.001 0.002 0.816 7 I 0.042 0.006 0.002 0.315 0.083 0.153 0.086 0.001 0.001 0.005 0.307 8 T 0.064 0.010 0.001 0.173 0.035 0.061 0.172 0.001 0.001 0.005 0.477 9 L 0.043 0.012 0.003 0.099 0.025 0.038 0.064 0.001 0.001 0.004 0.710 10 A 0.028 0.014 0.003 0.063 0.024 0.067 0.282 0.001 0.001 0.006 0.512 11 D 0.115 0.017 0.002 0.017 0.009 0.018 0.237 0.003 0.001 0.015 0.568 12 R 0.125 0.086 0.006 0.017 0.006 0.009 0.126 0.002 0.001 0.011 0.612 13 D 0.026 0.073 0.001 0.003 0.003 0.003 0.265 0.001 0.001 0.005 0.620 14 T 0.098 0.241 0.003 0.006 0.007 0.010 0.196 0.004 0.001 0.008 0.427 15 I 0.071 0.695 0.002 0.005 0.008 0.020 0.049 0.006 0.001 0.006 0.138 16 T 0.039 0.838 0.002 0.002 0.003 0.010 0.020 0.005 0.001 0.002 0.080 17 A 0.035 0.815 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.129 18 F 0.091 0.816 0.002 0.002 0.004 0.003 0.005 0.023 0.001 0.001 0.054 19 T 0.104 0.746 0.017 0.003 0.007 0.011 0.016 0.028 0.001 0.002 0.066 20 M 0.062 0.720 0.017 0.014 0.015 0.023 0.012 0.037 0.001 0.001 0.098 21 K 0.247 0.381 0.014 0.010 0.009 0.015 0.019 0.049 0.001 0.003 0.252 22 S 0.297 0.177 0.037 0.014 0.017 0.017 0.051 0.028 0.001 0.004 0.358 23 D 0.077 0.037 0.027 0.021 0.009 0.012 0.068 0.012 0.001 0.005 0.732 24 R 0.093 0.025 0.048 0.035 0.019 0.028 0.162 0.005 0.001 0.012 0.573 25 R 0.139 0.030 0.008 0.052 0.026 0.042 0.205 0.004 0.001 0.013 0.481 26 N 0.132 0.044 0.013 0.063 0.036 0.055 0.115 0.003 0.001 0.009 0.529 27 C 0.065 0.055 0.009 0.095 0.071 0.109 0.117 0.001 0.001 0.006 0.472 28 D 0.031 0.042 0.002 0.051 0.051 0.085 0.120 0.002 0.001 0.005 0.610 29 L 0.074 0.069 0.004 0.066 0.075 0.093 0.115 0.003 0.001 0.011 0.489 30 S 0.051 0.109 0.005 0.028 0.027 0.051 0.354 0.003 0.001 0.013 0.361 31 F 0.070 0.192 0.006 0.039 0.045 0.072 0.197 0.009 0.001 0.023 0.347 32 S 0.090 0.429 0.010 0.024 0.028 0.053 0.151 0.005 0.001 0.023 0.186 33 N 0.052 0.489 0.006 0.010 0.021 0.028 0.128 0.010 0.001 0.008 0.247 34 L 0.053 0.686 0.006 0.008 0.011 0.013 0.025 0.006 0.001 0.003 0.190 35 C 0.043 0.731 0.008 0.008 0.021 0.035 0.048 0.008 0.001 0.006 0.092 36 S 0.026 0.797 0.008 0.008 0.021 0.047 0.027 0.006 0.001 0.002 0.058 37 W 0.023 0.821 0.003 0.009 0.022 0.034 0.005 0.011 0.001 0.001 0.073 38 R 0.052 0.748 0.005 0.005 0.017 0.023 0.009 0.013 0.001 0.001 0.126 39 F 0.096 0.549 0.013 0.006 0.023 0.032 0.031 0.037 0.001 0.003 0.209 40 L 0.166 0.488 0.041 0.019 0.024 0.033 0.025 0.045 0.001 0.005 0.154 41 Y 0.089 0.428 0.025 0.019 0.041 0.038 0.053 0.019 0.001 0.004 0.283 42 D 0.096 0.221 0.015 0.033 0.036 0.067 0.051 0.026 0.001 0.008 0.447 43 T 0.171 0.112 0.053 0.056 0.086 0.105 0.052 0.015 0.001 0.011 0.340 44 Q 0.067 0.054 0.024 0.143 0.164 0.158 0.143 0.006 0.001 0.009 0.231 45 F 0.044 0.031 0.026 0.101 0.168 0.231 0.067 0.003 0.001 0.005 0.325 46 A 0.008 0.010 0.002 0.220 0.349 0.350 0.019 0.001 0.001 0.001 0.040 47 V 0.006 0.013 0.001 0.130 0.226 0.296 0.078 0.001 0.001 0.003 0.246 48 I 0.010 0.012 0.001 0.180 0.292 0.380 0.040 0.001 0.001 0.003 0.079 49 D 0.008 0.010 0.001 0.068 0.110 0.182 0.127 0.001 0.001 0.008 0.484 50 D 0.042 0.004 0.002 0.055 0.088 0.124 0.215 0.002 0.001 0.043 0.425 51 F 0.241 0.005 0.034 0.097 0.091 0.143 0.144 0.002 0.001 0.061 0.181 52 L 0.014 0.003 0.009 0.242 0.385 0.236 0.052 0.001 0.001 0.004 0.053 53 V 0.001 0.001 0.002 0.187 0.286 0.443 0.022 0.001 0.001 0.001 0.057 54 F 0.001 0.001 0.001 0.167 0.326 0.492 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 55 K 0.001 0.001 0.001 0.129 0.308 0.458 0.010 0.001 0.001 0.001 0.094 56 F 0.001 0.001 0.001 0.089 0.279 0.488 0.016 0.001 0.001 0.001 0.124 57 W 0.003 0.001 0.001 0.129 0.228 0.361 0.057 0.001 0.001 0.003 0.217 58 A 0.002 0.001 0.001 0.034 0.054 0.104 0.061 0.001 0.001 0.003 0.740 59 G 0.011 0.001 0.001 0.027 0.050 0.087 0.169 0.001 0.001 0.013 0.641 60 E 0.230 0.003 0.002 0.011 0.022 0.024 0.122 0.001 0.001 0.032 0.552 61 Q 0.164 0.010 0.005 0.018 0.042 0.042 0.165 0.001 0.001 0.016 0.536 62 L 0.066 0.008 0.005 0.056 0.123 0.134 0.137 0.001 0.001 0.007 0.463 63 A 0.022 0.007 0.002 0.062 0.149 0.315 0.077 0.001 0.001 0.004 0.361 64 Y 0.012 0.004 0.001 0.067 0.257 0.470 0.039 0.001 0.001 0.002 0.147 65 M 0.016 0.006 0.002 0.069 0.176 0.348 0.041 0.001 0.001 0.003 0.338 66 M 0.009 0.002 0.002 0.071 0.300 0.345 0.045 0.001 0.001 0.002 0.224 67 P 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.960 68 V 0.005 0.001 0.001 0.094 0.101 0.259 0.145 0.001 0.001 0.004 0.390 69 G 0.096 0.003 0.001 0.032 0.025 0.057 0.120 0.001 0.001 0.014 0.652 70 N 0.100 0.011 0.001 0.023 0.011 0.018 0.118 0.001 0.001 0.007 0.709 71 G 0.166 0.007 0.004 0.020 0.007 0.010 0.186 0.001 0.001 0.016 0.582 72 D 0.137 0.008 0.004 0.007 0.004 0.005 0.400 0.001 0.001 0.009 0.426 73 L 0.031 0.019 0.006 0.006 0.003 0.007 0.113 0.001 0.001 0.004 0.811 74 K 0.018 0.075 0.001 0.008 0.006 0.011 0.238 0.001 0.001 0.005 0.637 75 A 0.029 0.122 0.001 0.001 0.002 0.003 0.285 0.001 0.001 0.005 0.552 76 V 0.046 0.742 0.001 0.002 0.002 0.004 0.036 0.002 0.001 0.001 0.165 77 L 0.015 0.948 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.022 78 R 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 79 K 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 80 L 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 81 I 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 82 E 0.013 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.016 83 D 0.052 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.055 84 A 0.067 0.879 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.037 85 D 0.029 0.739 0.017 0.004 0.006 0.008 0.021 0.039 0.001 0.001 0.136 86 K 0.170 0.470 0.013 0.005 0.003 0.005 0.017 0.031 0.001 0.001 0.283 87 E 0.240 0.466 0.016 0.005 0.004 0.005 0.028 0.019 0.001 0.002 0.215 88 K 0.259 0.187 0.030 0.013 0.013 0.014 0.086 0.040 0.001 0.011 0.347 89 H 0.092 0.081 0.079 0.026 0.016 0.017 0.051 0.009 0.001 0.005 0.624 90 N 0.068 0.029 0.011 0.047 0.026 0.043 0.086 0.007 0.001 0.007 0.676 91 F 0.185 0.021 0.025 0.118 0.064 0.077 0.068 0.003 0.001 0.009 0.429 92 C 0.037 0.023 0.007 0.244 0.121 0.151 0.102 0.002 0.001 0.003 0.310 93 M 0.016 0.019 0.005 0.254 0.150 0.233 0.052 0.001 0.001 0.003 0.268 94 L 0.014 0.025 0.001 0.378 0.092 0.223 0.078 0.001 0.001 0.003 0.185 95 G 0.056 0.025 0.003 0.109 0.039 0.065 0.110 0.004 0.001 0.008 0.581 96 V 0.088 0.033 0.027 0.181 0.057 0.105 0.152 0.003 0.001 0.013 0.341 97 C 0.016 0.014 0.004 0.061 0.025 0.059 0.256 0.002 0.001 0.004 0.558 98 S 0.006 0.008 0.001 0.017 0.004 0.005 0.039 0.001 0.001 0.002 0.919 99 N 0.012 0.018 0.001 0.002 0.001 0.002 0.263 0.001 0.001 0.004 0.698 100 M 0.096 0.160 0.002 0.004 0.003 0.007 0.435 0.002 0.001 0.012 0.279 101 R 0.085 0.733 0.001 0.004 0.001 0.004 0.038 0.004 0.001 0.004 0.126 102 A 0.026 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.081 103 D 0.019 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.113 104 L 0.015 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 105 E 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.020 106 A 0.062 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.001 0.001 0.020 107 I 0.198 0.733 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.015 108 L 0.234 0.617 0.032 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.001 0.001 0.083 109 P 0.005 0.019 0.071 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.895 110 E 0.039 0.013 0.005 0.021 0.007 0.011 0.058 0.014 0.001 0.002 0.829 111 R 0.754 0.014 0.011 0.023 0.004 0.004 0.034 0.005 0.001 0.010 0.142 112 F 0.155 0.131 0.022 0.204 0.034 0.050 0.054 0.005 0.001 0.003 0.342 113 I 0.020 0.029 0.004 0.529 0.092 0.134 0.062 0.001 0.001 0.002 0.127 114 F 0.039 0.056 0.002 0.301 0.049 0.101 0.056 0.002 0.001 0.003 0.390 115 T 0.035 0.063 0.004 0.339 0.138 0.201 0.064 0.003 0.001 0.003 0.149 116 E 0.010 0.027 0.004 0.058 0.031 0.061 0.117 0.002 0.001 0.003 0.687 117 D 0.031 0.030 0.002 0.048 0.037 0.072 0.288 0.003 0.001 0.016 0.472 118 R 0.124 0.063 0.007 0.025 0.025 0.040 0.260 0.005 0.001 0.033 0.419 119 A 0.112 0.145 0.005 0.008 0.014 0.016 0.291 0.007 0.001 0.015 0.387 120 Y 0.187 0.195 0.015 0.011 0.020 0.025 0.128 0.010 0.001 0.017 0.391 121 A 0.118 0.338 0.011 0.012 0.024 0.030 0.098 0.009 0.001 0.010 0.347 122 D 0.109 0.207 0.008 0.005 0.015 0.020 0.180 0.015 0.001 0.010 0.431