# TARGET T0372 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.990 2 I 0.074 0.024 0.005 0.014 0.007 0.017 0.857 3 P 0.152 0.033 0.012 0.013 0.108 0.046 0.637 4 F 0.196 0.016 0.015 0.006 0.081 0.025 0.662 5 K 0.315 0.020 0.010 0.010 0.183 0.034 0.428 6 D 0.162 0.038 0.007 0.002 0.074 0.024 0.692 7 I 0.069 0.018 0.001 0.001 0.039 0.003 0.869 8 T 0.101 0.054 0.002 0.001 0.013 0.006 0.823 9 L 0.060 0.031 0.396 0.073 0.069 0.186 0.187 10 A 0.019 0.010 0.356 0.078 0.130 0.285 0.121 11 D 0.027 0.021 0.222 0.065 0.217 0.067 0.382 12 R 0.002 0.002 0.287 0.600 0.007 0.075 0.027 13 D 0.001 0.001 0.201 0.698 0.010 0.080 0.009 14 T 0.001 0.002 0.158 0.775 0.004 0.052 0.008 15 I 0.002 0.002 0.025 0.936 0.005 0.016 0.013 16 T 0.007 0.001 0.025 0.909 0.007 0.029 0.022 17 A 0.007 0.001 0.037 0.886 0.008 0.052 0.009 18 F 0.007 0.002 0.036 0.861 0.008 0.067 0.019 19 T 0.022 0.011 0.057 0.720 0.031 0.111 0.049 20 M 0.015 0.004 0.065 0.533 0.042 0.282 0.059 21 K 0.013 0.003 0.054 0.353 0.105 0.336 0.137 22 S 0.015 0.006 0.028 0.143 0.336 0.112 0.360 23 D 0.022 0.010 0.034 0.068 0.203 0.161 0.503 24 R 0.054 0.017 0.077 0.090 0.218 0.162 0.382 25 R 0.123 0.028 0.076 0.126 0.157 0.130 0.360 26 N 0.167 0.033 0.079 0.154 0.145 0.097 0.326 27 C 0.147 0.019 0.066 0.174 0.133 0.088 0.373 28 D 0.115 0.013 0.085 0.271 0.134 0.151 0.230 29 L 0.107 0.014 0.087 0.354 0.108 0.136 0.193 30 S 0.116 0.017 0.048 0.418 0.095 0.095 0.211 31 F 0.058 0.006 0.041 0.717 0.045 0.068 0.066 32 S 0.073 0.004 0.038 0.706 0.047 0.059 0.071 33 N 0.087 0.004 0.031 0.738 0.036 0.045 0.059 34 L 0.123 0.004 0.025 0.769 0.019 0.031 0.029 35 C 0.153 0.006 0.020 0.745 0.014 0.037 0.026 36 S 0.191 0.007 0.028 0.631 0.017 0.065 0.061 37 W 0.218 0.007 0.048 0.489 0.038 0.113 0.087 38 R 0.196 0.006 0.074 0.335 0.077 0.244 0.069 39 F 0.172 0.006 0.104 0.190 0.091 0.316 0.121 40 L 0.243 0.014 0.069 0.134 0.125 0.166 0.248 41 Y 0.272 0.011 0.044 0.047 0.177 0.249 0.200 42 D 0.372 0.006 0.016 0.013 0.163 0.256 0.174 43 T 0.678 0.005 0.004 0.004 0.049 0.028 0.232 44 Q 0.901 0.004 0.001 0.003 0.011 0.005 0.075 45 F 0.966 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.025 46 A 0.963 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.025 47 V 0.972 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.014 48 I 0.899 0.007 0.002 0.002 0.007 0.008 0.075 49 D 0.240 0.001 0.015 0.002 0.148 0.531 0.064 50 D 0.176 0.001 0.012 0.001 0.188 0.591 0.032 51 F 0.881 0.006 0.003 0.001 0.018 0.008 0.084 52 L 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.023 53 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 54 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 55 K 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 56 F 0.939 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.049 57 W 0.811 0.009 0.003 0.005 0.024 0.010 0.140 58 A 0.426 0.010 0.014 0.011 0.082 0.157 0.300 59 G 0.025 0.001 0.015 0.002 0.171 0.710 0.076 60 E 0.093 0.005 0.022 0.002 0.323 0.375 0.180 61 Q 0.469 0.026 0.008 0.002 0.138 0.030 0.327 62 L 0.785 0.012 0.003 0.001 0.022 0.005 0.171 63 A 0.913 0.004 0.003 0.001 0.012 0.004 0.064 64 Y 0.940 0.007 0.002 0.002 0.006 0.004 0.039 65 M 0.885 0.011 0.002 0.003 0.010 0.005 0.084 66 M 0.670 0.007 0.003 0.004 0.054 0.010 0.252 67 P 0.382 0.034 0.006 0.008 0.085 0.045 0.441 68 V 0.094 0.036 0.008 0.008 0.172 0.055 0.626 69 G 0.026 0.009 0.009 0.008 0.351 0.074 0.525 70 N 0.007 0.007 0.030 0.044 0.309 0.332 0.271 71 G 0.006 0.011 0.024 0.126 0.474 0.198 0.161 72 D 0.014 0.030 0.026 0.228 0.167 0.057 0.478 73 L 0.001 0.002 0.017 0.945 0.004 0.016 0.015 74 K 0.001 0.001 0.008 0.982 0.001 0.006 0.002 75 A 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.003 0.001 76 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 78 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.013 0.001 81 I 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.012 0.002 82 E 0.001 0.001 0.005 0.944 0.003 0.043 0.004 83 D 0.001 0.001 0.008 0.881 0.006 0.082 0.022 84 A 0.001 0.002 0.024 0.835 0.014 0.085 0.039 85 D 0.002 0.002 0.054 0.653 0.031 0.188 0.070 86 K 0.003 0.002 0.101 0.521 0.050 0.245 0.078 87 E 0.004 0.003 0.074 0.340 0.080 0.416 0.084 88 K 0.009 0.003 0.053 0.107 0.156 0.456 0.216 89 H 0.037 0.006 0.038 0.053 0.287 0.128 0.452 90 N 0.140 0.017 0.031 0.038 0.180 0.119 0.474 91 F 0.439 0.026 0.018 0.026 0.083 0.034 0.375 92 C 0.645 0.026 0.015 0.031 0.039 0.019 0.224 93 M 0.738 0.019 0.038 0.035 0.029 0.030 0.110 94 L 0.645 0.008 0.049 0.034 0.059 0.066 0.139 95 G 0.488 0.018 0.047 0.030 0.095 0.100 0.222 96 V 0.229 0.036 0.018 0.024 0.117 0.037 0.539 97 C 0.057 0.008 0.009 0.033 0.078 0.013 0.802 98 S 0.004 0.001 0.083 0.707 0.031 0.146 0.027 99 N 0.003 0.002 0.077 0.739 0.014 0.144 0.021 100 M 0.004 0.002 0.065 0.840 0.006 0.052 0.032 101 R 0.005 0.002 0.017 0.930 0.006 0.018 0.023 102 A 0.005 0.001 0.009 0.943 0.008 0.022 0.013 103 D 0.001 0.001 0.008 0.962 0.003 0.020 0.007 104 L 0.001 0.001 0.009 0.960 0.002 0.023 0.004 105 E 0.003 0.001 0.022 0.937 0.006 0.028 0.004 106 A 0.006 0.001 0.036 0.878 0.005 0.065 0.010 107 I 0.011 0.004 0.036 0.743 0.047 0.126 0.033 108 L 0.021 0.011 0.004 0.032 0.328 0.021 0.583 109 P 0.007 0.002 0.139 0.062 0.065 0.594 0.132 110 E 0.023 0.001 0.135 0.026 0.113 0.663 0.039 111 R 0.288 0.007 0.150 0.029 0.095 0.247 0.184 112 F 0.797 0.010 0.005 0.014 0.012 0.009 0.154 113 I 0.905 0.007 0.001 0.008 0.005 0.003 0.072 114 F 0.921 0.008 0.001 0.007 0.009 0.001 0.054 115 T 0.776 0.005 0.001 0.013 0.034 0.005 0.166 116 E 0.526 0.010 0.005 0.020 0.111 0.029 0.298 117 D 0.259 0.014 0.015 0.032 0.156 0.044 0.479 118 R 0.131 0.013 0.069 0.069 0.215 0.133 0.370 119 A 0.104 0.020 0.089 0.068 0.157 0.247 0.315 120 Y 0.083 0.030 0.079 0.092 0.159 0.273 0.284 121 A 0.053 0.022 0.042 0.086 0.163 0.167 0.467 122 D 0.041 0.015 0.022 0.048 0.139 0.068 0.667