# TARGET T0372 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.124 0.043 0.140 0.156 0.046 0.021 0.286 0.137 0.016 0.030 0.001 2 I 0.048 0.434 0.417 0.005 0.030 0.010 0.005 0.001 0.048 0.003 0.001 3 P 0.103 0.022 0.715 0.025 0.001 0.102 0.005 0.001 0.006 0.001 0.019 4 F 0.115 0.216 0.354 0.109 0.060 0.051 0.040 0.022 0.026 0.005 0.002 5 K 0.040 0.524 0.242 0.007 0.120 0.009 0.010 0.001 0.042 0.004 0.001 6 D 0.036 0.047 0.774 0.017 0.002 0.082 0.002 0.001 0.006 0.001 0.034 7 I 0.009 0.585 0.279 0.010 0.058 0.034 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 8 T 0.008 0.491 0.330 0.003 0.019 0.102 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 9 L 0.288 0.226 0.276 0.046 0.026 0.101 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 10 A 0.710 0.046 0.054 0.144 0.020 0.010 0.005 0.001 0.006 0.002 0.001 11 D 0.112 0.113 0.221 0.157 0.076 0.163 0.021 0.002 0.128 0.003 0.003 12 R 0.914 0.010 0.030 0.030 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 13 D 0.961 0.001 0.007 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 T 0.907 0.008 0.005 0.071 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 I 0.947 0.007 0.009 0.030 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 T 0.978 0.006 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.983 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.883 0.002 0.004 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.700 0.043 0.066 0.160 0.006 0.010 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 20 M 0.716 0.061 0.127 0.061 0.011 0.009 0.007 0.001 0.004 0.003 0.001 21 K 0.499 0.025 0.102 0.315 0.005 0.024 0.013 0.006 0.009 0.001 0.001 22 S 0.277 0.166 0.305 0.104 0.049 0.023 0.020 0.007 0.042 0.005 0.001 23 D 0.303 0.055 0.278 0.136 0.024 0.096 0.060 0.011 0.025 0.008 0.004 24 R 0.374 0.152 0.215 0.164 0.025 0.034 0.012 0.007 0.014 0.002 0.001 25 R 0.364 0.198 0.168 0.160 0.050 0.021 0.016 0.006 0.011 0.006 0.001 26 N 0.222 0.205 0.157 0.212 0.064 0.048 0.050 0.010 0.029 0.004 0.001 27 C 0.187 0.267 0.250 0.066 0.151 0.022 0.013 0.006 0.025 0.011 0.001 28 D 0.533 0.056 0.096 0.193 0.026 0.036 0.030 0.011 0.009 0.009 0.001 29 L 0.390 0.255 0.115 0.118 0.063 0.026 0.009 0.002 0.021 0.001 0.001 30 S 0.486 0.246 0.112 0.058 0.067 0.012 0.003 0.004 0.006 0.005 0.001 31 F 0.711 0.109 0.037 0.055 0.021 0.026 0.011 0.004 0.022 0.003 0.001 32 S 0.729 0.136 0.053 0.042 0.021 0.011 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 33 N 0.847 0.038 0.023 0.029 0.013 0.020 0.019 0.003 0.007 0.001 0.001 34 L 0.907 0.035 0.016 0.026 0.004 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 35 C 0.899 0.035 0.015 0.037 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.864 0.022 0.010 0.082 0.006 0.004 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 37 W 0.754 0.060 0.046 0.101 0.012 0.011 0.007 0.003 0.006 0.002 0.001 38 R 0.803 0.031 0.033 0.096 0.011 0.006 0.012 0.002 0.003 0.002 0.001 39 F 0.618 0.048 0.043 0.158 0.031 0.019 0.054 0.018 0.009 0.003 0.001 40 L 0.447 0.139 0.091 0.241 0.018 0.029 0.015 0.002 0.018 0.001 0.001 41 Y 0.215 0.299 0.166 0.167 0.094 0.013 0.023 0.004 0.013 0.006 0.001 42 D 0.069 0.041 0.067 0.286 0.031 0.076 0.377 0.022 0.029 0.003 0.001 43 T 0.010 0.688 0.180 0.015 0.090 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 44 Q 0.012 0.785 0.120 0.009 0.044 0.018 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 45 F 0.003 0.880 0.059 0.002 0.042 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 46 A 0.003 0.876 0.033 0.001 0.064 0.009 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 47 V 0.004 0.876 0.077 0.002 0.023 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 48 I 0.022 0.614 0.174 0.009 0.023 0.071 0.002 0.001 0.084 0.001 0.001 49 D 0.417 0.121 0.130 0.138 0.059 0.032 0.048 0.003 0.020 0.030 0.001 50 D 0.099 0.062 0.011 0.317 0.095 0.013 0.377 0.011 0.010 0.002 0.003 51 F 0.006 0.832 0.062 0.018 0.061 0.004 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 52 L 0.001 0.745 0.209 0.001 0.020 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 53 V 0.001 0.897 0.058 0.001 0.016 0.012 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 54 F 0.002 0.758 0.158 0.002 0.033 0.029 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 55 K 0.008 0.763 0.123 0.009 0.030 0.039 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 56 F 0.017 0.422 0.296 0.013 0.160 0.048 0.017 0.002 0.023 0.002 0.001 57 W 0.044 0.544 0.288 0.023 0.039 0.023 0.003 0.001 0.030 0.002 0.001 58 A 0.074 0.217 0.464 0.076 0.035 0.027 0.034 0.005 0.047 0.019 0.001 59 G 0.031 0.006 0.041 0.012 0.044 0.001 0.091 0.356 0.001 0.418 0.001 60 E 0.165 0.093 0.184 0.217 0.072 0.041 0.128 0.069 0.013 0.016 0.002 61 Q 0.065 0.494 0.308 0.031 0.044 0.024 0.008 0.002 0.023 0.001 0.001 62 L 0.095 0.356 0.436 0.025 0.017 0.048 0.004 0.001 0.015 0.001 0.002 63 A 0.107 0.570 0.177 0.034 0.070 0.019 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 64 Y 0.067 0.541 0.160 0.041 0.127 0.029 0.008 0.001 0.022 0.002 0.001 65 M 0.047 0.552 0.220 0.034 0.043 0.032 0.006 0.001 0.064 0.001 0.001 66 M 0.030 0.222 0.587 0.003 0.033 0.026 0.009 0.001 0.085 0.002 0.002 67 P 0.081 0.016 0.779 0.005 0.001 0.061 0.001 0.001 0.003 0.001 0.054 68 V 0.229 0.197 0.347 0.155 0.016 0.032 0.004 0.002 0.017 0.001 0.002 69 G 0.060 0.051 0.124 0.019 0.187 0.006 0.020 0.062 0.007 0.465 0.001 70 N 0.356 0.072 0.235 0.247 0.036 0.015 0.013 0.004 0.009 0.010 0.005 71 G 0.154 0.010 0.052 0.051 0.103 0.004 0.037 0.368 0.002 0.219 0.001 72 D 0.059 0.037 0.303 0.059 0.016 0.346 0.010 0.001 0.161 0.003 0.007 73 L 0.959 0.002 0.006 0.025 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.988 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 L 0.985 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 I 0.986 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.979 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.770 0.002 0.011 0.204 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 84 A 0.866 0.008 0.031 0.065 0.003 0.006 0.008 0.005 0.007 0.002 0.001 85 D 0.814 0.010 0.027 0.114 0.003 0.013 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 86 K 0.694 0.031 0.033 0.208 0.008 0.009 0.007 0.002 0.008 0.001 0.001 87 E 0.367 0.058 0.109 0.351 0.019 0.020 0.051 0.010 0.012 0.003 0.001 88 K 0.214 0.059 0.074 0.190 0.017 0.057 0.326 0.021 0.039 0.004 0.001 89 H 0.204 0.302 0.230 0.113 0.050 0.037 0.032 0.005 0.022 0.005 0.001 90 N 0.175 0.106 0.206 0.229 0.022 0.104 0.114 0.009 0.032 0.002 0.001 91 F 0.086 0.386 0.268 0.061 0.126 0.021 0.019 0.007 0.022 0.004 0.001 92 C 0.156 0.449 0.284 0.030 0.025 0.031 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 93 M 0.151 0.376 0.285 0.050 0.028 0.062 0.008 0.001 0.036 0.001 0.001 94 L 0.137 0.357 0.260 0.083 0.053 0.042 0.023 0.003 0.039 0.002 0.001 95 G 0.099 0.104 0.157 0.064 0.275 0.018 0.074 0.142 0.009 0.058 0.001 96 V 0.065 0.414 0.319 0.080 0.066 0.035 0.004 0.001 0.013 0.002 0.001 97 C 0.019 0.198 0.586 0.006 0.069 0.052 0.002 0.001 0.054 0.012 0.001 98 S 0.976 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 N 0.755 0.001 0.010 0.201 0.001 0.009 0.009 0.009 0.004 0.001 0.001 100 M 0.874 0.002 0.003 0.110 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 101 R 0.959 0.003 0.010 0.023 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.976 0.002 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.925 0.002 0.006 0.060 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.963 0.003 0.006 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 E 0.978 0.003 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 A 0.969 0.005 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 I 0.747 0.010 0.022 0.212 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 108 L 0.097 0.099 0.134 0.019 0.017 0.024 0.029 0.001 0.577 0.003 0.001 109 P 0.671 0.002 0.245 0.036 0.001 0.009 0.002 0.002 0.001 0.006 0.025 110 E 0.555 0.027 0.049 0.271 0.026 0.006 0.032 0.027 0.002 0.004 0.001 111 R 0.156 0.264 0.113 0.337 0.081 0.020 0.011 0.002 0.016 0.001 0.001 112 F 0.015 0.644 0.193 0.019 0.076 0.021 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 113 I 0.010 0.835 0.076 0.006 0.025 0.023 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 114 F 0.013 0.525 0.377 0.005 0.017 0.048 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 115 T 0.015 0.723 0.090 0.005 0.057 0.018 0.003 0.001 0.088 0.001 0.001 116 E 0.153 0.098 0.672 0.007 0.019 0.031 0.004 0.002 0.005 0.006 0.003 117 D 0.230 0.165 0.221 0.110 0.041 0.127 0.031 0.006 0.064 0.002 0.002 118 R 0.606 0.152 0.108 0.049 0.029 0.019 0.014 0.002 0.016 0.003 0.001 119 A 0.673 0.060 0.139 0.078 0.010 0.021 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 120 Y 0.419 0.089 0.091 0.297 0.026 0.025 0.023 0.006 0.022 0.001 0.001 121 A 0.398 0.132 0.189 0.152 0.039 0.033 0.023 0.007 0.019 0.007 0.001 122 D 0.303 0.093 0.170 0.197 0.035 0.101 0.044 0.004 0.047 0.006 0.001