# TARGET T0372 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.138 0.119 0.057 0.021 0.171 0.017 0.039 0.073 0.093 0.183 0.091 2 I 0.055 0.462 0.143 0.009 0.252 0.005 0.006 0.025 0.017 0.013 0.014 3 P 0.201 0.167 0.034 0.002 0.375 0.003 0.014 0.046 0.040 0.053 0.065 4 F 0.234 0.168 0.089 0.008 0.263 0.006 0.009 0.024 0.042 0.069 0.089 5 K 0.007 0.252 0.308 0.099 0.065 0.044 0.087 0.097 0.030 0.007 0.003 6 D 0.259 0.126 0.050 0.006 0.224 0.006 0.018 0.046 0.044 0.084 0.138 7 I 0.094 0.335 0.077 0.004 0.382 0.003 0.004 0.014 0.028 0.026 0.032 8 T 0.113 0.332 0.053 0.001 0.444 0.001 0.004 0.018 0.007 0.008 0.018 9 L 0.098 0.080 0.015 0.003 0.162 0.005 0.013 0.186 0.294 0.093 0.050 10 A 0.027 0.052 0.028 0.019 0.049 0.047 0.183 0.301 0.152 0.113 0.029 11 D 0.113 0.224 0.059 0.003 0.246 0.001 0.003 0.047 0.047 0.183 0.073 12 R 0.010 0.054 0.015 0.001 0.026 0.001 0.002 0.435 0.413 0.036 0.007 13 D 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.005 0.034 0.670 0.255 0.020 0.002 14 T 0.003 0.014 0.004 0.001 0.005 0.001 0.010 0.639 0.148 0.172 0.003 15 I 0.018 0.010 0.003 0.001 0.016 0.001 0.003 0.599 0.195 0.140 0.014 16 T 0.001 0.009 0.004 0.003 0.004 0.005 0.010 0.817 0.142 0.005 0.001 17 A 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.018 0.841 0.111 0.015 0.002 18 F 0.003 0.006 0.004 0.003 0.006 0.004 0.031 0.760 0.129 0.050 0.003 19 T 0.022 0.023 0.005 0.002 0.030 0.004 0.020 0.576 0.189 0.117 0.014 20 M 0.012 0.064 0.025 0.006 0.037 0.014 0.058 0.569 0.149 0.056 0.008 21 K 0.044 0.047 0.022 0.009 0.060 0.017 0.096 0.251 0.127 0.285 0.044 22 S 0.059 0.323 0.150 0.024 0.201 0.011 0.030 0.084 0.046 0.048 0.024 23 D 0.102 0.123 0.055 0.016 0.143 0.015 0.031 0.172 0.132 0.143 0.068 24 R 0.053 0.109 0.037 0.011 0.108 0.011 0.036 0.250 0.218 0.133 0.034 25 R 0.050 0.113 0.040 0.016 0.111 0.033 0.119 0.290 0.134 0.066 0.027 26 N 0.113 0.107 0.042 0.018 0.143 0.014 0.034 0.130 0.107 0.208 0.084 27 C 0.108 0.223 0.076 0.013 0.258 0.008 0.011 0.115 0.082 0.060 0.045 28 D 0.063 0.064 0.016 0.010 0.093 0.030 0.092 0.370 0.157 0.072 0.033 29 L 0.103 0.111 0.025 0.009 0.154 0.009 0.022 0.192 0.146 0.178 0.053 30 S 0.077 0.086 0.022 0.017 0.135 0.020 0.051 0.385 0.111 0.066 0.030 31 F 0.075 0.043 0.013 0.011 0.100 0.013 0.028 0.354 0.175 0.126 0.062 32 S 0.024 0.058 0.028 0.019 0.046 0.021 0.041 0.575 0.132 0.042 0.014 33 N 0.031 0.036 0.013 0.009 0.050 0.007 0.021 0.586 0.141 0.086 0.018 34 L 0.029 0.030 0.008 0.003 0.040 0.007 0.028 0.671 0.138 0.031 0.014 35 C 0.028 0.034 0.011 0.006 0.047 0.008 0.038 0.649 0.129 0.031 0.018 36 S 0.028 0.043 0.017 0.008 0.040 0.008 0.024 0.679 0.107 0.035 0.011 37 W 0.029 0.019 0.005 0.005 0.029 0.009 0.026 0.595 0.221 0.049 0.013 38 R 0.016 0.051 0.019 0.012 0.036 0.039 0.085 0.562 0.157 0.018 0.005 39 F 0.044 0.029 0.018 0.014 0.036 0.012 0.099 0.489 0.147 0.088 0.024 40 L 0.059 0.051 0.019 0.025 0.056 0.063 0.131 0.317 0.150 0.092 0.037 41 Y 0.026 0.377 0.094 0.053 0.121 0.052 0.058 0.109 0.049 0.044 0.017 42 D 0.280 0.018 0.009 0.005 0.105 0.005 0.016 0.019 0.031 0.283 0.228 43 T 0.159 0.311 0.052 0.003 0.425 0.002 0.003 0.005 0.005 0.011 0.025 44 Q 0.227 0.095 0.013 0.003 0.583 0.004 0.014 0.008 0.006 0.011 0.035 45 F 0.480 0.048 0.005 0.001 0.395 0.002 0.004 0.002 0.003 0.009 0.050 46 A 0.060 0.337 0.026 0.001 0.564 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 47 V 0.558 0.041 0.008 0.001 0.300 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.083 48 I 0.082 0.032 0.070 0.347 0.074 0.237 0.036 0.018 0.021 0.023 0.059 49 D 0.001 0.007 0.008 0.173 0.003 0.294 0.349 0.137 0.025 0.002 0.001 50 D 0.015 0.005 0.003 0.006 0.010 0.004 0.005 0.030 0.077 0.759 0.087 51 F 0.087 0.283 0.043 0.006 0.554 0.002 0.002 0.003 0.004 0.007 0.007 52 L 0.312 0.025 0.002 0.001 0.638 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 53 V 0.251 0.103 0.007 0.001 0.597 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 54 F 0.424 0.046 0.012 0.004 0.363 0.004 0.004 0.002 0.001 0.016 0.124 55 K 0.240 0.094 0.032 0.018 0.342 0.055 0.090 0.017 0.012 0.031 0.068 56 F 0.250 0.192 0.054 0.003 0.407 0.004 0.003 0.007 0.005 0.018 0.057 57 W 0.295 0.102 0.084 0.053 0.235 0.028 0.015 0.023 0.017 0.052 0.097 58 A 0.010 0.031 0.035 0.572 0.016 0.192 0.064 0.035 0.022 0.016 0.008 59 G 0.004 0.052 0.085 0.546 0.010 0.107 0.023 0.038 0.046 0.078 0.011 60 E 0.054 0.067 0.029 0.013 0.080 0.010 0.026 0.064 0.103 0.479 0.076 61 Q 0.117 0.289 0.059 0.004 0.369 0.006 0.019 0.055 0.033 0.029 0.021 62 L 0.278 0.146 0.032 0.008 0.383 0.009 0.016 0.030 0.022 0.026 0.052 63 A 0.165 0.193 0.062 0.020 0.388 0.021 0.031 0.043 0.020 0.026 0.032 64 Y 0.222 0.155 0.042 0.009 0.418 0.007 0.011 0.033 0.013 0.031 0.060 65 M 0.183 0.226 0.112 0.020 0.315 0.009 0.014 0.021 0.012 0.034 0.053 66 M 0.025 0.431 0.288 0.027 0.149 0.011 0.020 0.027 0.008 0.006 0.007 67 P 0.102 0.279 0.159 0.012 0.221 0.012 0.035 0.062 0.039 0.036 0.042 68 V 0.050 0.179 0.109 0.059 0.095 0.071 0.152 0.086 0.077 0.077 0.045 69 G 0.037 0.125 0.202 0.177 0.078 0.090 0.030 0.042 0.048 0.128 0.044 70 N 0.030 0.098 0.061 0.073 0.074 0.095 0.165 0.163 0.128 0.091 0.021 71 G 0.006 0.021 0.059 0.123 0.010 0.087 0.043 0.051 0.068 0.482 0.050 72 D 0.253 0.165 0.042 0.003 0.306 0.002 0.009 0.043 0.022 0.071 0.084 73 L 0.004 0.017 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 0.594 0.327 0.040 0.003 74 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.938 0.057 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.002 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.026 0.001 0.001 78 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.014 0.001 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.040 0.005 0.001 81 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.902 0.088 0.005 0.001 82 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.025 0.925 0.035 0.002 0.001 83 D 0.006 0.008 0.006 0.002 0.008 0.002 0.018 0.824 0.059 0.060 0.007 84 A 0.009 0.012 0.004 0.001 0.011 0.003 0.009 0.795 0.118 0.034 0.004 85 D 0.008 0.031 0.009 0.003 0.014 0.006 0.028 0.757 0.122 0.018 0.004 86 K 0.008 0.016 0.010 0.005 0.015 0.007 0.036 0.610 0.191 0.093 0.009 87 E 0.018 0.145 0.064 0.010 0.058 0.017 0.101 0.451 0.098 0.029 0.009 88 K 0.049 0.042 0.021 0.012 0.036 0.011 0.039 0.210 0.142 0.367 0.072 89 H 0.028 0.426 0.120 0.035 0.148 0.025 0.033 0.101 0.036 0.036 0.012 90 N 0.119 0.042 0.015 0.018 0.081 0.015 0.023 0.084 0.074 0.325 0.204 91 F 0.101 0.357 0.099 0.010 0.318 0.006 0.011 0.041 0.020 0.020 0.017 92 C 0.166 0.224 0.031 0.005 0.441 0.004 0.008 0.056 0.018 0.017 0.030 93 M 0.325 0.078 0.023 0.007 0.347 0.007 0.013 0.057 0.032 0.032 0.079 94 L 0.027 0.076 0.032 0.030 0.080 0.090 0.237 0.287 0.086 0.032 0.023 95 G 0.143 0.139 0.071 0.008 0.164 0.005 0.018 0.088 0.046 0.202 0.115 96 V 0.111 0.238 0.069 0.016 0.177 0.016 0.023 0.090 0.063 0.119 0.079 97 C 0.018 0.484 0.289 0.023 0.088 0.005 0.003 0.047 0.017 0.019 0.008 98 S 0.002 0.012 0.009 0.003 0.006 0.015 0.025 0.698 0.219 0.008 0.002 99 N 0.004 0.009 0.006 0.003 0.005 0.002 0.013 0.760 0.099 0.088 0.010 100 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.790 0.113 0.085 0.002 101 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.053 0.002 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.958 0.031 0.001 0.001 103 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.943 0.031 0.017 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.839 0.130 0.025 0.001 105 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.761 0.213 0.005 0.001 106 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.059 0.844 0.061 0.024 0.001 107 I 0.013 0.014 0.015 0.009 0.026 0.054 0.280 0.311 0.113 0.157 0.008 108 L 0.376 0.051 0.025 0.007 0.170 0.003 0.008 0.060 0.033 0.083 0.183 109 P 0.022 0.133 0.070 0.038 0.079 0.026 0.016 0.246 0.272 0.085 0.013 110 E 0.002 0.005 0.002 0.005 0.004 0.041 0.247 0.381 0.203 0.106 0.004 111 R 0.108 0.121 0.024 0.006 0.210 0.005 0.028 0.101 0.124 0.221 0.053 112 F 0.314 0.067 0.008 0.002 0.451 0.002 0.002 0.015 0.017 0.031 0.091 113 I 0.133 0.196 0.035 0.003 0.529 0.003 0.009 0.021 0.015 0.023 0.032 114 F 0.466 0.082 0.011 0.001 0.306 0.001 0.002 0.009 0.005 0.016 0.100 115 T 0.101 0.300 0.130 0.026 0.313 0.018 0.024 0.031 0.014 0.023 0.021 116 E 0.144 0.216 0.058 0.013 0.283 0.019 0.035 0.094 0.044 0.041 0.054 117 D 0.296 0.116 0.051 0.006 0.320 0.004 0.009 0.040 0.026 0.040 0.092 118 R 0.056 0.090 0.029 0.013 0.090 0.015 0.019 0.243 0.283 0.126 0.035 119 A 0.041 0.077 0.032 0.014 0.080 0.025 0.107 0.352 0.179 0.071 0.022 120 Y 0.069 0.065 0.020 0.007 0.091 0.007 0.034 0.215 0.194 0.245 0.053 121 A 0.063 0.107 0.058 0.016 0.117 0.022 0.045 0.212 0.147 0.164 0.049 122 D 0.178 0.123 0.048 0.010 0.246 0.010 0.028 0.135 0.069 0.075 0.078