# TARGET T0372 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.505 0.271 0.124 0.066 0.026 0.008 0.001 2 I 0.199 0.173 0.239 0.232 0.130 0.026 0.001 3 P 0.702 0.227 0.051 0.015 0.004 0.001 0.001 4 F 0.213 0.215 0.260 0.213 0.083 0.015 0.001 5 K 0.329 0.265 0.212 0.118 0.056 0.018 0.002 6 D 0.211 0.389 0.248 0.108 0.036 0.008 0.001 7 I 0.028 0.044 0.098 0.256 0.369 0.192 0.012 8 T 0.110 0.298 0.305 0.185 0.080 0.021 0.002 9 L 0.095 0.139 0.193 0.328 0.203 0.041 0.001 10 A 0.232 0.376 0.263 0.100 0.024 0.004 0.001 11 D 0.239 0.255 0.192 0.184 0.101 0.027 0.002 12 R 0.255 0.364 0.255 0.100 0.022 0.004 0.001 13 D 0.712 0.207 0.045 0.022 0.011 0.003 0.001 14 T 0.119 0.224 0.327 0.219 0.085 0.025 0.002 15 I 0.031 0.042 0.091 0.279 0.380 0.168 0.009 16 T 0.169 0.381 0.308 0.118 0.021 0.003 0.001 17 A 0.261 0.480 0.190 0.055 0.013 0.002 0.001 18 F 0.069 0.060 0.134 0.315 0.324 0.094 0.004 19 T 0.077 0.102 0.188 0.330 0.237 0.064 0.002 20 M 0.327 0.382 0.199 0.074 0.016 0.002 0.001 21 K 0.498 0.322 0.120 0.047 0.011 0.002 0.001 22 S 0.336 0.256 0.198 0.135 0.058 0.016 0.001 23 D 0.546 0.268 0.111 0.053 0.018 0.004 0.001 24 R 0.303 0.202 0.184 0.172 0.105 0.031 0.003 25 R 0.222 0.253 0.217 0.156 0.097 0.047 0.007 26 N 0.091 0.134 0.168 0.233 0.207 0.134 0.032 27 C 0.039 0.050 0.091 0.182 0.263 0.261 0.113 28 D 0.042 0.080 0.104 0.141 0.185 0.283 0.165 29 L 0.022 0.038 0.070 0.133 0.200 0.290 0.246 30 S 0.022 0.027 0.039 0.080 0.172 0.330 0.330 31 F 0.011 0.016 0.023 0.049 0.109 0.307 0.484 32 S 0.015 0.021 0.039 0.081 0.115 0.252 0.478 33 N 0.018 0.021 0.029 0.045 0.082 0.240 0.566 34 L 0.011 0.017 0.026 0.052 0.088 0.243 0.564 35 C 0.023 0.028 0.042 0.086 0.123 0.286 0.411 36 S 0.035 0.057 0.057 0.090 0.143 0.316 0.302 37 W 0.017 0.022 0.038 0.100 0.201 0.393 0.229 38 R 0.028 0.075 0.129 0.200 0.217 0.253 0.097 39 F 0.063 0.109 0.144 0.210 0.212 0.194 0.068 40 L 0.096 0.142 0.157 0.172 0.166 0.189 0.078 41 Y 0.073 0.100 0.146 0.209 0.212 0.192 0.068 42 D 0.139 0.221 0.209 0.194 0.121 0.085 0.031 43 T 0.062 0.090 0.128 0.205 0.245 0.218 0.053 44 Q 0.047 0.107 0.168 0.239 0.240 0.166 0.033 45 F 0.026 0.035 0.058 0.121 0.246 0.398 0.116 46 A 0.021 0.047 0.085 0.193 0.316 0.289 0.050 47 V 0.032 0.094 0.159 0.251 0.285 0.158 0.022 48 I 0.039 0.097 0.177 0.298 0.265 0.110 0.014 49 D 0.128 0.304 0.267 0.171 0.085 0.037 0.009 50 D 0.040 0.140 0.216 0.268 0.209 0.107 0.020 51 F 0.002 0.010 0.055 0.193 0.377 0.312 0.050 52 L 0.001 0.003 0.007 0.019 0.094 0.550 0.327 53 V 0.001 0.004 0.015 0.069 0.207 0.441 0.263 54 F 0.001 0.001 0.004 0.021 0.126 0.522 0.327 55 K 0.001 0.017 0.089 0.287 0.354 0.221 0.031 56 F 0.003 0.019 0.053 0.172 0.344 0.357 0.052 57 W 0.016 0.136 0.283 0.322 0.175 0.061 0.007 58 A 0.176 0.216 0.208 0.214 0.140 0.044 0.003 59 G 0.414 0.326 0.176 0.065 0.016 0.003 0.001 60 E 0.535 0.290 0.113 0.045 0.013 0.003 0.001 61 Q 0.162 0.252 0.232 0.182 0.112 0.052 0.009 62 L 0.035 0.083 0.137 0.235 0.270 0.194 0.047 63 A 0.013 0.029 0.067 0.155 0.262 0.314 0.160 64 Y 0.004 0.007 0.016 0.046 0.127 0.414 0.385 65 M 0.004 0.009 0.016 0.038 0.105 0.330 0.498 66 M 0.003 0.010 0.024 0.051 0.131 0.319 0.462 67 P 0.001 0.005 0.013 0.040 0.147 0.412 0.382 68 V 0.002 0.006 0.014 0.050 0.197 0.484 0.246 69 G 0.008 0.031 0.083 0.227 0.352 0.269 0.029 70 N 0.069 0.250 0.326 0.238 0.093 0.023 0.002 71 G 0.100 0.275 0.282 0.207 0.106 0.027 0.004 72 D 0.193 0.392 0.219 0.122 0.055 0.018 0.002 73 L 0.004 0.023 0.111 0.329 0.381 0.144 0.008 74 K 0.101 0.338 0.330 0.159 0.057 0.013 0.001 75 A 0.049 0.309 0.413 0.175 0.048 0.006 0.001 76 V 0.001 0.003 0.011 0.076 0.330 0.548 0.031 77 L 0.001 0.007 0.032 0.154 0.403 0.378 0.027 78 R 0.019 0.249 0.402 0.244 0.070 0.016 0.001 79 K 0.002 0.035 0.228 0.453 0.240 0.041 0.001 80 L 0.001 0.001 0.003 0.026 0.249 0.671 0.050 81 I 0.003 0.032 0.176 0.438 0.300 0.050 0.001 82 E 0.122 0.566 0.241 0.058 0.011 0.001 0.001 83 D 0.030 0.170 0.349 0.329 0.105 0.016 0.001 84 A 0.019 0.058 0.137 0.343 0.324 0.115 0.003 85 D 0.258 0.373 0.219 0.111 0.034 0.006 0.001 86 K 0.693 0.236 0.053 0.015 0.003 0.001 0.001 87 E 0.288 0.326 0.242 0.111 0.028 0.004 0.001 88 K 0.493 0.328 0.119 0.045 0.013 0.003 0.001 89 H 0.130 0.220 0.288 0.241 0.103 0.017 0.001 90 N 0.144 0.310 0.283 0.176 0.068 0.018 0.002 91 F 0.013 0.036 0.090 0.244 0.352 0.237 0.028 92 C 0.008 0.021 0.067 0.184 0.314 0.343 0.063 93 M 0.007 0.012 0.021 0.052 0.150 0.492 0.266 94 L 0.018 0.041 0.076 0.166 0.262 0.313 0.123 95 G 0.007 0.031 0.085 0.166 0.251 0.350 0.109 96 V 0.007 0.016 0.033 0.108 0.293 0.431 0.111 97 C 0.018 0.074 0.152 0.248 0.270 0.207 0.030 98 S 0.229 0.343 0.220 0.126 0.059 0.020 0.003 99 N 0.186 0.368 0.261 0.129 0.043 0.011 0.001 100 M 0.022 0.060 0.123 0.275 0.359 0.153 0.008 101 R 0.041 0.123 0.248 0.348 0.194 0.044 0.002 102 A 0.376 0.460 0.131 0.028 0.004 0.001 0.001 103 D 0.050 0.213 0.399 0.266 0.064 0.008 0.001 104 L 0.006 0.010 0.034 0.206 0.501 0.237 0.006 105 E 0.087 0.353 0.376 0.153 0.028 0.002 0.001 106 A 0.425 0.393 0.126 0.044 0.010 0.002 0.001 107 I 0.049 0.177 0.306 0.295 0.138 0.033 0.001 108 L 0.093 0.195 0.298 0.280 0.114 0.019 0.001 109 P 0.415 0.315 0.168 0.074 0.024 0.004 0.001 110 E 0.508 0.302 0.113 0.051 0.020 0.006 0.001 111 R 0.151 0.330 0.290 0.162 0.053 0.013 0.001 112 F 0.037 0.060 0.132 0.309 0.334 0.120 0.007 113 I 0.112 0.342 0.321 0.165 0.048 0.011 0.001 114 F 0.076 0.097 0.151 0.283 0.285 0.102 0.007 115 T 0.257 0.283 0.227 0.154 0.063 0.015 0.001 116 E 0.245 0.294 0.234 0.157 0.057 0.012 0.001 117 D 0.352 0.302 0.192 0.105 0.037 0.011 0.001 118 R 0.339 0.264 0.177 0.131 0.066 0.022 0.002 119 A 0.521 0.231 0.114 0.076 0.038 0.017 0.002 120 Y 0.418 0.251 0.162 0.102 0.048 0.017 0.002 121 A 0.560 0.184 0.118 0.082 0.039 0.015 0.003 122 D 0.710 0.165 0.070 0.034 0.014 0.005 0.001