# TARGET T0371 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0371.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 728 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.025 0.004 0.044 0.313 0.593 2 Q 0.021 0.019 0.007 0.175 0.125 0.654 3 I 0.005 0.003 0.055 0.681 0.123 0.133 4 E 0.002 0.002 0.091 0.686 0.129 0.090 5 S 0.002 0.001 0.060 0.767 0.088 0.082 6 F 0.001 0.002 0.026 0.875 0.051 0.045 7 K 0.001 0.001 0.044 0.868 0.069 0.018 8 S 0.001 0.001 0.095 0.815 0.073 0.016 9 L 0.001 0.001 0.163 0.694 0.114 0.028 10 L 0.001 0.001 0.522 0.341 0.127 0.010 11 P 0.001 0.001 0.438 0.252 0.267 0.040 12 K 0.005 0.001 0.255 0.092 0.475 0.171 13 Y 0.099 0.005 0.042 0.015 0.537 0.302 14 K 0.317 0.002 0.015 0.003 0.303 0.360 15 C 0.972 0.002 0.001 0.001 0.009 0.016 16 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 17 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 18 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 19 D 0.873 0.007 0.001 0.001 0.082 0.038 20 A 0.196 0.005 0.007 0.004 0.722 0.066 21 F 0.028 0.002 0.011 0.004 0.918 0.037 22 G 0.055 0.006 0.018 0.009 0.866 0.047 23 V 0.452 0.036 0.012 0.024 0.314 0.161 24 L 0.729 0.047 0.006 0.025 0.079 0.114 25 K 0.647 0.027 0.013 0.040 0.129 0.144 26 T 0.299 0.014 0.040 0.055 0.345 0.247 27 Y 0.066 0.008 0.060 0.127 0.393 0.346 28 N 0.052 0.010 0.074 0.150 0.398 0.315 29 G 0.042 0.012 0.090 0.250 0.347 0.259 30 L 0.034 0.022 0.079 0.274 0.279 0.314 31 L 0.015 0.006 0.062 0.458 0.243 0.216 32 P 0.003 0.001 0.060 0.744 0.116 0.076 33 G 0.006 0.004 0.051 0.769 0.095 0.077 34 I 0.004 0.002 0.019 0.923 0.027 0.024 35 E 0.004 0.001 0.006 0.957 0.015 0.017 36 N 0.002 0.001 0.004 0.978 0.009 0.006 37 T 0.001 0.001 0.004 0.981 0.007 0.006 38 F 0.001 0.001 0.002 0.977 0.011 0.008 39 D 0.001 0.001 0.002 0.981 0.010 0.006 40 Y 0.001 0.001 0.002 0.981 0.011 0.005 41 L 0.001 0.001 0.005 0.966 0.018 0.009 42 K 0.001 0.001 0.012 0.951 0.021 0.015 43 A 0.002 0.001 0.025 0.873 0.065 0.033 44 Q 0.003 0.001 0.026 0.704 0.115 0.152 45 G 0.002 0.001 0.002 0.006 0.133 0.856 46 Q 0.026 0.002 0.002 0.003 0.185 0.782 47 D 0.181 0.004 0.003 0.003 0.148 0.661 48 Y 0.820 0.011 0.003 0.005 0.049 0.112 49 Y 0.936 0.002 0.003 0.003 0.017 0.039 50 I 0.941 0.003 0.002 0.005 0.014 0.035 51 V 0.875 0.003 0.003 0.007 0.038 0.073 52 T 0.684 0.012 0.004 0.010 0.105 0.185 53 N 0.212 0.022 0.009 0.018 0.339 0.401 54 D 0.091 0.026 0.023 0.017 0.583 0.260 55 A 0.055 0.010 0.047 0.033 0.594 0.261 56 S 0.046 0.020 0.041 0.046 0.495 0.352 57 R 0.051 0.050 0.018 0.065 0.376 0.441 58 S 0.021 0.010 0.005 0.056 0.167 0.740 59 P 0.003 0.001 0.024 0.843 0.072 0.058 60 E 0.002 0.001 0.021 0.894 0.060 0.022 61 Q 0.001 0.001 0.021 0.925 0.040 0.012 62 L 0.001 0.001 0.004 0.970 0.014 0.011 63 A 0.001 0.001 0.003 0.970 0.018 0.009 64 D 0.001 0.001 0.003 0.968 0.021 0.008 65 S 0.001 0.001 0.005 0.959 0.023 0.012 66 Y 0.001 0.001 0.014 0.934 0.037 0.014 67 H 0.001 0.001 0.041 0.887 0.049 0.023 68 K 0.001 0.001 0.032 0.785 0.101 0.080 69 L 0.004 0.001 0.023 0.633 0.112 0.226 70 G 0.007 0.004 0.007 0.059 0.164 0.759 71 L 0.032 0.012 0.020 0.042 0.285 0.608 72 F 0.091 0.014 0.032 0.041 0.349 0.472 73 S 0.101 0.020 0.035 0.028 0.326 0.491 74 I 0.091 0.033 0.015 0.027 0.226 0.608 75 T 0.048 0.014 0.012 0.031 0.260 0.636 76 A 0.009 0.003 0.364 0.344 0.216 0.063 77 D 0.011 0.002 0.386 0.339 0.212 0.049 78 K 0.022 0.004 0.376 0.383 0.170 0.046 79 I 0.057 0.013 0.059 0.528 0.135 0.208 80 I 0.077 0.021 0.025 0.625 0.085 0.167 81 S 0.064 0.014 0.017 0.570 0.075 0.261 82 S 0.010 0.002 0.011 0.817 0.038 0.122 83 G 0.002 0.001 0.009 0.876 0.025 0.087 84 M 0.001 0.001 0.005 0.984 0.005 0.005 85 I 0.001 0.001 0.005 0.984 0.007 0.004 86 T 0.001 0.001 0.003 0.987 0.005 0.004 87 K 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.003 88 E 0.001 0.001 0.004 0.983 0.008 0.003 89 Y 0.002 0.001 0.007 0.975 0.011 0.005 90 I 0.003 0.001 0.017 0.946 0.021 0.012 91 D 0.005 0.001 0.024 0.924 0.030 0.016 92 L 0.008 0.002 0.026 0.792 0.087 0.085 93 K 0.017 0.006 0.025 0.339 0.228 0.385 94 V 0.035 0.013 0.045 0.105 0.539 0.264 95 D 0.031 0.009 0.057 0.060 0.646 0.196 96 G 0.035 0.003 0.044 0.020 0.683 0.214 97 G 0.216 0.009 0.026 0.016 0.495 0.238 98 I 0.666 0.009 0.007 0.010 0.115 0.193 99 V 0.902 0.007 0.002 0.007 0.027 0.056 100 A 0.914 0.003 0.002 0.007 0.026 0.046 101 Y 0.884 0.008 0.002 0.010 0.032 0.064 102 L 0.611 0.008 0.006 0.019 0.111 0.246 103 G 0.142 0.007 0.008 0.025 0.294 0.523 104 T 0.036 0.005 0.035 0.092 0.429 0.402 105 A 0.024 0.007 0.083 0.261 0.428 0.196 106 N 0.028 0.010 0.080 0.443 0.274 0.164 107 S 0.022 0.005 0.047 0.673 0.142 0.111 108 A 0.011 0.002 0.036 0.806 0.092 0.053 109 N 0.012 0.002 0.028 0.852 0.073 0.033 110 Y 0.011 0.003 0.028 0.893 0.049 0.016 111 L 0.014 0.002 0.035 0.871 0.054 0.024 112 V 0.007 0.001 0.048 0.878 0.046 0.022 113 S 0.007 0.001 0.033 0.867 0.053 0.040 114 D 0.008 0.001 0.018 0.819 0.056 0.098 115 G 0.020 0.003 0.007 0.129 0.143 0.698 116 I 0.134 0.011 0.015 0.104 0.184 0.553 117 K 0.337 0.017 0.024 0.117 0.180 0.324 118 M 0.300 0.019 0.042 0.137 0.211 0.293 119 L 0.221 0.014 0.038 0.127 0.198 0.403 120 P 0.123 0.011 0.034 0.106 0.235 0.491 121 V 0.062 0.011 0.041 0.184 0.261 0.442 122 S 0.052 0.009 0.061 0.253 0.261 0.364 123 A 0.060 0.009 0.097 0.365 0.264 0.205 124 I 0.060 0.008 0.094 0.384 0.265 0.190 125 D 0.059 0.007 0.095 0.436 0.243 0.160 126 D 0.045 0.008 0.079 0.491 0.219 0.159 127 S 0.039 0.009 0.073 0.486 0.216 0.177 128 N 0.028 0.006 0.075 0.496 0.223 0.173 129 I 0.022 0.004 0.068 0.547 0.203 0.156 130 G 0.020 0.005 0.048 0.562 0.187 0.178 131 E 0.033 0.006 0.027 0.524 0.158 0.252 132 V 0.057 0.005 0.026 0.594 0.128 0.190 133 N 0.093 0.004 0.028 0.664 0.097 0.113 134 A 0.168 0.004 0.038 0.646 0.075 0.069 135 L 0.269 0.004 0.037 0.594 0.049 0.046 136 V 0.317 0.003 0.026 0.580 0.037 0.037 137 L 0.295 0.004 0.018 0.599 0.043 0.041 138 L 0.230 0.006 0.013 0.579 0.074 0.096 139 D 0.132 0.007 0.025 0.465 0.177 0.193 140 D 0.053 0.007 0.077 0.350 0.348 0.165 141 E 0.033 0.006 0.148 0.207 0.455 0.151 142 G 0.048 0.008 0.144 0.212 0.430 0.158 143 F 0.100 0.012 0.079 0.173 0.419 0.217 144 N 0.094 0.021 0.044 0.183 0.320 0.337 145 W 0.072 0.021 0.038 0.216 0.254 0.399 146 F 0.024 0.004 0.059 0.459 0.233 0.221 147 H 0.008 0.002 0.076 0.747 0.103 0.064 148 D 0.010 0.003 0.066 0.789 0.083 0.051 149 L 0.006 0.001 0.014 0.930 0.024 0.025 150 N 0.004 0.001 0.004 0.968 0.010 0.014 151 K 0.001 0.001 0.003 0.982 0.007 0.007 152 T 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 153 V 0.001 0.001 0.004 0.981 0.008 0.007 154 N 0.001 0.001 0.004 0.978 0.011 0.006 155 L 0.001 0.001 0.005 0.976 0.012 0.006 156 L 0.001 0.001 0.013 0.946 0.028 0.012 157 R 0.002 0.001 0.045 0.887 0.048 0.018 158 K 0.005 0.001 0.061 0.753 0.133 0.047 159 R 0.006 0.001 0.040 0.504 0.214 0.235 160 T 0.008 0.001 0.004 0.010 0.172 0.804 161 I 0.091 0.008 0.005 0.004 0.197 0.695 162 P 0.366 0.004 0.009 0.006 0.159 0.456 163 A 0.910 0.006 0.004 0.003 0.026 0.051 164 I 0.961 0.002 0.002 0.002 0.009 0.023 165 V 0.951 0.002 0.001 0.003 0.011 0.031 166 A 0.869 0.004 0.003 0.006 0.033 0.086 167 N 0.531 0.010 0.008 0.009 0.161 0.282 168 T 0.173 0.012 0.016 0.015 0.378 0.406 169 D 0.065 0.016 0.021 0.014 0.556 0.328 170 N 0.086 0.016 0.030 0.056 0.541 0.271 171 T 0.141 0.023 0.029 0.084 0.451 0.273 172 Y 0.231 0.018 0.026 0.121 0.394 0.210 173 P 0.193 0.015 0.024 0.103 0.367 0.297 174 L 0.149 0.018 0.048 0.118 0.414 0.253 175 T 0.091 0.008 0.120 0.188 0.436 0.158 176 K 0.086 0.015 0.147 0.218 0.367 0.167 177 T 0.068 0.008 0.108 0.207 0.359 0.250 178 D 0.095 0.012 0.058 0.159 0.305 0.372 179 V 0.159 0.024 0.041 0.169 0.264 0.343 180 A 0.148 0.022 0.035 0.196 0.299 0.301 181 I 0.094 0.009 0.063 0.198 0.343 0.293 182 A 0.049 0.007 0.061 0.204 0.328 0.350 183 I 0.040 0.005 0.059 0.473 0.194 0.230 184 G 0.043 0.005 0.023 0.519 0.143 0.268 185 G 0.035 0.009 0.027 0.734 0.059 0.135 186 V 0.015 0.002 0.017 0.940 0.010 0.016 187 A 0.004 0.001 0.010 0.979 0.003 0.003 188 T 0.005 0.001 0.010 0.977 0.004 0.003 189 M 0.004 0.001 0.007 0.984 0.003 0.002 190 I 0.004 0.001 0.006 0.982 0.005 0.003 191 E 0.005 0.001 0.009 0.974 0.009 0.004 192 S 0.010 0.001 0.012 0.937 0.026 0.014 193 I 0.020 0.002 0.012 0.866 0.053 0.047 194 L 0.051 0.011 0.018 0.641 0.119 0.160 195 G 0.086 0.009 0.020 0.309 0.230 0.347 196 R 0.088 0.007 0.035 0.213 0.274 0.383 197 R 0.128 0.009 0.058 0.161 0.325 0.320 198 F 0.222 0.016 0.083 0.175 0.259 0.244 199 I 0.265 0.031 0.089 0.157 0.266 0.193 200 R 0.244 0.021 0.082 0.114 0.308 0.232 201 F 0.220 0.011 0.039 0.077 0.340 0.312 202 G 0.130 0.022 0.020 0.035 0.346 0.447 203 K 0.046 0.031 0.007 0.019 0.422 0.475 204 P 0.012 0.013 0.030 0.049 0.521 0.376 205 D 0.004 0.006 0.013 0.040 0.305 0.632 206 S 0.001 0.001 0.075 0.725 0.142 0.056 207 Q 0.001 0.001 0.035 0.875 0.062 0.026 208 M 0.001 0.001 0.035 0.931 0.025 0.008 209 F 0.001 0.001 0.010 0.977 0.009 0.003 210 M 0.001 0.001 0.003 0.986 0.008 0.003 211 F 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 212 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 213 Y 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 214 D 0.001 0.001 0.002 0.984 0.006 0.007 215 M 0.001 0.001 0.004 0.973 0.009 0.014 216 L 0.001 0.001 0.008 0.944 0.025 0.021 217 R 0.001 0.001 0.020 0.919 0.043 0.016 218 Q 0.003 0.001 0.027 0.775 0.118 0.077 219 K 0.004 0.001 0.059 0.504 0.212 0.221 220 M 0.010 0.005 0.065 0.380 0.230 0.310 221 E 0.015 0.008 0.027 0.115 0.319 0.517 222 I 0.013 0.010 0.010 0.041 0.240 0.686 223 S 0.022 0.015 0.022 0.029 0.530 0.382 224 K 0.024 0.008 0.310 0.069 0.507 0.082 225 R 0.046 0.002 0.364 0.066 0.432 0.089 226 E 0.417 0.009 0.260 0.034 0.211 0.069 227 I 0.888 0.008 0.010 0.010 0.021 0.064 228 L 0.954 0.007 0.003 0.008 0.009 0.020 229 M 0.943 0.005 0.002 0.007 0.012 0.031 230 V 0.742 0.005 0.017 0.023 0.087 0.125 231 G 0.208 0.019 0.027 0.036 0.352 0.358 232 D 0.043 0.022 0.014 0.043 0.473 0.405 233 T 0.012 0.022 0.014 0.049 0.701 0.202 234 L 0.003 0.004 0.039 0.578 0.317 0.060 235 H 0.003 0.002 0.034 0.720 0.215 0.026 236 T 0.005 0.004 0.021 0.813 0.138 0.019 237 D 0.004 0.003 0.007 0.908 0.047 0.031 238 I 0.006 0.003 0.009 0.914 0.049 0.019 239 L 0.004 0.001 0.006 0.959 0.025 0.006 240 G 0.002 0.001 0.007 0.968 0.019 0.003 241 G 0.002 0.001 0.013 0.959 0.022 0.004 242 N 0.002 0.001 0.024 0.940 0.026 0.008 243 K 0.004 0.001 0.037 0.910 0.037 0.012 244 F 0.007 0.002 0.035 0.746 0.096 0.115 245 G 0.008 0.001 0.003 0.009 0.114 0.864 246 L 0.051 0.001 0.003 0.002 0.160 0.783 247 D 0.349 0.004 0.005 0.002 0.140 0.500 248 T 0.939 0.005 0.002 0.002 0.018 0.034 249 A 0.983 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 250 L 0.979 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 251 V 0.922 0.003 0.002 0.004 0.024 0.045 252 L 0.593 0.016 0.006 0.011 0.268 0.105 253 T 0.108 0.009 0.018 0.026 0.653 0.187 254 G 0.051 0.005 0.009 0.010 0.701 0.223 255 N 0.180 0.047 0.013 0.013 0.489 0.258 256 T 0.218 0.083 0.007 0.019 0.191 0.482 257 R 0.145 0.038 0.022 0.093 0.291 0.411 258 I 0.012 0.002 0.307 0.361 0.255 0.063 259 D 0.008 0.003 0.341 0.371 0.236 0.041 260 D 0.009 0.002 0.317 0.360 0.262 0.051 261 A 0.019 0.009 0.151 0.409 0.260 0.152 262 E 0.027 0.008 0.101 0.321 0.315 0.229 263 T 0.027 0.007 0.058 0.149 0.325 0.435 264 K 0.031 0.007 0.047 0.056 0.344 0.515 265 I 0.035 0.011 0.043 0.046 0.336 0.528 266 K 0.062 0.025 0.042 0.045 0.296 0.529 267 S 0.059 0.015 0.028 0.022 0.372 0.504 268 T 0.099 0.005 0.022 0.021 0.274 0.579 269 G 0.413 0.009 0.023 0.016 0.226 0.313 270 I 0.775 0.019 0.009 0.009 0.075 0.114 271 V 0.833 0.020 0.006 0.005 0.034 0.103 272 P 0.730 0.015 0.020 0.013 0.094 0.128 273 T 0.228 0.012 0.039 0.036 0.306 0.379 274 H 0.049 0.014 0.022 0.042 0.389 0.483 275 I 0.004 0.001 0.366 0.477 0.134 0.018 276 C 0.008 0.001 0.261 0.575 0.131 0.024 277 E 0.009 0.003 0.255 0.652 0.074 0.008 278 S 0.023 0.003 0.070 0.775 0.086 0.042 279 A 0.088 0.004 0.043 0.576 0.147 0.142 280 V 0.142 0.011 0.060 0.476 0.126 0.186 281 I 0.241 0.018 0.053 0.314 0.112 0.262 282 E 0.272 0.035 0.025 0.217 0.067 0.384 283 L 0.016 0.002 0.004 0.033 0.030 0.915