# TARGET T0371 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0371.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 728 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 Q 0.008 0.026 0.001 0.016 0.001 0.003 0.945 3 I 0.001 0.001 0.027 0.859 0.039 0.029 0.044 4 E 0.001 0.001 0.055 0.849 0.017 0.055 0.022 5 S 0.001 0.002 0.115 0.802 0.008 0.049 0.022 6 F 0.003 0.002 0.066 0.853 0.012 0.044 0.019 7 K 0.007 0.001 0.076 0.843 0.013 0.040 0.020 8 S 0.006 0.001 0.051 0.860 0.009 0.058 0.015 9 L 0.003 0.003 0.067 0.825 0.014 0.055 0.033 10 L 0.005 0.006 0.263 0.506 0.017 0.120 0.083 11 P 0.003 0.001 0.195 0.311 0.027 0.452 0.011 12 K 0.005 0.002 0.111 0.136 0.039 0.670 0.037 13 Y 0.033 0.002 0.002 0.007 0.157 0.018 0.780 14 K 0.161 0.001 0.001 0.001 0.707 0.004 0.126 15 C 0.989 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 16 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 17 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 18 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 19 D 0.445 0.002 0.001 0.001 0.021 0.002 0.530 20 A 0.109 0.002 0.028 0.005 0.315 0.236 0.305 21 F 0.023 0.010 0.072 0.006 0.236 0.575 0.079 22 G 0.094 0.008 0.116 0.015 0.227 0.325 0.215 23 V 0.416 0.023 0.034 0.023 0.131 0.073 0.300 24 L 0.684 0.091 0.013 0.017 0.040 0.032 0.124 25 K 0.703 0.045 0.011 0.020 0.039 0.033 0.150 26 T 0.350 0.021 0.022 0.026 0.132 0.174 0.275 27 Y 0.054 0.012 0.054 0.040 0.259 0.339 0.242 28 N 0.021 0.008 0.134 0.065 0.286 0.229 0.257 29 G 0.021 0.008 0.281 0.113 0.198 0.260 0.119 30 L 0.011 0.011 0.296 0.197 0.119 0.137 0.229 31 L 0.008 0.009 0.132 0.288 0.089 0.061 0.413 32 P 0.002 0.002 0.097 0.638 0.040 0.161 0.060 33 G 0.002 0.003 0.050 0.729 0.041 0.116 0.061 34 I 0.001 0.002 0.011 0.886 0.030 0.019 0.051 35 E 0.001 0.001 0.001 0.976 0.006 0.006 0.009 36 N 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.007 0.005 37 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 38 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.002 39 D 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.003 40 Y 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.013 0.003 41 L 0.001 0.001 0.002 0.971 0.003 0.016 0.007 42 K 0.001 0.001 0.005 0.929 0.006 0.050 0.009 43 A 0.001 0.001 0.013 0.793 0.011 0.166 0.016 44 Q 0.001 0.001 0.010 0.244 0.057 0.666 0.022 45 G 0.001 0.001 0.003 0.012 0.057 0.863 0.064 46 Q 0.044 0.005 0.001 0.003 0.130 0.009 0.809 47 D 0.348 0.013 0.001 0.002 0.130 0.006 0.499 48 Y 0.890 0.008 0.001 0.002 0.010 0.003 0.086 49 Y 0.959 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.028 50 I 0.969 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 51 V 0.915 0.004 0.002 0.002 0.011 0.004 0.062 52 T 0.595 0.011 0.006 0.008 0.093 0.031 0.257 53 N 0.162 0.008 0.020 0.020 0.336 0.130 0.325 54 D 0.037 0.013 0.027 0.017 0.341 0.159 0.406 55 A 0.025 0.010 0.062 0.037 0.295 0.319 0.252 56 S 0.027 0.017 0.047 0.039 0.266 0.241 0.363 57 R 0.020 0.036 0.023 0.044 0.436 0.071 0.369 58 S 0.011 0.018 0.008 0.090 0.173 0.023 0.677 59 P 0.001 0.001 0.023 0.908 0.018 0.024 0.025 60 E 0.001 0.001 0.013 0.951 0.007 0.018 0.010 61 Q 0.001 0.001 0.011 0.966 0.003 0.012 0.007 62 L 0.001 0.001 0.002 0.980 0.003 0.009 0.005 63 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.003 0.011 0.003 64 D 0.001 0.001 0.001 0.974 0.003 0.016 0.005 65 S 0.001 0.001 0.001 0.974 0.004 0.013 0.007 66 Y 0.001 0.001 0.005 0.964 0.006 0.013 0.010 67 H 0.001 0.001 0.019 0.913 0.005 0.055 0.007 68 K 0.001 0.001 0.023 0.779 0.010 0.179 0.008 69 L 0.001 0.001 0.022 0.400 0.050 0.493 0.033 70 G 0.002 0.004 0.024 0.081 0.086 0.655 0.148 71 L 0.007 0.012 0.048 0.020 0.133 0.079 0.702 72 F 0.030 0.012 0.118 0.025 0.230 0.125 0.460 73 S 0.064 0.024 0.106 0.023 0.156 0.169 0.459 74 I 0.058 0.046 0.022 0.016 0.232 0.029 0.597 75 T 0.068 0.024 0.008 0.013 0.077 0.013 0.797 76 A 0.007 0.002 0.327 0.473 0.031 0.129 0.031 77 D 0.008 0.001 0.384 0.414 0.029 0.144 0.021 78 K 0.020 0.006 0.432 0.394 0.031 0.079 0.039 79 I 0.098 0.042 0.104 0.477 0.054 0.090 0.135 80 I 0.149 0.021 0.056 0.325 0.100 0.141 0.208 81 S 0.127 0.025 0.035 0.281 0.130 0.126 0.276 82 S 0.029 0.007 0.033 0.454 0.107 0.098 0.272 83 G 0.006 0.002 0.033 0.795 0.049 0.054 0.060 84 M 0.003 0.001 0.020 0.912 0.019 0.023 0.022 85 I 0.002 0.001 0.012 0.944 0.009 0.015 0.017 86 T 0.002 0.001 0.006 0.962 0.006 0.012 0.012 87 K 0.004 0.001 0.005 0.963 0.008 0.011 0.009 88 E 0.004 0.001 0.005 0.958 0.008 0.013 0.011 89 Y 0.003 0.001 0.009 0.946 0.007 0.025 0.011 90 I 0.004 0.002 0.017 0.892 0.010 0.055 0.020 91 D 0.004 0.001 0.028 0.742 0.013 0.190 0.022 92 L 0.005 0.002 0.030 0.502 0.043 0.362 0.056 93 K 0.010 0.010 0.035 0.201 0.222 0.188 0.335 94 V 0.015 0.008 0.045 0.057 0.174 0.138 0.563 95 D 0.021 0.009 0.101 0.037 0.212 0.402 0.219 96 G 0.031 0.003 0.068 0.016 0.236 0.476 0.169 97 G 0.150 0.010 0.036 0.019 0.264 0.109 0.412 98 I 0.502 0.029 0.011 0.013 0.083 0.027 0.335 99 V 0.778 0.023 0.007 0.009 0.019 0.014 0.150 100 A 0.855 0.014 0.005 0.011 0.016 0.013 0.086 101 Y 0.815 0.013 0.005 0.013 0.024 0.017 0.112 102 L 0.552 0.016 0.009 0.023 0.071 0.056 0.273 103 G 0.181 0.013 0.014 0.036 0.187 0.113 0.457 104 T 0.070 0.008 0.041 0.136 0.233 0.163 0.348 105 A 0.038 0.008 0.082 0.369 0.158 0.194 0.151 106 N 0.032 0.010 0.074 0.530 0.089 0.140 0.125 107 S 0.014 0.009 0.034 0.727 0.050 0.051 0.115 108 A 0.010 0.003 0.014 0.870 0.027 0.027 0.050 109 N 0.010 0.001 0.010 0.913 0.014 0.024 0.029 110 Y 0.007 0.001 0.007 0.928 0.015 0.020 0.022 111 L 0.008 0.001 0.008 0.926 0.015 0.021 0.022 112 V 0.006 0.001 0.013 0.901 0.011 0.046 0.022 113 S 0.006 0.002 0.014 0.826 0.016 0.115 0.022 114 D 0.004 0.002 0.019 0.512 0.033 0.384 0.047 115 G 0.013 0.007 0.020 0.181 0.064 0.587 0.129 116 I 0.079 0.021 0.033 0.132 0.127 0.071 0.536 117 K 0.202 0.034 0.062 0.191 0.111 0.047 0.353 118 M 0.204 0.020 0.061 0.253 0.094 0.089 0.278 119 L 0.157 0.016 0.041 0.231 0.126 0.113 0.316 120 P 0.098 0.011 0.028 0.186 0.128 0.113 0.435 121 V 0.045 0.009 0.030 0.219 0.113 0.071 0.514 122 S 0.038 0.007 0.051 0.371 0.087 0.125 0.321 123 A 0.037 0.009 0.088 0.427 0.081 0.140 0.217 124 I 0.041 0.013 0.090 0.426 0.096 0.106 0.229 125 D 0.045 0.011 0.084 0.439 0.112 0.110 0.200 126 D 0.040 0.008 0.085 0.451 0.112 0.115 0.190 127 S 0.033 0.009 0.095 0.422 0.099 0.118 0.223 128 N 0.023 0.005 0.100 0.451 0.077 0.130 0.214 129 I 0.023 0.004 0.110 0.462 0.075 0.136 0.189 130 G 0.022 0.006 0.088 0.485 0.083 0.128 0.187 131 E 0.029 0.008 0.048 0.509 0.084 0.115 0.207 132 V 0.052 0.006 0.036 0.539 0.060 0.089 0.217 133 N 0.104 0.005 0.034 0.591 0.054 0.074 0.138 134 A 0.200 0.006 0.029 0.587 0.045 0.041 0.092 135 L 0.291 0.009 0.021 0.568 0.027 0.024 0.059 136 V 0.367 0.006 0.016 0.529 0.017 0.025 0.041 137 L 0.375 0.008 0.020 0.476 0.020 0.050 0.051 138 L 0.238 0.007 0.024 0.458 0.051 0.125 0.097 139 D 0.151 0.009 0.033 0.293 0.124 0.192 0.198 140 D 0.072 0.007 0.076 0.224 0.175 0.231 0.214 141 E 0.051 0.008 0.140 0.167 0.174 0.293 0.167 142 G 0.051 0.010 0.189 0.161 0.162 0.271 0.157 143 F 0.082 0.017 0.129 0.149 0.182 0.187 0.255 144 N 0.081 0.036 0.110 0.112 0.177 0.153 0.331 145 W 0.043 0.030 0.040 0.113 0.243 0.061 0.469 146 F 0.015 0.005 0.021 0.148 0.088 0.033 0.690 147 H 0.001 0.001 0.070 0.778 0.023 0.105 0.021 148 D 0.001 0.002 0.047 0.840 0.015 0.074 0.020 149 L 0.001 0.001 0.012 0.953 0.010 0.011 0.013 150 N 0.001 0.001 0.002 0.983 0.004 0.005 0.006 151 K 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.009 0.004 152 T 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.010 0.002 153 V 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.007 0.002 154 N 0.001 0.001 0.002 0.980 0.002 0.012 0.003 155 L 0.001 0.001 0.002 0.972 0.001 0.021 0.003 156 L 0.001 0.001 0.005 0.961 0.006 0.019 0.008 157 R 0.001 0.001 0.015 0.932 0.005 0.037 0.009 158 K 0.002 0.001 0.027 0.797 0.017 0.139 0.017 159 R 0.001 0.001 0.016 0.228 0.057 0.682 0.015 160 T 0.004 0.001 0.003 0.009 0.071 0.789 0.123 161 I 0.044 0.001 0.001 0.001 0.114 0.006 0.834 162 P 0.613 0.004 0.001 0.001 0.151 0.003 0.228 163 A 0.975 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 164 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 165 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 166 A 0.871 0.004 0.001 0.001 0.015 0.002 0.108 167 N 0.306 0.007 0.004 0.003 0.135 0.027 0.519 168 T 0.051 0.006 0.042 0.017 0.365 0.329 0.190 169 D 0.033 0.022 0.080 0.038 0.277 0.308 0.242 170 N 0.062 0.016 0.112 0.064 0.210 0.327 0.209 171 T 0.070 0.027 0.062 0.077 0.205 0.282 0.277 172 Y 0.103 0.043 0.043 0.099 0.269 0.143 0.300 173 P 0.099 0.024 0.039 0.121 0.125 0.111 0.481 174 L 0.096 0.022 0.075 0.167 0.136 0.140 0.366 175 T 0.086 0.018 0.120 0.261 0.120 0.208 0.187 176 K 0.085 0.012 0.106 0.239 0.121 0.249 0.187 177 T 0.102 0.011 0.090 0.215 0.128 0.221 0.233 178 D 0.162 0.014 0.070 0.149 0.163 0.105 0.338 179 V 0.228 0.034 0.062 0.169 0.120 0.063 0.324 180 A 0.210 0.041 0.047 0.180 0.100 0.064 0.359 181 I 0.099 0.025 0.069 0.199 0.122 0.135 0.351 182 A 0.047 0.009 0.058 0.180 0.152 0.174 0.381 183 I 0.026 0.006 0.070 0.438 0.116 0.149 0.196 184 G 0.016 0.004 0.058 0.593 0.083 0.143 0.101 185 G 0.040 0.012 0.038 0.689 0.050 0.067 0.105 186 V 0.014 0.004 0.020 0.906 0.012 0.016 0.028 187 A 0.009 0.001 0.006 0.958 0.005 0.008 0.013 188 T 0.009 0.001 0.005 0.968 0.003 0.009 0.005 189 M 0.007 0.001 0.004 0.966 0.004 0.014 0.004 190 I 0.011 0.001 0.004 0.965 0.003 0.011 0.005 191 E 0.008 0.001 0.007 0.960 0.005 0.014 0.005 192 S 0.010 0.001 0.012 0.923 0.008 0.041 0.005 193 I 0.016 0.003 0.021 0.858 0.015 0.072 0.015 194 L 0.030 0.009 0.018 0.683 0.041 0.174 0.045 195 G 0.034 0.004 0.018 0.376 0.104 0.286 0.179 196 R 0.041 0.005 0.022 0.188 0.225 0.229 0.289 197 R 0.103 0.013 0.027 0.124 0.279 0.110 0.343 198 F 0.171 0.024 0.037 0.096 0.136 0.077 0.459 199 I 0.394 0.032 0.048 0.090 0.102 0.075 0.259 200 R 0.385 0.026 0.054 0.121 0.066 0.128 0.220 201 F 0.253 0.019 0.033 0.056 0.177 0.182 0.280 202 G 0.119 0.010 0.011 0.016 0.363 0.118 0.363 203 K 0.077 0.021 0.005 0.007 0.358 0.030 0.503 204 P 0.035 0.049 0.004 0.010 0.182 0.017 0.704 205 D 0.010 0.005 0.005 0.027 0.106 0.021 0.825 206 S 0.001 0.001 0.056 0.781 0.040 0.075 0.046 207 Q 0.001 0.001 0.028 0.920 0.009 0.032 0.010 208 M 0.001 0.001 0.015 0.951 0.008 0.014 0.012 209 F 0.001 0.001 0.002 0.984 0.004 0.004 0.006 210 M 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.006 0.003 211 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 212 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 213 Y 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 214 D 0.001 0.001 0.001 0.971 0.002 0.025 0.002 215 M 0.001 0.001 0.001 0.927 0.004 0.057 0.009 216 L 0.001 0.004 0.004 0.858 0.034 0.048 0.052 217 R 0.001 0.002 0.019 0.801 0.032 0.090 0.056 218 Q 0.001 0.003 0.035 0.648 0.051 0.209 0.052 219 K 0.001 0.005 0.043 0.307 0.088 0.450 0.106 220 M 0.002 0.002 0.025 0.080 0.052 0.713 0.126 221 E 0.002 0.002 0.019 0.013 0.070 0.094 0.799 222 I 0.011 0.027 0.015 0.016 0.108 0.031 0.791 223 S 0.013 0.014 0.006 0.006 0.080 0.015 0.867 224 K 0.016 0.007 0.276 0.058 0.102 0.393 0.149 225 R 0.052 0.007 0.251 0.034 0.134 0.397 0.126 226 E 0.296 0.015 0.146 0.025 0.161 0.056 0.302 227 I 0.782 0.025 0.006 0.006 0.015 0.005 0.161 228 L 0.918 0.006 0.003 0.003 0.013 0.006 0.050 229 M 0.952 0.008 0.002 0.002 0.005 0.005 0.025 230 V 0.863 0.008 0.003 0.003 0.018 0.014 0.092 231 G 0.509 0.016 0.004 0.004 0.147 0.042 0.278 232 D 0.075 0.014 0.004 0.008 0.266 0.038 0.596 233 T 0.018 0.009 0.011 0.021 0.226 0.056 0.660 234 L 0.005 0.003 0.090 0.434 0.105 0.295 0.068 235 H 0.003 0.002 0.080 0.611 0.073 0.192 0.038 236 T 0.003 0.005 0.035 0.793 0.075 0.049 0.040 237 D 0.003 0.004 0.007 0.896 0.020 0.035 0.035 238 I 0.001 0.001 0.004 0.957 0.004 0.023 0.010 239 L 0.001 0.001 0.005 0.960 0.004 0.026 0.005 240 G 0.001 0.001 0.005 0.960 0.006 0.021 0.006 241 G 0.002 0.001 0.014 0.952 0.008 0.011 0.013 242 N 0.002 0.002 0.035 0.906 0.010 0.035 0.010 243 K 0.004 0.001 0.047 0.725 0.022 0.176 0.025 244 F 0.008 0.004 0.035 0.294 0.070 0.525 0.063 245 G 0.030 0.011 0.013 0.031 0.090 0.592 0.234 246 L 0.094 0.007 0.012 0.016 0.156 0.036 0.680 247 D 0.273 0.004 0.022 0.019 0.449 0.013 0.219 248 T 0.883 0.012 0.011 0.015 0.009 0.006 0.063 249 A 0.952 0.001 0.004 0.013 0.004 0.006 0.019 250 L 0.973 0.002 0.001 0.008 0.003 0.003 0.011 251 V 0.929 0.006 0.001 0.007 0.005 0.002 0.050 252 L 0.630 0.007 0.003 0.014 0.055 0.021 0.271 253 T 0.171 0.009 0.021 0.027 0.247 0.236 0.288 254 G 0.047 0.016 0.030 0.014 0.348 0.321 0.224 255 N 0.089 0.031 0.033 0.031 0.326 0.139 0.351 256 T 0.052 0.034 0.030 0.040 0.250 0.089 0.504 257 R 0.030 0.025 0.033 0.080 0.229 0.080 0.522 258 I 0.015 0.008 0.169 0.337 0.093 0.178 0.199 259 D 0.016 0.006 0.246 0.333 0.069 0.201 0.129 260 D 0.021 0.018 0.284 0.305 0.091 0.126 0.155 261 A 0.031 0.017 0.178 0.289 0.128 0.127 0.230 262 E 0.035 0.010 0.126 0.232 0.114 0.245 0.238 263 T 0.031 0.015 0.107 0.149 0.168 0.235 0.296 264 K 0.027 0.012 0.061 0.062 0.247 0.186 0.405 265 I 0.052 0.012 0.035 0.022 0.201 0.156 0.522 266 K 0.115 0.085 0.015 0.024 0.202 0.034 0.525 267 S 0.101 0.030 0.008 0.010 0.068 0.018 0.765 268 T 0.191 0.016 0.016 0.011 0.112 0.088 0.566 269 G 0.384 0.013 0.012 0.008 0.278 0.051 0.254 270 I 0.737 0.070 0.005 0.007 0.034 0.007 0.140 271 V 0.759 0.048 0.003 0.006 0.009 0.007 0.168 272 P 0.397 0.041 0.004 0.008 0.045 0.022 0.482 273 T 0.073 0.021 0.009 0.011 0.463 0.075 0.348 274 H 0.017 0.012 0.003 0.025 0.595 0.028 0.321 275 I 0.001 0.002 0.105 0.757 0.023 0.060 0.052 276 C 0.001 0.002 0.183 0.666 0.012 0.124 0.012 277 E 0.002 0.001 0.313 0.573 0.013 0.078 0.020 278 S 0.007 0.006 0.096 0.800 0.010 0.046 0.036 279 A 0.028 0.014 0.048 0.577 0.049 0.131 0.152 280 V 0.046 0.008 0.063 0.392 0.085 0.250 0.156 281 I 0.062 0.007 0.047 0.327 0.174 0.200 0.183 282 E 0.057 0.022 0.047 0.242 0.007 0.166 0.461 283 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995