# TARGET T0371 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0371.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4534 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.984 2 Q 0.056 0.031 0.003 0.032 0.004 0.008 0.865 3 I 0.051 0.013 0.072 0.464 0.058 0.071 0.271 4 E 0.024 0.004 0.115 0.525 0.069 0.139 0.125 5 S 0.020 0.007 0.194 0.508 0.054 0.101 0.115 6 F 0.013 0.005 0.143 0.686 0.016 0.058 0.079 7 K 0.007 0.002 0.320 0.538 0.019 0.072 0.042 8 S 0.006 0.003 0.346 0.428 0.021 0.161 0.036 9 L 0.010 0.005 0.333 0.323 0.046 0.222 0.061 10 L 0.027 0.015 0.108 0.123 0.229 0.059 0.438 11 P 0.017 0.002 0.174 0.135 0.085 0.489 0.099 12 K 0.045 0.006 0.102 0.037 0.129 0.577 0.104 13 Y 0.230 0.006 0.004 0.001 0.103 0.016 0.639 14 K 0.405 0.002 0.001 0.001 0.303 0.026 0.263 15 C 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 16 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 17 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 19 D 0.670 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.312 20 A 0.310 0.004 0.008 0.003 0.219 0.101 0.355 21 F 0.165 0.035 0.035 0.008 0.245 0.299 0.213 22 G 0.200 0.006 0.036 0.012 0.253 0.322 0.171 23 V 0.398 0.033 0.030 0.020 0.225 0.076 0.218 24 L 0.674 0.042 0.021 0.022 0.070 0.065 0.107 25 K 0.541 0.063 0.030 0.032 0.087 0.111 0.136 26 T 0.271 0.037 0.034 0.027 0.132 0.106 0.394 27 Y 0.051 0.012 0.060 0.021 0.157 0.542 0.157 28 N 0.017 0.008 0.084 0.012 0.151 0.631 0.097 29 G 0.018 0.009 0.111 0.018 0.225 0.479 0.139 30 L 0.029 0.033 0.120 0.052 0.207 0.248 0.311 31 L 0.038 0.038 0.045 0.087 0.242 0.039 0.510 32 P 0.011 0.006 0.101 0.448 0.084 0.233 0.117 33 G 0.012 0.012 0.066 0.643 0.048 0.166 0.054 34 I 0.003 0.002 0.016 0.938 0.006 0.016 0.020 35 E 0.001 0.001 0.007 0.979 0.002 0.006 0.005 36 N 0.001 0.001 0.010 0.973 0.001 0.011 0.004 37 T 0.001 0.001 0.014 0.967 0.001 0.012 0.005 38 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.002 39 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 40 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 42 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 43 A 0.001 0.001 0.002 0.926 0.002 0.069 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.001 0.148 0.004 0.845 0.001 45 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.964 0.019 46 Q 0.021 0.002 0.001 0.001 0.066 0.007 0.903 47 D 0.624 0.008 0.004 0.001 0.052 0.006 0.304 48 Y 0.966 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 49 Y 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 50 I 0.958 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.032 51 V 0.718 0.007 0.004 0.001 0.032 0.010 0.229 52 T 0.308 0.018 0.006 0.001 0.145 0.044 0.479 53 N 0.084 0.034 0.008 0.002 0.362 0.065 0.443 54 D 0.036 0.038 0.022 0.004 0.273 0.071 0.556 55 A 0.015 0.012 0.065 0.009 0.191 0.360 0.348 56 S 0.010 0.017 0.046 0.009 0.265 0.379 0.273 57 R 0.012 0.020 0.012 0.012 0.575 0.082 0.286 58 S 0.014 0.028 0.005 0.013 0.212 0.024 0.703 59 P 0.002 0.002 0.076 0.821 0.007 0.048 0.044 60 E 0.001 0.001 0.073 0.890 0.006 0.021 0.009 61 Q 0.001 0.001 0.077 0.896 0.003 0.012 0.010 62 L 0.001 0.001 0.032 0.942 0.001 0.016 0.006 63 A 0.002 0.001 0.016 0.952 0.003 0.018 0.008 64 D 0.001 0.001 0.016 0.937 0.003 0.037 0.006 65 S 0.001 0.001 0.012 0.938 0.004 0.036 0.010 66 Y 0.004 0.003 0.018 0.909 0.008 0.044 0.015 67 H 0.002 0.001 0.038 0.812 0.010 0.121 0.015 68 K 0.003 0.001 0.055 0.696 0.017 0.215 0.013 69 L 0.004 0.003 0.061 0.294 0.043 0.555 0.040 70 G 0.008 0.006 0.028 0.063 0.110 0.671 0.114 71 L 0.036 0.019 0.064 0.050 0.182 0.137 0.511 72 F 0.099 0.033 0.051 0.037 0.165 0.119 0.496 73 S 0.100 0.030 0.023 0.016 0.130 0.104 0.597 74 I 0.089 0.036 0.007 0.014 0.115 0.018 0.720 75 T 0.065 0.024 0.005 0.008 0.028 0.011 0.858 76 A 0.030 0.006 0.197 0.468 0.043 0.145 0.111 77 D 0.030 0.001 0.204 0.533 0.040 0.124 0.067 78 K 0.073 0.006 0.239 0.531 0.031 0.062 0.059 79 I 0.172 0.025 0.058 0.627 0.021 0.048 0.050 80 I 0.161 0.014 0.046 0.598 0.028 0.082 0.070 81 S 0.102 0.007 0.033 0.588 0.037 0.163 0.069 82 S 0.048 0.004 0.024 0.392 0.091 0.352 0.091 83 G 0.062 0.004 0.018 0.201 0.250 0.328 0.136 84 M 0.147 0.011 0.019 0.381 0.146 0.094 0.202 85 I 0.327 0.036 0.020 0.375 0.054 0.050 0.138 86 T 0.316 0.014 0.022 0.442 0.028 0.032 0.145 87 K 0.301 0.007 0.037 0.443 0.043 0.039 0.130 88 E 0.279 0.005 0.050 0.444 0.060 0.056 0.107 89 Y 0.218 0.006 0.068 0.512 0.036 0.084 0.077 90 I 0.253 0.010 0.060 0.421 0.047 0.107 0.101 91 D 0.272 0.006 0.062 0.363 0.057 0.118 0.121 92 L 0.275 0.008 0.061 0.389 0.066 0.093 0.108 93 K 0.251 0.020 0.039 0.406 0.045 0.098 0.141 94 V 0.245 0.026 0.040 0.289 0.064 0.117 0.218 95 D 0.136 0.009 0.040 0.185 0.081 0.354 0.194 96 G 0.047 0.002 0.030 0.058 0.166 0.599 0.098 97 G 0.107 0.006 0.024 0.060 0.291 0.286 0.226 98 I 0.410 0.034 0.017 0.083 0.130 0.065 0.262 99 V 0.599 0.039 0.014 0.079 0.050 0.023 0.196 100 A 0.565 0.011 0.024 0.110 0.044 0.035 0.211 101 Y 0.484 0.015 0.044 0.178 0.069 0.066 0.143 102 L 0.281 0.015 0.046 0.187 0.098 0.163 0.211 103 G 0.123 0.010 0.042 0.120 0.184 0.203 0.318 104 T 0.089 0.011 0.039 0.292 0.122 0.102 0.345 105 A 0.056 0.007 0.040 0.575 0.076 0.097 0.148 106 N 0.046 0.007 0.035 0.675 0.033 0.071 0.133 107 S 0.024 0.003 0.026 0.842 0.008 0.031 0.066 108 A 0.008 0.001 0.017 0.929 0.005 0.019 0.022 109 N 0.004 0.001 0.009 0.957 0.004 0.018 0.009 110 Y 0.004 0.001 0.007 0.966 0.003 0.012 0.008 111 L 0.006 0.002 0.005 0.970 0.003 0.009 0.005 112 V 0.003 0.001 0.008 0.955 0.003 0.026 0.004 113 S 0.003 0.001 0.012 0.883 0.010 0.086 0.006 114 D 0.002 0.001 0.011 0.326 0.020 0.632 0.010 115 G 0.004 0.001 0.008 0.025 0.046 0.879 0.038 116 I 0.070 0.011 0.007 0.011 0.076 0.020 0.805 117 K 0.378 0.049 0.014 0.012 0.040 0.016 0.492 118 M 0.432 0.041 0.024 0.021 0.087 0.020 0.373 119 L 0.278 0.017 0.018 0.016 0.091 0.021 0.559 120 P 0.274 0.022 0.035 0.030 0.105 0.050 0.484 121 V 0.115 0.017 0.108 0.080 0.071 0.062 0.548 122 S 0.107 0.012 0.164 0.126 0.120 0.105 0.367 123 A 0.089 0.016 0.202 0.158 0.131 0.156 0.248 124 I 0.099 0.026 0.136 0.138 0.149 0.130 0.321 125 D 0.068 0.012 0.120 0.111 0.119 0.181 0.389 126 D 0.056 0.011 0.155 0.164 0.116 0.218 0.280 127 S 0.045 0.009 0.141 0.145 0.141 0.240 0.278 128 N 0.064 0.014 0.094 0.183 0.159 0.218 0.269 129 I 0.078 0.015 0.061 0.241 0.141 0.160 0.303 130 G 0.075 0.007 0.037 0.219 0.179 0.120 0.363 131 E 0.176 0.025 0.030 0.227 0.110 0.079 0.352 132 V 0.194 0.016 0.037 0.442 0.044 0.046 0.222 133 N 0.253 0.004 0.033 0.470 0.053 0.039 0.147 134 A 0.345 0.005 0.039 0.485 0.028 0.027 0.070 135 L 0.399 0.005 0.024 0.489 0.013 0.027 0.044 136 V 0.489 0.011 0.019 0.394 0.013 0.040 0.034 137 L 0.438 0.011 0.021 0.338 0.028 0.090 0.075 138 L 0.246 0.010 0.032 0.272 0.080 0.152 0.207 139 D 0.145 0.019 0.034 0.169 0.211 0.126 0.296 140 D 0.040 0.006 0.164 0.285 0.116 0.184 0.205 141 E 0.013 0.002 0.214 0.129 0.096 0.487 0.059 142 G 0.014 0.004 0.183 0.096 0.080 0.533 0.090 143 F 0.070 0.022 0.098 0.094 0.147 0.102 0.467 144 N 0.085 0.040 0.111 0.138 0.086 0.125 0.415 145 W 0.080 0.035 0.115 0.261 0.134 0.162 0.213 146 F 0.042 0.013 0.064 0.371 0.096 0.055 0.359 147 H 0.010 0.003 0.069 0.666 0.052 0.152 0.048 148 D 0.007 0.005 0.039 0.651 0.038 0.197 0.061 149 L 0.001 0.001 0.009 0.944 0.005 0.016 0.023 150 N 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.004 0.005 151 K 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.004 0.002 152 T 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.004 0.002 153 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 154 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 155 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 156 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.001 157 R 0.001 0.001 0.004 0.967 0.002 0.026 0.002 158 K 0.001 0.001 0.011 0.789 0.005 0.191 0.003 159 R 0.001 0.001 0.006 0.186 0.014 0.783 0.010 160 T 0.001 0.002 0.005 0.004 0.095 0.823 0.070 161 I 0.014 0.002 0.001 0.001 0.133 0.001 0.850 162 P 0.125 0.001 0.001 0.001 0.411 0.005 0.457 163 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 164 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 165 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 166 A 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 167 N 0.501 0.003 0.001 0.001 0.049 0.007 0.438 168 T 0.110 0.008 0.002 0.001 0.482 0.029 0.367 169 D 0.025 0.011 0.012 0.003 0.409 0.138 0.402 170 N 0.025 0.009 0.018 0.011 0.401 0.212 0.325 171 T 0.034 0.015 0.025 0.083 0.426 0.161 0.257 172 Y 0.078 0.011 0.016 0.212 0.352 0.050 0.281 173 P 0.142 0.025 0.014 0.381 0.050 0.042 0.347 174 L 0.173 0.020 0.020 0.443 0.032 0.024 0.289 175 T 0.180 0.007 0.024 0.508 0.042 0.028 0.212 176 K 0.135 0.004 0.028 0.675 0.041 0.036 0.081 177 T 0.098 0.004 0.018 0.766 0.025 0.035 0.055 178 D 0.082 0.004 0.034 0.744 0.033 0.043 0.060 179 V 0.080 0.005 0.037 0.740 0.028 0.064 0.045 180 A 0.056 0.005 0.053 0.700 0.027 0.111 0.048 181 I 0.040 0.014 0.039 0.536 0.063 0.196 0.112 182 A 0.029 0.009 0.034 0.294 0.070 0.296 0.269 183 I 0.030 0.010 0.061 0.395 0.099 0.169 0.235 184 G 0.021 0.005 0.088 0.408 0.104 0.255 0.118 185 G 0.029 0.005 0.095 0.330 0.125 0.273 0.143 186 V 0.056 0.011 0.070 0.625 0.033 0.066 0.139 187 A 0.079 0.009 0.054 0.686 0.031 0.039 0.103 188 T 0.097 0.004 0.042 0.676 0.051 0.057 0.072 189 M 0.094 0.004 0.028 0.768 0.025 0.050 0.031 190 I 0.111 0.008 0.022 0.770 0.018 0.033 0.037 191 E 0.127 0.003 0.032 0.708 0.025 0.054 0.052 192 S 0.114 0.002 0.036 0.715 0.028 0.070 0.035 193 I 0.113 0.007 0.027 0.682 0.029 0.085 0.056 194 L 0.130 0.014 0.028 0.456 0.050 0.215 0.107 195 G 0.151 0.009 0.027 0.167 0.121 0.243 0.282 196 R 0.120 0.007 0.082 0.172 0.154 0.174 0.290 197 R 0.162 0.011 0.103 0.180 0.167 0.165 0.213 198 F 0.212 0.021 0.112 0.204 0.099 0.121 0.231 199 I 0.289 0.034 0.050 0.140 0.085 0.058 0.344 200 R 0.260 0.034 0.042 0.154 0.060 0.112 0.338 201 F 0.147 0.017 0.032 0.072 0.150 0.286 0.295 202 G 0.079 0.013 0.014 0.027 0.233 0.256 0.379 203 K 0.039 0.017 0.003 0.006 0.196 0.018 0.721 204 P 0.025 0.037 0.004 0.010 0.085 0.038 0.802 205 D 0.007 0.012 0.004 0.022 0.068 0.026 0.860 206 S 0.001 0.001 0.025 0.904 0.013 0.037 0.020 207 Q 0.001 0.001 0.015 0.959 0.004 0.017 0.004 208 M 0.001 0.001 0.007 0.980 0.002 0.006 0.004 209 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 210 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 211 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 212 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 213 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 214 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 215 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 216 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.003 217 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 218 Q 0.001 0.001 0.003 0.962 0.001 0.032 0.001 219 K 0.001 0.001 0.008 0.808 0.008 0.171 0.005 220 M 0.001 0.001 0.009 0.290 0.036 0.634 0.028 221 E 0.005 0.004 0.008 0.012 0.109 0.496 0.367 222 I 0.018 0.023 0.001 0.001 0.104 0.003 0.850 223 S 0.029 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.952 224 K 0.031 0.009 0.482 0.074 0.074 0.269 0.060 225 R 0.049 0.002 0.347 0.025 0.084 0.403 0.089 226 E 0.299 0.004 0.168 0.020 0.127 0.062 0.320 227 I 0.906 0.009 0.005 0.007 0.005 0.005 0.064 228 L 0.972 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.018 229 M 0.978 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.010 230 V 0.914 0.002 0.002 0.007 0.006 0.008 0.061 231 G 0.530 0.004 0.006 0.005 0.128 0.062 0.265 232 D 0.233 0.022 0.020 0.015 0.266 0.109 0.334 233 T 0.098 0.025 0.038 0.026 0.257 0.177 0.379 234 L 0.040 0.009 0.083 0.143 0.176 0.323 0.226 235 H 0.020 0.006 0.053 0.426 0.114 0.256 0.124 236 T 0.023 0.007 0.029 0.629 0.087 0.113 0.112 237 D 0.027 0.005 0.010 0.828 0.022 0.024 0.084 238 I 0.010 0.002 0.005 0.947 0.007 0.012 0.017 239 L 0.002 0.001 0.001 0.981 0.003 0.006 0.006 240 G 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.004 0.004 241 G 0.003 0.001 0.003 0.981 0.003 0.006 0.003 242 N 0.006 0.001 0.010 0.956 0.003 0.021 0.004 243 K 0.005 0.001 0.019 0.878 0.012 0.080 0.004 244 F 0.005 0.002 0.008 0.312 0.017 0.647 0.009 245 G 0.005 0.003 0.002 0.003 0.038 0.885 0.065 246 L 0.041 0.005 0.001 0.001 0.045 0.005 0.902 247 D 0.256 0.002 0.003 0.001 0.366 0.008 0.365 248 T 0.937 0.001 0.002 0.001 0.015 0.003 0.041 249 A 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 250 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 251 V 0.962 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.033 252 L 0.666 0.004 0.002 0.002 0.059 0.016 0.251 253 T 0.210 0.009 0.007 0.004 0.321 0.072 0.376 254 G 0.071 0.014 0.020 0.008 0.346 0.189 0.353 255 N 0.054 0.015 0.040 0.020 0.305 0.191 0.375 256 T 0.045 0.026 0.035 0.045 0.401 0.094 0.354 257 R 0.086 0.026 0.047 0.087 0.162 0.100 0.493 258 I 0.057 0.019 0.123 0.378 0.069 0.066 0.289 259 D 0.029 0.006 0.140 0.495 0.063 0.088 0.179 260 D 0.024 0.007 0.164 0.559 0.044 0.095 0.107 261 A 0.024 0.005 0.149 0.650 0.026 0.072 0.074 262 E 0.026 0.003 0.197 0.596 0.025 0.095 0.059 263 T 0.032 0.004 0.172 0.556 0.032 0.142 0.063 264 K 0.051 0.009 0.116 0.548 0.039 0.153 0.085 265 I 0.118 0.048 0.039 0.279 0.182 0.091 0.243 266 K 0.077 0.017 0.046 0.171 0.097 0.180 0.412 267 S 0.052 0.008 0.074 0.146 0.164 0.287 0.268 268 T 0.032 0.007 0.071 0.060 0.179 0.454 0.197 269 G 0.041 0.007 0.035 0.015 0.334 0.310 0.257 270 I 0.121 0.030 0.019 0.014 0.209 0.058 0.549 271 V 0.203 0.030 0.008 0.009 0.102 0.017 0.631 272 P 0.330 0.014 0.015 0.016 0.057 0.030 0.539 273 T 0.539 0.013 0.028 0.038 0.128 0.070 0.184 274 H 0.767 0.007 0.021 0.051 0.042 0.046 0.065 275 I 0.861 0.013 0.009 0.049 0.011 0.011 0.047 276 C 0.742 0.014 0.009 0.071 0.019 0.016 0.129 277 E 0.310 0.006 0.017 0.130 0.195 0.057 0.285 278 S 0.143 0.009 0.015 0.078 0.493 0.037 0.225 279 A 0.104 0.011 0.089 0.352 0.087 0.137 0.220 280 V 0.045 0.007 0.349 0.406 0.033 0.106 0.054 281 I 0.036 0.007 0.348 0.372 0.043 0.145 0.049 282 E 0.020 0.005 0.243 0.334 0.021 0.285 0.092 283 L 0.016 0.008 0.031 0.086 0.075 0.039 0.745