# TARGET T0371 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0371.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2160 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.986 2 Q 0.047 0.027 0.003 0.027 0.004 0.006 0.886 3 I 0.041 0.010 0.078 0.559 0.047 0.066 0.199 4 E 0.020 0.003 0.118 0.612 0.047 0.098 0.101 5 S 0.019 0.007 0.190 0.575 0.033 0.075 0.102 6 F 0.011 0.004 0.125 0.731 0.014 0.047 0.067 7 K 0.006 0.001 0.250 0.632 0.016 0.064 0.030 8 S 0.005 0.002 0.295 0.497 0.019 0.148 0.034 9 L 0.011 0.005 0.279 0.409 0.038 0.204 0.054 10 L 0.027 0.014 0.154 0.278 0.151 0.088 0.289 11 P 0.015 0.001 0.185 0.241 0.069 0.420 0.069 12 K 0.039 0.005 0.112 0.087 0.119 0.516 0.122 13 Y 0.238 0.007 0.006 0.002 0.086 0.023 0.637 14 K 0.383 0.002 0.001 0.001 0.305 0.030 0.278 15 C 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 16 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 17 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 19 D 0.692 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.289 20 A 0.327 0.004 0.008 0.003 0.205 0.092 0.361 21 F 0.185 0.039 0.035 0.010 0.237 0.260 0.234 22 G 0.238 0.006 0.037 0.016 0.226 0.303 0.173 23 V 0.424 0.029 0.031 0.024 0.213 0.080 0.198 24 L 0.680 0.038 0.022 0.029 0.063 0.066 0.102 25 K 0.560 0.058 0.029 0.036 0.085 0.105 0.128 26 T 0.310 0.038 0.031 0.029 0.126 0.105 0.361 27 Y 0.061 0.013 0.051 0.019 0.179 0.503 0.174 28 N 0.025 0.012 0.078 0.012 0.189 0.551 0.133 29 G 0.021 0.012 0.108 0.016 0.232 0.462 0.150 30 L 0.029 0.032 0.135 0.036 0.201 0.265 0.301 31 L 0.033 0.032 0.062 0.043 0.257 0.042 0.531 32 P 0.007 0.006 0.143 0.254 0.083 0.420 0.086 33 G 0.008 0.012 0.122 0.358 0.067 0.363 0.069 34 I 0.006 0.005 0.041 0.811 0.022 0.035 0.080 35 E 0.001 0.001 0.019 0.942 0.004 0.016 0.017 36 N 0.002 0.001 0.023 0.937 0.003 0.023 0.010 37 T 0.002 0.001 0.025 0.944 0.002 0.018 0.008 38 F 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.004 0.003 39 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 40 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 42 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 43 A 0.001 0.001 0.002 0.926 0.001 0.069 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.001 0.162 0.003 0.832 0.001 45 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.954 0.027 46 Q 0.016 0.001 0.001 0.001 0.069 0.007 0.905 47 D 0.639 0.007 0.004 0.001 0.062 0.011 0.277 48 Y 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 49 Y 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 50 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 51 V 0.856 0.002 0.002 0.001 0.018 0.004 0.118 52 T 0.471 0.011 0.004 0.001 0.115 0.020 0.379 53 N 0.141 0.041 0.010 0.002 0.222 0.055 0.528 54 D 0.057 0.041 0.034 0.005 0.232 0.165 0.466 55 A 0.022 0.010 0.053 0.006 0.243 0.359 0.306 56 S 0.013 0.016 0.032 0.008 0.323 0.343 0.265 57 R 0.010 0.019 0.004 0.005 0.562 0.033 0.366 58 S 0.008 0.020 0.002 0.007 0.104 0.008 0.851 59 P 0.001 0.001 0.043 0.914 0.004 0.027 0.011 60 E 0.001 0.001 0.022 0.964 0.002 0.010 0.002 61 Q 0.001 0.001 0.030 0.960 0.001 0.006 0.003 62 L 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.006 0.001 63 A 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.012 0.001 64 D 0.001 0.001 0.002 0.971 0.001 0.024 0.003 65 S 0.001 0.001 0.001 0.978 0.002 0.012 0.007 66 Y 0.001 0.001 0.004 0.977 0.005 0.007 0.006 67 H 0.001 0.001 0.016 0.939 0.004 0.034 0.005 68 K 0.001 0.001 0.017 0.855 0.008 0.115 0.005 69 L 0.001 0.003 0.017 0.291 0.019 0.656 0.013 70 G 0.001 0.002 0.005 0.023 0.042 0.854 0.074 71 L 0.006 0.006 0.020 0.008 0.142 0.045 0.773 72 F 0.049 0.025 0.031 0.009 0.202 0.045 0.639 73 S 0.067 0.029 0.017 0.004 0.143 0.052 0.687 74 I 0.055 0.037 0.003 0.003 0.125 0.005 0.772 75 T 0.029 0.019 0.002 0.002 0.018 0.003 0.927 76 A 0.013 0.005 0.295 0.369 0.043 0.224 0.051 77 D 0.016 0.001 0.353 0.344 0.043 0.200 0.043 78 K 0.063 0.006 0.377 0.343 0.040 0.078 0.093 79 I 0.253 0.053 0.053 0.420 0.037 0.056 0.128 80 I 0.289 0.050 0.021 0.377 0.045 0.059 0.159 81 S 0.172 0.017 0.019 0.282 0.051 0.108 0.350 82 S 0.043 0.004 0.027 0.366 0.113 0.302 0.144 83 G 0.035 0.003 0.025 0.263 0.227 0.344 0.103 84 M 0.050 0.007 0.025 0.498 0.176 0.110 0.133 85 I 0.103 0.023 0.022 0.600 0.041 0.048 0.162 86 T 0.155 0.012 0.026 0.648 0.020 0.032 0.107 87 K 0.168 0.005 0.056 0.649 0.021 0.041 0.060 88 E 0.143 0.004 0.067 0.636 0.029 0.075 0.046 89 Y 0.164 0.007 0.083 0.538 0.032 0.113 0.063 90 I 0.203 0.014 0.067 0.425 0.055 0.126 0.109 91 D 0.197 0.006 0.080 0.398 0.056 0.145 0.119 92 L 0.180 0.008 0.079 0.437 0.072 0.121 0.102 93 K 0.171 0.023 0.059 0.381 0.058 0.138 0.169 94 V 0.210 0.031 0.058 0.184 0.093 0.147 0.277 95 D 0.096 0.008 0.058 0.077 0.090 0.519 0.152 96 G 0.036 0.002 0.033 0.021 0.168 0.657 0.083 97 G 0.134 0.008 0.024 0.033 0.300 0.196 0.306 98 I 0.519 0.039 0.014 0.040 0.089 0.049 0.250 99 V 0.718 0.038 0.010 0.032 0.033 0.015 0.153 100 A 0.692 0.012 0.019 0.051 0.036 0.027 0.163 101 Y 0.613 0.017 0.034 0.083 0.065 0.060 0.128 102 L 0.307 0.015 0.040 0.104 0.132 0.189 0.213 103 G 0.118 0.011 0.033 0.061 0.235 0.198 0.343 104 T 0.077 0.013 0.050 0.282 0.113 0.086 0.380 105 A 0.033 0.005 0.060 0.682 0.052 0.078 0.090 106 N 0.028 0.004 0.056 0.750 0.020 0.069 0.072 107 S 0.019 0.002 0.042 0.862 0.005 0.030 0.040 108 A 0.007 0.001 0.020 0.942 0.003 0.014 0.013 109 N 0.003 0.001 0.009 0.961 0.003 0.018 0.005 110 Y 0.002 0.001 0.005 0.973 0.002 0.013 0.005 111 L 0.005 0.002 0.004 0.971 0.003 0.011 0.004 112 V 0.004 0.001 0.007 0.959 0.003 0.022 0.004 113 S 0.004 0.001 0.011 0.894 0.012 0.070 0.008 114 D 0.002 0.001 0.011 0.357 0.020 0.600 0.010 115 G 0.003 0.001 0.006 0.026 0.037 0.900 0.027 116 I 0.066 0.013 0.010 0.014 0.088 0.027 0.783 117 K 0.375 0.040 0.023 0.016 0.061 0.022 0.463 118 M 0.421 0.041 0.039 0.029 0.090 0.033 0.347 119 L 0.265 0.016 0.026 0.018 0.093 0.031 0.551 120 P 0.259 0.019 0.039 0.031 0.129 0.068 0.455 121 V 0.164 0.020 0.071 0.088 0.112 0.067 0.477 122 S 0.131 0.018 0.078 0.137 0.180 0.090 0.367 123 A 0.117 0.026 0.088 0.198 0.159 0.095 0.317 124 I 0.077 0.021 0.155 0.325 0.083 0.085 0.255 125 D 0.048 0.007 0.205 0.246 0.069 0.158 0.266 126 D 0.036 0.008 0.206 0.285 0.076 0.216 0.173 127 S 0.033 0.010 0.151 0.262 0.115 0.224 0.207 128 N 0.038 0.010 0.064 0.251 0.124 0.267 0.246 129 I 0.032 0.006 0.051 0.256 0.165 0.240 0.248 130 G 0.044 0.006 0.035 0.233 0.216 0.161 0.305 131 E 0.100 0.020 0.031 0.242 0.151 0.087 0.369 132 V 0.104 0.013 0.036 0.510 0.051 0.045 0.242 133 N 0.150 0.003 0.033 0.584 0.066 0.038 0.126 134 A 0.277 0.005 0.036 0.588 0.020 0.022 0.052 135 L 0.371 0.006 0.017 0.548 0.008 0.021 0.029 136 V 0.439 0.007 0.018 0.461 0.009 0.037 0.028 137 L 0.417 0.007 0.019 0.382 0.022 0.085 0.068 138 L 0.246 0.010 0.032 0.279 0.080 0.157 0.196 139 D 0.160 0.022 0.030 0.154 0.213 0.126 0.294 140 D 0.047 0.007 0.154 0.257 0.149 0.166 0.222 141 E 0.012 0.002 0.201 0.117 0.091 0.523 0.054 142 G 0.012 0.004 0.168 0.079 0.072 0.591 0.074 143 F 0.070 0.022 0.098 0.082 0.147 0.108 0.472 144 N 0.097 0.047 0.100 0.112 0.087 0.116 0.442 145 W 0.095 0.042 0.109 0.221 0.150 0.143 0.240 146 F 0.044 0.012 0.070 0.353 0.096 0.052 0.373 147 H 0.010 0.003 0.079 0.659 0.056 0.140 0.053 148 D 0.008 0.006 0.049 0.666 0.041 0.166 0.064 149 L 0.001 0.001 0.011 0.943 0.005 0.017 0.021 150 N 0.001 0.001 0.004 0.982 0.002 0.005 0.005 151 K 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.006 0.003 152 T 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.006 0.003 153 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 154 N 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.010 0.001 155 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.016 0.001 156 L 0.001 0.001 0.005 0.965 0.002 0.025 0.003 157 R 0.001 0.001 0.011 0.924 0.004 0.055 0.005 158 K 0.001 0.001 0.024 0.684 0.012 0.272 0.008 159 R 0.001 0.001 0.015 0.182 0.046 0.715 0.040 160 T 0.005 0.004 0.012 0.010 0.183 0.634 0.151 161 I 0.033 0.003 0.001 0.001 0.181 0.004 0.778 162 P 0.224 0.004 0.002 0.001 0.244 0.007 0.518 163 A 0.950 0.003 0.002 0.001 0.008 0.004 0.032 164 I 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 165 V 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 166 A 0.835 0.004 0.001 0.001 0.014 0.007 0.137 167 N 0.193 0.005 0.002 0.001 0.217 0.027 0.555 168 T 0.069 0.010 0.016 0.004 0.497 0.095 0.309 169 D 0.025 0.012 0.083 0.013 0.232 0.417 0.219 170 N 0.040 0.012 0.104 0.020 0.189 0.391 0.244 171 T 0.100 0.034 0.075 0.072 0.238 0.193 0.287 172 Y 0.215 0.024 0.024 0.097 0.304 0.051 0.284 173 P 0.309 0.037 0.019 0.120 0.072 0.058 0.384 174 L 0.301 0.040 0.021 0.142 0.064 0.038 0.394 175 T 0.281 0.018 0.022 0.138 0.072 0.036 0.434 176 K 0.134 0.007 0.085 0.408 0.088 0.091 0.186 177 T 0.123 0.007 0.098 0.429 0.068 0.137 0.138 178 D 0.119 0.008 0.143 0.404 0.075 0.109 0.142 179 V 0.155 0.012 0.102 0.443 0.069 0.110 0.110 180 A 0.134 0.013 0.094 0.465 0.058 0.125 0.110 181 I 0.090 0.020 0.074 0.351 0.090 0.164 0.212 182 A 0.060 0.011 0.053 0.211 0.110 0.196 0.357 183 I 0.048 0.013 0.051 0.309 0.125 0.222 0.233 184 G 0.037 0.010 0.035 0.296 0.204 0.222 0.196 185 G 0.057 0.024 0.034 0.409 0.149 0.117 0.211 186 V 0.034 0.008 0.031 0.798 0.020 0.035 0.075 187 A 0.023 0.003 0.058 0.830 0.016 0.033 0.037 188 T 0.022 0.002 0.055 0.818 0.018 0.054 0.032 189 M 0.025 0.004 0.056 0.785 0.021 0.071 0.038 190 I 0.058 0.005 0.038 0.762 0.035 0.030 0.071 191 E 0.064 0.001 0.047 0.760 0.048 0.042 0.037 192 S 0.097 0.001 0.032 0.790 0.013 0.055 0.013 193 I 0.164 0.011 0.017 0.721 0.011 0.054 0.023 194 L 0.183 0.013 0.019 0.563 0.025 0.152 0.046 195 G 0.195 0.005 0.017 0.201 0.112 0.239 0.231 196 R 0.124 0.006 0.029 0.135 0.178 0.103 0.425 197 R 0.164 0.012 0.028 0.119 0.231 0.083 0.363 198 F 0.236 0.020 0.058 0.118 0.142 0.074 0.352 199 I 0.342 0.024 0.052 0.100 0.101 0.059 0.324 200 R 0.328 0.043 0.042 0.118 0.072 0.095 0.303 201 F 0.157 0.020 0.029 0.050 0.162 0.318 0.264 202 G 0.066 0.012 0.010 0.015 0.260 0.338 0.300 203 K 0.043 0.020 0.003 0.005 0.227 0.026 0.677 204 P 0.035 0.061 0.004 0.009 0.101 0.050 0.740 205 D 0.006 0.012 0.004 0.020 0.063 0.021 0.874 206 S 0.001 0.001 0.022 0.931 0.008 0.028 0.011 207 Q 0.001 0.001 0.014 0.968 0.002 0.013 0.002 208 M 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.004 0.002 209 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 210 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 211 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 212 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 213 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 214 D 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.017 0.001 215 M 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.021 0.002 216 L 0.001 0.001 0.001 0.967 0.002 0.016 0.012 217 R 0.001 0.001 0.006 0.968 0.004 0.019 0.004 218 Q 0.001 0.001 0.009 0.920 0.005 0.061 0.005 219 K 0.001 0.001 0.015 0.728 0.017 0.229 0.009 220 M 0.001 0.001 0.010 0.229 0.042 0.683 0.034 221 E 0.008 0.005 0.008 0.010 0.122 0.379 0.467 222 I 0.031 0.035 0.001 0.001 0.088 0.003 0.841 223 S 0.036 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.942 224 K 0.028 0.008 0.549 0.107 0.048 0.210 0.050 225 R 0.039 0.001 0.422 0.045 0.063 0.362 0.068 226 E 0.272 0.004 0.230 0.037 0.119 0.071 0.267 227 I 0.891 0.010 0.007 0.013 0.006 0.007 0.065 228 L 0.963 0.003 0.002 0.008 0.003 0.002 0.020 229 M 0.967 0.003 0.002 0.009 0.003 0.002 0.014 230 V 0.874 0.003 0.004 0.013 0.010 0.013 0.083 231 G 0.426 0.005 0.009 0.010 0.143 0.078 0.328 232 D 0.113 0.012 0.018 0.030 0.410 0.102 0.314 233 T 0.047 0.022 0.031 0.085 0.338 0.178 0.299 234 L 0.009 0.004 0.046 0.616 0.063 0.182 0.081 235 H 0.003 0.001 0.018 0.896 0.015 0.049 0.018 236 T 0.004 0.001 0.013 0.937 0.009 0.021 0.016 237 D 0.006 0.001 0.006 0.962 0.004 0.009 0.013 238 I 0.002 0.001 0.002 0.983 0.002 0.007 0.003 239 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 240 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 241 G 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.004 0.001 242 N 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.010 0.001 243 K 0.001 0.001 0.010 0.926 0.005 0.057 0.002 244 F 0.001 0.001 0.005 0.412 0.010 0.566 0.006 245 G 0.002 0.002 0.002 0.005 0.039 0.893 0.058 246 L 0.048 0.004 0.003 0.001 0.082 0.011 0.851 247 D 0.267 0.002 0.004 0.001 0.457 0.009 0.259 248 T 0.967 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.019 249 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 250 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 251 V 0.957 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.036 252 L 0.593 0.004 0.003 0.003 0.055 0.018 0.325 253 T 0.201 0.009 0.008 0.005 0.347 0.076 0.354 254 G 0.069 0.014 0.018 0.007 0.382 0.165 0.345 255 N 0.061 0.016 0.039 0.021 0.291 0.189 0.383 256 T 0.053 0.030 0.031 0.041 0.322 0.111 0.411 257 R 0.093 0.028 0.044 0.071 0.196 0.111 0.457 258 I 0.060 0.015 0.111 0.363 0.079 0.068 0.304 259 D 0.033 0.007 0.149 0.455 0.064 0.096 0.196 260 D 0.020 0.006 0.188 0.546 0.035 0.105 0.100 261 A 0.026 0.005 0.160 0.618 0.023 0.093 0.074 262 E 0.028 0.003 0.197 0.577 0.031 0.091 0.072 263 T 0.031 0.003 0.156 0.561 0.043 0.138 0.067 264 K 0.051 0.008 0.131 0.536 0.035 0.167 0.072 265 I 0.134 0.047 0.053 0.279 0.128 0.078 0.281 266 K 0.087 0.021 0.077 0.241 0.052 0.157 0.364 267 S 0.057 0.008 0.119 0.239 0.116 0.251 0.210 268 T 0.030 0.006 0.099 0.092 0.112 0.505 0.156 269 G 0.044 0.006 0.044 0.023 0.262 0.413 0.207 270 I 0.136 0.023 0.018 0.019 0.184 0.048 0.571 271 V 0.190 0.025 0.006 0.010 0.082 0.012 0.675 272 P 0.271 0.013 0.015 0.021 0.064 0.037 0.579 273 T 0.486 0.012 0.027 0.046 0.136 0.081 0.212 274 H 0.716 0.007 0.020 0.069 0.056 0.046 0.086 275 I 0.836 0.015 0.008 0.064 0.014 0.010 0.054 276 C 0.690 0.014 0.009 0.114 0.021 0.014 0.138 277 E 0.300 0.006 0.016 0.200 0.144 0.046 0.289 278 S 0.154 0.008 0.029 0.190 0.352 0.055 0.211 279 A 0.108 0.011 0.094 0.425 0.081 0.112 0.170 280 V 0.038 0.007 0.323 0.489 0.023 0.079 0.041 281 I 0.026 0.006 0.312 0.436 0.035 0.146 0.039 282 E 0.012 0.004 0.190 0.383 0.017 0.324 0.069 283 L 0.011 0.007 0.038 0.119 0.089 0.055 0.682