# TARGET T0370 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.007 0.005 0.021 0.119 0.818 2 T 0.065 0.040 0.008 0.047 0.130 0.710 3 T 0.063 0.028 0.016 0.071 0.228 0.595 4 P 0.046 0.014 0.048 0.147 0.310 0.436 5 P 0.034 0.017 0.037 0.167 0.326 0.419 6 A 0.034 0.011 0.030 0.124 0.391 0.410 7 R 0.035 0.013 0.022 0.132 0.330 0.469 8 T 0.028 0.009 0.043 0.211 0.305 0.403 9 A 0.027 0.013 0.097 0.261 0.290 0.312 10 K 0.026 0.007 0.096 0.298 0.256 0.318 11 Q 0.030 0.012 0.056 0.271 0.225 0.406 12 R 0.016 0.013 0.009 0.140 0.169 0.653 13 I 0.009 0.003 0.004 0.146 0.098 0.741 14 Q 0.003 0.001 0.012 0.864 0.045 0.076 15 D 0.004 0.001 0.015 0.860 0.063 0.057 16 T 0.003 0.001 0.016 0.923 0.036 0.021 17 L 0.005 0.001 0.011 0.930 0.031 0.022 18 N 0.003 0.001 0.014 0.926 0.040 0.016 19 R 0.002 0.001 0.017 0.900 0.050 0.030 20 L 0.003 0.001 0.019 0.858 0.064 0.054 21 E 0.005 0.002 0.048 0.829 0.086 0.032 22 L 0.010 0.003 0.064 0.695 0.145 0.084 23 D 0.028 0.006 0.056 0.189 0.377 0.344 24 V 0.071 0.007 0.056 0.053 0.499 0.314 25 D 0.108 0.003 0.033 0.022 0.423 0.410 26 A 0.624 0.007 0.014 0.010 0.150 0.195 27 W 0.937 0.004 0.002 0.002 0.017 0.038 28 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 29 S 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 30 T 0.972 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 31 A 0.941 0.002 0.001 0.001 0.015 0.041 32 G 0.845 0.039 0.001 0.001 0.027 0.088 33 A 0.248 0.045 0.002 0.001 0.675 0.028 34 D 0.020 0.001 0.007 0.001 0.949 0.021 35 G 0.015 0.002 0.002 0.001 0.959 0.022 36 G 0.108 0.043 0.001 0.001 0.791 0.056 37 A 0.348 0.043 0.001 0.001 0.112 0.496 38 P 0.752 0.026 0.001 0.001 0.069 0.152 39 Y 0.861 0.008 0.002 0.001 0.063 0.067 40 L 0.911 0.010 0.001 0.001 0.028 0.051 41 V 0.843 0.005 0.001 0.001 0.041 0.108 42 P 0.837 0.002 0.003 0.003 0.040 0.114 43 L 0.941 0.003 0.003 0.003 0.020 0.032 44 S 0.962 0.002 0.003 0.002 0.014 0.017 45 Y 0.967 0.001 0.002 0.001 0.013 0.016 46 L 0.979 0.002 0.001 0.001 0.010 0.008 47 W 0.965 0.002 0.001 0.001 0.018 0.014 48 D 0.646 0.008 0.004 0.003 0.288 0.052 49 G 0.052 0.001 0.040 0.008 0.864 0.035 50 E 0.115 0.004 0.054 0.013 0.760 0.055 51 T 0.721 0.017 0.012 0.008 0.188 0.053 52 F 0.933 0.003 0.001 0.002 0.013 0.048 53 L 0.976 0.003 0.001 0.001 0.003 0.017 54 V 0.969 0.004 0.001 0.001 0.007 0.018 55 A 0.836 0.003 0.003 0.003 0.047 0.107 56 T 0.363 0.010 0.004 0.005 0.207 0.410 57 P 0.076 0.015 0.009 0.011 0.604 0.286 58 A 0.022 0.008 0.035 0.050 0.705 0.179 59 A 0.017 0.006 0.061 0.111 0.668 0.137 60 S 0.034 0.011 0.056 0.196 0.541 0.163 61 P 0.063 0.012 0.056 0.408 0.234 0.227 62 T 0.120 0.026 0.077 0.461 0.150 0.166 63 G 0.088 0.012 0.130 0.610 0.088 0.072 64 R 0.098 0.010 0.130 0.629 0.074 0.058 65 N 0.067 0.009 0.149 0.615 0.085 0.075 66 L 0.073 0.007 0.156 0.547 0.114 0.102 67 S 0.116 0.028 0.090 0.501 0.172 0.093 68 E 0.084 0.033 0.087 0.407 0.226 0.163 69 T 0.034 0.005 0.013 0.028 0.700 0.219 70 G 0.044 0.001 0.025 0.012 0.699 0.218 71 R 0.507 0.018 0.014 0.006 0.345 0.111 72 V 0.911 0.009 0.002 0.002 0.051 0.026 73 R 0.952 0.001 0.001 0.001 0.011 0.034 74 L 0.983 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 75 G 0.966 0.001 0.001 0.001 0.009 0.023 76 I 0.856 0.007 0.001 0.001 0.034 0.101 77 G 0.431 0.008 0.007 0.003 0.340 0.211 78 P 0.175 0.013 0.016 0.004 0.520 0.273 79 T 0.093 0.021 0.019 0.003 0.639 0.225 80 R 0.077 0.009 0.016 0.003 0.684 0.211 81 D 0.183 0.004 0.009 0.003 0.359 0.442 82 L 0.703 0.009 0.004 0.002 0.111 0.172 83 V 0.937 0.002 0.001 0.001 0.021 0.038 84 L 0.972 0.002 0.001 0.001 0.008 0.019 85 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 86 E 0.963 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 87 G 0.949 0.001 0.001 0.001 0.012 0.039 88 T 0.950 0.001 0.001 0.001 0.012 0.036 89 A 0.956 0.002 0.001 0.001 0.007 0.035 90 L 0.944 0.002 0.001 0.001 0.009 0.044 91 P 0.878 0.008 0.001 0.001 0.016 0.096 92 L 0.526 0.011 0.004 0.004 0.160 0.295 93 E 0.125 0.011 0.006 0.004 0.318 0.536 94 P 0.019 0.006 0.008 0.010 0.538 0.420 95 A 0.006 0.005 0.042 0.065 0.622 0.260 96 G 0.007 0.009 0.067 0.215 0.445 0.257 97 L 0.006 0.008 0.111 0.433 0.316 0.126 98 P 0.007 0.003 0.055 0.587 0.186 0.161 99 D 0.007 0.005 0.041 0.617 0.146 0.183 100 G 0.007 0.004 0.052 0.766 0.092 0.079 101 V 0.008 0.004 0.034 0.849 0.054 0.050 102 G 0.008 0.003 0.028 0.867 0.053 0.041 103 D 0.006 0.001 0.014 0.890 0.048 0.041 104 T 0.006 0.001 0.012 0.905 0.041 0.035 105 F 0.005 0.002 0.014 0.907 0.047 0.026 106 A 0.005 0.001 0.022 0.887 0.054 0.032 107 E 0.006 0.001 0.022 0.824 0.072 0.075 108 K 0.011 0.002 0.016 0.716 0.096 0.160 109 T 0.025 0.009 0.011 0.417 0.120 0.418 110 G 0.050 0.010 0.007 0.090 0.144 0.700 111 F 0.069 0.013 0.010 0.067 0.174 0.667 112 D 0.055 0.012 0.012 0.032 0.200 0.690 113 P 0.056 0.012 0.043 0.045 0.284 0.560 114 R 0.054 0.020 0.067 0.039 0.341 0.479 115 R 0.046 0.015 0.086 0.023 0.478 0.352 116 L 0.038 0.020 0.053 0.017 0.512 0.359 117 T 0.031 0.019 0.029 0.011 0.468 0.441 118 T 0.047 0.010 0.028 0.009 0.515 0.391 119 S 0.119 0.007 0.028 0.009 0.375 0.462 120 Y 0.516 0.018 0.017 0.006 0.200 0.243 121 L 0.855 0.004 0.004 0.003 0.051 0.084 122 Y 0.962 0.002 0.001 0.001 0.008 0.026 123 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 124 R 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 125 I 0.920 0.003 0.001 0.002 0.015 0.060 126 S 0.708 0.005 0.001 0.005 0.078 0.203 127 P 0.416 0.005 0.019 0.068 0.251 0.241 128 R 0.470 0.007 0.032 0.099 0.247 0.145 129 R 0.776 0.015 0.010 0.075 0.060 0.064 130 V 0.687 0.010 0.006 0.114 0.044 0.139 131 Q 0.529 0.013 0.005 0.214 0.046 0.193 132 A 0.386 0.005 0.014 0.301 0.059 0.235 133 W 0.240 0.004 0.062 0.347 0.113 0.234 134 R 0.140 0.005 0.103 0.222 0.207 0.322 135 E 0.083 0.005 0.192 0.257 0.265 0.198 136 A 0.058 0.010 0.061 0.235 0.345 0.291 137 N 0.038 0.011 0.045 0.243 0.400 0.264 138 E 0.012 0.002 0.038 0.583 0.246 0.119 139 L 0.009 0.002 0.020 0.784 0.124 0.062 140 S 0.008 0.004 0.019 0.824 0.103 0.042 141 G 0.007 0.001 0.010 0.816 0.066 0.100 142 R 0.018 0.005 0.028 0.832 0.066 0.051 143 E 0.015 0.004 0.046 0.830 0.069 0.036 144 L 0.015 0.002 0.060 0.786 0.087 0.050 145 M 0.019 0.006 0.048 0.756 0.100 0.071 146 R 0.023 0.005 0.049 0.677 0.133 0.113 147 D 0.038 0.003 0.018 0.341 0.226 0.374 148 G 0.057 0.013 0.016 0.112 0.235 0.568 149 E 0.130 0.038 0.021 0.107 0.281 0.424 150 W 0.162 0.030 0.032 0.081 0.278 0.416 151 L 0.079 0.027 0.047 0.065 0.337 0.445 152 V 0.062 0.025 0.037 0.041 0.291 0.544 153 T 0.017 0.009 0.013 0.029 0.198 0.734 154 D 0.001 0.002 0.001 0.003 0.055 0.938