# TARGET T0370 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.104 0.115 0.313 0.128 0.088 0.035 0.121 0.059 0.019 0.018 0.001 2 T 0.152 0.261 0.343 0.151 0.030 0.031 0.012 0.002 0.012 0.004 0.001 3 T 0.039 0.294 0.472 0.005 0.057 0.015 0.008 0.001 0.101 0.007 0.001 4 P 0.044 0.004 0.907 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 5 P 0.383 0.005 0.544 0.017 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 6 A 0.352 0.121 0.322 0.082 0.046 0.020 0.016 0.018 0.016 0.007 0.001 7 R 0.463 0.057 0.285 0.059 0.038 0.016 0.031 0.017 0.010 0.022 0.001 8 T 0.490 0.076 0.268 0.104 0.022 0.020 0.006 0.004 0.006 0.002 0.002 9 A 0.461 0.179 0.152 0.113 0.040 0.020 0.012 0.004 0.016 0.002 0.001 10 K 0.501 0.139 0.232 0.068 0.015 0.025 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 11 Q 0.412 0.159 0.248 0.080 0.033 0.032 0.010 0.003 0.021 0.002 0.001 12 R 0.204 0.238 0.417 0.033 0.025 0.033 0.008 0.001 0.039 0.002 0.001 13 I 0.293 0.048 0.580 0.012 0.004 0.038 0.002 0.001 0.015 0.004 0.003 14 Q 0.915 0.009 0.044 0.015 0.004 0.003 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 15 D 0.927 0.004 0.016 0.026 0.004 0.005 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 16 T 0.942 0.009 0.007 0.036 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 L 0.970 0.005 0.007 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.975 0.002 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.920 0.007 0.006 0.058 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 20 L 0.867 0.018 0.034 0.072 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 21 E 0.768 0.032 0.052 0.095 0.006 0.017 0.014 0.004 0.011 0.001 0.001 22 L 0.595 0.077 0.116 0.153 0.025 0.009 0.014 0.003 0.005 0.003 0.001 23 D 0.335 0.094 0.115 0.274 0.030 0.046 0.060 0.015 0.025 0.005 0.001 24 V 0.136 0.422 0.273 0.030 0.040 0.036 0.011 0.001 0.050 0.001 0.001 25 D 0.515 0.059 0.156 0.158 0.009 0.062 0.024 0.002 0.011 0.001 0.003 26 A 0.125 0.505 0.095 0.094 0.152 0.012 0.005 0.002 0.009 0.001 0.001 27 W 0.035 0.738 0.075 0.012 0.120 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 28 V 0.018 0.815 0.083 0.005 0.053 0.012 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 29 S 0.030 0.726 0.139 0.008 0.055 0.026 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 30 T 0.034 0.651 0.076 0.018 0.177 0.020 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 31 A 0.029 0.662 0.093 0.050 0.136 0.013 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 32 G 0.033 0.328 0.260 0.047 0.222 0.026 0.016 0.012 0.023 0.033 0.001 33 A 0.037 0.373 0.414 0.009 0.100 0.011 0.006 0.002 0.026 0.021 0.001 34 D 0.342 0.038 0.418 0.108 0.007 0.035 0.020 0.003 0.012 0.006 0.012 35 G 0.044 0.004 0.075 0.086 0.035 0.001 0.175 0.427 0.001 0.150 0.001 36 G 0.027 0.004 0.082 0.019 0.022 0.002 0.050 0.533 0.001 0.258 0.002 37 A 0.023 0.232 0.627 0.002 0.037 0.011 0.005 0.001 0.058 0.003 0.001 38 P 0.159 0.007 0.708 0.016 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 39 Y 0.030 0.490 0.210 0.043 0.096 0.068 0.011 0.002 0.049 0.001 0.001 40 L 0.019 0.444 0.449 0.013 0.014 0.041 0.002 0.001 0.016 0.001 0.002 41 V 0.003 0.682 0.138 0.001 0.048 0.013 0.003 0.001 0.111 0.001 0.001 42 P 0.004 0.023 0.918 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 43 L 0.037 0.652 0.172 0.027 0.048 0.041 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 44 S 0.009 0.791 0.056 0.003 0.115 0.009 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 45 Y 0.005 0.845 0.078 0.003 0.044 0.013 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 46 L 0.013 0.769 0.124 0.006 0.026 0.037 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 47 W 0.026 0.685 0.089 0.012 0.088 0.039 0.003 0.001 0.056 0.001 0.001 48 D 0.035 0.144 0.234 0.132 0.046 0.110 0.137 0.002 0.153 0.007 0.002 49 G 0.054 0.005 0.047 0.026 0.069 0.003 0.104 0.559 0.001 0.131 0.003 50 E 0.393 0.041 0.103 0.421 0.018 0.010 0.005 0.003 0.002 0.002 0.002 51 T 0.016 0.702 0.102 0.026 0.133 0.006 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 52 F 0.002 0.888 0.048 0.001 0.031 0.007 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 53 L 0.002 0.835 0.119 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 54 V 0.003 0.782 0.103 0.003 0.026 0.051 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 55 A 0.023 0.507 0.207 0.043 0.133 0.057 0.005 0.001 0.020 0.002 0.001 56 T 0.006 0.379 0.264 0.002 0.229 0.017 0.007 0.001 0.094 0.003 0.001 57 P 0.604 0.007 0.312 0.024 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 58 A 0.687 0.022 0.151 0.111 0.008 0.008 0.005 0.003 0.003 0.002 0.001 59 A 0.242 0.042 0.097 0.470 0.023 0.020 0.051 0.038 0.011 0.005 0.001 60 S 0.073 0.106 0.573 0.006 0.078 0.014 0.022 0.004 0.093 0.031 0.001 61 P 0.762 0.002 0.131 0.044 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 62 T 0.473 0.167 0.130 0.160 0.045 0.006 0.004 0.006 0.007 0.002 0.001 63 G 0.592 0.070 0.140 0.083 0.039 0.011 0.011 0.021 0.009 0.024 0.001 64 R 0.727 0.103 0.076 0.041 0.023 0.008 0.008 0.002 0.009 0.004 0.001 65 N 0.447 0.023 0.099 0.146 0.008 0.141 0.088 0.006 0.039 0.001 0.002 66 L 0.690 0.049 0.101 0.128 0.004 0.021 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 67 S 0.717 0.089 0.079 0.078 0.015 0.009 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 68 E 0.573 0.101 0.062 0.183 0.023 0.018 0.018 0.003 0.017 0.002 0.001 69 T 0.099 0.197 0.213 0.306 0.073 0.018 0.037 0.004 0.050 0.002 0.001 70 G 0.104 0.044 0.209 0.074 0.171 0.006 0.075 0.201 0.005 0.111 0.001 71 R 0.036 0.372 0.407 0.052 0.092 0.028 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 72 V 0.007 0.797 0.121 0.008 0.039 0.012 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 73 R 0.004 0.845 0.080 0.002 0.037 0.014 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 74 L 0.003 0.834 0.114 0.001 0.022 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 75 G 0.007 0.655 0.111 0.005 0.170 0.029 0.004 0.002 0.015 0.002 0.001 76 I 0.010 0.818 0.080 0.013 0.045 0.010 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 77 G 0.017 0.144 0.243 0.003 0.387 0.017 0.019 0.003 0.083 0.083 0.001 78 P 0.444 0.010 0.315 0.084 0.003 0.029 0.002 0.001 0.002 0.002 0.108 79 T 0.244 0.108 0.140 0.368 0.052 0.024 0.018 0.025 0.014 0.005 0.002 80 R 0.131 0.352 0.224 0.093 0.090 0.018 0.040 0.007 0.039 0.006 0.001 81 D 0.090 0.171 0.282 0.202 0.034 0.095 0.073 0.005 0.043 0.002 0.004 82 L 0.008 0.666 0.190 0.013 0.097 0.010 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 83 V 0.002 0.812 0.121 0.002 0.027 0.015 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 84 L 0.002 0.483 0.462 0.001 0.003 0.038 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 85 V 0.006 0.782 0.076 0.004 0.038 0.048 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 86 E 0.011 0.607 0.239 0.018 0.027 0.039 0.005 0.001 0.055 0.001 0.001 87 G 0.011 0.094 0.120 0.007 0.618 0.005 0.025 0.045 0.004 0.070 0.001 88 T 0.028 0.578 0.252 0.043 0.059 0.022 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 89 A 0.017 0.444 0.316 0.017 0.144 0.017 0.008 0.003 0.019 0.012 0.002 90 L 0.002 0.630 0.212 0.001 0.022 0.016 0.002 0.001 0.115 0.001 0.001 91 P 0.012 0.009 0.920 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 92 L 0.042 0.423 0.341 0.023 0.048 0.069 0.006 0.001 0.045 0.001 0.002 93 E 0.022 0.125 0.767 0.002 0.017 0.019 0.005 0.001 0.037 0.004 0.002 94 P 0.252 0.016 0.643 0.022 0.004 0.017 0.001 0.001 0.003 0.002 0.039 95 A 0.315 0.036 0.396 0.188 0.019 0.013 0.015 0.008 0.004 0.005 0.002 96 G 0.064 0.014 0.146 0.074 0.050 0.007 0.055 0.422 0.004 0.161 0.001 97 L 0.038 0.141 0.725 0.003 0.018 0.014 0.004 0.001 0.054 0.003 0.001 98 P 0.495 0.004 0.433 0.014 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 99 D 0.424 0.060 0.280 0.133 0.044 0.017 0.023 0.008 0.009 0.003 0.001 100 G 0.437 0.015 0.101 0.039 0.080 0.009 0.023 0.174 0.004 0.117 0.001 101 V 0.868 0.019 0.032 0.071 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 102 G 0.913 0.007 0.024 0.027 0.006 0.002 0.003 0.007 0.001 0.009 0.001 103 D 0.940 0.006 0.016 0.029 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 T 0.964 0.008 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 F 0.963 0.008 0.005 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 A 0.980 0.004 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.940 0.011 0.009 0.032 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 K 0.803 0.026 0.036 0.103 0.005 0.009 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 109 T 0.209 0.053 0.037 0.679 0.010 0.003 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 110 G 0.103 0.017 0.078 0.049 0.057 0.010 0.177 0.277 0.007 0.225 0.001 111 F 0.157 0.242 0.277 0.178 0.061 0.043 0.006 0.004 0.021 0.010 0.001 112 D 0.044 0.145 0.388 0.019 0.053 0.079 0.056 0.001 0.209 0.005 0.001 113 P 0.438 0.011 0.420 0.039 0.003 0.023 0.002 0.002 0.002 0.002 0.058 114 R 0.527 0.082 0.224 0.095 0.024 0.018 0.006 0.008 0.010 0.004 0.001 115 R 0.255 0.113 0.286 0.149 0.029 0.072 0.036 0.008 0.046 0.002 0.003 116 L 0.215 0.155 0.346 0.145 0.025 0.062 0.016 0.002 0.031 0.001 0.001 117 T 0.160 0.139 0.243 0.239 0.085 0.066 0.024 0.008 0.026 0.008 0.001 118 T 0.182 0.171 0.248 0.139 0.176 0.022 0.020 0.010 0.017 0.014 0.002 119 S 0.313 0.095 0.144 0.351 0.044 0.014 0.012 0.014 0.008 0.004 0.001 120 Y 0.037 0.476 0.235 0.063 0.139 0.015 0.011 0.004 0.019 0.002 0.001 121 L 0.012 0.728 0.149 0.010 0.071 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 122 Y 0.005 0.839 0.079 0.004 0.051 0.009 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 123 F 0.003 0.851 0.081 0.002 0.045 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 124 R 0.002 0.787 0.134 0.001 0.037 0.023 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 125 I 0.005 0.793 0.139 0.003 0.029 0.014 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 126 S 0.005 0.266 0.588 0.001 0.037 0.022 0.001 0.001 0.079 0.002 0.001 127 P 0.842 0.002 0.111 0.012 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 128 R 0.726 0.109 0.061 0.062 0.018 0.007 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 129 R 0.343 0.352 0.224 0.022 0.011 0.027 0.003 0.001 0.016 0.001 0.002 130 V 0.440 0.312 0.153 0.010 0.008 0.045 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 131 Q 0.719 0.123 0.061 0.050 0.018 0.018 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 132 A 0.487 0.211 0.095 0.065 0.079 0.028 0.006 0.004 0.023 0.004 0.001 133 W 0.616 0.151 0.065 0.098 0.030 0.020 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 134 R 0.794 0.061 0.065 0.036 0.016 0.013 0.007 0.002 0.004 0.003 0.001 135 E 0.763 0.037 0.053 0.098 0.019 0.015 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 136 A 0.763 0.025 0.082 0.080 0.011 0.018 0.011 0.002 0.006 0.001 0.001 137 N 0.486 0.022 0.042 0.328 0.011 0.049 0.032 0.006 0.021 0.001 0.001 138 E 0.679 0.038 0.065 0.158 0.008 0.022 0.016 0.004 0.009 0.002 0.001 139 L 0.743 0.042 0.110 0.067 0.005 0.013 0.010 0.002 0.006 0.001 0.001 140 S 0.830 0.012 0.071 0.068 0.004 0.003 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 141 G 0.816 0.007 0.028 0.061 0.013 0.002 0.018 0.041 0.001 0.012 0.001 142 R 0.882 0.026 0.041 0.036 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 143 E 0.778 0.067 0.092 0.031 0.007 0.011 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 144 L 0.714 0.041 0.109 0.112 0.003 0.015 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 145 M 0.290 0.175 0.275 0.114 0.069 0.030 0.010 0.007 0.025 0.004 0.001 146 R 0.620 0.109 0.160 0.043 0.019 0.016 0.009 0.002 0.017 0.005 0.001 147 D 0.266 0.034 0.176 0.465 0.006 0.014 0.024 0.002 0.010 0.001 0.001 148 G 0.044 0.009 0.080 0.030 0.060 0.004 0.082 0.586 0.002 0.103 0.001 149 E 0.127 0.378 0.339 0.061 0.039 0.026 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 150 W 0.089 0.285 0.507 0.015 0.020 0.038 0.006 0.001 0.036 0.001 0.002 151 L 0.186 0.294 0.393 0.040 0.014 0.059 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 152 V 0.098 0.492 0.206 0.066 0.040 0.052 0.004 0.001 0.040 0.001 0.001 153 T 0.120 0.371 0.213 0.091 0.110 0.032 0.012 0.004 0.036 0.010 0.001 154 D 0.176 0.086 0.157 0.166 0.087 0.074 0.157 0.027 0.052 0.016 0.001