# TARGET T0370 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.127 0.111 0.065 0.035 0.200 0.021 0.031 0.114 0.083 0.144 0.071 2 T 0.102 0.166 0.096 0.041 0.169 0.026 0.037 0.117 0.081 0.111 0.054 3 T 0.060 0.220 0.218 0.079 0.143 0.031 0.028 0.081 0.053 0.057 0.032 4 P 0.085 0.191 0.112 0.025 0.167 0.016 0.035 0.177 0.098 0.059 0.034 5 P 0.082 0.129 0.070 0.017 0.126 0.017 0.042 0.192 0.107 0.170 0.048 6 A 0.055 0.240 0.122 0.046 0.136 0.029 0.047 0.154 0.065 0.081 0.026 7 R 0.043 0.226 0.138 0.046 0.105 0.027 0.035 0.187 0.075 0.086 0.031 8 T 0.085 0.124 0.048 0.012 0.136 0.013 0.033 0.246 0.137 0.115 0.050 9 A 0.082 0.169 0.051 0.011 0.188 0.012 0.023 0.235 0.140 0.061 0.027 10 K 0.070 0.145 0.049 0.010 0.183 0.015 0.036 0.276 0.127 0.058 0.030 11 Q 0.137 0.161 0.052 0.008 0.199 0.012 0.031 0.137 0.071 0.126 0.067 12 R 0.046 0.405 0.211 0.017 0.163 0.009 0.014 0.055 0.020 0.041 0.019 13 I 0.029 0.541 0.244 0.010 0.103 0.002 0.002 0.035 0.011 0.012 0.010 14 Q 0.008 0.014 0.007 0.003 0.020 0.006 0.009 0.707 0.205 0.017 0.004 15 D 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.010 0.866 0.093 0.011 0.003 16 T 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.008 0.864 0.077 0.033 0.001 17 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.890 0.083 0.013 0.001 18 N 0.003 0.007 0.002 0.002 0.005 0.002 0.006 0.876 0.084 0.010 0.003 19 R 0.003 0.007 0.004 0.002 0.007 0.003 0.020 0.851 0.074 0.026 0.003 20 L 0.010 0.011 0.004 0.002 0.015 0.003 0.021 0.791 0.114 0.026 0.005 21 E 0.014 0.015 0.005 0.005 0.019 0.012 0.041 0.623 0.187 0.070 0.009 22 L 0.011 0.060 0.027 0.023 0.033 0.031 0.106 0.518 0.125 0.059 0.007 23 D 0.071 0.054 0.034 0.016 0.075 0.016 0.044 0.201 0.119 0.299 0.072 24 V 0.089 0.278 0.066 0.011 0.270 0.018 0.036 0.114 0.059 0.038 0.021 25 D 0.174 0.055 0.014 0.013 0.191 0.027 0.079 0.196 0.082 0.103 0.067 26 A 0.204 0.119 0.023 0.025 0.336 0.018 0.028 0.063 0.031 0.093 0.060 27 W 0.195 0.139 0.015 0.007 0.580 0.007 0.010 0.014 0.004 0.010 0.019 28 V 0.333 0.047 0.005 0.001 0.582 0.005 0.003 0.004 0.001 0.002 0.018 29 S 0.393 0.035 0.003 0.005 0.470 0.007 0.003 0.005 0.003 0.006 0.072 30 T 0.304 0.091 0.019 0.010 0.464 0.014 0.012 0.013 0.005 0.013 0.054 31 A 0.186 0.202 0.027 0.002 0.483 0.003 0.007 0.009 0.005 0.032 0.045 32 G 0.100 0.320 0.049 0.025 0.409 0.008 0.002 0.004 0.003 0.028 0.051 33 A 0.006 0.131 0.771 0.073 0.008 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 34 D 0.001 0.003 0.022 0.035 0.001 0.053 0.154 0.487 0.239 0.004 0.001 35 G 0.001 0.595 0.300 0.057 0.014 0.005 0.005 0.006 0.005 0.010 0.001 36 G 0.011 0.023 0.023 0.025 0.018 0.008 0.005 0.006 0.014 0.584 0.282 37 A 0.050 0.474 0.178 0.008 0.221 0.013 0.014 0.014 0.009 0.011 0.009 38 P 0.226 0.194 0.051 0.007 0.406 0.005 0.011 0.008 0.009 0.017 0.066 39 Y 0.140 0.222 0.094 0.016 0.389 0.013 0.032 0.015 0.017 0.033 0.027 40 L 0.388 0.104 0.020 0.004 0.390 0.001 0.003 0.002 0.003 0.010 0.075 41 V 0.044 0.387 0.115 0.024 0.390 0.012 0.012 0.003 0.001 0.004 0.008 42 P 0.276 0.090 0.007 0.001 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 43 L 0.343 0.061 0.005 0.003 0.543 0.007 0.003 0.003 0.001 0.003 0.029 44 S 0.340 0.056 0.006 0.003 0.488 0.009 0.006 0.003 0.001 0.007 0.082 45 Y 0.246 0.145 0.011 0.001 0.535 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.052 46 L 0.298 0.134 0.015 0.002 0.466 0.003 0.004 0.004 0.003 0.015 0.057 47 W 0.233 0.126 0.149 0.124 0.152 0.040 0.012 0.014 0.012 0.030 0.108 48 D 0.009 0.104 0.236 0.473 0.032 0.061 0.025 0.031 0.018 0.007 0.003 49 G 0.005 0.047 0.049 0.228 0.009 0.080 0.132 0.179 0.181 0.081 0.009 50 E 0.014 0.051 0.037 0.026 0.028 0.048 0.142 0.164 0.207 0.245 0.038 51 T 0.136 0.255 0.039 0.003 0.499 0.003 0.004 0.008 0.011 0.015 0.025 52 F 0.264 0.069 0.004 0.001 0.632 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.022 53 L 0.269 0.073 0.009 0.002 0.592 0.004 0.005 0.005 0.002 0.004 0.035 54 V 0.295 0.093 0.017 0.005 0.493 0.005 0.006 0.011 0.006 0.009 0.060 55 A 0.267 0.101 0.026 0.013 0.278 0.014 0.020 0.023 0.025 0.113 0.121 56 T 0.048 0.344 0.279 0.090 0.135 0.012 0.012 0.016 0.013 0.032 0.021 57 P 0.030 0.235 0.211 0.072 0.083 0.037 0.040 0.124 0.085 0.061 0.022 58 A 0.027 0.064 0.034 0.018 0.048 0.043 0.149 0.376 0.179 0.047 0.016 59 A 0.055 0.068 0.058 0.036 0.062 0.030 0.042 0.154 0.128 0.291 0.074 60 S 0.043 0.270 0.157 0.040 0.137 0.019 0.024 0.153 0.077 0.058 0.020 61 P 0.134 0.091 0.030 0.009 0.150 0.010 0.027 0.341 0.116 0.052 0.040 62 T 0.055 0.147 0.062 0.013 0.105 0.017 0.036 0.363 0.118 0.063 0.020 63 G 0.141 0.036 0.011 0.009 0.119 0.013 0.014 0.407 0.127 0.070 0.053 64 R 0.042 0.064 0.031 0.026 0.056 0.040 0.072 0.495 0.127 0.028 0.018 65 N 0.105 0.046 0.021 0.009 0.105 0.009 0.017 0.314 0.151 0.173 0.051 66 L 0.052 0.085 0.013 0.012 0.123 0.013 0.019 0.370 0.221 0.071 0.019 67 S 0.029 0.069 0.028 0.021 0.047 0.022 0.091 0.496 0.163 0.028 0.007 68 E 0.029 0.022 0.022 0.024 0.026 0.057 0.109 0.211 0.215 0.246 0.040 69 T 0.073 0.494 0.108 0.016 0.237 0.002 0.002 0.012 0.019 0.017 0.019 70 G 0.021 0.020 0.012 0.024 0.029 0.043 0.097 0.217 0.332 0.171 0.033 71 R 0.133 0.149 0.032 0.004 0.298 0.007 0.024 0.091 0.113 0.111 0.037 72 V 0.330 0.076 0.010 0.004 0.498 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.063 73 R 0.204 0.099 0.015 0.004 0.624 0.005 0.009 0.008 0.003 0.007 0.019 74 L 0.306 0.073 0.005 0.001 0.577 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.029 75 G 0.264 0.078 0.008 0.001 0.607 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.034 76 I 0.318 0.127 0.016 0.005 0.375 0.009 0.010 0.017 0.009 0.032 0.081 77 G 0.112 0.200 0.136 0.108 0.199 0.043 0.032 0.037 0.027 0.046 0.059 78 P 0.040 0.126 0.096 0.141 0.101 0.080 0.073 0.161 0.111 0.054 0.017 79 T 0.031 0.029 0.021 0.036 0.033 0.047 0.113 0.178 0.242 0.230 0.039 80 R 0.059 0.260 0.111 0.051 0.176 0.032 0.042 0.067 0.092 0.084 0.025 81 D 0.142 0.117 0.049 0.030 0.227 0.030 0.076 0.089 0.098 0.077 0.065 82 L 0.176 0.199 0.026 0.002 0.554 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.024 83 V 0.243 0.055 0.002 0.001 0.688 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 84 L 0.295 0.073 0.010 0.002 0.578 0.006 0.004 0.002 0.001 0.003 0.026 85 V 0.344 0.111 0.019 0.012 0.440 0.005 0.003 0.004 0.002 0.003 0.057 86 E 0.130 0.014 0.004 0.042 0.063 0.095 0.089 0.031 0.049 0.329 0.156 87 G 0.023 0.251 0.287 0.244 0.099 0.010 0.006 0.008 0.010 0.046 0.016 88 T 0.212 0.153 0.048 0.015 0.370 0.007 0.011 0.024 0.022 0.055 0.081 89 A 0.223 0.170 0.045 0.011 0.400 0.007 0.012 0.016 0.015 0.029 0.072 90 L 0.108 0.308 0.079 0.004 0.444 0.004 0.008 0.013 0.007 0.010 0.016 91 P 0.311 0.139 0.032 0.005 0.369 0.006 0.008 0.019 0.012 0.027 0.072 92 L 0.074 0.264 0.184 0.071 0.207 0.041 0.033 0.042 0.025 0.028 0.029 93 E 0.047 0.220 0.139 0.052 0.113 0.047 0.077 0.116 0.066 0.087 0.035 94 P 0.086 0.202 0.134 0.035 0.174 0.019 0.028 0.094 0.070 0.105 0.053 95 A 0.029 0.146 0.103 0.052 0.065 0.041 0.048 0.202 0.153 0.125 0.035 96 G 0.053 0.141 0.094 0.026 0.085 0.025 0.047 0.225 0.119 0.138 0.046 97 L 0.052 0.263 0.097 0.008 0.118 0.005 0.011 0.250 0.101 0.071 0.024 98 P 0.048 0.117 0.038 0.008 0.073 0.013 0.021 0.482 0.119 0.054 0.026 99 D 0.026 0.090 0.035 0.009 0.061 0.009 0.014 0.635 0.092 0.020 0.011 100 G 0.013 0.017 0.007 0.002 0.017 0.002 0.007 0.830 0.075 0.022 0.009 101 V 0.004 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.002 0.904 0.059 0.010 0.002 102 G 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.935 0.050 0.004 0.001 103 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.947 0.039 0.003 0.001 104 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.943 0.043 0.004 0.001 105 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.915 0.071 0.007 0.001 106 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.852 0.115 0.010 0.001 107 E 0.003 0.008 0.003 0.002 0.007 0.004 0.059 0.753 0.128 0.030 0.002 108 K 0.013 0.053 0.020 0.011 0.035 0.020 0.177 0.499 0.093 0.071 0.008 109 T 0.062 0.248 0.082 0.022 0.149 0.019 0.048 0.118 0.056 0.152 0.045 110 G 0.126 0.098 0.081 0.056 0.126 0.022 0.022 0.082 0.059 0.212 0.116 111 F 0.058 0.242 0.183 0.046 0.161 0.020 0.033 0.110 0.065 0.055 0.027 112 D 0.042 0.262 0.191 0.037 0.127 0.023 0.045 0.129 0.076 0.044 0.024 113 P 0.101 0.210 0.130 0.015 0.193 0.016 0.033 0.111 0.082 0.066 0.041 114 R 0.070 0.217 0.094 0.024 0.171 0.036 0.071 0.126 0.084 0.076 0.031 115 R 0.095 0.197 0.143 0.039 0.165 0.026 0.041 0.082 0.055 0.105 0.051 116 L 0.087 0.183 0.133 0.062 0.150 0.040 0.044 0.088 0.067 0.099 0.046 117 T 0.051 0.215 0.158 0.080 0.123 0.052 0.065 0.090 0.068 0.073 0.025 118 T 0.044 0.138 0.145 0.075 0.096 0.034 0.053 0.109 0.109 0.162 0.034 119 S 0.104 0.124 0.041 0.018 0.152 0.023 0.096 0.140 0.124 0.117 0.061 120 Y 0.219 0.163 0.029 0.009 0.372 0.007 0.006 0.016 0.017 0.066 0.096 121 L 0.163 0.157 0.019 0.006 0.599 0.009 0.009 0.008 0.004 0.012 0.015 122 Y 0.496 0.019 0.001 0.001 0.456 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 123 F 0.132 0.141 0.009 0.004 0.688 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.018 124 R 0.350 0.048 0.004 0.001 0.557 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 125 I 0.228 0.163 0.035 0.011 0.471 0.007 0.005 0.005 0.002 0.015 0.057 126 S 0.042 0.422 0.249 0.032 0.235 0.005 0.003 0.003 0.001 0.002 0.006 127 P 0.089 0.044 0.018 0.014 0.111 0.015 0.043 0.252 0.313 0.060 0.041 128 R 0.018 0.090 0.037 0.015 0.071 0.024 0.144 0.363 0.196 0.036 0.007 129 R 0.168 0.177 0.021 0.001 0.456 0.004 0.025 0.056 0.031 0.037 0.023 130 V 0.341 0.093 0.010 0.005 0.369 0.010 0.011 0.074 0.014 0.008 0.064 131 Q 0.097 0.017 0.010 0.042 0.061 0.132 0.131 0.144 0.051 0.148 0.166 132 A 0.036 0.255 0.438 0.094 0.081 0.004 0.002 0.042 0.014 0.019 0.014 133 W 0.037 0.105 0.026 0.034 0.052 0.034 0.022 0.426 0.177 0.059 0.026 134 R 0.025 0.116 0.072 0.062 0.052 0.034 0.070 0.447 0.084 0.017 0.020 135 E 0.041 0.043 0.026 0.010 0.032 0.013 0.032 0.450 0.112 0.178 0.063 136 A 0.036 0.265 0.070 0.016 0.076 0.023 0.022 0.314 0.098 0.048 0.030 137 N 0.065 0.107 0.033 0.020 0.079 0.012 0.015 0.372 0.161 0.083 0.052 138 E 0.009 0.041 0.030 0.015 0.024 0.024 0.060 0.554 0.113 0.116 0.015 139 L 0.052 0.061 0.014 0.005 0.068 0.009 0.030 0.605 0.073 0.053 0.031 140 S 0.011 0.043 0.014 0.005 0.021 0.008 0.021 0.724 0.109 0.033 0.009 141 G 0.007 0.010 0.007 0.005 0.013 0.010 0.014 0.775 0.107 0.044 0.007 142 R 0.012 0.017 0.008 0.003 0.018 0.003 0.011 0.785 0.116 0.019 0.009 143 E 0.005 0.005 0.003 0.002 0.008 0.005 0.022 0.810 0.118 0.020 0.002 144 L 0.006 0.024 0.006 0.005 0.022 0.008 0.041 0.667 0.166 0.050 0.003 145 M 0.024 0.035 0.013 0.010 0.034 0.010 0.058 0.529 0.159 0.116 0.013 146 R 0.015 0.049 0.043 0.037 0.035 0.067 0.132 0.340 0.127 0.140 0.014 147 D 0.072 0.231 0.111 0.041 0.163 0.015 0.036 0.122 0.071 0.090 0.047 148 G 0.058 0.104 0.085 0.049 0.088 0.021 0.025 0.106 0.120 0.255 0.090 149 E 0.059 0.298 0.117 0.013 0.206 0.011 0.040 0.120 0.076 0.042 0.019 150 W 0.110 0.294 0.131 0.014 0.280 0.008 0.014 0.047 0.035 0.037 0.029 151 L 0.102 0.243 0.116 0.023 0.248 0.017 0.045 0.094 0.039 0.035 0.037 152 V 0.076 0.108 0.095 0.062 0.115 0.071 0.079 0.142 0.081 0.124 0.047 153 T 0.032 0.138 0.112 0.113 0.089 0.067 0.103 0.126 0.076 0.116 0.029 154 D 0.062 0.094 0.098 0.078 0.096 0.033 0.023 0.068 0.071 0.292 0.086