# TARGET T0370 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 692 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.009 0.052 0.935 2 T 0.010 0.006 0.003 0.023 0.086 0.873 3 T 0.008 0.007 0.007 0.069 0.123 0.786 4 P 0.012 0.009 0.021 0.160 0.183 0.615 5 P 0.012 0.004 0.044 0.487 0.147 0.305 6 A 0.013 0.003 0.043 0.728 0.075 0.138 7 R 0.008 0.002 0.036 0.848 0.054 0.052 8 T 0.017 0.003 0.041 0.823 0.064 0.053 9 A 0.014 0.002 0.028 0.855 0.053 0.048 10 K 0.010 0.001 0.022 0.879 0.044 0.044 11 Q 0.008 0.002 0.022 0.862 0.050 0.056 12 R 0.006 0.002 0.016 0.860 0.043 0.073 13 I 0.003 0.001 0.008 0.927 0.025 0.038 14 Q 0.002 0.001 0.010 0.953 0.018 0.016 15 D 0.002 0.001 0.012 0.946 0.026 0.014 16 T 0.001 0.001 0.016 0.946 0.022 0.015 17 L 0.002 0.001 0.030 0.931 0.025 0.011 18 N 0.004 0.001 0.047 0.872 0.047 0.030 19 R 0.004 0.002 0.054 0.754 0.071 0.115 20 L 0.015 0.008 0.057 0.595 0.147 0.178 21 E 0.029 0.012 0.040 0.291 0.304 0.323 22 L 0.039 0.009 0.038 0.179 0.300 0.434 23 D 0.045 0.013 0.019 0.025 0.429 0.470 24 V 0.053 0.006 0.020 0.011 0.551 0.360 25 D 0.091 0.004 0.013 0.004 0.415 0.472 26 A 0.562 0.010 0.004 0.002 0.155 0.268 27 W 0.911 0.003 0.001 0.001 0.020 0.065 28 V 0.978 0.002 0.001 0.001 0.006 0.014 29 S 0.974 0.002 0.001 0.001 0.005 0.018 30 T 0.940 0.001 0.001 0.001 0.015 0.043 31 A 0.814 0.008 0.001 0.001 0.031 0.145 32 G 0.390 0.034 0.003 0.002 0.411 0.160 33 A 0.044 0.008 0.036 0.005 0.823 0.083 34 D 0.017 0.004 0.045 0.007 0.867 0.060 35 G 0.013 0.008 0.043 0.006 0.879 0.051 36 G 0.020 0.012 0.008 0.004 0.453 0.503 37 A 0.161 0.062 0.005 0.003 0.228 0.541 38 P 0.294 0.033 0.011 0.002 0.219 0.440 39 Y 0.554 0.021 0.010 0.001 0.144 0.270 40 L 0.793 0.014 0.005 0.001 0.052 0.136 41 V 0.822 0.006 0.003 0.001 0.038 0.130 42 P 0.832 0.004 0.002 0.001 0.034 0.128 43 L 0.845 0.005 0.002 0.001 0.033 0.114 44 S 0.854 0.003 0.002 0.001 0.042 0.097 45 Y 0.922 0.002 0.002 0.002 0.018 0.054 46 L 0.963 0.002 0.001 0.001 0.012 0.021 47 W 0.953 0.007 0.002 0.001 0.027 0.011 48 D 0.491 0.013 0.007 0.001 0.482 0.006 49 G 0.026 0.001 0.009 0.001 0.956 0.008 50 E 0.037 0.001 0.007 0.001 0.943 0.012 51 T 0.913 0.008 0.001 0.001 0.066 0.011 52 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 53 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 54 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 55 A 0.920 0.003 0.001 0.001 0.010 0.067 56 T 0.442 0.012 0.001 0.001 0.110 0.435 57 P 0.058 0.018 0.010 0.001 0.747 0.167 58 A 0.008 0.006 0.059 0.005 0.829 0.093 59 A 0.003 0.003 0.053 0.010 0.871 0.061 60 S 0.005 0.008 0.019 0.019 0.828 0.121 61 P 0.006 0.010 0.076 0.399 0.300 0.209 62 T 0.034 0.033 0.107 0.455 0.232 0.139 63 G 0.033 0.009 0.218 0.502 0.171 0.066 64 R 0.076 0.007 0.146 0.558 0.117 0.096 65 N 0.082 0.024 0.164 0.543 0.116 0.072 66 L 0.032 0.006 0.167 0.623 0.128 0.043 67 S 0.041 0.002 0.110 0.464 0.284 0.099 68 E 0.067 0.022 0.109 0.372 0.311 0.120 69 T 0.054 0.007 0.020 0.041 0.554 0.323 70 G 0.056 0.003 0.051 0.046 0.516 0.328 71 R 0.343 0.009 0.014 0.013 0.275 0.345 72 V 0.865 0.004 0.005 0.008 0.053 0.065 73 R 0.936 0.002 0.001 0.006 0.017 0.039 74 L 0.967 0.002 0.001 0.002 0.007 0.022 75 G 0.939 0.002 0.001 0.002 0.019 0.038 76 I 0.846 0.005 0.001 0.002 0.031 0.115 77 G 0.568 0.009 0.003 0.001 0.149 0.269 78 P 0.223 0.008 0.019 0.003 0.427 0.321 79 T 0.086 0.019 0.166 0.005 0.596 0.128 80 R 0.056 0.002 0.175 0.003 0.679 0.085 81 D 0.091 0.001 0.109 0.003 0.648 0.148 82 L 0.729 0.006 0.009 0.001 0.131 0.123 83 V 0.953 0.003 0.001 0.001 0.014 0.029 84 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 85 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 86 E 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 87 G 0.923 0.001 0.001 0.001 0.011 0.065 88 T 0.899 0.001 0.001 0.001 0.021 0.078 89 A 0.931 0.002 0.002 0.001 0.023 0.042 90 L 0.924 0.002 0.001 0.001 0.020 0.052 91 P 0.882 0.004 0.002 0.002 0.029 0.082 92 L 0.482 0.023 0.003 0.002 0.084 0.404 93 E 0.177 0.020 0.005 0.002 0.319 0.477 94 P 0.021 0.006 0.147 0.018 0.614 0.194 95 A 0.008 0.002 0.250 0.051 0.553 0.136 96 G 0.009 0.007 0.239 0.065 0.544 0.137 97 L 0.008 0.013 0.042 0.092 0.385 0.460 98 P 0.008 0.014 0.050 0.214 0.231 0.483 99 D 0.013 0.010 0.101 0.454 0.204 0.218 100 G 0.033 0.007 0.131 0.499 0.205 0.125 101 V 0.046 0.008 0.118 0.586 0.149 0.093 102 G 0.055 0.010 0.068 0.674 0.105 0.088 103 D 0.028 0.004 0.073 0.727 0.100 0.069 104 T 0.016 0.004 0.068 0.778 0.082 0.052 105 F 0.006 0.003 0.079 0.815 0.060 0.036 106 A 0.006 0.002 0.105 0.785 0.068 0.035 107 E 0.008 0.003 0.113 0.722 0.088 0.067 108 K 0.012 0.015 0.079 0.584 0.150 0.160 109 T 0.012 0.010 0.044 0.403 0.230 0.300 110 G 0.008 0.006 0.019 0.080 0.271 0.617 111 F 0.013 0.010 0.012 0.018 0.248 0.699 112 D 0.021 0.011 0.015 0.015 0.320 0.618 113 P 0.022 0.012 0.120 0.046 0.405 0.396 114 R 0.053 0.018 0.154 0.048 0.366 0.362 115 R 0.093 0.028 0.120 0.035 0.348 0.376 116 L 0.072 0.027 0.038 0.020 0.251 0.591 117 T 0.097 0.050 0.024 0.008 0.414 0.409 118 T 0.046 0.004 0.032 0.004 0.562 0.351 119 S 0.095 0.004 0.028 0.002 0.547 0.324 120 Y 0.605 0.010 0.008 0.001 0.199 0.179 121 L 0.880 0.004 0.001 0.001 0.031 0.083 122 Y 0.977 0.002 0.001 0.001 0.004 0.016 123 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 124 R 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 125 I 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 126 S 0.867 0.001 0.001 0.001 0.028 0.103 127 P 0.822 0.001 0.002 0.004 0.050 0.120 128 R 0.860 0.001 0.003 0.006 0.037 0.092 129 R 0.939 0.001 0.003 0.010 0.020 0.027 130 V 0.920 0.002 0.003 0.020 0.020 0.035 131 Q 0.915 0.001 0.003 0.022 0.019 0.040 132 A 0.856 0.003 0.006 0.035 0.035 0.065 133 W 0.699 0.009 0.011 0.042 0.094 0.144 134 R 0.436 0.010 0.028 0.042 0.301 0.183 135 E 0.209 0.011 0.078 0.091 0.444 0.166 136 A 0.102 0.010 0.101 0.092 0.500 0.194 137 N 0.085 0.013 0.064 0.056 0.505 0.276 138 E 0.133 0.032 0.030 0.059 0.341 0.405 139 L 0.169 0.035 0.055 0.077 0.384 0.280 140 S 0.202 0.016 0.049 0.069 0.434 0.230 141 G 0.204 0.010 0.044 0.064 0.412 0.265 142 R 0.417 0.016 0.039 0.079 0.226 0.223 143 E 0.569 0.013 0.022 0.088 0.112 0.196 144 L 0.748 0.016 0.020 0.064 0.061 0.090 145 M 0.739 0.041 0.006 0.062 0.083 0.069 146 R 0.534 0.029 0.010 0.057 0.347 0.023 147 D 0.074 0.003 0.006 0.020 0.859 0.037 148 G 0.021 0.001 0.006 0.007 0.919 0.047 149 E 0.484 0.031 0.005 0.004 0.393 0.083 150 W 0.743 0.027 0.004 0.004 0.046 0.176 151 L 0.799 0.040 0.006 0.004 0.034 0.117 152 V 0.517 0.010 0.008 0.004 0.078 0.382 153 T 0.120 0.009 0.002 0.004 0.074 0.791 154 D 0.005 0.001 0.001 0.001 0.024 0.971