# TARGET T0370 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 692 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.004 0.961 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.006 0.003 0.003 2 T 0.001 0.009 0.926 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.036 0.016 0.001 0.005 3 T 0.001 0.005 0.693 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.263 0.022 0.005 0.002 4 P 0.001 0.010 0.816 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.139 0.014 0.001 0.004 5 P 0.001 0.019 0.500 0.001 0.029 0.266 0.001 0.001 0.001 0.071 0.107 0.001 0.005 6 A 0.001 0.004 0.145 0.001 0.039 0.708 0.001 0.001 0.001 0.043 0.056 0.001 0.002 7 R 0.001 0.003 0.065 0.001 0.026 0.862 0.001 0.001 0.001 0.024 0.014 0.002 0.002 8 T 0.001 0.004 0.040 0.001 0.021 0.906 0.001 0.001 0.002 0.007 0.015 0.001 0.004 9 A 0.001 0.002 0.043 0.001 0.016 0.899 0.001 0.001 0.002 0.009 0.023 0.003 0.002 10 K 0.001 0.001 0.027 0.001 0.012 0.915 0.001 0.001 0.001 0.010 0.028 0.001 0.002 11 Q 0.001 0.002 0.042 0.001 0.009 0.875 0.001 0.001 0.001 0.025 0.040 0.003 0.002 12 R 0.001 0.002 0.042 0.001 0.006 0.892 0.001 0.001 0.001 0.015 0.040 0.001 0.002 13 I 0.001 0.001 0.032 0.001 0.003 0.941 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.001 0.001 14 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 15 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 16 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 18 N 0.001 0.001 0.011 0.001 0.018 0.877 0.001 0.001 0.001 0.008 0.083 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.017 0.001 0.026 0.791 0.001 0.001 0.001 0.019 0.144 0.001 0.001 20 L 0.001 0.007 0.134 0.001 0.020 0.600 0.001 0.001 0.001 0.095 0.137 0.001 0.003 21 E 0.001 0.010 0.526 0.001 0.030 0.180 0.001 0.001 0.002 0.071 0.171 0.002 0.006 22 L 0.001 0.006 0.459 0.006 0.051 0.082 0.001 0.001 0.003 0.159 0.222 0.002 0.009 23 D 0.001 0.004 0.674 0.008 0.023 0.009 0.001 0.001 0.004 0.178 0.085 0.008 0.006 24 V 0.001 0.007 0.577 0.005 0.020 0.005 0.001 0.001 0.017 0.289 0.053 0.008 0.019 25 D 0.005 0.008 0.484 0.053 0.007 0.001 0.005 0.004 0.103 0.215 0.037 0.026 0.052 26 A 0.060 0.007 0.170 0.008 0.003 0.001 0.065 0.051 0.406 0.033 0.004 0.072 0.120 27 W 0.214 0.003 0.028 0.005 0.001 0.001 0.168 0.166 0.268 0.005 0.001 0.076 0.066 28 V 0.472 0.001 0.020 0.012 0.001 0.001 0.170 0.073 0.113 0.002 0.001 0.033 0.103 29 S 0.395 0.001 0.028 0.005 0.001 0.001 0.090 0.039 0.194 0.003 0.001 0.183 0.062 30 T 0.204 0.003 0.093 0.014 0.001 0.001 0.053 0.011 0.192 0.006 0.001 0.094 0.328 31 A 0.226 0.036 0.147 0.021 0.001 0.001 0.037 0.003 0.055 0.030 0.007 0.091 0.344 32 G 0.029 0.089 0.366 0.003 0.002 0.003 0.004 0.001 0.044 0.123 0.013 0.141 0.183 33 A 0.001 0.002 0.091 0.002 0.061 0.011 0.001 0.001 0.001 0.115 0.707 0.001 0.010 34 D 0.001 0.001 0.022 0.001 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.079 0.855 0.002 0.002 35 G 0.001 0.008 0.125 0.003 0.056 0.008 0.001 0.001 0.001 0.159 0.618 0.014 0.007 36 G 0.002 0.013 0.402 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.403 0.138 0.004 0.023 37 A 0.006 0.030 0.501 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.221 0.021 0.170 0.036 38 P 0.018 0.042 0.140 0.010 0.003 0.001 0.004 0.001 0.003 0.034 0.014 0.003 0.728 39 Y 0.061 0.006 0.119 0.025 0.004 0.001 0.012 0.001 0.005 0.021 0.009 0.718 0.019 40 L 0.089 0.013 0.088 0.003 0.003 0.001 0.018 0.001 0.013 0.026 0.004 0.009 0.733 41 V 0.040 0.004 0.102 0.030 0.003 0.001 0.007 0.001 0.015 0.058 0.002 0.720 0.017 42 P 0.035 0.003 0.121 0.012 0.002 0.001 0.008 0.001 0.011 0.011 0.003 0.006 0.787 43 L 0.222 0.012 0.108 0.138 0.008 0.002 0.022 0.002 0.014 0.010 0.007 0.375 0.079 44 S 0.306 0.006 0.084 0.023 0.004 0.002 0.018 0.002 0.014 0.009 0.005 0.167 0.359 45 Y 0.332 0.004 0.104 0.073 0.004 0.002 0.022 0.002 0.013 0.017 0.010 0.074 0.344 46 L 0.299 0.008 0.079 0.005 0.003 0.002 0.016 0.001 0.009 0.017 0.014 0.382 0.165 47 W 0.159 0.028 0.048 0.005 0.003 0.001 0.012 0.001 0.003 0.050 0.035 0.066 0.591 48 D 0.021 0.009 0.133 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.125 0.329 0.304 0.051 49 G 0.003 0.001 0.039 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.234 0.686 0.004 0.024 50 E 0.040 0.001 0.099 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.326 0.382 0.107 0.033 51 T 0.352 0.004 0.074 0.005 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.039 0.006 0.077 0.423 52 F 0.572 0.001 0.031 0.004 0.001 0.001 0.051 0.001 0.002 0.003 0.001 0.232 0.104 53 L 0.666 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.191 54 V 0.522 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.108 0.001 0.003 0.001 0.001 0.315 0.041 55 A 0.231 0.005 0.038 0.004 0.001 0.001 0.083 0.001 0.016 0.005 0.001 0.030 0.585 56 T 0.040 0.008 0.344 0.023 0.002 0.001 0.011 0.001 0.025 0.038 0.004 0.409 0.094 57 P 0.002 0.006 0.446 0.007 0.036 0.003 0.001 0.001 0.006 0.209 0.168 0.006 0.110 58 A 0.001 0.003 0.107 0.001 0.078 0.005 0.001 0.001 0.001 0.159 0.643 0.002 0.002 59 A 0.001 0.006 0.219 0.001 0.066 0.012 0.001 0.001 0.001 0.303 0.389 0.001 0.002 60 S 0.001 0.005 0.525 0.001 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 0.423 0.017 0.001 0.002 61 P 0.001 0.008 0.118 0.001 0.103 0.409 0.001 0.001 0.001 0.078 0.280 0.001 0.002 62 T 0.004 0.035 0.055 0.001 0.079 0.603 0.001 0.001 0.002 0.041 0.162 0.005 0.012 63 G 0.003 0.013 0.073 0.003 0.063 0.777 0.001 0.001 0.001 0.027 0.029 0.002 0.008 64 R 0.001 0.003 0.019 0.001 0.056 0.882 0.001 0.001 0.001 0.008 0.025 0.002 0.003 65 N 0.001 0.002 0.019 0.001 0.079 0.828 0.001 0.001 0.001 0.016 0.046 0.003 0.003 66 L 0.001 0.004 0.012 0.001 0.178 0.728 0.001 0.001 0.001 0.010 0.061 0.001 0.005 67 S 0.002 0.006 0.029 0.001 0.119 0.689 0.001 0.001 0.001 0.012 0.131 0.004 0.004 68 E 0.005 0.009 0.060 0.003 0.093 0.422 0.001 0.001 0.001 0.058 0.337 0.003 0.008 69 T 0.001 0.003 0.569 0.007 0.009 0.016 0.001 0.001 0.001 0.345 0.030 0.007 0.011 70 G 0.001 0.004 0.307 0.074 0.056 0.005 0.001 0.001 0.001 0.239 0.296 0.007 0.009 71 R 0.047 0.012 0.276 0.013 0.023 0.002 0.008 0.002 0.030 0.239 0.098 0.091 0.159 72 V 0.235 0.009 0.140 0.013 0.010 0.002 0.036 0.011 0.084 0.057 0.006 0.195 0.202 73 R 0.507 0.004 0.033 0.013 0.002 0.003 0.100 0.024 0.084 0.008 0.003 0.108 0.110 74 L 0.607 0.001 0.016 0.008 0.001 0.002 0.117 0.027 0.038 0.004 0.004 0.083 0.092 75 G 0.660 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.096 0.016 0.029 0.003 0.004 0.094 0.078 76 I 0.367 0.010 0.058 0.003 0.001 0.001 0.067 0.004 0.050 0.025 0.004 0.101 0.311 77 G 0.027 0.005 0.477 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 0.111 0.016 0.211 0.117 78 P 0.003 0.010 0.419 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.246 0.114 0.011 0.177 79 T 0.001 0.013 0.319 0.017 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.247 0.293 0.036 0.024 80 R 0.001 0.003 0.152 0.014 0.089 0.002 0.001 0.001 0.001 0.462 0.252 0.008 0.017 81 D 0.009 0.005 0.318 0.040 0.050 0.002 0.001 0.001 0.002 0.287 0.163 0.039 0.084 82 L 0.168 0.007 0.155 0.031 0.004 0.001 0.017 0.001 0.004 0.037 0.011 0.088 0.475 83 V 0.559 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.034 0.001 0.003 0.003 0.001 0.259 0.117 84 L 0.787 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.002 0.001 0.001 0.044 0.108 85 V 0.729 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.054 0.001 0.002 0.001 0.001 0.128 0.078 86 E 0.710 0.001 0.014 0.022 0.001 0.001 0.053 0.001 0.003 0.003 0.001 0.054 0.141 87 G 0.548 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.051 0.001 0.015 0.012 0.001 0.251 0.095 88 T 0.420 0.001 0.060 0.004 0.001 0.001 0.069 0.002 0.041 0.019 0.010 0.130 0.243 89 A 0.242 0.007 0.096 0.014 0.001 0.001 0.069 0.002 0.091 0.023 0.005 0.026 0.424 90 L 0.024 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.088 0.009 0.001 0.804 0.014 91 P 0.004 0.017 0.166 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.067 0.005 0.001 0.001 0.734 92 L 0.004 0.067 0.576 0.038 0.002 0.001 0.004 0.001 0.029 0.028 0.004 0.220 0.028 93 E 0.001 0.023 0.625 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.019 0.161 0.010 0.011 0.141 94 P 0.001 0.003 0.121 0.002 0.298 0.046 0.001 0.001 0.001 0.085 0.437 0.001 0.006 95 A 0.001 0.002 0.094 0.001 0.186 0.048 0.001 0.001 0.001 0.094 0.572 0.002 0.001 96 G 0.001 0.005 0.243 0.003 0.147 0.064 0.001 0.001 0.001 0.197 0.337 0.001 0.002 97 L 0.001 0.020 0.742 0.001 0.028 0.050 0.001 0.001 0.001 0.117 0.030 0.005 0.007 98 P 0.001 0.025 0.329 0.002 0.163 0.288 0.001 0.001 0.001 0.047 0.106 0.004 0.033 99 D 0.002 0.007 0.095 0.005 0.272 0.419 0.001 0.001 0.001 0.068 0.114 0.009 0.008 100 G 0.003 0.010 0.086 0.001 0.210 0.451 0.001 0.001 0.004 0.079 0.122 0.011 0.022 101 V 0.002 0.014 0.099 0.002 0.096 0.608 0.001 0.001 0.006 0.034 0.115 0.006 0.016 102 G 0.002 0.005 0.079 0.002 0.051 0.749 0.001 0.001 0.003 0.033 0.060 0.006 0.009 103 D 0.001 0.001 0.037 0.001 0.038 0.853 0.001 0.001 0.001 0.024 0.036 0.003 0.005 104 T 0.001 0.003 0.029 0.001 0.033 0.890 0.001 0.001 0.002 0.011 0.024 0.002 0.005 105 F 0.001 0.004 0.026 0.001 0.034 0.892 0.001 0.001 0.001 0.011 0.024 0.001 0.005 106 A 0.001 0.004 0.029 0.002 0.047 0.836 0.001 0.001 0.001 0.016 0.055 0.003 0.005 107 E 0.001 0.003 0.046 0.001 0.068 0.706 0.001 0.001 0.001 0.022 0.142 0.004 0.005 108 K 0.001 0.002 0.107 0.001 0.060 0.548 0.001 0.001 0.001 0.065 0.209 0.002 0.004 109 T 0.001 0.014 0.323 0.001 0.032 0.240 0.001 0.001 0.002 0.172 0.207 0.003 0.005 110 G 0.001 0.014 0.430 0.003 0.027 0.054 0.001 0.001 0.001 0.193 0.266 0.005 0.005 111 F 0.001 0.019 0.532 0.002 0.018 0.030 0.001 0.001 0.003 0.263 0.115 0.005 0.013 112 D 0.001 0.016 0.646 0.002 0.022 0.016 0.001 0.001 0.004 0.197 0.072 0.012 0.012 113 P 0.002 0.017 0.518 0.005 0.075 0.027 0.001 0.001 0.005 0.170 0.131 0.005 0.045 114 R 0.004 0.025 0.435 0.006 0.054 0.026 0.001 0.001 0.015 0.222 0.057 0.124 0.031 115 R 0.003 0.030 0.617 0.003 0.033 0.018 0.001 0.001 0.015 0.065 0.036 0.015 0.163 116 L 0.005 0.058 0.583 0.011 0.021 0.021 0.002 0.001 0.011 0.110 0.059 0.053 0.064 117 T 0.003 0.024 0.546 0.017 0.028 0.014 0.001 0.001 0.005 0.147 0.101 0.043 0.071 118 T 0.002 0.005 0.190 0.029 0.055 0.008 0.001 0.001 0.002 0.307 0.366 0.012 0.024 119 S 0.016 0.006 0.199 0.016 0.033 0.003 0.003 0.001 0.006 0.261 0.324 0.064 0.067 120 Y 0.162 0.008 0.200 0.014 0.008 0.001 0.022 0.003 0.018 0.073 0.024 0.086 0.381 121 L 0.529 0.002 0.038 0.010 0.001 0.001 0.041 0.004 0.009 0.009 0.001 0.256 0.100 122 Y 0.760 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.049 0.003 0.003 0.001 0.001 0.061 0.114 123 F 0.855 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.052 0.002 0.002 0.001 0.001 0.039 0.044 124 R 0.771 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.098 0.001 0.002 0.001 0.001 0.069 0.056 125 I 0.643 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.053 0.001 0.003 0.002 0.001 0.051 0.227 126 S 0.188 0.002 0.139 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.014 0.029 0.003 0.483 0.125 127 P 0.040 0.002 0.231 0.011 0.005 0.001 0.003 0.001 0.010 0.090 0.037 0.016 0.554 128 R 0.092 0.001 0.183 0.338 0.007 0.001 0.008 0.001 0.011 0.127 0.026 0.141 0.065 129 R 0.363 0.003 0.023 0.001 0.004 0.002 0.042 0.005 0.018 0.011 0.003 0.271 0.254 130 V 0.557 0.002 0.009 0.004 0.002 0.004 0.062 0.008 0.006 0.002 0.001 0.023 0.321 131 Q 0.562 0.001 0.011 0.024 0.001 0.005 0.053 0.005 0.005 0.001 0.001 0.299 0.033 132 A 0.427 0.001 0.019 0.008 0.002 0.006 0.031 0.002 0.010 0.006 0.004 0.075 0.408 133 W 0.481 0.003 0.063 0.072 0.004 0.007 0.022 0.001 0.009 0.023 0.020 0.141 0.153 134 R 0.250 0.022 0.132 0.013 0.015 0.014 0.013 0.001 0.008 0.074 0.045 0.167 0.244 135 E 0.045 0.016 0.265 0.007 0.036 0.031 0.005 0.001 0.006 0.152 0.184 0.083 0.170 136 A 0.009 0.011 0.280 0.014 0.047 0.027 0.001 0.001 0.001 0.135 0.418 0.024 0.035 137 N 0.008 0.006 0.227 0.006 0.033 0.021 0.001 0.001 0.001 0.288 0.359 0.031 0.019 138 E 0.013 0.014 0.391 0.003 0.030 0.038 0.001 0.001 0.002 0.240 0.174 0.029 0.064 139 L 0.048 0.045 0.266 0.005 0.046 0.062 0.005 0.001 0.003 0.178 0.141 0.077 0.124 140 S 0.048 0.022 0.314 0.015 0.043 0.055 0.004 0.001 0.003 0.113 0.144 0.102 0.137 141 G 0.065 0.008 0.233 0.023 0.097 0.073 0.003 0.001 0.003 0.125 0.157 0.069 0.144 142 R 0.160 0.009 0.138 0.047 0.071 0.047 0.005 0.001 0.004 0.084 0.051 0.173 0.211 143 E 0.215 0.006 0.095 0.035 0.042 0.054 0.011 0.001 0.009 0.029 0.022 0.121 0.361 144 L 0.333 0.015 0.048 0.016 0.015 0.059 0.020 0.003 0.015 0.012 0.018 0.254 0.192 145 M 0.256 0.018 0.104 0.024 0.006 0.039 0.024 0.004 0.013 0.023 0.031 0.037 0.419 146 R 0.130 0.017 0.131 0.012 0.007 0.044 0.010 0.001 0.009 0.040 0.104 0.404 0.089 147 D 0.002 0.001 0.025 0.004 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.050 0.892 0.006 0.009 148 G 0.001 0.001 0.022 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.867 0.002 0.002 149 E 0.060 0.015 0.313 0.002 0.004 0.001 0.006 0.001 0.004 0.188 0.072 0.231 0.105 150 W 0.146 0.035 0.107 0.002 0.002 0.001 0.036 0.001 0.011 0.023 0.006 0.059 0.571 151 L 0.230 0.020 0.158 0.066 0.003 0.001 0.082 0.002 0.008 0.016 0.009 0.249 0.156 152 V 0.187 0.018 0.176 0.011 0.004 0.002 0.062 0.002 0.009 0.049 0.018 0.158 0.304 153 T 0.031 0.015 0.541 0.007 0.004 0.003 0.007 0.001 0.013 0.081 0.014 0.144 0.140 154 D 0.002 0.004 0.859 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.037 0.009 0.013 0.062