# TARGET T0370 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 692 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.004 0.013 0.028 0.029 0.138 0.017 0.754 2 T 0.052 0.045 0.013 0.018 0.029 0.120 0.041 0.683 3 T 0.141 0.132 0.007 0.007 0.011 0.107 0.037 0.558 4 P 0.091 0.174 0.016 0.015 0.011 0.091 0.222 0.381 5 P 0.047 0.676 0.006 0.004 0.005 0.033 0.082 0.147 6 A 0.056 0.814 0.005 0.002 0.004 0.018 0.023 0.079 7 R 0.044 0.691 0.013 0.011 0.013 0.031 0.058 0.139 8 T 0.045 0.672 0.011 0.005 0.007 0.028 0.115 0.117 9 A 0.043 0.821 0.004 0.002 0.003 0.012 0.063 0.052 10 K 0.038 0.781 0.008 0.003 0.004 0.018 0.052 0.096 11 Q 0.026 0.566 0.008 0.004 0.005 0.045 0.084 0.262 12 R 0.017 0.597 0.005 0.002 0.002 0.021 0.267 0.088 13 I 0.023 0.901 0.001 0.001 0.001 0.004 0.051 0.018 14 Q 0.027 0.629 0.007 0.002 0.002 0.016 0.245 0.074 15 D 0.015 0.811 0.008 0.002 0.001 0.013 0.086 0.063 16 T 0.132 0.745 0.009 0.001 0.001 0.014 0.050 0.049 17 L 0.180 0.514 0.024 0.005 0.004 0.033 0.073 0.166 18 N 0.082 0.252 0.013 0.003 0.005 0.054 0.058 0.533 19 R 0.074 0.102 0.033 0.006 0.005 0.096 0.127 0.557 20 L 0.110 0.096 0.041 0.018 0.016 0.119 0.139 0.461 21 E 0.080 0.026 0.042 0.007 0.010 0.088 0.063 0.685 22 L 0.076 0.012 0.034 0.005 0.006 0.108 0.035 0.723 23 D 0.243 0.028 0.043 0.006 0.007 0.087 0.061 0.523 24 V 0.027 0.012 0.032 0.005 0.011 0.146 0.027 0.741 25 D 0.007 0.008 0.162 0.016 0.062 0.159 0.064 0.522 26 A 0.006 0.005 0.246 0.095 0.143 0.069 0.183 0.254 27 W 0.009 0.005 0.348 0.142 0.165 0.061 0.097 0.173 28 V 0.007 0.004 0.335 0.138 0.245 0.046 0.046 0.179 29 S 0.013 0.005 0.261 0.167 0.242 0.061 0.036 0.215 30 T 0.020 0.005 0.215 0.157 0.214 0.077 0.094 0.219 31 A 0.023 0.003 0.070 0.082 0.130 0.136 0.071 0.485 32 G 0.303 0.003 0.039 0.047 0.066 0.100 0.104 0.338 33 A 0.192 0.001 0.008 0.014 0.019 0.104 0.031 0.630 34 D 0.040 0.001 0.006 0.007 0.017 0.099 0.014 0.817 35 G 0.011 0.001 0.008 0.012 0.042 0.123 0.018 0.786 36 G 0.035 0.001 0.016 0.033 0.062 0.089 0.023 0.742 37 A 0.088 0.002 0.025 0.154 0.147 0.084 0.041 0.460 38 P 0.006 0.001 0.030 0.075 0.112 0.080 0.016 0.679 39 Y 0.004 0.001 0.069 0.145 0.368 0.073 0.019 0.320 40 L 0.006 0.001 0.068 0.108 0.148 0.057 0.033 0.579 41 V 0.042 0.009 0.078 0.363 0.223 0.050 0.071 0.165 42 P 0.033 0.010 0.071 0.108 0.211 0.057 0.056 0.455 43 L 0.034 0.005 0.076 0.215 0.318 0.061 0.039 0.252 44 S 0.015 0.002 0.065 0.192 0.344 0.043 0.043 0.295 45 Y 0.008 0.001 0.038 0.240 0.305 0.061 0.036 0.312 46 L 0.017 0.001 0.057 0.140 0.278 0.081 0.046 0.380 47 W 0.073 0.001 0.039 0.045 0.055 0.116 0.068 0.604 48 D 0.115 0.002 0.026 0.023 0.034 0.109 0.044 0.648 49 G 0.013 0.001 0.031 0.011 0.040 0.171 0.028 0.705 50 E 0.002 0.001 0.159 0.071 0.270 0.132 0.055 0.311 51 T 0.001 0.001 0.298 0.197 0.302 0.022 0.084 0.095 52 F 0.001 0.001 0.318 0.276 0.247 0.015 0.041 0.101 53 L 0.001 0.001 0.572 0.169 0.182 0.010 0.020 0.047 54 V 0.002 0.001 0.405 0.216 0.256 0.023 0.028 0.069 55 A 0.014 0.002 0.366 0.098 0.125 0.069 0.032 0.294 56 T 0.192 0.016 0.084 0.085 0.100 0.089 0.123 0.311 57 P 0.203 0.023 0.025 0.011 0.019 0.153 0.064 0.501 58 A 0.016 0.004 0.014 0.011 0.019 0.142 0.136 0.657 59 A 0.023 0.029 0.007 0.007 0.011 0.114 0.111 0.698 60 S 0.272 0.255 0.004 0.007 0.009 0.090 0.079 0.283 61 P 0.057 0.170 0.018 0.021 0.025 0.103 0.053 0.552 62 T 0.107 0.433 0.012 0.011 0.034 0.055 0.050 0.299 63 G 0.115 0.171 0.045 0.020 0.031 0.094 0.195 0.330 64 R 0.057 0.108 0.074 0.095 0.103 0.109 0.125 0.329 65 N 0.107 0.036 0.045 0.027 0.060 0.068 0.218 0.439 66 L 0.057 0.029 0.051 0.046 0.062 0.143 0.135 0.477 67 S 0.017 0.014 0.054 0.045 0.086 0.114 0.044 0.626 68 E 0.030 0.013 0.011 0.017 0.029 0.096 0.022 0.782 69 T 0.128 0.064 0.041 0.038 0.047 0.135 0.113 0.434 70 G 0.073 0.060 0.060 0.036 0.081 0.160 0.059 0.471 71 R 0.031 0.019 0.114 0.043 0.136 0.102 0.116 0.440 72 V 0.027 0.009 0.122 0.169 0.199 0.086 0.092 0.296 73 R 0.015 0.003 0.149 0.156 0.355 0.051 0.067 0.204 74 L 0.010 0.001 0.079 0.181 0.273 0.059 0.027 0.372 75 G 0.004 0.001 0.093 0.272 0.366 0.049 0.030 0.186 76 I 0.007 0.001 0.027 0.108 0.170 0.095 0.025 0.567 77 G 0.068 0.001 0.035 0.091 0.111 0.136 0.079 0.479 78 P 0.137 0.002 0.008 0.015 0.017 0.088 0.034 0.699 79 T 0.266 0.005 0.010 0.010 0.019 0.091 0.064 0.535 80 R 0.023 0.002 0.021 0.019 0.052 0.157 0.036 0.690 81 D 0.005 0.001 0.080 0.094 0.330 0.085 0.048 0.358 82 L 0.002 0.001 0.093 0.183 0.330 0.039 0.044 0.308 83 V 0.001 0.001 0.177 0.318 0.369 0.022 0.020 0.094 84 L 0.003 0.001 0.241 0.238 0.312 0.021 0.041 0.143 85 V 0.009 0.001 0.180 0.335 0.263 0.030 0.039 0.142 86 E 0.023 0.001 0.158 0.092 0.207 0.058 0.035 0.426 87 G 0.025 0.001 0.080 0.185 0.292 0.064 0.036 0.318 88 T 0.008 0.001 0.072 0.162 0.368 0.054 0.026 0.310 89 A 0.006 0.001 0.038 0.127 0.257 0.051 0.013 0.508 90 L 0.009 0.001 0.052 0.393 0.287 0.051 0.020 0.189 91 P 0.008 0.002 0.025 0.076 0.103 0.085 0.021 0.681 92 L 0.036 0.005 0.044 0.093 0.085 0.087 0.031 0.619 93 E 0.405 0.025 0.014 0.035 0.027 0.060 0.041 0.393 94 P 0.409 0.060 0.006 0.007 0.008 0.055 0.045 0.409 95 A 0.032 0.037 0.009 0.008 0.013 0.103 0.021 0.778 96 G 0.032 0.081 0.008 0.007 0.009 0.100 0.032 0.731 97 L 0.185 0.540 0.003 0.006 0.004 0.045 0.032 0.185 98 P 0.136 0.595 0.004 0.002 0.004 0.028 0.093 0.137 99 D 0.072 0.581 0.005 0.003 0.005 0.032 0.120 0.182 100 G 0.019 0.110 0.012 0.004 0.006 0.036 0.695 0.118 101 V 0.018 0.677 0.009 0.004 0.006 0.032 0.180 0.075 102 G 0.054 0.841 0.006 0.002 0.004 0.014 0.016 0.064 103 D 0.033 0.751 0.013 0.008 0.008 0.025 0.031 0.131 104 T 0.064 0.598 0.022 0.005 0.010 0.039 0.084 0.179 105 F 0.163 0.164 0.045 0.013 0.010 0.057 0.391 0.156 106 A 0.094 0.080 0.057 0.019 0.017 0.100 0.267 0.367 107 E 0.127 0.033 0.028 0.005 0.009 0.081 0.048 0.668 108 K 0.076 0.011 0.024 0.008 0.012 0.113 0.034 0.722 109 T 0.039 0.008 0.021 0.006 0.009 0.109 0.031 0.778 110 G 0.032 0.009 0.014 0.007 0.012 0.135 0.027 0.763 111 F 0.058 0.010 0.021 0.013 0.015 0.119 0.043 0.721 112 D 0.178 0.020 0.023 0.022 0.022 0.104 0.058 0.573 113 P 0.054 0.006 0.022 0.019 0.030 0.091 0.061 0.718 114 R 0.028 0.004 0.026 0.037 0.051 0.120 0.065 0.670 115 R 0.015 0.002 0.026 0.029 0.046 0.144 0.048 0.689 116 L 0.076 0.004 0.015 0.024 0.028 0.097 0.036 0.721 117 T 0.312 0.011 0.016 0.016 0.029 0.087 0.082 0.446 118 T 0.044 0.006 0.029 0.016 0.044 0.146 0.036 0.679 119 S 0.022 0.003 0.093 0.061 0.275 0.133 0.047 0.365 120 Y 0.002 0.001 0.063 0.112 0.269 0.058 0.055 0.440 121 L 0.001 0.001 0.200 0.269 0.459 0.017 0.017 0.037 122 Y 0.001 0.001 0.124 0.220 0.505 0.010 0.030 0.110 123 F 0.001 0.001 0.136 0.548 0.264 0.007 0.005 0.039 124 R 0.001 0.001 0.202 0.213 0.482 0.017 0.013 0.071 125 I 0.004 0.002 0.119 0.231 0.242 0.055 0.031 0.316 126 S 0.152 0.033 0.107 0.212 0.171 0.050 0.075 0.200 127 P 0.096 0.058 0.039 0.045 0.077 0.082 0.063 0.538 128 R 0.018 0.080 0.078 0.109 0.243 0.075 0.042 0.356 129 R 0.024 0.106 0.071 0.096 0.215 0.064 0.082 0.342 130 V 0.031 0.143 0.057 0.219 0.165 0.061 0.067 0.257 131 Q 0.024 0.113 0.114 0.192 0.236 0.045 0.072 0.204 132 A 0.072 0.213 0.055 0.095 0.138 0.061 0.091 0.276 133 W 0.084 0.108 0.084 0.108 0.112 0.062 0.139 0.302 134 R 0.118 0.119 0.024 0.058 0.065 0.080 0.091 0.446 135 E 0.150 0.132 0.010 0.023 0.033 0.062 0.065 0.525 136 A 0.057 0.050 0.011 0.023 0.035 0.113 0.078 0.633 137 N 0.047 0.086 0.016 0.031 0.045 0.111 0.122 0.542 138 E 0.087 0.111 0.010 0.022 0.027 0.123 0.029 0.589 139 L 0.112 0.135 0.016 0.024 0.034 0.096 0.034 0.550 140 S 0.075 0.227 0.011 0.025 0.063 0.083 0.067 0.448 141 G 0.082 0.242 0.016 0.043 0.105 0.064 0.090 0.358 142 R 0.029 0.084 0.023 0.234 0.220 0.063 0.051 0.296 143 E 0.017 0.023 0.027 0.261 0.301 0.062 0.047 0.263 144 L 0.007 0.005 0.054 0.196 0.369 0.061 0.075 0.233 145 M 0.160 0.004 0.049 0.099 0.137 0.074 0.062 0.415 146 R 0.763 0.003 0.007 0.017 0.012 0.021 0.023 0.155 147 D 0.015 0.001 0.004 0.006 0.021 0.084 0.005 0.863 148 G 0.004 0.001 0.017 0.013 0.097 0.100 0.018 0.749 149 E 0.003 0.001 0.054 0.309 0.336 0.057 0.059 0.180 150 W 0.003 0.001 0.078 0.328 0.226 0.034 0.042 0.289 151 L 0.004 0.001 0.100 0.277 0.274 0.039 0.026 0.280 152 V 0.008 0.001 0.137 0.101 0.139 0.059 0.030 0.526 153 T 0.126 0.007 0.074 0.137 0.127 0.084 0.110 0.336 154 D 0.055 0.007 0.021 0.020 0.034 0.103 0.032 0.727