# TARGET T0370 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 692 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.312 0.101 0.059 0.098 0.074 0.069 0.084 0.061 0.067 0.046 0.028 2 T 0.335 0.188 0.050 0.107 0.079 0.066 0.071 0.043 0.031 0.019 0.010 3 T 0.267 0.150 0.060 0.119 0.098 0.090 0.090 0.054 0.039 0.023 0.010 4 P 0.365 0.322 0.049 0.088 0.054 0.035 0.032 0.020 0.018 0.010 0.006 5 P 0.279 0.107 0.059 0.110 0.091 0.083 0.083 0.058 0.061 0.044 0.025 6 A 0.210 0.129 0.051 0.117 0.105 0.098 0.108 0.065 0.065 0.035 0.017 7 R 0.194 0.145 0.205 0.228 0.109 0.054 0.038 0.015 0.008 0.003 0.001 8 T 0.104 0.119 0.097 0.156 0.124 0.125 0.135 0.065 0.045 0.021 0.008 9 A 0.038 0.033 0.060 0.064 0.073 0.119 0.204 0.146 0.137 0.086 0.042 10 K 0.054 0.056 0.202 0.245 0.183 0.123 0.094 0.025 0.012 0.005 0.001 11 Q 0.044 0.078 0.490 0.156 0.092 0.057 0.048 0.018 0.011 0.004 0.002 12 R 0.010 0.036 0.083 0.076 0.082 0.133 0.211 0.122 0.116 0.081 0.048 13 I 0.003 0.009 0.021 0.030 0.055 0.110 0.263 0.190 0.166 0.104 0.051 14 Q 0.104 0.079 0.582 0.162 0.050 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 15 D 0.019 0.062 0.287 0.296 0.178 0.095 0.049 0.009 0.004 0.001 0.001 16 T 0.003 0.004 0.014 0.011 0.012 0.024 0.105 0.146 0.241 0.230 0.211 17 L 0.003 0.007 0.046 0.093 0.174 0.265 0.271 0.084 0.039 0.015 0.004 18 N 0.015 0.047 0.840 0.067 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.006 0.019 0.086 0.099 0.134 0.205 0.269 0.087 0.054 0.029 0.014 20 L 0.008 0.008 0.008 0.010 0.012 0.025 0.106 0.141 0.225 0.238 0.220 21 E 0.272 0.248 0.211 0.165 0.064 0.025 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 22 L 0.084 0.073 0.134 0.123 0.117 0.140 0.159 0.068 0.051 0.032 0.019 23 D 0.389 0.216 0.062 0.125 0.069 0.046 0.038 0.019 0.016 0.011 0.009 24 V 0.132 0.074 0.034 0.110 0.117 0.133 0.167 0.087 0.070 0.046 0.030 25 D 0.097 0.175 0.106 0.244 0.180 0.095 0.056 0.020 0.014 0.007 0.005 26 A 0.002 0.003 0.002 0.009 0.017 0.035 0.109 0.185 0.258 0.219 0.160 27 W 0.006 0.021 0.015 0.118 0.179 0.211 0.234 0.105 0.062 0.030 0.018 28 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.025 0.065 0.168 0.290 0.440 29 S 0.002 0.003 0.004 0.018 0.031 0.051 0.144 0.169 0.210 0.191 0.177 30 T 0.002 0.005 0.004 0.011 0.012 0.018 0.062 0.113 0.203 0.256 0.315 31 A 0.003 0.010 0.008 0.047 0.072 0.093 0.167 0.151 0.169 0.160 0.120 32 G 0.030 0.068 0.046 0.236 0.201 0.158 0.132 0.056 0.038 0.021 0.014 33 A 0.155 0.093 0.053 0.181 0.145 0.114 0.109 0.056 0.041 0.030 0.023 34 D 0.363 0.198 0.069 0.164 0.086 0.046 0.032 0.014 0.011 0.008 0.008 35 G 0.262 0.208 0.051 0.163 0.103 0.075 0.061 0.027 0.022 0.016 0.012 36 G 0.150 0.120 0.042 0.126 0.108 0.094 0.102 0.067 0.073 0.060 0.057 37 A 0.054 0.153 0.069 0.250 0.188 0.121 0.085 0.032 0.024 0.014 0.011 38 P 0.010 0.010 0.009 0.028 0.044 0.055 0.105 0.139 0.203 0.210 0.186 39 Y 0.025 0.043 0.031 0.183 0.206 0.167 0.163 0.077 0.054 0.030 0.021 40 L 0.005 0.006 0.005 0.018 0.026 0.040 0.107 0.166 0.233 0.229 0.164 41 V 0.008 0.014 0.011 0.061 0.089 0.113 0.206 0.167 0.163 0.102 0.066 42 P 0.005 0.005 0.003 0.010 0.012 0.023 0.079 0.141 0.234 0.258 0.230 43 L 0.003 0.004 0.003 0.014 0.020 0.033 0.109 0.154 0.243 0.237 0.181 44 S 0.006 0.011 0.009 0.030 0.031 0.047 0.118 0.145 0.200 0.193 0.210 45 Y 0.005 0.007 0.006 0.019 0.025 0.042 0.111 0.146 0.225 0.235 0.179 46 L 0.008 0.016 0.014 0.069 0.083 0.109 0.182 0.157 0.166 0.111 0.087 47 W 0.008 0.014 0.011 0.038 0.059 0.090 0.171 0.158 0.190 0.151 0.108 48 D 0.047 0.090 0.051 0.206 0.182 0.150 0.142 0.060 0.041 0.020 0.011 49 G 0.333 0.222 0.080 0.182 0.095 0.043 0.025 0.009 0.006 0.003 0.002 50 E 0.147 0.133 0.069 0.220 0.176 0.107 0.083 0.032 0.020 0.009 0.004 51 T 0.006 0.028 0.019 0.150 0.222 0.217 0.197 0.084 0.046 0.021 0.009 52 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.062 0.154 0.264 0.281 0.225 53 L 0.001 0.002 0.003 0.016 0.033 0.070 0.208 0.213 0.193 0.142 0.120 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.069 0.190 0.327 0.389 55 A 0.001 0.002 0.002 0.017 0.031 0.054 0.149 0.169 0.237 0.200 0.138 56 T 0.001 0.003 0.002 0.010 0.014 0.024 0.078 0.147 0.241 0.257 0.224 57 P 0.028 0.053 0.030 0.168 0.177 0.162 0.170 0.095 0.066 0.034 0.017 58 A 0.103 0.101 0.046 0.169 0.152 0.130 0.142 0.072 0.046 0.025 0.013 59 A 0.282 0.131 0.051 0.154 0.126 0.094 0.072 0.034 0.028 0.018 0.010 60 S 0.093 0.115 0.042 0.121 0.106 0.103 0.128 0.092 0.089 0.061 0.050 61 P 0.309 0.185 0.079 0.130 0.093 0.072 0.061 0.029 0.022 0.014 0.006 62 T 0.052 0.086 0.031 0.108 0.119 0.128 0.159 0.103 0.101 0.068 0.045 63 G 0.027 0.021 0.014 0.044 0.058 0.075 0.133 0.128 0.182 0.162 0.156 64 R 0.098 0.086 0.115 0.265 0.182 0.106 0.078 0.029 0.022 0.012 0.006 65 N 0.029 0.080 0.116 0.222 0.175 0.138 0.125 0.057 0.034 0.016 0.007 66 L 0.003 0.002 0.004 0.009 0.012 0.022 0.072 0.108 0.202 0.239 0.328 67 S 0.023 0.037 0.051 0.141 0.168 0.177 0.198 0.095 0.061 0.032 0.016 68 E 0.053 0.117 0.335 0.233 0.124 0.072 0.041 0.011 0.008 0.004 0.002 69 T 0.063 0.098 0.079 0.185 0.147 0.126 0.136 0.066 0.047 0.030 0.023 70 G 0.115 0.072 0.027 0.097 0.103 0.117 0.177 0.113 0.090 0.057 0.033 71 R 0.031 0.086 0.050 0.238 0.259 0.162 0.110 0.035 0.017 0.007 0.003 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.024 0.076 0.219 0.304 0.370 73 R 0.003 0.015 0.015 0.093 0.131 0.179 0.250 0.136 0.093 0.048 0.036 74 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.042 0.112 0.237 0.310 0.285 75 G 0.003 0.008 0.007 0.031 0.051 0.075 0.165 0.177 0.201 0.160 0.121 76 I 0.002 0.004 0.003 0.012 0.016 0.027 0.084 0.127 0.227 0.250 0.249 77 G 0.018 0.043 0.021 0.142 0.165 0.164 0.196 0.108 0.078 0.043 0.024 78 P 0.170 0.157 0.056 0.185 0.131 0.102 0.093 0.046 0.032 0.017 0.011 79 T 0.303 0.169 0.057 0.156 0.112 0.074 0.058 0.028 0.020 0.013 0.009 80 R 0.251 0.195 0.062 0.197 0.137 0.079 0.044 0.016 0.010 0.005 0.003 81 D 0.120 0.168 0.076 0.240 0.164 0.105 0.071 0.027 0.017 0.009 0.004 82 L 0.011 0.027 0.030 0.135 0.176 0.189 0.192 0.105 0.071 0.041 0.024 83 V 0.005 0.005 0.007 0.016 0.023 0.038 0.115 0.140 0.208 0.217 0.226 84 L 0.010 0.042 0.048 0.269 0.255 0.155 0.112 0.049 0.030 0.019 0.010 85 V 0.002 0.003 0.005 0.012 0.018 0.028 0.082 0.116 0.214 0.247 0.272 86 E 0.041 0.101 0.080 0.345 0.235 0.099 0.061 0.020 0.010 0.004 0.003 87 G 0.008 0.010 0.007 0.027 0.041 0.079 0.199 0.193 0.199 0.153 0.084 88 T 0.054 0.218 0.146 0.378 0.144 0.039 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.029 0.063 0.184 0.277 0.434 90 L 0.042 0.165 0.107 0.359 0.188 0.078 0.042 0.010 0.005 0.002 0.001 91 P 0.120 0.193 0.058 0.195 0.147 0.102 0.096 0.040 0.028 0.014 0.007 92 L 0.013 0.015 0.010 0.038 0.053 0.083 0.150 0.145 0.176 0.158 0.159 93 E 0.258 0.379 0.081 0.149 0.069 0.032 0.020 0.006 0.004 0.002 0.002 94 P 0.254 0.212 0.072 0.170 0.112 0.075 0.059 0.023 0.014 0.007 0.003 95 A 0.538 0.146 0.042 0.108 0.064 0.037 0.030 0.013 0.011 0.006 0.004 96 G 0.405 0.190 0.071 0.124 0.077 0.052 0.039 0.017 0.012 0.007 0.005 97 L 0.043 0.112 0.047 0.120 0.111 0.125 0.163 0.103 0.090 0.055 0.031 98 P 0.080 0.093 0.054 0.103 0.132 0.162 0.162 0.089 0.068 0.038 0.019 99 D 0.356 0.171 0.154 0.169 0.079 0.036 0.022 0.006 0.004 0.002 0.001 100 G 0.279 0.155 0.125 0.181 0.109 0.066 0.048 0.018 0.011 0.006 0.003 101 V 0.009 0.013 0.009 0.024 0.031 0.059 0.136 0.152 0.214 0.200 0.153 102 G 0.011 0.028 0.026 0.068 0.115 0.177 0.242 0.140 0.111 0.058 0.025 103 D 0.141 0.110 0.448 0.180 0.066 0.028 0.016 0.005 0.004 0.002 0.001 104 T 0.035 0.051 0.094 0.159 0.153 0.169 0.188 0.075 0.045 0.022 0.010 105 F 0.005 0.004 0.006 0.012 0.017 0.034 0.106 0.154 0.239 0.226 0.198 106 A 0.009 0.019 0.053 0.093 0.153 0.204 0.245 0.111 0.067 0.032 0.014 107 E 0.030 0.086 0.575 0.163 0.074 0.036 0.021 0.007 0.005 0.002 0.001 108 K 0.023 0.040 0.063 0.110 0.126 0.170 0.223 0.102 0.076 0.045 0.023 109 T 0.086 0.047 0.024 0.051 0.049 0.065 0.135 0.133 0.165 0.144 0.102 110 G 0.406 0.180 0.066 0.110 0.076 0.054 0.050 0.023 0.018 0.011 0.006 111 F 0.080 0.046 0.028 0.062 0.068 0.090 0.155 0.132 0.145 0.115 0.077 112 D 0.289 0.263 0.060 0.128 0.078 0.057 0.052 0.028 0.023 0.014 0.010 113 P 0.334 0.120 0.047 0.108 0.090 0.078 0.078 0.047 0.044 0.031 0.022 114 R 0.124 0.096 0.043 0.115 0.111 0.112 0.141 0.088 0.083 0.055 0.033 115 R 0.166 0.125 0.057 0.150 0.120 0.105 0.102 0.062 0.055 0.035 0.023 116 L 0.057 0.036 0.018 0.058 0.066 0.091 0.164 0.134 0.143 0.120 0.113 117 T 0.167 0.135 0.063 0.135 0.109 0.098 0.110 0.065 0.055 0.037 0.027 118 T 0.277 0.152 0.070 0.182 0.117 0.077 0.061 0.027 0.020 0.011 0.007 119 S 0.140 0.123 0.062 0.207 0.161 0.111 0.096 0.040 0.032 0.018 0.011 120 Y 0.005 0.016 0.019 0.089 0.125 0.145 0.192 0.157 0.132 0.083 0.037 121 L 0.001 0.004 0.004 0.036 0.070 0.107 0.240 0.202 0.179 0.105 0.052 122 Y 0.001 0.004 0.006 0.041 0.060 0.083 0.153 0.171 0.173 0.172 0.136 123 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.021 0.107 0.186 0.268 0.246 0.152 124 R 0.008 0.024 0.025 0.172 0.183 0.147 0.186 0.115 0.080 0.037 0.023 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 0.075 0.225 0.357 0.317 126 S 0.007 0.079 0.035 0.417 0.300 0.109 0.041 0.008 0.003 0.001 0.001 127 P 0.002 0.004 0.001 0.009 0.013 0.024 0.081 0.167 0.268 0.241 0.189 128 R 0.176 0.186 0.074 0.295 0.157 0.065 0.034 0.009 0.003 0.001 0.001 129 R 0.022 0.089 0.025 0.203 0.207 0.176 0.167 0.063 0.033 0.012 0.004 130 V 0.002 0.002 0.001 0.005 0.006 0.011 0.039 0.090 0.226 0.322 0.297 131 Q 0.016 0.060 0.050 0.256 0.239 0.166 0.131 0.046 0.024 0.009 0.004 132 A 0.007 0.021 0.023 0.042 0.044 0.056 0.135 0.176 0.216 0.175 0.106 133 W 0.004 0.010 0.013 0.067 0.103 0.155 0.208 0.141 0.134 0.095 0.068 134 R 0.038 0.053 0.049 0.156 0.168 0.156 0.186 0.091 0.061 0.030 0.012 135 E 0.091 0.132 0.151 0.225 0.151 0.102 0.075 0.034 0.022 0.011 0.005 136 A 0.111 0.095 0.078 0.141 0.102 0.095 0.131 0.080 0.076 0.054 0.037 137 N 0.262 0.149 0.051 0.130 0.102 0.090 0.087 0.048 0.039 0.027 0.014 138 E 0.091 0.157 0.117 0.234 0.157 0.099 0.075 0.033 0.022 0.011 0.005 139 L 0.059 0.036 0.038 0.051 0.052 0.066 0.127 0.127 0.169 0.149 0.126 140 S 0.092 0.097 0.050 0.131 0.122 0.124 0.150 0.088 0.075 0.046 0.025 141 G 0.185 0.181 0.082 0.176 0.127 0.086 0.073 0.035 0.030 0.016 0.008 142 R 0.037 0.028 0.032 0.068 0.071 0.086 0.145 0.122 0.155 0.138 0.118 143 E 0.144 0.133 0.090 0.170 0.124 0.099 0.104 0.055 0.043 0.025 0.014 144 L 0.015 0.028 0.025 0.083 0.106 0.143 0.217 0.141 0.129 0.073 0.041 145 M 0.005 0.009 0.012 0.032 0.046 0.071 0.150 0.146 0.186 0.163 0.180 146 R 0.034 0.079 0.089 0.184 0.189 0.147 0.140 0.060 0.042 0.021 0.015 147 D 0.297 0.240 0.110 0.189 0.085 0.043 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 148 G 0.577 0.143 0.050 0.103 0.058 0.031 0.019 0.008 0.006 0.003 0.002 149 E 0.114 0.211 0.096 0.251 0.166 0.088 0.048 0.013 0.007 0.003 0.002 150 W 0.002 0.014 0.011 0.066 0.119 0.183 0.262 0.159 0.104 0.058 0.022 151 L 0.006 0.009 0.008 0.027 0.037 0.058 0.142 0.162 0.202 0.181 0.168 152 V 0.020 0.022 0.022 0.061 0.080 0.099 0.184 0.145 0.149 0.122 0.095 153 T 0.066 0.088 0.054 0.144 0.124 0.100 0.125 0.089 0.092 0.071 0.048 154 D 0.226 0.104 0.031 0.124 0.103 0.096 0.109 0.072 0.063 0.043 0.028