# TARGET T0370 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 692 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.169 0.022 0.020 0.017 0.006 0.011 0.028 0.009 0.001 0.002 0.715 2 T 0.049 0.002 0.011 0.011 0.004 0.006 0.045 0.003 0.001 0.002 0.867 3 T 0.028 0.001 0.016 0.018 0.001 0.004 0.034 0.001 0.001 0.002 0.896 4 P 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.088 0.001 0.001 0.001 0.890 5 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.993 6 A 0.014 0.004 0.001 0.030 0.003 0.014 0.524 0.001 0.001 0.005 0.407 7 R 0.357 0.038 0.001 0.020 0.002 0.006 0.199 0.001 0.001 0.009 0.369 8 T 0.164 0.604 0.001 0.011 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.201 9 A 0.053 0.810 0.001 0.003 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.111 10 K 0.041 0.805 0.001 0.003 0.001 0.003 0.021 0.008 0.001 0.001 0.115 11 Q 0.083 0.799 0.005 0.001 0.001 0.001 0.020 0.013 0.001 0.001 0.076 12 R 0.120 0.791 0.009 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.001 0.001 0.050 13 I 0.055 0.841 0.010 0.002 0.001 0.001 0.008 0.011 0.001 0.001 0.071 14 Q 0.011 0.632 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.334 15 D 0.031 0.661 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.005 0.001 0.001 0.266 16 T 0.039 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 0.001 0.001 0.051 17 L 0.021 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.021 18 N 0.027 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.025 19 R 0.066 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.036 20 L 0.255 0.609 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 0.059 21 E 0.135 0.281 0.096 0.011 0.012 0.015 0.010 0.087 0.001 0.001 0.353 22 L 0.102 0.115 0.066 0.055 0.036 0.089 0.056 0.052 0.001 0.002 0.427 23 D 0.155 0.027 0.008 0.048 0.030 0.026 0.065 0.016 0.001 0.002 0.624 24 V 0.018 0.003 0.006 0.019 0.006 0.009 0.025 0.001 0.001 0.002 0.910 25 D 0.022 0.001 0.002 0.032 0.013 0.021 0.313 0.001 0.001 0.008 0.587 26 A 0.358 0.001 0.007 0.054 0.011 0.015 0.082 0.001 0.001 0.035 0.436 27 W 0.097 0.004 0.006 0.187 0.093 0.111 0.235 0.001 0.001 0.014 0.252 28 V 0.014 0.002 0.005 0.262 0.162 0.178 0.059 0.001 0.001 0.003 0.315 29 S 0.003 0.001 0.001 0.304 0.200 0.370 0.034 0.001 0.001 0.001 0.086 30 T 0.007 0.001 0.001 0.097 0.297 0.408 0.029 0.001 0.001 0.002 0.157 31 A 0.006 0.002 0.001 0.095 0.229 0.385 0.031 0.001 0.001 0.002 0.248 32 G 0.003 0.001 0.001 0.052 0.265 0.376 0.126 0.001 0.001 0.003 0.173 33 A 0.006 0.001 0.001 0.036 0.038 0.045 0.071 0.001 0.001 0.005 0.797 34 D 0.011 0.001 0.001 0.015 0.020 0.030 0.480 0.001 0.001 0.013 0.429 35 G 0.503 0.003 0.001 0.008 0.006 0.007 0.174 0.001 0.001 0.075 0.222 36 G 0.432 0.023 0.008 0.011 0.009 0.010 0.238 0.001 0.001 0.032 0.236 37 A 0.108 0.013 0.015 0.035 0.047 0.066 0.290 0.001 0.001 0.010 0.415 38 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.965 39 Y 0.009 0.001 0.001 0.033 0.171 0.390 0.086 0.001 0.001 0.002 0.307 40 L 0.065 0.002 0.002 0.019 0.083 0.265 0.043 0.001 0.001 0.006 0.515 41 V 0.013 0.002 0.001 0.094 0.312 0.399 0.035 0.001 0.001 0.001 0.142 42 P 0.001 0.001 0.001 0.018 0.012 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.937 43 L 0.003 0.001 0.001 0.300 0.175 0.321 0.037 0.001 0.001 0.002 0.161 44 S 0.033 0.001 0.001 0.113 0.124 0.210 0.048 0.001 0.001 0.006 0.461 45 Y 0.012 0.002 0.001 0.070 0.273 0.273 0.027 0.001 0.001 0.002 0.339 46 L 0.008 0.001 0.001 0.065 0.240 0.326 0.039 0.001 0.001 0.003 0.317 47 W 0.009 0.001 0.001 0.053 0.232 0.327 0.095 0.001 0.001 0.005 0.277 48 D 0.008 0.002 0.001 0.014 0.085 0.114 0.147 0.001 0.001 0.007 0.623 49 G 0.032 0.001 0.001 0.006 0.019 0.022 0.161 0.001 0.001 0.024 0.733 50 E 0.437 0.001 0.003 0.012 0.018 0.014 0.187 0.001 0.001 0.087 0.241 51 T 0.246 0.002 0.023 0.027 0.054 0.038 0.254 0.001 0.001 0.041 0.313 52 F 0.012 0.001 0.012 0.134 0.297 0.283 0.113 0.001 0.001 0.004 0.144 53 L 0.001 0.001 0.001 0.139 0.248 0.519 0.035 0.001 0.001 0.001 0.057 54 V 0.001 0.001 0.001 0.140 0.304 0.459 0.012 0.001 0.001 0.001 0.083 55 A 0.001 0.001 0.001 0.115 0.234 0.517 0.024 0.001 0.001 0.001 0.109 56 T 0.003 0.001 0.001 0.148 0.220 0.304 0.075 0.001 0.001 0.002 0.246 57 P 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 0.014 0.019 0.001 0.001 0.001 0.934 58 A 0.003 0.001 0.001 0.055 0.024 0.094 0.276 0.001 0.001 0.007 0.541 59 A 0.260 0.002 0.001 0.020 0.011 0.020 0.138 0.001 0.001 0.037 0.511 60 S 0.338 0.028 0.001 0.013 0.007 0.011 0.120 0.001 0.001 0.008 0.473 61 P 0.019 0.006 0.002 0.004 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.946 62 T 0.050 0.025 0.001 0.013 0.016 0.033 0.286 0.001 0.001 0.007 0.569 63 G 0.195 0.113 0.005 0.012 0.023 0.075 0.128 0.002 0.001 0.011 0.436 64 R 0.048 0.380 0.002 0.027 0.089 0.132 0.049 0.004 0.001 0.003 0.268 65 N 0.080 0.244 0.002 0.009 0.048 0.059 0.080 0.005 0.001 0.004 0.470 66 L 0.158 0.447 0.005 0.029 0.061 0.065 0.024 0.011 0.001 0.003 0.196 67 S 0.060 0.486 0.004 0.035 0.069 0.102 0.070 0.030 0.001 0.007 0.137 68 E 0.153 0.323 0.009 0.016 0.051 0.060 0.118 0.052 0.001 0.013 0.206 69 T 0.512 0.142 0.012 0.018 0.020 0.030 0.071 0.058 0.001 0.016 0.120 70 G 0.105 0.016 0.128 0.016 0.012 0.008 0.049 0.007 0.001 0.011 0.647 71 R 0.025 0.002 0.043 0.054 0.053 0.064 0.367 0.002 0.001 0.012 0.377 72 V 0.081 0.003 0.032 0.177 0.154 0.228 0.102 0.001 0.001 0.014 0.207 73 R 0.005 0.003 0.001 0.416 0.214 0.261 0.035 0.001 0.001 0.001 0.064 74 L 0.002 0.002 0.001 0.155 0.198 0.313 0.030 0.001 0.001 0.001 0.298 75 G 0.005 0.001 0.001 0.292 0.229 0.361 0.016 0.001 0.001 0.001 0.094 76 I 0.005 0.001 0.001 0.109 0.104 0.219 0.038 0.001 0.001 0.002 0.520 77 G 0.005 0.001 0.001 0.069 0.237 0.349 0.046 0.001 0.001 0.003 0.289 78 P 0.002 0.001 0.001 0.014 0.025 0.044 0.020 0.001 0.001 0.001 0.894 79 T 0.007 0.001 0.001 0.023 0.059 0.102 0.105 0.001 0.001 0.004 0.699 80 R 0.109 0.002 0.001 0.013 0.026 0.043 0.088 0.001 0.001 0.022 0.695 81 D 0.240 0.007 0.001 0.021 0.055 0.049 0.157 0.001 0.001 0.020 0.448 82 L 0.205 0.005 0.010 0.046 0.077 0.098 0.130 0.001 0.001 0.019 0.409 83 V 0.026 0.003 0.006 0.124 0.324 0.301 0.076 0.001 0.001 0.003 0.135 84 L 0.002 0.001 0.001 0.091 0.311 0.439 0.037 0.001 0.001 0.001 0.115 85 V 0.001 0.001 0.001 0.079 0.324 0.487 0.014 0.001 0.001 0.001 0.095 86 E 0.001 0.001 0.001 0.136 0.237 0.467 0.029 0.001 0.001 0.001 0.128 87 G 0.005 0.001 0.001 0.088 0.204 0.400 0.050 0.001 0.001 0.004 0.247 88 T 0.011 0.001 0.001 0.120 0.138 0.215 0.080 0.001 0.001 0.009 0.425 89 A 0.018 0.001 0.003 0.114 0.138 0.237 0.086 0.001 0.001 0.011 0.391 90 L 0.016 0.001 0.002 0.096 0.204 0.221 0.105 0.001 0.001 0.005 0.349 91 P 0.002 0.001 0.001 0.008 0.013 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.946 92 L 0.007 0.001 0.001 0.052 0.099 0.264 0.074 0.001 0.001 0.003 0.499 93 E 0.030 0.001 0.001 0.025 0.039 0.099 0.076 0.001 0.001 0.004 0.725 94 P 0.007 0.001 0.001 0.008 0.009 0.016 0.024 0.001 0.001 0.001 0.934 95 A 0.022 0.001 0.001 0.013 0.004 0.014 0.076 0.001 0.001 0.002 0.868 96 G 0.251 0.003 0.001 0.015 0.005 0.008 0.107 0.001 0.001 0.009 0.599 97 L 0.388 0.014 0.004 0.006 0.004 0.006 0.128 0.001 0.001 0.004 0.444 98 P 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.973 99 D 0.014 0.017 0.001 0.008 0.003 0.010 0.141 0.001 0.001 0.003 0.804 100 G 0.110 0.048 0.001 0.002 0.003 0.005 0.242 0.001 0.001 0.006 0.584 101 V 0.176 0.543 0.001 0.007 0.005 0.009 0.064 0.002 0.001 0.002 0.191 102 G 0.045 0.793 0.001 0.008 0.004 0.013 0.020 0.003 0.001 0.001 0.112 103 D 0.032 0.799 0.001 0.002 0.001 0.003 0.009 0.003 0.001 0.001 0.150 104 T 0.046 0.837 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.104 105 F 0.062 0.869 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.048 106 A 0.049 0.824 0.007 0.002 0.003 0.005 0.010 0.009 0.001 0.001 0.090 107 E 0.059 0.798 0.006 0.003 0.004 0.009 0.008 0.015 0.001 0.001 0.098 108 K 0.243 0.580 0.005 0.002 0.002 0.003 0.004 0.020 0.001 0.001 0.140 109 T 0.270 0.348 0.013 0.009 0.007 0.005 0.014 0.079 0.001 0.001 0.255 110 G 0.181 0.046 0.037 0.015 0.005 0.007 0.032 0.045 0.001 0.003 0.630 111 F 0.091 0.012 0.110 0.035 0.004 0.011 0.074 0.007 0.001 0.004 0.650 112 D 0.062 0.003 0.005 0.025 0.007 0.007 0.144 0.002 0.001 0.002 0.744 113 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.989 114 R 0.015 0.001 0.001 0.026 0.010 0.025 0.362 0.001 0.001 0.004 0.556 115 R 0.515 0.002 0.001 0.018 0.007 0.015 0.060 0.001 0.001 0.014 0.368 116 L 0.169 0.039 0.001 0.068 0.030 0.044 0.079 0.002 0.001 0.004 0.565 117 T 0.109 0.013 0.001 0.030 0.030 0.029 0.067 0.001 0.001 0.004 0.715 118 T 0.059 0.008 0.001 0.024 0.016 0.019 0.063 0.001 0.001 0.006 0.802 119 S 0.120 0.007 0.003 0.032 0.038 0.052 0.350 0.003 0.001 0.022 0.373 120 Y 0.376 0.008 0.019 0.052 0.035 0.054 0.130 0.002 0.001 0.032 0.291 121 L 0.035 0.007 0.007 0.239 0.286 0.198 0.117 0.001 0.001 0.006 0.103 122 Y 0.009 0.003 0.006 0.217 0.147 0.218 0.079 0.001 0.001 0.003 0.318 123 F 0.002 0.001 0.001 0.319 0.286 0.343 0.013 0.001 0.001 0.001 0.035 124 R 0.001 0.001 0.001 0.228 0.205 0.346 0.033 0.001 0.001 0.001 0.184 125 I 0.002 0.001 0.001 0.203 0.216 0.448 0.023 0.001 0.001 0.002 0.104 126 S 0.002 0.001 0.001 0.234 0.236 0.344 0.062 0.001 0.001 0.002 0.118 127 P 0.001 0.001 0.001 0.020 0.012 0.026 0.010 0.001 0.001 0.001 0.930 128 R 0.005 0.001 0.001 0.127 0.122 0.289 0.162 0.001 0.001 0.009 0.285 129 R 0.140 0.005 0.001 0.034 0.038 0.070 0.110 0.001 0.001 0.021 0.580 130 V 0.110 0.052 0.003 0.087 0.134 0.163 0.061 0.001 0.001 0.006 0.382 131 Q 0.029 0.034 0.003 0.097 0.166 0.321 0.068 0.001 0.001 0.004 0.277 132 A 0.044 0.052 0.003 0.049 0.109 0.178 0.049 0.002 0.001 0.003 0.512 133 W 0.060 0.078 0.005 0.054 0.143 0.268 0.050 0.003 0.001 0.003 0.334 134 R 0.024 0.052 0.004 0.030 0.091 0.201 0.076 0.003 0.001 0.003 0.514 135 E 0.033 0.039 0.004 0.023 0.066 0.117 0.091 0.003 0.001 0.005 0.618 136 A 0.086 0.048 0.006 0.020 0.041 0.077 0.126 0.004 0.001 0.008 0.584 137 N 0.115 0.044 0.004 0.015 0.044 0.039 0.113 0.005 0.001 0.008 0.613 138 E 0.184 0.060 0.010 0.009 0.022 0.024 0.142 0.003 0.001 0.013 0.533 139 L 0.124 0.106 0.013 0.016 0.049 0.074 0.145 0.003 0.001 0.012 0.458 140 S 0.075 0.100 0.006 0.030 0.080 0.133 0.165 0.005 0.001 0.013 0.393 141 G 0.107 0.054 0.007 0.021 0.059 0.086 0.085 0.007 0.001 0.014 0.560 142 R 0.158 0.061 0.028 0.041 0.083 0.136 0.079 0.004 0.001 0.016 0.393 143 E 0.044 0.020 0.007 0.041 0.216 0.183 0.116 0.005 0.001 0.006 0.363 144 L 0.042 0.016 0.007 0.063 0.210 0.296 0.048 0.002 0.001 0.004 0.311 145 M 0.016 0.015 0.002 0.077 0.298 0.437 0.040 0.002 0.001 0.002 0.111 146 R 0.023 0.017 0.001 0.056 0.200 0.259 0.108 0.002 0.001 0.004 0.329 147 D 0.030 0.009 0.002 0.026 0.053 0.089 0.144 0.002 0.001 0.010 0.635 148 G 0.117 0.007 0.005 0.026 0.023 0.030 0.327 0.003 0.001 0.061 0.402 149 E 0.291 0.008 0.012 0.027 0.019 0.015 0.374 0.002 0.001 0.064 0.189 150 W 0.113 0.016 0.018 0.036 0.035 0.045 0.332 0.001 0.001 0.020 0.385 151 L 0.038 0.013 0.006 0.076 0.143 0.237 0.160 0.001 0.001 0.005 0.321 152 V 0.016 0.007 0.002 0.042 0.077 0.196 0.078 0.001 0.001 0.003 0.578 153 T 0.025 0.005 0.001 0.023 0.159 0.282 0.125 0.001 0.001 0.003 0.376 154 D 0.005 0.001 0.001 0.005 0.010 0.017 0.026 0.001 0.001 0.001 0.934