# TARGET T0370 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 692 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.011 0.050 0.026 0.039 0.086 0.009 0.705 2 T 0.043 0.010 0.029 0.016 0.034 0.136 0.010 0.723 3 T 0.059 0.014 0.025 0.011 0.024 0.079 0.012 0.777 4 P 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.031 0.001 0.957 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 6 A 0.028 0.033 0.017 0.018 0.051 0.238 0.003 0.611 7 R 0.165 0.157 0.020 0.012 0.018 0.111 0.007 0.511 8 T 0.074 0.549 0.010 0.011 0.019 0.042 0.003 0.293 9 A 0.128 0.656 0.011 0.006 0.017 0.036 0.004 0.141 10 K 0.095 0.737 0.007 0.005 0.008 0.037 0.011 0.101 11 Q 0.108 0.733 0.005 0.005 0.005 0.036 0.018 0.089 12 R 0.135 0.705 0.004 0.003 0.004 0.029 0.018 0.103 13 I 0.087 0.695 0.017 0.004 0.012 0.018 0.016 0.152 14 Q 0.024 0.469 0.012 0.003 0.011 0.050 0.009 0.422 15 D 0.037 0.370 0.004 0.002 0.004 0.061 0.007 0.516 16 T 0.030 0.763 0.002 0.001 0.003 0.013 0.004 0.183 17 L 0.008 0.919 0.002 0.001 0.003 0.004 0.003 0.061 18 N 0.028 0.878 0.003 0.002 0.003 0.004 0.010 0.073 19 R 0.118 0.697 0.022 0.005 0.005 0.005 0.034 0.116 20 L 0.133 0.647 0.021 0.012 0.012 0.010 0.033 0.132 21 E 0.130 0.248 0.075 0.026 0.027 0.081 0.051 0.362 22 L 0.165 0.177 0.135 0.035 0.036 0.074 0.029 0.350 23 D 0.110 0.088 0.081 0.030 0.032 0.156 0.027 0.474 24 V 0.040 0.024 0.066 0.018 0.019 0.065 0.015 0.754 25 D 0.049 0.035 0.154 0.046 0.046 0.163 0.026 0.480 26 A 0.092 0.020 0.236 0.087 0.092 0.129 0.019 0.324 27 W 0.044 0.014 0.148 0.135 0.224 0.123 0.009 0.303 28 V 0.027 0.009 0.147 0.215 0.425 0.075 0.004 0.098 29 S 0.022 0.007 0.105 0.390 0.407 0.037 0.003 0.030 30 T 0.009 0.006 0.048 0.396 0.341 0.027 0.004 0.170 31 A 0.011 0.003 0.076 0.291 0.416 0.027 0.002 0.174 32 G 0.007 0.003 0.024 0.236 0.395 0.080 0.002 0.252 33 A 0.018 0.005 0.017 0.075 0.220 0.105 0.007 0.553 34 D 0.023 0.009 0.009 0.026 0.033 0.183 0.010 0.707 35 G 0.148 0.011 0.011 0.026 0.019 0.143 0.113 0.528 36 G 0.315 0.015 0.054 0.039 0.024 0.125 0.111 0.317 37 A 0.074 0.002 0.066 0.035 0.059 0.192 0.007 0.565 38 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.001 0.986 39 Y 0.019 0.001 0.051 0.156 0.523 0.088 0.003 0.160 40 L 0.054 0.001 0.066 0.111 0.194 0.045 0.004 0.525 41 V 0.007 0.001 0.140 0.462 0.304 0.012 0.001 0.073 42 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.993 43 L 0.002 0.001 0.288 0.147 0.489 0.023 0.001 0.048 44 S 0.017 0.001 0.138 0.274 0.270 0.051 0.002 0.247 45 Y 0.013 0.001 0.195 0.212 0.358 0.031 0.003 0.186 46 L 0.019 0.001 0.221 0.181 0.215 0.063 0.002 0.298 47 W 0.015 0.002 0.108 0.191 0.241 0.095 0.004 0.344 48 D 0.011 0.002 0.047 0.089 0.209 0.133 0.006 0.504 49 G 0.025 0.002 0.029 0.042 0.075 0.124 0.022 0.681 50 E 0.111 0.001 0.022 0.030 0.027 0.482 0.022 0.305 51 T 0.129 0.002 0.074 0.079 0.074 0.277 0.019 0.345 52 F 0.040 0.002 0.189 0.240 0.343 0.094 0.003 0.089 53 L 0.004 0.001 0.238 0.288 0.373 0.022 0.001 0.072 54 V 0.002 0.001 0.172 0.308 0.455 0.009 0.001 0.053 55 A 0.002 0.001 0.226 0.206 0.472 0.013 0.001 0.079 56 T 0.003 0.002 0.132 0.272 0.381 0.042 0.001 0.167 57 P 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.005 0.001 0.980 58 A 0.009 0.001 0.017 0.020 0.090 0.274 0.003 0.586 59 A 0.155 0.004 0.007 0.005 0.008 0.259 0.021 0.541 60 S 0.343 0.029 0.012 0.011 0.013 0.110 0.010 0.472 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 62 T 0.011 0.010 0.004 0.006 0.015 0.437 0.003 0.514 63 G 0.319 0.084 0.013 0.008 0.022 0.178 0.014 0.364 64 R 0.089 0.604 0.017 0.017 0.025 0.059 0.004 0.185 65 N 0.031 0.583 0.012 0.015 0.026 0.049 0.005 0.278 66 L 0.093 0.621 0.017 0.015 0.045 0.024 0.009 0.176 67 S 0.058 0.724 0.007 0.021 0.040 0.037 0.013 0.101 68 E 0.229 0.389 0.012 0.020 0.030 0.048 0.088 0.183 69 T 0.324 0.297 0.027 0.022 0.017 0.030 0.107 0.176 70 G 0.128 0.105 0.078 0.050 0.025 0.034 0.110 0.470 71 R 0.094 0.016 0.161 0.054 0.084 0.224 0.026 0.341 72 V 0.062 0.013 0.220 0.161 0.217 0.103 0.010 0.213 73 R 0.049 0.009 0.234 0.220 0.377 0.052 0.003 0.057 74 L 0.009 0.006 0.197 0.316 0.293 0.023 0.003 0.153 75 G 0.008 0.003 0.164 0.285 0.382 0.018 0.003 0.136 76 I 0.008 0.003 0.086 0.228 0.402 0.024 0.004 0.246 77 G 0.007 0.002 0.033 0.151 0.314 0.068 0.002 0.423 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 79 T 0.015 0.001 0.011 0.040 0.112 0.166 0.005 0.648 80 R 0.219 0.002 0.013 0.020 0.025 0.132 0.019 0.569 81 D 0.155 0.014 0.036 0.074 0.053 0.198 0.021 0.448 82 L 0.267 0.008 0.080 0.084 0.152 0.156 0.010 0.243 83 V 0.049 0.008 0.126 0.304 0.298 0.050 0.004 0.160 84 L 0.004 0.002 0.150 0.257 0.298 0.022 0.003 0.264 85 V 0.003 0.002 0.148 0.353 0.364 0.015 0.002 0.113 86 E 0.003 0.002 0.181 0.214 0.369 0.019 0.002 0.210 87 G 0.005 0.002 0.099 0.317 0.371 0.031 0.003 0.173 88 T 0.032 0.001 0.158 0.107 0.282 0.081 0.007 0.333 89 A 0.027 0.002 0.110 0.145 0.250 0.072 0.004 0.392 90 L 0.020 0.001 0.128 0.348 0.318 0.044 0.003 0.138 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 92 L 0.019 0.002 0.184 0.126 0.365 0.043 0.005 0.256 93 E 0.030 0.003 0.029 0.069 0.070 0.121 0.003 0.675 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 95 A 0.010 0.001 0.004 0.003 0.013 0.091 0.002 0.877 96 G 0.293 0.003 0.004 0.003 0.002 0.112 0.029 0.553 97 L 0.432 0.013 0.011 0.005 0.007 0.096 0.006 0.430 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 99 D 0.005 0.009 0.006 0.005 0.017 0.057 0.001 0.901 100 G 0.100 0.055 0.006 0.005 0.009 0.155 0.006 0.663 101 V 0.212 0.376 0.008 0.007 0.017 0.071 0.005 0.304 102 G 0.076 0.623 0.016 0.010 0.023 0.025 0.005 0.223 103 D 0.039 0.664 0.012 0.009 0.014 0.028 0.007 0.225 104 T 0.052 0.689 0.009 0.005 0.009 0.021 0.011 0.203 105 F 0.053 0.790 0.005 0.004 0.014 0.016 0.009 0.109 106 A 0.049 0.754 0.007 0.006 0.012 0.019 0.013 0.140 107 E 0.138 0.577 0.009 0.006 0.007 0.024 0.044 0.195 108 K 0.389 0.342 0.025 0.006 0.005 0.017 0.056 0.159 109 T 0.136 0.312 0.047 0.018 0.013 0.033 0.042 0.399 110 G 0.069 0.057 0.068 0.022 0.029 0.057 0.036 0.662 111 F 0.102 0.029 0.085 0.017 0.030 0.094 0.022 0.621 112 D 0.067 0.019 0.061 0.030 0.036 0.155 0.008 0.622 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 114 R 0.025 0.007 0.046 0.041 0.081 0.285 0.005 0.509 115 R 0.162 0.010 0.024 0.027 0.025 0.101 0.009 0.643 116 L 0.115 0.030 0.048 0.057 0.105 0.093 0.007 0.544 117 T 0.067 0.018 0.037 0.044 0.082 0.174 0.008 0.571 118 T 0.043 0.010 0.024 0.025 0.033 0.091 0.012 0.761 119 S 0.091 0.013 0.035 0.044 0.054 0.240 0.028 0.494 120 Y 0.318 0.011 0.071 0.080 0.097 0.182 0.036 0.205 121 L 0.082 0.008 0.202 0.231 0.238 0.085 0.009 0.146 122 Y 0.008 0.002 0.104 0.167 0.238 0.046 0.002 0.434 123 F 0.005 0.002 0.136 0.394 0.389 0.014 0.001 0.058 124 R 0.009 0.001 0.083 0.211 0.476 0.025 0.002 0.193 125 I 0.005 0.002 0.101 0.219 0.428 0.020 0.003 0.223 126 S 0.005 0.001 0.066 0.282 0.274 0.046 0.002 0.325 127 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 128 R 0.006 0.001 0.069 0.147 0.338 0.214 0.003 0.223 129 R 0.305 0.002 0.026 0.040 0.075 0.172 0.006 0.375 130 V 0.065 0.024 0.123 0.277 0.292 0.047 0.004 0.168 131 Q 0.036 0.015 0.146 0.277 0.342 0.051 0.002 0.131 132 A 0.012 0.028 0.074 0.264 0.327 0.025 0.003 0.266 133 W 0.017 0.032 0.084 0.179 0.506 0.026 0.005 0.151 134 R 0.022 0.067 0.041 0.198 0.315 0.069 0.011 0.277 135 E 0.043 0.070 0.033 0.047 0.124 0.088 0.020 0.574 136 A 0.124 0.101 0.025 0.037 0.072 0.132 0.027 0.483 137 N 0.234 0.085 0.015 0.029 0.021 0.064 0.063 0.490 138 E 0.269 0.054 0.057 0.030 0.034 0.106 0.051 0.399 139 L 0.167 0.071 0.066 0.047 0.073 0.222 0.023 0.332 140 S 0.106 0.075 0.050 0.087 0.134 0.188 0.023 0.337 141 G 0.063 0.061 0.042 0.069 0.098 0.097 0.022 0.548 142 R 0.120 0.025 0.052 0.074 0.145 0.267 0.010 0.307 143 E 0.043 0.033 0.026 0.270 0.240 0.113 0.007 0.269 144 L 0.041 0.034 0.025 0.226 0.381 0.048 0.005 0.240 145 M 0.020 0.020 0.043 0.407 0.390 0.024 0.005 0.092 146 R 0.024 0.020 0.036 0.273 0.359 0.053 0.009 0.226 147 D 0.016 0.011 0.024 0.078 0.157 0.066 0.017 0.631 148 G 0.105 0.013 0.047 0.107 0.078 0.090 0.100 0.459 149 E 0.404 0.001 0.033 0.026 0.046 0.289 0.015 0.186 150 W 0.007 0.001 0.050 0.087 0.060 0.044 0.002 0.749 151 L 0.015 0.001 0.097 0.234 0.529 0.054 0.002 0.068 152 V 0.021 0.001 0.149 0.196 0.399 0.037 0.002 0.195 153 T 0.005 0.002 0.082 0.253 0.467 0.042 0.001 0.147 154 D 0.002 0.001 0.012 0.028 0.070 0.021 0.001 0.866