# TARGET T0370 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 692 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 2 T 0.012 0.015 0.002 0.022 0.008 0.018 0.922 3 T 0.017 0.012 0.007 0.119 0.263 0.049 0.533 4 P 0.015 0.006 0.007 0.131 0.107 0.033 0.702 5 P 0.009 0.005 0.023 0.636 0.039 0.049 0.239 6 A 0.006 0.002 0.016 0.783 0.028 0.029 0.136 7 R 0.003 0.001 0.013 0.899 0.022 0.014 0.047 8 T 0.004 0.004 0.014 0.909 0.010 0.015 0.044 9 A 0.006 0.001 0.015 0.907 0.010 0.030 0.031 10 K 0.004 0.001 0.014 0.914 0.012 0.038 0.018 11 Q 0.004 0.001 0.010 0.906 0.017 0.045 0.016 12 R 0.003 0.002 0.009 0.867 0.014 0.049 0.056 13 I 0.001 0.001 0.005 0.966 0.004 0.010 0.015 14 Q 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.006 0.002 15 D 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.009 0.001 16 T 0.001 0.001 0.008 0.975 0.001 0.015 0.002 17 L 0.001 0.001 0.015 0.955 0.002 0.023 0.002 18 N 0.001 0.001 0.029 0.836 0.004 0.124 0.006 19 R 0.001 0.001 0.047 0.694 0.015 0.220 0.023 20 L 0.009 0.009 0.045 0.426 0.169 0.173 0.169 21 E 0.019 0.009 0.074 0.197 0.095 0.306 0.301 22 L 0.048 0.006 0.082 0.130 0.160 0.322 0.250 23 D 0.072 0.015 0.028 0.011 0.128 0.102 0.643 24 V 0.087 0.004 0.012 0.002 0.132 0.042 0.721 25 D 0.223 0.002 0.006 0.001 0.370 0.071 0.325 26 A 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.033 27 W 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 28 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 29 S 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 30 T 0.840 0.002 0.001 0.001 0.017 0.003 0.138 31 A 0.581 0.045 0.001 0.001 0.157 0.009 0.207 32 G 0.107 0.031 0.001 0.001 0.125 0.006 0.730 33 A 0.028 0.010 0.019 0.001 0.251 0.467 0.224 34 D 0.005 0.009 0.020 0.001 0.134 0.763 0.069 35 G 0.011 0.006 0.035 0.001 0.342 0.488 0.118 36 G 0.033 0.028 0.012 0.001 0.272 0.108 0.545 37 A 0.134 0.053 0.006 0.001 0.118 0.016 0.673 38 P 0.281 0.036 0.010 0.001 0.141 0.043 0.488 39 Y 0.715 0.016 0.005 0.001 0.058 0.035 0.170 40 L 0.865 0.008 0.001 0.001 0.012 0.002 0.112 41 V 0.948 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.040 42 P 0.948 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.043 43 L 0.916 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.072 44 S 0.939 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.040 45 Y 0.955 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.033 46 L 0.937 0.004 0.001 0.001 0.006 0.004 0.046 47 W 0.871 0.010 0.002 0.002 0.015 0.022 0.078 48 D 0.517 0.011 0.011 0.002 0.067 0.222 0.171 49 G 0.032 0.001 0.015 0.001 0.122 0.800 0.030 50 E 0.113 0.001 0.012 0.001 0.324 0.404 0.146 51 T 0.776 0.008 0.005 0.001 0.060 0.033 0.118 52 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 53 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 54 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 55 A 0.919 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.066 56 T 0.279 0.010 0.001 0.001 0.050 0.003 0.656 57 P 0.043 0.006 0.007 0.001 0.274 0.105 0.564 58 A 0.004 0.004 0.031 0.004 0.122 0.767 0.067 59 A 0.006 0.004 0.057 0.021 0.262 0.519 0.132 60 S 0.008 0.008 0.011 0.022 0.344 0.023 0.584 61 P 0.018 0.021 0.049 0.319 0.118 0.258 0.218 62 T 0.041 0.019 0.030 0.576 0.070 0.174 0.090 63 G 0.027 0.012 0.015 0.797 0.025 0.028 0.096 64 R 0.017 0.003 0.016 0.862 0.027 0.024 0.051 65 N 0.040 0.002 0.029 0.854 0.015 0.024 0.035 66 L 0.038 0.004 0.090 0.804 0.012 0.033 0.018 67 S 0.037 0.003 0.109 0.715 0.016 0.096 0.023 68 E 0.038 0.004 0.073 0.405 0.055 0.404 0.020 69 T 0.065 0.006 0.022 0.033 0.288 0.199 0.387 70 G 0.061 0.004 0.033 0.008 0.246 0.385 0.263 71 R 0.333 0.010 0.034 0.006 0.181 0.151 0.285 72 V 0.867 0.006 0.005 0.002 0.012 0.007 0.101 73 R 0.970 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 74 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 75 G 0.961 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 76 I 0.887 0.009 0.001 0.001 0.013 0.002 0.087 77 G 0.352 0.006 0.004 0.001 0.177 0.023 0.436 78 P 0.129 0.011 0.031 0.003 0.269 0.263 0.294 79 T 0.052 0.011 0.084 0.002 0.243 0.422 0.185 80 R 0.043 0.006 0.084 0.001 0.281 0.410 0.175 81 D 0.130 0.003 0.023 0.001 0.485 0.165 0.193 82 L 0.767 0.007 0.004 0.001 0.047 0.006 0.168 83 V 0.959 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.030 84 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 85 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 86 E 0.952 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.041 87 G 0.944 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.033 88 T 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.037 89 A 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 90 L 0.948 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 91 P 0.894 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.084 92 L 0.286 0.007 0.002 0.001 0.225 0.014 0.466 93 E 0.056 0.021 0.003 0.001 0.136 0.012 0.771 94 P 0.007 0.006 0.248 0.025 0.117 0.238 0.359 95 A 0.002 0.003 0.279 0.030 0.111 0.445 0.131 96 G 0.003 0.011 0.333 0.025 0.173 0.289 0.165 97 L 0.007 0.014 0.045 0.018 0.242 0.039 0.636 98 P 0.006 0.008 0.177 0.093 0.045 0.174 0.497 99 D 0.007 0.009 0.258 0.168 0.097 0.255 0.206 100 G 0.006 0.011 0.175 0.353 0.067 0.180 0.210 101 V 0.008 0.008 0.075 0.627 0.030 0.102 0.150 102 G 0.007 0.002 0.042 0.749 0.022 0.063 0.115 103 D 0.007 0.001 0.043 0.771 0.040 0.062 0.077 104 T 0.006 0.003 0.032 0.858 0.022 0.038 0.042 105 F 0.006 0.004 0.027 0.893 0.010 0.036 0.025 106 A 0.006 0.002 0.041 0.869 0.012 0.046 0.024 107 E 0.006 0.001 0.046 0.823 0.013 0.078 0.033 108 K 0.006 0.003 0.055 0.665 0.045 0.153 0.072 109 T 0.010 0.012 0.033 0.261 0.158 0.271 0.254 110 G 0.016 0.010 0.016 0.040 0.198 0.264 0.456 111 F 0.020 0.009 0.013 0.015 0.281 0.062 0.600 112 D 0.041 0.015 0.013 0.011 0.166 0.046 0.707 113 P 0.062 0.016 0.077 0.056 0.166 0.118 0.506 114 R 0.129 0.032 0.084 0.052 0.187 0.072 0.445 115 R 0.211 0.034 0.049 0.025 0.101 0.054 0.527 116 L 0.162 0.034 0.021 0.014 0.090 0.033 0.647 117 T 0.123 0.014 0.010 0.002 0.058 0.018 0.777 118 T 0.065 0.003 0.058 0.004 0.262 0.387 0.222 119 S 0.162 0.003 0.024 0.001 0.250 0.441 0.119 120 Y 0.712 0.006 0.004 0.001 0.029 0.006 0.243 121 L 0.924 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.066 122 Y 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 123 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 124 R 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 125 I 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 126 S 0.856 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.129 127 P 0.652 0.002 0.018 0.004 0.057 0.047 0.221 128 R 0.550 0.002 0.027 0.014 0.252 0.059 0.097 129 R 0.899 0.002 0.015 0.013 0.013 0.015 0.044 130 V 0.950 0.002 0.001 0.009 0.002 0.003 0.033 131 Q 0.964 0.003 0.001 0.015 0.003 0.002 0.014 132 A 0.921 0.002 0.001 0.019 0.007 0.002 0.048 133 W 0.748 0.007 0.005 0.029 0.053 0.028 0.130 134 R 0.369 0.008 0.024 0.051 0.182 0.092 0.275 135 E 0.193 0.017 0.070 0.084 0.230 0.165 0.241 136 A 0.076 0.014 0.089 0.054 0.234 0.313 0.220 137 N 0.049 0.009 0.060 0.025 0.297 0.334 0.226 138 E 0.120 0.015 0.056 0.027 0.224 0.173 0.385 139 L 0.275 0.064 0.056 0.028 0.131 0.097 0.348 140 S 0.330 0.035 0.052 0.020 0.135 0.136 0.292 141 G 0.281 0.011 0.062 0.014 0.188 0.193 0.251 142 R 0.522 0.015 0.044 0.018 0.077 0.040 0.285 143 E 0.775 0.009 0.027 0.024 0.046 0.017 0.102 144 L 0.878 0.010 0.012 0.022 0.018 0.011 0.048 145 M 0.815 0.015 0.009 0.030 0.014 0.020 0.098 146 R 0.653 0.021 0.015 0.040 0.029 0.084 0.158 147 D 0.058 0.002 0.010 0.008 0.073 0.805 0.043 148 G 0.032 0.001 0.008 0.001 0.156 0.759 0.044 149 E 0.421 0.015 0.013 0.005 0.182 0.065 0.299 150 W 0.818 0.026 0.004 0.003 0.028 0.009 0.111 151 L 0.854 0.013 0.006 0.003 0.027 0.009 0.088 152 V 0.726 0.021 0.007 0.005 0.036 0.012 0.193 153 T 0.257 0.014 0.006 0.003 0.026 0.013 0.681 154 D 0.025 0.002 0.006 0.002 0.020 0.013 0.932