# TARGET T0370 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 692 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.735 0.165 0.062 0.027 0.009 0.002 0.001 2 T 0.692 0.191 0.076 0.030 0.009 0.002 0.001 3 T 0.670 0.203 0.082 0.033 0.010 0.002 0.001 4 P 0.556 0.258 0.112 0.050 0.019 0.005 0.001 5 P 0.239 0.191 0.203 0.195 0.122 0.045 0.004 6 A 0.298 0.249 0.222 0.151 0.063 0.016 0.001 7 R 0.433 0.341 0.143 0.058 0.019 0.005 0.001 8 T 0.214 0.207 0.235 0.210 0.103 0.029 0.003 9 A 0.185 0.175 0.204 0.235 0.154 0.045 0.002 10 K 0.401 0.354 0.165 0.062 0.015 0.003 0.001 11 Q 0.521 0.295 0.112 0.050 0.017 0.005 0.001 12 R 0.111 0.209 0.241 0.242 0.144 0.050 0.003 13 I 0.044 0.097 0.222 0.343 0.223 0.067 0.004 14 Q 0.401 0.396 0.149 0.043 0.009 0.002 0.001 15 D 0.241 0.383 0.252 0.099 0.022 0.003 0.001 16 T 0.031 0.045 0.086 0.262 0.401 0.170 0.005 17 L 0.061 0.175 0.308 0.320 0.120 0.017 0.001 18 N 0.459 0.412 0.103 0.023 0.003 0.001 0.001 19 R 0.108 0.228 0.315 0.262 0.076 0.010 0.001 20 L 0.039 0.074 0.175 0.335 0.284 0.091 0.003 21 E 0.441 0.353 0.131 0.054 0.016 0.004 0.001 22 L 0.207 0.294 0.253 0.179 0.056 0.011 0.001 23 D 0.380 0.334 0.149 0.084 0.039 0.013 0.001 24 V 0.101 0.195 0.253 0.257 0.143 0.047 0.005 25 D 0.168 0.359 0.268 0.134 0.050 0.018 0.003 26 A 0.017 0.062 0.130 0.262 0.329 0.180 0.020 27 W 0.009 0.043 0.128 0.252 0.301 0.223 0.044 28 V 0.011 0.028 0.048 0.085 0.201 0.440 0.187 29 S 0.015 0.042 0.101 0.173 0.215 0.288 0.165 30 T 0.014 0.031 0.054 0.128 0.258 0.341 0.174 31 A 0.025 0.050 0.081 0.183 0.287 0.280 0.094 32 G 0.099 0.222 0.224 0.243 0.142 0.061 0.008 33 A 0.236 0.316 0.224 0.145 0.057 0.018 0.004 34 D 0.392 0.295 0.168 0.099 0.034 0.010 0.002 35 G 0.277 0.281 0.197 0.135 0.071 0.033 0.006 36 G 0.121 0.155 0.166 0.205 0.191 0.131 0.031 37 A 0.061 0.135 0.182 0.219 0.204 0.158 0.042 38 P 0.023 0.045 0.072 0.136 0.226 0.316 0.181 39 Y 0.015 0.042 0.088 0.161 0.215 0.293 0.186 40 L 0.006 0.013 0.024 0.057 0.140 0.362 0.399 41 V 0.007 0.015 0.036 0.091 0.170 0.324 0.357 42 P 0.005 0.013 0.023 0.045 0.103 0.339 0.471 43 L 0.005 0.009 0.019 0.047 0.116 0.319 0.485 44 S 0.004 0.012 0.027 0.063 0.139 0.367 0.386 45 Y 0.004 0.011 0.020 0.054 0.158 0.420 0.333 46 L 0.013 0.055 0.111 0.224 0.282 0.262 0.054 47 W 0.014 0.052 0.122 0.271 0.349 0.178 0.014 48 D 0.170 0.338 0.259 0.162 0.058 0.012 0.001 49 G 0.379 0.384 0.152 0.064 0.017 0.003 0.001 50 E 0.181 0.407 0.263 0.117 0.028 0.005 0.001 51 T 0.020 0.095 0.237 0.358 0.229 0.058 0.003 52 F 0.001 0.004 0.013 0.053 0.236 0.595 0.098 53 L 0.002 0.008 0.029 0.082 0.211 0.499 0.170 54 V 0.001 0.004 0.008 0.021 0.082 0.396 0.488 55 A 0.002 0.008 0.019 0.063 0.175 0.424 0.308 56 T 0.004 0.017 0.047 0.132 0.272 0.391 0.137 57 P 0.034 0.107 0.197 0.279 0.231 0.128 0.025 58 A 0.128 0.254 0.239 0.200 0.116 0.052 0.012 59 A 0.271 0.275 0.194 0.133 0.075 0.042 0.010 60 S 0.211 0.250 0.206 0.181 0.104 0.044 0.005 61 P 0.208 0.241 0.198 0.168 0.115 0.059 0.012 62 T 0.099 0.177 0.198 0.220 0.176 0.115 0.016 63 G 0.050 0.080 0.137 0.239 0.286 0.181 0.026 64 R 0.171 0.307 0.260 0.173 0.066 0.020 0.003 65 N 0.087 0.234 0.264 0.219 0.124 0.063 0.009 66 L 0.026 0.038 0.072 0.199 0.341 0.289 0.036 67 S 0.144 0.247 0.237 0.206 0.112 0.046 0.008 68 E 0.245 0.353 0.219 0.122 0.045 0.014 0.002 69 T 0.103 0.279 0.271 0.203 0.102 0.037 0.005 70 G 0.028 0.114 0.197 0.290 0.235 0.119 0.016 71 R 0.011 0.079 0.194 0.286 0.252 0.149 0.028 72 V 0.001 0.005 0.014 0.058 0.219 0.555 0.148 73 R 0.001 0.010 0.051 0.151 0.274 0.377 0.136 74 L 0.001 0.004 0.006 0.014 0.065 0.420 0.490 75 G 0.004 0.020 0.068 0.176 0.261 0.308 0.161 76 I 0.004 0.016 0.037 0.127 0.310 0.401 0.105 77 G 0.036 0.148 0.266 0.316 0.179 0.051 0.004 78 P 0.221 0.375 0.225 0.129 0.040 0.010 0.001 79 T 0.354 0.344 0.187 0.086 0.024 0.005 0.001 80 R 0.310 0.320 0.200 0.121 0.040 0.009 0.001 81 D 0.200 0.318 0.243 0.157 0.064 0.016 0.002 82 L 0.040 0.165 0.262 0.272 0.185 0.072 0.005 83 V 0.008 0.026 0.055 0.136 0.294 0.406 0.075 84 L 0.007 0.062 0.205 0.325 0.239 0.133 0.028 85 V 0.002 0.007 0.015 0.052 0.198 0.518 0.208 86 E 0.007 0.081 0.192 0.301 0.238 0.146 0.035 87 G 0.002 0.013 0.037 0.118 0.285 0.431 0.113 88 T 0.006 0.096 0.289 0.351 0.184 0.067 0.007 89 A 0.003 0.010 0.034 0.154 0.389 0.371 0.039 90 L 0.055 0.238 0.344 0.239 0.094 0.026 0.002 91 P 0.070 0.212 0.279 0.261 0.136 0.040 0.002 92 L 0.056 0.124 0.252 0.324 0.197 0.045 0.002 93 E 0.486 0.353 0.121 0.034 0.006 0.001 0.001 94 P 0.654 0.238 0.077 0.024 0.006 0.001 0.001 95 A 0.772 0.169 0.040 0.014 0.004 0.001 0.001 96 G 0.661 0.225 0.078 0.028 0.007 0.001 0.001 97 L 0.248 0.292 0.259 0.152 0.043 0.006 0.001 98 P 0.186 0.227 0.256 0.221 0.093 0.016 0.001 99 D 0.493 0.296 0.136 0.055 0.015 0.003 0.001 100 G 0.331 0.349 0.190 0.090 0.031 0.008 0.001 101 V 0.063 0.102 0.164 0.271 0.268 0.125 0.007 102 G 0.065 0.144 0.238 0.282 0.190 0.074 0.007 103 D 0.264 0.410 0.217 0.082 0.022 0.005 0.001 104 T 0.061 0.188 0.304 0.282 0.130 0.034 0.002 105 F 0.028 0.049 0.089 0.228 0.380 0.214 0.012 106 A 0.110 0.252 0.284 0.227 0.100 0.025 0.002 107 E 0.306 0.410 0.188 0.075 0.017 0.004 0.001 108 K 0.051 0.159 0.286 0.308 0.155 0.039 0.002 109 T 0.134 0.218 0.252 0.229 0.125 0.040 0.003 110 G 0.391 0.291 0.155 0.097 0.046 0.017 0.002 111 F 0.169 0.187 0.223 0.240 0.135 0.042 0.003 112 D 0.479 0.301 0.130 0.060 0.022 0.007 0.001 113 P 0.408 0.261 0.159 0.106 0.047 0.016 0.002 114 R 0.224 0.217 0.215 0.198 0.106 0.038 0.004 115 R 0.327 0.284 0.192 0.126 0.055 0.015 0.001 116 L 0.166 0.175 0.203 0.235 0.158 0.060 0.005 117 T 0.221 0.230 0.196 0.186 0.116 0.046 0.005 118 T 0.260 0.312 0.213 0.138 0.055 0.018 0.004 119 S 0.121 0.243 0.232 0.212 0.130 0.054 0.007 120 Y 0.009 0.035 0.086 0.213 0.328 0.283 0.046 121 L 0.002 0.012 0.039 0.110 0.241 0.455 0.140 122 Y 0.003 0.016 0.047 0.091 0.159 0.396 0.288 123 F 0.001 0.005 0.010 0.031 0.128 0.431 0.393 124 R 0.001 0.012 0.055 0.180 0.306 0.308 0.137 125 I 0.001 0.003 0.008 0.035 0.158 0.493 0.303 126 S 0.007 0.072 0.225 0.352 0.211 0.113 0.020 127 P 0.008 0.056 0.118 0.215 0.314 0.244 0.044 128 R 0.075 0.279 0.319 0.210 0.080 0.030 0.008 129 R 0.020 0.107 0.237 0.295 0.218 0.107 0.016 130 V 0.017 0.027 0.040 0.108 0.281 0.421 0.105 131 Q 0.032 0.097 0.172 0.272 0.263 0.146 0.017 132 A 0.033 0.081 0.129 0.190 0.226 0.270 0.071 133 W 0.022 0.070 0.140 0.283 0.301 0.165 0.019 134 R 0.063 0.180 0.282 0.279 0.144 0.046 0.006 135 E 0.344 0.305 0.173 0.102 0.051 0.021 0.003 136 A 0.376 0.259 0.158 0.119 0.061 0.025 0.003 137 N 0.352 0.287 0.189 0.110 0.045 0.015 0.002 138 E 0.238 0.311 0.212 0.137 0.070 0.028 0.003 139 L 0.076 0.083 0.133 0.228 0.268 0.181 0.031 140 S 0.111 0.178 0.221 0.214 0.155 0.100 0.021 141 G 0.155 0.228 0.209 0.180 0.130 0.080 0.018 142 R 0.084 0.120 0.177 0.264 0.234 0.108 0.013 143 E 0.183 0.280 0.226 0.172 0.093 0.039 0.006 144 L 0.054 0.147 0.225 0.269 0.189 0.104 0.013 145 M 0.079 0.113 0.168 0.297 0.256 0.084 0.004 146 R 0.304 0.312 0.218 0.122 0.036 0.007 0.001 147 D 0.713 0.189 0.055 0.027 0.011 0.004 0.001 148 G 0.498 0.275 0.138 0.066 0.019 0.004 0.001 149 E 0.421 0.323 0.167 0.072 0.015 0.002 0.001 150 W 0.207 0.158 0.167 0.205 0.178 0.078 0.006 151 L 0.111 0.114 0.164 0.208 0.207 0.178 0.018 152 V 0.232 0.160 0.173 0.185 0.152 0.086 0.012 153 T 0.280 0.229 0.182 0.165 0.097 0.041 0.006 154 D 0.450 0.253 0.148 0.092 0.040 0.014 0.003