# TARGET T0370 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 692 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.156 0.092 0.106 0.143 0.141 0.139 0.092 0.054 0.037 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 2 T 0.307 0.176 0.142 0.122 0.101 0.066 0.039 0.022 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 3 T 0.396 0.176 0.139 0.109 0.079 0.042 0.027 0.016 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 4 P 0.468 0.199 0.139 0.078 0.053 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 P 0.209 0.112 0.126 0.144 0.155 0.109 0.065 0.037 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 6 A 0.204 0.137 0.126 0.155 0.136 0.104 0.068 0.036 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 7 R 0.570 0.217 0.099 0.054 0.030 0.014 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.217 0.161 0.179 0.152 0.116 0.081 0.053 0.024 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 9 A 0.080 0.055 0.088 0.127 0.190 0.208 0.130 0.061 0.039 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 10 K 0.377 0.240 0.162 0.110 0.063 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.660 0.198 0.088 0.031 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.145 0.125 0.159 0.192 0.183 0.114 0.046 0.020 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.069 0.070 0.101 0.202 0.219 0.149 0.093 0.050 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.707 0.222 0.048 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 D 0.425 0.346 0.166 0.040 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 T 0.024 0.021 0.047 0.103 0.220 0.258 0.175 0.106 0.036 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 17 L 0.096 0.153 0.213 0.227 0.186 0.067 0.035 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.783 0.166 0.035 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.100 0.134 0.169 0.209 0.223 0.092 0.044 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.037 0.036 0.093 0.155 0.202 0.200 0.169 0.078 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 21 E 0.441 0.252 0.154 0.071 0.046 0.022 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.194 0.111 0.133 0.206 0.151 0.098 0.054 0.025 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 23 D 0.245 0.235 0.161 0.135 0.103 0.060 0.030 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 24 V 0.045 0.058 0.088 0.141 0.188 0.171 0.116 0.100 0.045 0.029 0.012 0.004 0.002 0.001 25 D 0.035 0.055 0.067 0.126 0.164 0.173 0.148 0.097 0.063 0.035 0.020 0.009 0.005 0.003 26 A 0.009 0.007 0.015 0.030 0.056 0.104 0.141 0.102 0.146 0.128 0.118 0.080 0.039 0.025 27 W 0.005 0.004 0.008 0.020 0.036 0.060 0.104 0.159 0.161 0.147 0.140 0.079 0.046 0.031 28 V 0.003 0.002 0.003 0.005 0.009 0.020 0.031 0.056 0.096 0.124 0.184 0.232 0.154 0.081 29 S 0.006 0.003 0.004 0.009 0.013 0.023 0.052 0.115 0.142 0.186 0.157 0.154 0.094 0.042 30 T 0.005 0.007 0.009 0.024 0.042 0.065 0.094 0.157 0.166 0.164 0.129 0.074 0.039 0.025 31 A 0.011 0.011 0.016 0.036 0.055 0.115 0.140 0.131 0.139 0.126 0.112 0.067 0.026 0.017 32 G 0.052 0.078 0.098 0.134 0.159 0.140 0.123 0.085 0.069 0.031 0.018 0.008 0.003 0.002 33 A 0.067 0.092 0.110 0.149 0.168 0.144 0.096 0.072 0.054 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 34 D 0.178 0.170 0.157 0.144 0.118 0.093 0.059 0.038 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 35 G 0.244 0.190 0.158 0.121 0.101 0.070 0.047 0.032 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 36 G 0.152 0.120 0.139 0.144 0.148 0.105 0.077 0.054 0.030 0.016 0.010 0.003 0.002 0.001 37 A 0.067 0.087 0.100 0.130 0.154 0.138 0.116 0.089 0.053 0.036 0.016 0.007 0.004 0.002 38 P 0.023 0.021 0.036 0.058 0.095 0.129 0.153 0.126 0.114 0.113 0.069 0.036 0.018 0.010 39 Y 0.010 0.016 0.026 0.058 0.084 0.115 0.129 0.126 0.118 0.118 0.101 0.052 0.025 0.021 40 L 0.003 0.002 0.004 0.008 0.013 0.027 0.052 0.058 0.130 0.143 0.202 0.227 0.074 0.055 41 V 0.001 0.002 0.004 0.008 0.012 0.023 0.057 0.175 0.182 0.176 0.182 0.087 0.059 0.031 42 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.054 0.086 0.127 0.202 0.230 0.172 0.099 43 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.028 0.090 0.109 0.204 0.171 0.162 0.129 0.085 44 S 0.002 0.002 0.004 0.007 0.017 0.027 0.048 0.082 0.124 0.173 0.162 0.163 0.096 0.091 45 Y 0.004 0.005 0.010 0.027 0.041 0.083 0.117 0.129 0.136 0.141 0.142 0.084 0.045 0.036 46 L 0.010 0.030 0.041 0.119 0.144 0.147 0.173 0.116 0.114 0.051 0.032 0.014 0.005 0.005 47 W 0.010 0.030 0.048 0.116 0.144 0.202 0.148 0.134 0.095 0.040 0.023 0.007 0.003 0.001 48 D 0.084 0.191 0.189 0.176 0.142 0.087 0.052 0.041 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 49 G 0.111 0.198 0.194 0.168 0.138 0.079 0.045 0.031 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 50 E 0.074 0.114 0.142 0.137 0.157 0.138 0.097 0.060 0.041 0.018 0.015 0.003 0.002 0.001 51 T 0.017 0.030 0.052 0.100 0.175 0.169 0.150 0.097 0.091 0.056 0.036 0.013 0.007 0.007 52 F 0.003 0.003 0.006 0.013 0.029 0.051 0.094 0.141 0.174 0.145 0.149 0.104 0.060 0.027 53 L 0.002 0.002 0.004 0.009 0.014 0.027 0.056 0.127 0.149 0.160 0.177 0.136 0.091 0.046 54 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.019 0.062 0.099 0.170 0.216 0.221 0.130 0.063 55 A 0.003 0.002 0.002 0.005 0.010 0.018 0.037 0.083 0.129 0.189 0.179 0.192 0.101 0.050 56 T 0.006 0.009 0.012 0.028 0.045 0.076 0.111 0.144 0.160 0.148 0.131 0.070 0.034 0.025 57 P 0.021 0.033 0.044 0.084 0.118 0.141 0.149 0.116 0.123 0.075 0.057 0.023 0.008 0.007 58 A 0.042 0.079 0.101 0.130 0.148 0.146 0.125 0.091 0.075 0.036 0.018 0.006 0.002 0.001 59 A 0.108 0.146 0.158 0.141 0.149 0.115 0.074 0.051 0.033 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 60 S 0.160 0.159 0.191 0.144 0.140 0.087 0.053 0.031 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 61 P 0.249 0.151 0.137 0.133 0.133 0.079 0.048 0.035 0.019 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 62 T 0.091 0.094 0.118 0.166 0.181 0.118 0.094 0.075 0.035 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 63 G 0.042 0.032 0.046 0.077 0.132 0.145 0.147 0.190 0.097 0.057 0.021 0.009 0.004 0.001 64 R 0.183 0.149 0.139 0.169 0.123 0.088 0.059 0.040 0.020 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 65 N 0.211 0.145 0.152 0.148 0.144 0.080 0.049 0.026 0.024 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 66 L 0.040 0.027 0.047 0.106 0.161 0.197 0.154 0.119 0.075 0.046 0.017 0.007 0.004 0.001 67 S 0.110 0.152 0.173 0.214 0.146 0.090 0.060 0.030 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 68 E 0.175 0.138 0.164 0.160 0.151 0.094 0.052 0.028 0.019 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 69 T 0.082 0.123 0.127 0.190 0.182 0.120 0.076 0.046 0.029 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 70 G 0.039 0.041 0.064 0.097 0.127 0.153 0.157 0.135 0.084 0.053 0.031 0.010 0.005 0.003 71 R 0.013 0.023 0.033 0.076 0.140 0.152 0.142 0.173 0.110 0.072 0.035 0.017 0.009 0.006 72 V 0.008 0.004 0.007 0.012 0.020 0.041 0.069 0.087 0.138 0.146 0.175 0.166 0.089 0.038 73 R 0.006 0.007 0.013 0.029 0.050 0.064 0.109 0.172 0.166 0.149 0.101 0.066 0.038 0.030 74 L 0.005 0.002 0.003 0.005 0.008 0.019 0.029 0.060 0.101 0.151 0.216 0.214 0.130 0.057 75 G 0.010 0.009 0.015 0.039 0.060 0.082 0.128 0.155 0.146 0.132 0.089 0.068 0.039 0.029 76 I 0.011 0.011 0.014 0.034 0.054 0.093 0.124 0.126 0.158 0.139 0.123 0.066 0.030 0.018 77 G 0.030 0.046 0.075 0.128 0.155 0.177 0.146 0.097 0.074 0.035 0.022 0.009 0.004 0.003 78 P 0.081 0.130 0.132 0.166 0.154 0.107 0.085 0.062 0.041 0.020 0.013 0.004 0.002 0.001 79 T 0.073 0.103 0.129 0.150 0.162 0.153 0.094 0.059 0.043 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 80 R 0.096 0.129 0.133 0.155 0.146 0.109 0.090 0.069 0.037 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 81 D 0.105 0.114 0.141 0.135 0.138 0.115 0.093 0.064 0.044 0.023 0.018 0.005 0.003 0.002 82 L 0.017 0.024 0.036 0.070 0.127 0.139 0.142 0.145 0.118 0.080 0.053 0.027 0.015 0.008 83 V 0.011 0.007 0.013 0.023 0.034 0.059 0.110 0.150 0.158 0.154 0.122 0.085 0.053 0.021 84 L 0.005 0.008 0.012 0.027 0.047 0.071 0.104 0.210 0.161 0.137 0.097 0.060 0.036 0.024 85 V 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.016 0.025 0.050 0.104 0.182 0.212 0.217 0.127 0.051 86 E 0.004 0.008 0.014 0.038 0.069 0.073 0.119 0.136 0.159 0.165 0.081 0.066 0.033 0.036 87 G 0.004 0.003 0.006 0.012 0.018 0.041 0.068 0.094 0.146 0.191 0.202 0.118 0.055 0.042 88 T 0.004 0.009 0.017 0.045 0.085 0.123 0.159 0.210 0.137 0.090 0.060 0.028 0.015 0.017 89 A 0.005 0.005 0.008 0.014 0.026 0.050 0.095 0.142 0.162 0.163 0.152 0.106 0.053 0.018 90 L 0.016 0.036 0.064 0.121 0.139 0.158 0.160 0.164 0.073 0.039 0.019 0.007 0.003 0.002 91 P 0.049 0.074 0.083 0.114 0.158 0.148 0.116 0.104 0.071 0.041 0.028 0.009 0.003 0.002 92 L 0.041 0.040 0.065 0.133 0.182 0.173 0.147 0.121 0.053 0.030 0.009 0.003 0.001 0.001 93 E 0.189 0.186 0.201 0.167 0.120 0.062 0.037 0.019 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 94 P 0.356 0.176 0.154 0.142 0.089 0.045 0.017 0.008 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.628 0.228 0.077 0.042 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 G 0.695 0.208 0.065 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.333 0.184 0.191 0.117 0.098 0.046 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 P 0.319 0.144 0.160 0.124 0.123 0.072 0.034 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 99 D 0.663 0.183 0.074 0.040 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 G 0.462 0.236 0.130 0.090 0.049 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 V 0.087 0.068 0.101 0.154 0.193 0.188 0.112 0.055 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 102 G 0.105 0.096 0.154 0.181 0.181 0.136 0.079 0.037 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 103 D 0.670 0.195 0.073 0.034 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 T 0.240 0.225 0.201 0.142 0.101 0.046 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 105 F 0.038 0.030 0.061 0.100 0.167 0.203 0.186 0.148 0.045 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 106 A 0.209 0.193 0.194 0.164 0.116 0.062 0.034 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 107 E 0.689 0.174 0.069 0.034 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 K 0.181 0.170 0.171 0.178 0.165 0.069 0.035 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 109 T 0.108 0.073 0.121 0.153 0.169 0.162 0.116 0.064 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 110 G 0.378 0.179 0.149 0.108 0.091 0.049 0.024 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.376 0.128 0.114 0.137 0.108 0.062 0.033 0.018 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 112 D 0.482 0.207 0.118 0.085 0.056 0.026 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 113 P 0.323 0.162 0.149 0.129 0.104 0.061 0.032 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 114 R 0.245 0.124 0.120 0.150 0.144 0.100 0.056 0.033 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 115 R 0.269 0.142 0.150 0.147 0.126 0.076 0.041 0.025 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 116 L 0.181 0.119 0.128 0.177 0.160 0.099 0.057 0.038 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 117 T 0.169 0.142 0.143 0.171 0.141 0.104 0.055 0.033 0.022 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 118 T 0.156 0.150 0.144 0.158 0.127 0.094 0.068 0.045 0.025 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 119 S 0.068 0.098 0.112 0.139 0.146 0.133 0.103 0.064 0.053 0.032 0.036 0.009 0.005 0.003 120 Y 0.008 0.014 0.023 0.052 0.076 0.121 0.159 0.147 0.145 0.097 0.087 0.038 0.020 0.012 121 L 0.003 0.003 0.007 0.013 0.024 0.047 0.087 0.161 0.167 0.164 0.168 0.088 0.044 0.024 122 Y 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.020 0.031 0.114 0.126 0.166 0.210 0.139 0.123 0.051 123 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.016 0.032 0.080 0.147 0.179 0.290 0.150 0.094 124 R 0.001 0.002 0.003 0.009 0.019 0.028 0.066 0.160 0.184 0.209 0.142 0.083 0.049 0.045 125 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.023 0.065 0.103 0.159 0.241 0.189 0.135 0.064 126 S 0.003 0.007 0.016 0.042 0.070 0.079 0.136 0.154 0.154 0.152 0.077 0.050 0.024 0.036 127 P 0.002 0.004 0.006 0.013 0.032 0.056 0.088 0.141 0.172 0.192 0.143 0.090 0.036 0.025 128 R 0.006 0.011 0.023 0.043 0.061 0.113 0.153 0.194 0.147 0.103 0.073 0.032 0.024 0.017 129 R 0.006 0.016 0.026 0.055 0.114 0.106 0.138 0.148 0.128 0.122 0.066 0.038 0.016 0.021 130 V 0.007 0.005 0.009 0.014 0.028 0.058 0.080 0.141 0.163 0.181 0.148 0.093 0.057 0.018 131 Q 0.022 0.034 0.055 0.124 0.136 0.123 0.138 0.129 0.099 0.063 0.036 0.021 0.010 0.009 132 A 0.015 0.012 0.017 0.037 0.063 0.099 0.113 0.162 0.166 0.142 0.094 0.053 0.019 0.008 133 W 0.026 0.035 0.050 0.102 0.139 0.162 0.147 0.157 0.093 0.047 0.024 0.010 0.005 0.002 134 R 0.150 0.153 0.143 0.167 0.142 0.085 0.063 0.040 0.030 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 135 E 0.225 0.176 0.184 0.146 0.114 0.070 0.038 0.019 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 136 A 0.276 0.208 0.148 0.131 0.104 0.062 0.031 0.017 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 137 N 0.303 0.216 0.156 0.134 0.093 0.048 0.025 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 138 E 0.357 0.197 0.174 0.100 0.083 0.044 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 139 L 0.100 0.053 0.074 0.121 0.204 0.169 0.114 0.075 0.044 0.028 0.011 0.004 0.002 0.001 140 S 0.145 0.115 0.119 0.162 0.148 0.118 0.083 0.053 0.026 0.014 0.009 0.005 0.001 0.001 141 G 0.308 0.147 0.114 0.116 0.104 0.069 0.051 0.035 0.028 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 142 R 0.120 0.112 0.131 0.162 0.143 0.105 0.083 0.062 0.040 0.023 0.013 0.004 0.001 0.001 143 E 0.256 0.172 0.159 0.113 0.099 0.083 0.048 0.035 0.018 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 144 L 0.096 0.094 0.136 0.165 0.198 0.128 0.083 0.049 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 145 M 0.072 0.059 0.091 0.158 0.200 0.169 0.114 0.067 0.038 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 146 R 0.226 0.203 0.175 0.163 0.109 0.061 0.028 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 147 D 0.347 0.200 0.138 0.119 0.091 0.047 0.024 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 148 G 0.250 0.216 0.145 0.152 0.111 0.059 0.029 0.016 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 149 E 0.302 0.222 0.162 0.117 0.081 0.052 0.030 0.014 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 150 W 0.105 0.070 0.101 0.132 0.174 0.161 0.105 0.063 0.045 0.021 0.015 0.005 0.003 0.001 151 L 0.057 0.036 0.047 0.092 0.151 0.154 0.139 0.131 0.082 0.050 0.030 0.018 0.010 0.003 152 V 0.063 0.041 0.043 0.084 0.110 0.141 0.134 0.125 0.094 0.074 0.044 0.029 0.014 0.004 153 T 0.157 0.099 0.110 0.134 0.129 0.117 0.090 0.052 0.045 0.027 0.021 0.013 0.004 0.002 154 D 0.222 0.117 0.136 0.127 0.127 0.093 0.066 0.032 0.034 0.020 0.015 0.007 0.002 0.001