# TARGET T0370 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 320 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.019 0.764 0.001 0.010 0.014 0.001 0.001 0.001 0.120 0.049 0.011 0.010 2 T 0.001 0.015 0.749 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.145 0.063 0.002 0.009 3 T 0.001 0.010 0.673 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.288 0.015 0.004 0.001 4 P 0.001 0.007 0.846 0.001 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 0.081 0.033 0.001 0.004 5 P 0.001 0.019 0.376 0.001 0.105 0.220 0.001 0.001 0.001 0.094 0.179 0.002 0.005 6 A 0.001 0.010 0.216 0.001 0.140 0.430 0.001 0.001 0.001 0.085 0.104 0.006 0.005 7 R 0.002 0.015 0.160 0.001 0.108 0.562 0.001 0.001 0.003 0.058 0.074 0.006 0.010 8 T 0.002 0.012 0.187 0.002 0.049 0.599 0.001 0.001 0.003 0.051 0.075 0.006 0.013 9 A 0.002 0.007 0.148 0.002 0.044 0.650 0.001 0.001 0.002 0.057 0.072 0.009 0.006 10 K 0.001 0.004 0.100 0.001 0.053 0.688 0.001 0.001 0.002 0.045 0.094 0.004 0.009 11 Q 0.001 0.010 0.150 0.001 0.053 0.564 0.001 0.001 0.003 0.069 0.135 0.005 0.009 12 R 0.001 0.011 0.256 0.001 0.023 0.498 0.001 0.001 0.002 0.084 0.114 0.004 0.006 13 I 0.001 0.002 0.144 0.001 0.006 0.802 0.001 0.001 0.001 0.027 0.015 0.001 0.002 14 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 15 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 16 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 18 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.025 0.874 0.001 0.001 0.001 0.004 0.087 0.001 0.001 20 L 0.001 0.003 0.063 0.001 0.047 0.739 0.001 0.001 0.001 0.048 0.097 0.001 0.001 21 E 0.001 0.005 0.083 0.001 0.070 0.426 0.001 0.001 0.001 0.028 0.382 0.002 0.002 22 L 0.001 0.004 0.118 0.002 0.047 0.189 0.001 0.001 0.001 0.119 0.516 0.001 0.003 23 D 0.001 0.003 0.612 0.002 0.020 0.029 0.001 0.001 0.003 0.213 0.114 0.002 0.003 24 V 0.001 0.004 0.454 0.014 0.036 0.013 0.001 0.001 0.018 0.344 0.095 0.010 0.010 25 D 0.015 0.006 0.246 0.085 0.017 0.005 0.023 0.036 0.200 0.233 0.035 0.023 0.075 26 A 0.078 0.002 0.029 0.003 0.002 0.002 0.114 0.316 0.351 0.005 0.001 0.056 0.042 27 W 0.151 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.215 0.409 0.177 0.001 0.001 0.015 0.020 28 V 0.331 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.189 0.327 0.080 0.001 0.001 0.033 0.022 29 S 0.269 0.001 0.056 0.014 0.001 0.001 0.116 0.242 0.156 0.008 0.005 0.059 0.071 30 T 0.176 0.004 0.214 0.015 0.003 0.001 0.043 0.040 0.142 0.058 0.018 0.117 0.170 31 A 0.116 0.044 0.232 0.036 0.006 0.005 0.019 0.011 0.036 0.245 0.045 0.061 0.143 32 G 0.009 0.056 0.518 0.002 0.009 0.004 0.002 0.001 0.020 0.199 0.035 0.080 0.065 33 A 0.001 0.005 0.157 0.005 0.056 0.010 0.001 0.001 0.001 0.101 0.654 0.001 0.011 34 D 0.001 0.006 0.054 0.001 0.041 0.006 0.001 0.001 0.001 0.102 0.782 0.005 0.003 35 G 0.001 0.012 0.104 0.001 0.044 0.008 0.001 0.001 0.001 0.326 0.487 0.008 0.008 36 G 0.003 0.019 0.324 0.002 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.460 0.143 0.009 0.022 37 A 0.003 0.033 0.530 0.007 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.252 0.057 0.056 0.038 38 P 0.016 0.050 0.339 0.078 0.011 0.002 0.006 0.001 0.002 0.085 0.059 0.007 0.346 39 Y 0.027 0.010 0.152 0.009 0.003 0.001 0.006 0.001 0.006 0.017 0.010 0.744 0.015 40 L 0.032 0.015 0.078 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.008 0.001 0.004 0.848 41 V 0.014 0.002 0.080 0.087 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.014 0.001 0.788 0.006 42 P 0.026 0.002 0.055 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.010 0.001 0.008 0.883 43 L 0.159 0.005 0.077 0.068 0.002 0.001 0.018 0.001 0.008 0.013 0.005 0.546 0.098 44 S 0.302 0.004 0.053 0.025 0.002 0.001 0.028 0.001 0.016 0.010 0.004 0.214 0.341 45 Y 0.290 0.007 0.055 0.025 0.002 0.001 0.038 0.002 0.025 0.010 0.007 0.103 0.436 46 L 0.236 0.006 0.086 0.010 0.002 0.001 0.021 0.001 0.024 0.021 0.020 0.360 0.213 47 W 0.107 0.035 0.074 0.006 0.002 0.001 0.016 0.001 0.013 0.051 0.045 0.080 0.570 48 D 0.011 0.013 0.169 0.032 0.007 0.001 0.002 0.001 0.003 0.117 0.442 0.147 0.056 49 G 0.003 0.001 0.056 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.260 0.636 0.006 0.020 50 E 0.058 0.003 0.149 0.005 0.005 0.001 0.006 0.001 0.003 0.236 0.279 0.207 0.050 51 T 0.330 0.007 0.066 0.002 0.001 0.001 0.035 0.001 0.004 0.025 0.003 0.079 0.447 52 F 0.651 0.001 0.021 0.016 0.001 0.001 0.062 0.002 0.002 0.003 0.001 0.177 0.065 53 L 0.748 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.112 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.107 54 V 0.716 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.099 0.001 0.002 0.001 0.001 0.136 0.038 55 A 0.510 0.002 0.018 0.005 0.001 0.001 0.123 0.002 0.009 0.003 0.001 0.045 0.283 56 T 0.094 0.008 0.303 0.018 0.001 0.001 0.017 0.002 0.021 0.039 0.004 0.349 0.144 57 P 0.005 0.005 0.459 0.011 0.024 0.003 0.001 0.001 0.004 0.167 0.221 0.008 0.091 58 A 0.001 0.005 0.148 0.001 0.039 0.005 0.001 0.001 0.001 0.171 0.623 0.003 0.004 59 A 0.001 0.007 0.222 0.001 0.029 0.013 0.001 0.001 0.001 0.425 0.298 0.002 0.002 60 S 0.001 0.004 0.599 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.366 0.012 0.001 0.001 61 P 0.001 0.013 0.434 0.001 0.045 0.299 0.001 0.001 0.001 0.078 0.116 0.001 0.013 62 T 0.012 0.078 0.122 0.002 0.063 0.519 0.005 0.001 0.005 0.029 0.105 0.024 0.035 63 G 0.010 0.019 0.088 0.007 0.083 0.688 0.001 0.001 0.003 0.032 0.040 0.005 0.024 64 R 0.003 0.008 0.046 0.002 0.065 0.763 0.001 0.001 0.006 0.025 0.054 0.020 0.008 65 N 0.002 0.005 0.063 0.001 0.097 0.669 0.001 0.001 0.004 0.024 0.108 0.005 0.019 66 L 0.002 0.009 0.037 0.001 0.270 0.517 0.001 0.001 0.001 0.025 0.127 0.003 0.007 67 S 0.002 0.007 0.039 0.001 0.211 0.492 0.001 0.001 0.001 0.016 0.219 0.004 0.007 68 E 0.003 0.014 0.051 0.003 0.152 0.342 0.001 0.001 0.001 0.083 0.340 0.004 0.007 69 T 0.001 0.005 0.585 0.008 0.012 0.015 0.001 0.001 0.001 0.317 0.043 0.006 0.007 70 G 0.001 0.002 0.232 0.065 0.037 0.004 0.001 0.001 0.001 0.233 0.416 0.004 0.005 71 R 0.058 0.012 0.284 0.007 0.047 0.002 0.010 0.003 0.025 0.152 0.218 0.070 0.112 72 V 0.232 0.015 0.148 0.006 0.010 0.001 0.034 0.006 0.064 0.065 0.008 0.088 0.324 73 R 0.323 0.004 0.058 0.111 0.002 0.001 0.091 0.011 0.105 0.015 0.004 0.161 0.114 74 L 0.540 0.001 0.023 0.009 0.001 0.001 0.113 0.015 0.040 0.006 0.003 0.108 0.139 75 G 0.670 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.058 0.007 0.025 0.002 0.002 0.166 0.057 76 I 0.380 0.009 0.031 0.005 0.001 0.001 0.078 0.004 0.037 0.006 0.001 0.042 0.408 77 G 0.031 0.005 0.423 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.023 0.027 0.016 0.373 0.083 78 P 0.004 0.006 0.239 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.257 0.266 0.009 0.193 79 T 0.002 0.009 0.124 0.011 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.236 0.512 0.052 0.026 80 R 0.002 0.003 0.104 0.007 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.534 0.274 0.024 0.018 81 D 0.023 0.006 0.332 0.012 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.144 0.084 0.173 82 L 0.234 0.006 0.027 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.009 0.004 0.070 0.625 83 V 0.683 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.065 84 L 0.833 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.094 85 V 0.682 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.123 86 E 0.695 0.001 0.011 0.050 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.007 0.001 0.063 0.141 87 G 0.626 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.045 0.001 0.004 0.009 0.001 0.248 0.057 88 T 0.556 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.098 0.001 0.009 0.004 0.001 0.066 0.248 89 A 0.381 0.004 0.103 0.045 0.001 0.001 0.173 0.004 0.025 0.006 0.002 0.059 0.198 90 L 0.042 0.002 0.128 0.002 0.001 0.001 0.024 0.001 0.030 0.008 0.001 0.724 0.037 91 P 0.006 0.011 0.320 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.026 0.014 0.002 0.003 0.608 92 L 0.005 0.045 0.603 0.081 0.006 0.001 0.005 0.001 0.014 0.079 0.012 0.128 0.021 93 E 0.001 0.019 0.515 0.002 0.020 0.003 0.001 0.001 0.010 0.317 0.027 0.023 0.063 94 P 0.001 0.008 0.387 0.002 0.224 0.025 0.001 0.001 0.001 0.153 0.173 0.004 0.022 95 A 0.001 0.009 0.263 0.003 0.142 0.030 0.001 0.001 0.001 0.133 0.406 0.007 0.005 96 G 0.001 0.012 0.375 0.001 0.082 0.034 0.001 0.001 0.001 0.167 0.320 0.001 0.005 97 L 0.001 0.010 0.810 0.001 0.014 0.016 0.001 0.001 0.001 0.128 0.016 0.003 0.002 98 P 0.001 0.006 0.418 0.001 0.171 0.211 0.001 0.001 0.001 0.056 0.121 0.001 0.014 99 D 0.001 0.004 0.071 0.001 0.199 0.405 0.001 0.001 0.001 0.059 0.252 0.004 0.002 100 G 0.001 0.011 0.069 0.001 0.197 0.447 0.001 0.001 0.002 0.037 0.225 0.003 0.007 101 V 0.002 0.022 0.138 0.001 0.061 0.574 0.001 0.001 0.007 0.040 0.130 0.005 0.016 102 G 0.003 0.008 0.099 0.002 0.054 0.696 0.001 0.001 0.003 0.045 0.074 0.009 0.006 103 D 0.001 0.001 0.042 0.001 0.042 0.818 0.001 0.001 0.002 0.027 0.056 0.002 0.007 104 T 0.001 0.002 0.029 0.001 0.030 0.887 0.001 0.001 0.001 0.012 0.031 0.002 0.004 105 F 0.001 0.003 0.030 0.001 0.029 0.895 0.001 0.001 0.001 0.010 0.026 0.001 0.003 106 A 0.001 0.003 0.017 0.001 0.059 0.844 0.001 0.001 0.001 0.012 0.061 0.001 0.002 107 E 0.001 0.002 0.021 0.001 0.065 0.754 0.001 0.001 0.001 0.017 0.134 0.002 0.002 108 K 0.001 0.004 0.062 0.001 0.068 0.603 0.001 0.001 0.001 0.038 0.220 0.001 0.002 109 T 0.001 0.017 0.225 0.001 0.036 0.281 0.001 0.001 0.003 0.125 0.307 0.002 0.003 110 G 0.001 0.018 0.306 0.002 0.027 0.043 0.001 0.001 0.002 0.190 0.407 0.002 0.003 111 F 0.001 0.029 0.508 0.002 0.017 0.020 0.001 0.001 0.003 0.327 0.081 0.005 0.007 112 D 0.001 0.025 0.604 0.002 0.026 0.011 0.001 0.001 0.002 0.251 0.062 0.009 0.008 113 P 0.001 0.017 0.287 0.003 0.166 0.036 0.001 0.001 0.002 0.146 0.324 0.003 0.017 114 R 0.001 0.019 0.324 0.006 0.183 0.035 0.001 0.001 0.003 0.248 0.157 0.014 0.010 115 R 0.001 0.025 0.432 0.004 0.163 0.031 0.001 0.001 0.005 0.163 0.134 0.009 0.032 116 L 0.002 0.041 0.466 0.005 0.087 0.033 0.001 0.001 0.004 0.149 0.158 0.015 0.038 117 T 0.003 0.029 0.455 0.010 0.078 0.020 0.001 0.001 0.002 0.170 0.170 0.033 0.030 118 T 0.002 0.008 0.190 0.016 0.084 0.011 0.001 0.001 0.002 0.201 0.448 0.013 0.024 119 S 0.009 0.005 0.201 0.048 0.033 0.003 0.001 0.001 0.004 0.259 0.371 0.035 0.031 120 Y 0.141 0.009 0.216 0.008 0.009 0.001 0.022 0.003 0.032 0.069 0.030 0.155 0.306 121 L 0.484 0.004 0.054 0.013 0.001 0.001 0.059 0.004 0.019 0.012 0.002 0.150 0.198 122 Y 0.731 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.069 0.005 0.006 0.002 0.001 0.097 0.078 123 F 0.801 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.068 0.005 0.004 0.001 0.001 0.061 0.053 124 R 0.718 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.111 0.002 0.007 0.001 0.001 0.069 0.083 125 I 0.660 0.001 0.021 0.005 0.001 0.001 0.065 0.002 0.004 0.002 0.001 0.057 0.182 126 S 0.241 0.002 0.117 0.007 0.001 0.001 0.019 0.001 0.015 0.018 0.004 0.447 0.128 127 P 0.069 0.002 0.167 0.020 0.011 0.003 0.007 0.001 0.016 0.050 0.043 0.017 0.595 128 R 0.072 0.001 0.070 0.567 0.009 0.002 0.008 0.001 0.006 0.094 0.039 0.104 0.028 129 R 0.304 0.007 0.038 0.001 0.013 0.005 0.036 0.007 0.027 0.022 0.011 0.291 0.238 130 V 0.318 0.009 0.020 0.002 0.003 0.006 0.056 0.004 0.008 0.004 0.002 0.020 0.549 131 Q 0.261 0.004 0.036 0.086 0.002 0.010 0.056 0.003 0.010 0.005 0.003 0.495 0.029 132 A 0.177 0.003 0.043 0.004 0.003 0.009 0.025 0.004 0.019 0.010 0.008 0.045 0.649 133 W 0.281 0.006 0.116 0.069 0.026 0.020 0.019 0.002 0.013 0.046 0.067 0.185 0.150 134 R 0.152 0.018 0.157 0.013 0.068 0.027 0.011 0.001 0.010 0.124 0.086 0.166 0.167 135 E 0.018 0.022 0.273 0.006 0.115 0.064 0.003 0.001 0.009 0.138 0.208 0.030 0.112 136 A 0.003 0.016 0.389 0.010 0.118 0.072 0.001 0.001 0.002 0.116 0.232 0.019 0.021 137 N 0.001 0.007 0.152 0.002 0.123 0.072 0.001 0.001 0.001 0.162 0.467 0.007 0.006 138 E 0.002 0.008 0.203 0.001 0.109 0.112 0.001 0.001 0.001 0.125 0.417 0.004 0.014 139 L 0.006 0.035 0.324 0.002 0.079 0.163 0.001 0.001 0.004 0.206 0.126 0.023 0.030 140 S 0.006 0.026 0.321 0.006 0.057 0.193 0.002 0.001 0.005 0.142 0.180 0.026 0.036 141 G 0.010 0.010 0.209 0.007 0.081 0.342 0.001 0.001 0.004 0.103 0.168 0.022 0.042 142 R 0.025 0.011 0.143 0.009 0.076 0.498 0.002 0.001 0.006 0.086 0.064 0.036 0.044 143 E 0.025 0.009 0.088 0.006 0.066 0.588 0.004 0.002 0.009 0.043 0.051 0.037 0.072 144 L 0.057 0.019 0.061 0.010 0.048 0.576 0.007 0.004 0.011 0.030 0.066 0.041 0.072 145 M 0.047 0.021 0.188 0.016 0.037 0.399 0.006 0.006 0.014 0.048 0.091 0.043 0.084 146 R 0.028 0.015 0.186 0.005 0.035 0.259 0.004 0.001 0.007 0.077 0.257 0.071 0.054 147 D 0.005 0.007 0.075 0.005 0.016 0.104 0.001 0.001 0.002 0.054 0.703 0.014 0.015 148 G 0.002 0.004 0.144 0.006 0.012 0.026 0.001 0.001 0.001 0.164 0.616 0.013 0.010 149 E 0.017 0.018 0.416 0.017 0.016 0.024 0.004 0.001 0.010 0.136 0.130 0.046 0.167 150 W 0.048 0.035 0.240 0.006 0.014 0.015 0.012 0.001 0.020 0.081 0.023 0.281 0.224 151 L 0.073 0.044 0.257 0.018 0.014 0.016 0.025 0.003 0.038 0.040 0.018 0.147 0.307 152 V 0.032 0.044 0.363 0.015 0.012 0.015 0.017 0.003 0.028 0.044 0.037 0.194 0.194 153 T 0.013 0.027 0.615 0.016 0.007 0.009 0.005 0.001 0.010 0.070 0.040 0.053 0.134 154 D 0.001 0.005 0.882 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.054 0.012 0.013 0.020