# TARGET T0370 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 320 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.214 0.076 0.046 0.090 0.075 0.077 0.104 0.097 0.100 0.074 0.047 2 T 0.309 0.140 0.055 0.103 0.084 0.070 0.088 0.060 0.045 0.031 0.016 3 T 0.183 0.239 0.084 0.149 0.109 0.073 0.067 0.044 0.029 0.016 0.006 4 P 0.436 0.191 0.036 0.082 0.072 0.053 0.051 0.034 0.024 0.015 0.006 5 P 0.432 0.107 0.057 0.108 0.076 0.058 0.062 0.035 0.030 0.022 0.013 6 A 0.253 0.154 0.123 0.172 0.093 0.059 0.068 0.033 0.026 0.013 0.006 7 R 0.138 0.091 0.133 0.161 0.111 0.110 0.117 0.068 0.042 0.021 0.009 8 T 0.128 0.192 0.187 0.148 0.106 0.081 0.076 0.039 0.024 0.013 0.006 9 A 0.105 0.077 0.221 0.154 0.116 0.109 0.113 0.052 0.032 0.016 0.005 10 K 0.157 0.116 0.277 0.220 0.108 0.054 0.044 0.013 0.007 0.003 0.001 11 Q 0.077 0.074 0.319 0.125 0.091 0.090 0.118 0.055 0.030 0.015 0.006 12 R 0.038 0.080 0.163 0.123 0.116 0.143 0.143 0.076 0.054 0.044 0.021 13 I 0.020 0.103 0.221 0.118 0.123 0.141 0.160 0.059 0.035 0.015 0.005 14 Q 0.411 0.094 0.366 0.097 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 D 0.225 0.128 0.372 0.163 0.070 0.027 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 16 T 0.004 0.006 0.038 0.021 0.025 0.076 0.257 0.205 0.200 0.117 0.052 17 L 0.003 0.005 0.094 0.115 0.191 0.272 0.224 0.061 0.024 0.008 0.002 18 N 0.010 0.023 0.923 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.006 0.018 0.126 0.129 0.172 0.238 0.204 0.061 0.029 0.013 0.004 20 L 0.003 0.003 0.014 0.007 0.010 0.020 0.090 0.123 0.213 0.263 0.255 21 E 0.053 0.100 0.456 0.184 0.117 0.054 0.027 0.006 0.002 0.001 0.001 22 L 0.064 0.084 0.552 0.151 0.072 0.038 0.025 0.007 0.004 0.002 0.001 23 D 0.078 0.098 0.082 0.133 0.142 0.133 0.158 0.071 0.050 0.033 0.023 24 V 0.035 0.037 0.038 0.078 0.090 0.126 0.237 0.141 0.112 0.068 0.038 25 D 0.020 0.036 0.065 0.119 0.155 0.161 0.175 0.099 0.079 0.053 0.037 26 A 0.003 0.003 0.006 0.009 0.011 0.024 0.108 0.184 0.254 0.234 0.164 27 W 0.003 0.005 0.009 0.036 0.056 0.103 0.215 0.198 0.165 0.118 0.092 28 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.006 0.031 0.075 0.185 0.300 0.389 29 S 0.001 0.002 0.004 0.013 0.021 0.039 0.116 0.180 0.252 0.208 0.164 30 T 0.001 0.005 0.007 0.012 0.014 0.026 0.097 0.148 0.243 0.238 0.207 31 A 0.006 0.013 0.016 0.057 0.074 0.092 0.165 0.167 0.172 0.141 0.098 32 G 0.051 0.105 0.055 0.191 0.185 0.149 0.142 0.064 0.035 0.016 0.008 33 A 0.123 0.070 0.043 0.133 0.137 0.122 0.128 0.092 0.073 0.050 0.030 34 D 0.372 0.206 0.068 0.141 0.080 0.050 0.038 0.018 0.013 0.008 0.006 35 G 0.144 0.115 0.038 0.127 0.111 0.119 0.137 0.079 0.059 0.043 0.028 36 G 0.192 0.128 0.028 0.107 0.105 0.102 0.107 0.078 0.065 0.050 0.039 37 A 0.067 0.155 0.048 0.214 0.178 0.126 0.096 0.045 0.031 0.021 0.018 38 P 0.004 0.004 0.002 0.012 0.021 0.032 0.094 0.144 0.223 0.248 0.217 39 Y 0.019 0.043 0.021 0.172 0.218 0.175 0.170 0.080 0.052 0.028 0.021 40 L 0.002 0.002 0.002 0.008 0.012 0.020 0.073 0.156 0.240 0.267 0.219 41 V 0.009 0.017 0.011 0.085 0.121 0.154 0.214 0.151 0.120 0.068 0.050 42 P 0.002 0.003 0.002 0.010 0.012 0.026 0.095 0.159 0.237 0.264 0.191 43 L 0.001 0.002 0.001 0.009 0.016 0.031 0.110 0.174 0.243 0.233 0.179 44 S 0.003 0.007 0.005 0.024 0.027 0.047 0.129 0.165 0.220 0.201 0.172 45 Y 0.002 0.004 0.004 0.020 0.026 0.042 0.106 0.167 0.230 0.238 0.160 46 L 0.005 0.011 0.007 0.057 0.072 0.110 0.188 0.192 0.179 0.108 0.072 47 W 0.005 0.009 0.007 0.034 0.055 0.086 0.169 0.180 0.204 0.149 0.102 48 D 0.042 0.123 0.051 0.224 0.176 0.140 0.124 0.060 0.037 0.016 0.007 49 G 0.261 0.207 0.062 0.200 0.122 0.066 0.044 0.019 0.010 0.006 0.003 50 E 0.242 0.194 0.075 0.206 0.131 0.062 0.047 0.024 0.012 0.006 0.003 51 T 0.003 0.030 0.018 0.149 0.240 0.247 0.189 0.076 0.030 0.012 0.006 52 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.065 0.182 0.281 0.263 0.193 53 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.045 0.166 0.229 0.222 0.175 0.144 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.077 0.193 0.344 0.357 55 A 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.031 0.111 0.165 0.237 0.231 0.202 56 T 0.001 0.003 0.002 0.011 0.016 0.029 0.095 0.180 0.240 0.240 0.183 57 P 0.058 0.080 0.037 0.178 0.192 0.148 0.139 0.083 0.046 0.027 0.013 58 A 0.128 0.105 0.054 0.169 0.157 0.115 0.131 0.069 0.040 0.022 0.010 59 A 0.318 0.163 0.049 0.143 0.109 0.075 0.060 0.032 0.026 0.016 0.009 60 S 0.099 0.114 0.040 0.130 0.110 0.114 0.132 0.090 0.081 0.053 0.037 61 P 0.273 0.174 0.066 0.127 0.093 0.083 0.074 0.041 0.032 0.023 0.013 62 T 0.073 0.087 0.036 0.107 0.125 0.138 0.164 0.105 0.083 0.053 0.029 63 G 0.050 0.027 0.019 0.061 0.071 0.085 0.149 0.134 0.151 0.132 0.120 64 R 0.065 0.078 0.111 0.229 0.173 0.127 0.100 0.048 0.037 0.020 0.012 65 N 0.039 0.102 0.129 0.194 0.156 0.128 0.123 0.059 0.038 0.020 0.011 66 L 0.007 0.005 0.006 0.011 0.015 0.028 0.075 0.117 0.193 0.243 0.299 67 S 0.042 0.068 0.075 0.176 0.180 0.144 0.168 0.072 0.043 0.021 0.011 68 E 0.098 0.138 0.239 0.238 0.124 0.078 0.047 0.017 0.011 0.005 0.004 69 T 0.054 0.093 0.060 0.178 0.161 0.134 0.138 0.078 0.047 0.033 0.024 70 G 0.145 0.073 0.027 0.097 0.102 0.108 0.147 0.110 0.087 0.061 0.043 71 R 0.038 0.099 0.059 0.197 0.215 0.169 0.130 0.046 0.025 0.012 0.008 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.029 0.084 0.208 0.303 0.367 73 R 0.005 0.015 0.018 0.096 0.130 0.179 0.232 0.136 0.096 0.050 0.042 74 L 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.012 0.057 0.126 0.237 0.297 0.257 75 G 0.003 0.005 0.005 0.024 0.036 0.069 0.157 0.177 0.208 0.169 0.148 76 I 0.002 0.003 0.003 0.010 0.012 0.021 0.073 0.124 0.214 0.261 0.278 77 G 0.017 0.029 0.014 0.094 0.125 0.141 0.190 0.148 0.119 0.073 0.050 78 P 0.133 0.155 0.055 0.159 0.121 0.111 0.113 0.065 0.045 0.028 0.015 79 T 0.309 0.166 0.060 0.160 0.109 0.069 0.057 0.028 0.020 0.013 0.008 80 R 0.279 0.197 0.083 0.188 0.116 0.063 0.039 0.017 0.010 0.005 0.003 81 D 0.098 0.165 0.075 0.248 0.177 0.119 0.075 0.025 0.011 0.005 0.002 82 L 0.007 0.030 0.031 0.144 0.204 0.237 0.191 0.084 0.043 0.020 0.008 83 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.020 0.089 0.163 0.228 0.246 0.236 84 L 0.005 0.028 0.043 0.269 0.279 0.172 0.110 0.050 0.026 0.013 0.005 85 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 0.058 0.119 0.227 0.285 0.285 86 E 0.037 0.095 0.069 0.367 0.246 0.098 0.056 0.019 0.008 0.003 0.002 87 G 0.009 0.012 0.006 0.023 0.039 0.068 0.191 0.189 0.199 0.167 0.096 88 T 0.044 0.197 0.117 0.392 0.172 0.052 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.044 0.082 0.213 0.277 0.367 90 L 0.051 0.154 0.104 0.337 0.212 0.081 0.042 0.011 0.005 0.002 0.001 91 P 0.120 0.190 0.050 0.165 0.146 0.113 0.121 0.045 0.029 0.015 0.007 92 L 0.009 0.011 0.008 0.030 0.040 0.068 0.142 0.144 0.167 0.184 0.197 93 E 0.281 0.348 0.077 0.152 0.077 0.031 0.019 0.006 0.004 0.003 0.002 94 P 0.286 0.173 0.065 0.152 0.103 0.080 0.071 0.032 0.021 0.012 0.005 95 A 0.573 0.133 0.039 0.094 0.055 0.033 0.031 0.015 0.012 0.008 0.006 96 G 0.359 0.212 0.076 0.124 0.077 0.052 0.044 0.021 0.017 0.011 0.008 97 L 0.053 0.098 0.035 0.116 0.124 0.132 0.149 0.107 0.089 0.061 0.036 98 P 0.145 0.122 0.060 0.125 0.126 0.134 0.126 0.064 0.048 0.031 0.019 99 D 0.339 0.156 0.135 0.185 0.094 0.042 0.027 0.011 0.007 0.003 0.001 100 G 0.157 0.131 0.084 0.195 0.145 0.102 0.091 0.043 0.029 0.016 0.008 101 V 0.007 0.010 0.007 0.017 0.021 0.045 0.111 0.151 0.218 0.228 0.186 102 G 0.010 0.018 0.018 0.064 0.108 0.177 0.249 0.147 0.115 0.064 0.029 103 D 0.098 0.118 0.340 0.215 0.095 0.056 0.036 0.016 0.013 0.007 0.005 104 T 0.023 0.038 0.063 0.144 0.149 0.168 0.192 0.098 0.072 0.036 0.019 105 F 0.007 0.004 0.008 0.012 0.014 0.026 0.081 0.141 0.232 0.256 0.220 106 A 0.006 0.013 0.046 0.082 0.119 0.174 0.232 0.136 0.104 0.058 0.028 107 E 0.019 0.056 0.430 0.209 0.119 0.076 0.051 0.021 0.012 0.005 0.002 108 K 0.023 0.036 0.062 0.100 0.119 0.171 0.238 0.119 0.073 0.041 0.017 109 T 0.075 0.062 0.033 0.073 0.067 0.084 0.150 0.141 0.141 0.114 0.059 110 G 0.350 0.175 0.057 0.106 0.079 0.066 0.065 0.037 0.032 0.021 0.013 111 F 0.135 0.079 0.042 0.082 0.081 0.087 0.128 0.110 0.108 0.087 0.061 112 D 0.214 0.225 0.049 0.126 0.096 0.071 0.082 0.052 0.042 0.027 0.015 113 P 0.285 0.099 0.040 0.108 0.095 0.085 0.092 0.067 0.062 0.042 0.027 114 R 0.154 0.110 0.047 0.133 0.109 0.100 0.126 0.081 0.064 0.047 0.029 115 R 0.179 0.125 0.081 0.156 0.103 0.092 0.095 0.062 0.053 0.033 0.022 116 L 0.076 0.042 0.027 0.073 0.070 0.104 0.167 0.138 0.124 0.098 0.080 117 T 0.216 0.196 0.091 0.128 0.077 0.071 0.080 0.048 0.041 0.030 0.023 118 T 0.161 0.101 0.068 0.135 0.117 0.105 0.125 0.072 0.059 0.038 0.019 119 S 0.152 0.162 0.082 0.234 0.152 0.089 0.067 0.027 0.017 0.010 0.006 120 Y 0.002 0.011 0.020 0.083 0.139 0.174 0.209 0.158 0.113 0.066 0.025 121 L 0.001 0.002 0.002 0.023 0.061 0.115 0.259 0.229 0.157 0.101 0.050 122 Y 0.001 0.001 0.004 0.020 0.035 0.065 0.149 0.224 0.211 0.181 0.111 123 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.019 0.110 0.224 0.268 0.238 0.126 124 R 0.006 0.027 0.025 0.178 0.174 0.153 0.181 0.116 0.075 0.041 0.025 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.064 0.212 0.355 0.347 126 S 0.016 0.138 0.039 0.407 0.254 0.085 0.047 0.010 0.004 0.001 0.001 127 P 0.001 0.002 0.001 0.007 0.013 0.023 0.090 0.163 0.271 0.240 0.189 128 R 0.225 0.225 0.077 0.276 0.124 0.047 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 129 R 0.012 0.081 0.017 0.221 0.225 0.213 0.153 0.049 0.020 0.006 0.002 130 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.026 0.080 0.235 0.317 0.326 131 Q 0.014 0.049 0.033 0.282 0.280 0.184 0.104 0.033 0.015 0.004 0.002 132 A 0.009 0.037 0.049 0.080 0.070 0.075 0.164 0.174 0.166 0.121 0.056 133 W 0.005 0.010 0.011 0.072 0.100 0.175 0.230 0.159 0.123 0.075 0.040 134 R 0.065 0.076 0.050 0.138 0.144 0.137 0.168 0.106 0.068 0.035 0.015 135 E 0.061 0.119 0.139 0.198 0.156 0.106 0.097 0.055 0.038 0.022 0.009 136 A 0.135 0.103 0.063 0.125 0.101 0.098 0.135 0.088 0.074 0.051 0.027 137 N 0.330 0.165 0.071 0.136 0.092 0.070 0.060 0.032 0.024 0.014 0.006 138 E 0.237 0.195 0.128 0.187 0.103 0.064 0.045 0.020 0.013 0.006 0.003 139 L 0.057 0.033 0.025 0.050 0.053 0.074 0.154 0.145 0.161 0.144 0.104 140 S 0.128 0.149 0.064 0.136 0.124 0.109 0.118 0.069 0.057 0.033 0.015 141 G 0.192 0.156 0.091 0.143 0.104 0.089 0.082 0.052 0.046 0.028 0.017 142 R 0.070 0.056 0.063 0.130 0.126 0.136 0.161 0.095 0.081 0.052 0.030 143 E 0.181 0.115 0.120 0.166 0.121 0.085 0.087 0.051 0.040 0.023 0.011 144 L 0.031 0.041 0.051 0.111 0.120 0.136 0.194 0.134 0.100 0.055 0.026 145 M 0.021 0.026 0.054 0.070 0.077 0.101 0.180 0.160 0.147 0.103 0.062 146 R 0.055 0.085 0.139 0.146 0.148 0.132 0.137 0.070 0.047 0.026 0.014 147 D 0.234 0.261 0.129 0.168 0.089 0.050 0.038 0.016 0.010 0.005 0.002 148 G 0.491 0.094 0.038 0.078 0.070 0.062 0.068 0.038 0.030 0.020 0.010 149 E 0.346 0.213 0.075 0.139 0.079 0.049 0.048 0.023 0.016 0.009 0.005 150 W 0.050 0.093 0.054 0.130 0.137 0.133 0.164 0.101 0.075 0.043 0.019 151 L 0.078 0.085 0.058 0.151 0.135 0.131 0.140 0.094 0.065 0.040 0.022 152 V 0.098 0.080 0.073 0.118 0.128 0.123 0.151 0.096 0.071 0.042 0.020 153 T 0.250 0.210 0.134 0.194 0.102 0.049 0.031 0.014 0.009 0.004 0.002 154 D 0.339 0.165 0.051 0.126 0.096 0.070 0.066 0.037 0.026 0.016 0.008