This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA T A 3 3 NATAA T A 4 4 NATRO P A 5 5 NATRO P A 6 6 NATAA A A 7 7 NATAA R A 8 8 NATAA T A 9 9 NATAA A A 10 10 NATAA K A 11 11 NATAA Q A 12 12 NATAA R A 13 13 NATAA I A 14 14 NATAA Q A 15 15 NATAA D A 16 16 NATAA T A 17 17 NATAA L A 18 18 NATAA N A 19 19 NATAA R A 20 20 NATAA L A 21 21 NATAA E A 22 22 NATAA L A 23 23 NATAA D A 24 24 NATAA V A 25 25 NATAA D A 26 26 NATAA A A 27 27 NATAA W A 28 28 NATAA V A 29 29 NATAA S A 30 30 NATAA T A 31 31 NATAA A A 32 32 NATAA G A 33 33 NATAA A A 34 34 NATAA D A 35 35 NATAA G A 36 36 NATAA G A 37 37 NATAA A A 38 38 NATRO P A 39 39 NATAA Y A 40 40 NATAA L A 41 41 NATAA V A 42 42 NATRO P A 43 43 NATAA L A 44 44 NATAA S A 45 45 NATAA Y A 46 46 NATAA L A 47 47 NATAA W A 48 48 NATAA D A 49 49 NATAA G A 50 50 NATAA E A 51 51 NATAA T A 52 52 NATAA F A 53 53 NATAA L A 54 54 NATAA V A 55 55 NATAA A A 56 56 NATAA T A 57 57 NATRO P A 58 58 NATAA A A 59 59 NATAA A A 60 60 NATAA S A 61 61 NATRO P A 62 62 NATAA T A 63 63 NATAA G A 64 64 NATAA R A 65 65 NATAA N A 66 66 NATAA L A 67 67 NATAA S A 68 68 NATAA E A 69 69 NATAA T A 70 70 NATAA G A 71 71 NATAA R A 72 72 NATAA V A 73 73 NATAA R A 74 74 NATAA L A 75 75 NATAA G A 76 76 NATAA I A 77 77 NATAA G A 78 78 NATRO P A 79 79 NATAA T A 80 80 NATAA R A 81 81 NATAA D A 82 82 NATAA L A 83 83 NATAA V A 84 84 NATAA L A 85 85 NATAA V A 86 86 NATAA E A 87 87 NATAA G A 88 88 NATAA T A 89 89 NATAA A A 90 90 NATAA L A 91 91 NATRO P A 92 92 NATAA L A 93 93 NATAA E A 94 94 NATRO P A 95 95 NATAA A A 96 96 NATAA G A 97 97 NATAA L A 98 98 NATRO P A 99 99 NATAA D A 100 100 NATAA G A 101 101 NATAA V A 102 102 NATAA G A 103 103 NATAA D A 104 104 NATAA T A 105 105 NATAA F A 106 106 NATAA A A 107 107 NATAA E A 108 108 NATAA K A 109 109 NATAA T A 110 110 NATAA G A 111 111 NATAA F A 112 112 NATAA D A 113 113 NATRO P A 114 114 NATAA R A 115 115 NATAA R A 116 116 NATAA L A 117 117 NATAA T A 118 118 NATAA T A 119 119 NATAA S A 120 120 NATAA Y A 121 121 NATAA L A 122 122 NATAA Y A 123 123 NATAA F A 124 124 NATAA R A 125 125 NATAA I A 126 126 NATAA S A 127 127 NATRO P A 128 128 NATAA R A 129 129 NATAA R A 130 130 NATAA V A 131 131 NATAA Q A 132 132 NATAA A A 133 133 NATAA W A 134 134 NATAA R A 135 135 NATAA E A 136 136 NATAA A A 137 137 NATAA N A 138 138 NATAA E A 139 139 NATAA L A 140 140 NATAA S A 141 141 NATAA G A 142 142 NATAA R A 143 143 NATAA E A 144 144 NATAA L A 145 145 NATAA M A 146 146 NATAA R A 147 147 NATAA D A 148 148 NATAA G A 149 149 NATAA E A 150 150 NATAA W A 151 151 NATAA L A 152 152 NATAA V A 153 153 NATAA T A 154 154 NATAA D