# TARGET T0369 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.868 0.003 0.002 0.002 0.003 0.011 0.009 0.001 0.014 0.074 2 T 0.014 0.888 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.015 0.068 3 D 0.007 0.947 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.012 0.020 4 W 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.006 0.019 5 Q 0.024 0.876 0.006 0.002 0.001 0.002 0.008 0.006 0.001 0.035 0.039 6 Q 0.036 0.759 0.002 0.005 0.001 0.001 0.018 0.003 0.001 0.074 0.099 7 A 0.052 0.221 0.127 0.010 0.002 0.004 0.060 0.018 0.051 0.266 0.188 8 L 0.240 0.314 0.013 0.012 0.004 0.006 0.069 0.022 0.005 0.085 0.229 9 D 0.098 0.069 0.013 0.011 0.005 0.013 0.086 0.005 0.010 0.097 0.593 10 R 0.042 0.084 0.003 0.018 0.012 0.028 0.126 0.004 0.001 0.049 0.633 11 H 0.032 0.052 0.006 0.036 0.012 0.047 0.106 0.004 0.003 0.107 0.597 12 V 0.022 0.080 0.003 0.047 0.077 0.098 0.107 0.004 0.001 0.070 0.491 13 G 0.031 0.111 0.002 0.077 0.037 0.120 0.070 0.003 0.001 0.105 0.442 14 V 0.020 0.055 0.002 0.065 0.073 0.087 0.066 0.002 0.001 0.225 0.404 15 G 0.006 0.055 0.002 0.063 0.045 0.066 0.044 0.002 0.001 0.535 0.182 16 V 0.028 0.406 0.004 0.028 0.049 0.052 0.035 0.007 0.001 0.148 0.242 17 R 0.036 0.318 0.007 0.051 0.030 0.042 0.033 0.007 0.002 0.271 0.206 18 T 0.009 0.628 0.003 0.013 0.019 0.017 0.023 0.004 0.001 0.143 0.139 19 T 0.010 0.935 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.009 0.001 0.002 0.032 20 R 0.021 0.888 0.004 0.002 0.003 0.003 0.004 0.008 0.001 0.020 0.044 21 D 0.019 0.663 0.055 0.004 0.003 0.003 0.025 0.007 0.045 0.078 0.098 22 L 0.315 0.384 0.027 0.002 0.002 0.003 0.032 0.062 0.013 0.055 0.106 23 I 0.367 0.118 0.011 0.014 0.003 0.007 0.068 0.057 0.011 0.083 0.261 24 R 0.039 0.007 0.001 0.012 0.003 0.008 0.123 0.001 0.001 0.014 0.791 25 L 0.001 0.006 0.001 0.019 0.004 0.009 0.088 0.001 0.001 0.008 0.865 26 I 0.007 0.014 0.003 0.006 0.025 0.020 0.196 0.015 0.002 0.036 0.677 27 Q 0.587 0.199 0.007 0.003 0.001 0.001 0.022 0.013 0.006 0.050 0.111 28 P 0.408 0.149 0.009 0.002 0.001 0.001 0.027 0.005 0.003 0.050 0.346 29 E 0.169 0.077 0.004 0.004 0.002 0.009 0.057 0.005 0.001 0.037 0.634 30 D 0.195 0.099 0.004 0.013 0.011 0.027 0.072 0.010 0.001 0.071 0.497 31 W 0.123 0.028 0.002 0.015 0.025 0.037 0.091 0.005 0.001 0.052 0.620 32 D 0.015 0.011 0.001 0.018 0.077 0.124 0.097 0.002 0.001 0.024 0.632 33 K 0.012 0.005 0.001 0.013 0.048 0.058 0.107 0.001 0.001 0.024 0.732 34 R 0.008 0.005 0.002 0.028 0.116 0.106 0.179 0.006 0.001 0.056 0.493 35 P 0.157 0.022 0.004 0.018 0.014 0.024 0.105 0.006 0.003 0.055 0.591 36 I 0.452 0.034 0.003 0.011 0.009 0.012 0.056 0.014 0.001 0.082 0.326 37 S 0.061 0.015 0.001 0.008 0.004 0.008 0.089 0.002 0.001 0.049 0.761 38 G 0.028 0.049 0.001 0.020 0.017 0.036 0.128 0.006 0.001 0.044 0.671 39 K 0.070 0.119 0.002 0.021 0.039 0.032 0.101 0.004 0.001 0.064 0.547 40 R 0.028 0.300 0.002 0.023 0.042 0.043 0.081 0.006 0.001 0.045 0.430 41 S 0.029 0.707 0.001 0.009 0.010 0.017 0.033 0.003 0.001 0.047 0.145 42 V 0.014 0.821 0.002 0.008 0.005 0.007 0.017 0.002 0.001 0.051 0.071 43 Y 0.012 0.811 0.001 0.006 0.005 0.008 0.011 0.002 0.001 0.106 0.036 44 E 0.008 0.800 0.002 0.006 0.005 0.007 0.008 0.002 0.001 0.125 0.035 45 V 0.006 0.891 0.002 0.004 0.004 0.004 0.007 0.002 0.001 0.051 0.028 46 A 0.008 0.936 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.025 0.017 47 V 0.009 0.918 0.002 0.003 0.002 0.003 0.006 0.002 0.001 0.027 0.027 48 H 0.010 0.938 0.003 0.002 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.012 0.022 49 L 0.021 0.914 0.003 0.002 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.012 0.033 50 A 0.025 0.849 0.006 0.003 0.002 0.003 0.017 0.005 0.002 0.020 0.067 51 V 0.035 0.744 0.004 0.005 0.002 0.002 0.029 0.006 0.001 0.045 0.127 52 L 0.041 0.486 0.028 0.008 0.003 0.003 0.040 0.011 0.010 0.232 0.137 53 L 0.071 0.697 0.009 0.004 0.002 0.003 0.030 0.012 0.003 0.058 0.111 54 E 0.054 0.686 0.009 0.005 0.002 0.004 0.023 0.009 0.004 0.034 0.170 55 A 0.059 0.602 0.010 0.006 0.004 0.007 0.038 0.009 0.003 0.040 0.222 56 D 0.082 0.609 0.006 0.009 0.004 0.012 0.036 0.016 0.002 0.046 0.178 57 L 0.163 0.174 0.015 0.019 0.009 0.018 0.070 0.013 0.005 0.183 0.331 58 R 0.095 0.123 0.017 0.057 0.016 0.037 0.119 0.008 0.007 0.140 0.380 59 I 0.116 0.044 0.009 0.033 0.009 0.022 0.121 0.006 0.004 0.066 0.571 60 A 0.118 0.023 0.005 0.050 0.019 0.028 0.127 0.008 0.002 0.107 0.513 61 T 0.051 0.042 0.001 0.022 0.012 0.031 0.132 0.005 0.001 0.054 0.649 62 G 0.076 0.050 0.005 0.019 0.009 0.021 0.113 0.005 0.002 0.038 0.662 63 A 0.033 0.127 0.003 0.017 0.024 0.025 0.109 0.011 0.002 0.026 0.622 64 T 0.152 0.560 0.001 0.003 0.006 0.010 0.028 0.012 0.001 0.007 0.221 65 A 0.064 0.665 0.004 0.007 0.006 0.009 0.023 0.010 0.002 0.025 0.185 66 D 0.059 0.485 0.042 0.005 0.012 0.017 0.044 0.007 0.019 0.054 0.257 67 E 0.256 0.344 0.021 0.004 0.013 0.020 0.042 0.027 0.007 0.055 0.212 68 M 0.352 0.062 0.008 0.005 0.013 0.020 0.043 0.020 0.005 0.051 0.420 69 A 0.101 0.014 0.004 0.014 0.008 0.022 0.065 0.002 0.001 0.027 0.742 70 Q 0.011 0.003 0.001 0.012 0.013 0.037 0.055 0.001 0.001 0.022 0.845 71 F 0.029 0.001 0.001 0.006 0.017 0.016 0.074 0.001 0.001 0.026 0.829 72 Y 0.024 0.002 0.001 0.011 0.028 0.019 0.117 0.004 0.001 0.031 0.765 73 A 0.021 0.006 0.001 0.006 0.006 0.007 0.114 0.006 0.001 0.012 0.822 74 V 0.093 0.006 0.001 0.010 0.013 0.012 0.168 0.013 0.001 0.030 0.654 75 P 0.030 0.014 0.001 0.044 0.011 0.015 0.165 0.002 0.001 0.055 0.665 76 V 0.007 0.091 0.001 0.052 0.007 0.015 0.106 0.002 0.001 0.042 0.676 77 L 0.038 0.856 0.002 0.004 0.002 0.001 0.011 0.006 0.001 0.025 0.053 78 P 0.020 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.012 0.032 79 E 0.011 0.837 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.073 0.063 80 Q 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.011 0.013 81 L 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.008 82 V 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.013 83 D 0.009 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.029 0.018 84 R 0.008 0.119 0.010 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.831 0.019 85 L 0.015 0.682 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.002 0.228 0.046 86 D 0.021 0.852 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.026 0.087 87 Q 0.010 0.818 0.006 0.002 0.001 0.001 0.013 0.003 0.002 0.047 0.100 88 S 0.014 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.009 0.035 89 W 0.036 0.902 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.011 0.033 90 Q 0.038 0.784 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.004 0.060 0.088 91 Y 0.035 0.717 0.014 0.002 0.001 0.001 0.033 0.004 0.007 0.044 0.143 92 Y 0.084 0.712 0.018 0.002 0.001 0.001 0.023 0.024 0.005 0.028 0.102 93 Q 0.141 0.563 0.006 0.003 0.001 0.003 0.034 0.019 0.003 0.033 0.194 94 D 0.056 0.401 0.008 0.006 0.002 0.007 0.049 0.004 0.005 0.036 0.425 95 R 0.076 0.285 0.029 0.007 0.005 0.012 0.067 0.010 0.009 0.066 0.434 96 L 0.232 0.210 0.010 0.007 0.009 0.017 0.063 0.022 0.005 0.074 0.351 97 M 0.188 0.051 0.006 0.011 0.005 0.012 0.062 0.004 0.003 0.055 0.601 98 A 0.046 0.013 0.005 0.019 0.009 0.025 0.087 0.002 0.001 0.053 0.740 99 D 0.032 0.005 0.003 0.018 0.012 0.030 0.091 0.003 0.001 0.061 0.744 100 F 0.143 0.003 0.002 0.019 0.014 0.018 0.091 0.004 0.001 0.077 0.627 101 S 0.049 0.001 0.001 0.016 0.010 0.015 0.100 0.002 0.001 0.043 0.763 102 T 0.015 0.001 0.001 0.008 0.008 0.013 0.114 0.002 0.001 0.017 0.822 103 E 0.034 0.001 0.001 0.020 0.027 0.022 0.153 0.008 0.001 0.027 0.707 104 T 0.021 0.001 0.001 0.038 0.026 0.034 0.174 0.005 0.001 0.030 0.671 105 T 0.013 0.002 0.001 0.100 0.046 0.092 0.126 0.004 0.001 0.044 0.572 106 Y 0.028 0.003 0.001 0.149 0.048 0.068 0.114 0.002 0.001 0.052 0.534 107 W 0.008 0.004 0.001 0.158 0.072 0.101 0.126 0.002 0.001 0.037 0.490 108 G 0.047 0.016 0.001 0.119 0.031 0.059 0.121 0.002 0.001 0.102 0.500 109 V 0.026 0.016 0.001 0.070 0.024 0.041 0.125 0.004 0.001 0.265 0.426 110 T 0.020 0.027 0.001 0.016 0.008 0.012 0.066 0.001 0.001 0.641 0.208 111 D 0.021 0.270 0.005 0.012 0.009 0.014 0.056 0.007 0.001 0.330 0.274 112 S 0.031 0.657 0.003 0.003 0.003 0.005 0.023 0.007 0.001 0.084 0.185 113 T 0.016 0.866 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 0.001 0.039 0.057 114 T 0.018 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.027 0.042 115 G 0.008 0.915 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.032 0.028 116 W 0.010 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.014 0.026 117 L 0.009 0.916 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.025 0.033 118 L 0.032 0.811 0.005 0.003 0.001 0.001 0.016 0.005 0.001 0.075 0.050 119 E 0.025 0.762 0.012 0.006 0.001 0.001 0.021 0.009 0.004 0.093 0.067 120 A 0.062 0.751 0.013 0.004 0.001 0.002 0.027 0.015 0.004 0.029 0.092 121 A 0.100 0.610 0.007 0.010 0.003 0.006 0.037 0.012 0.003 0.048 0.164 122 V 0.063 0.413 0.006 0.014 0.005 0.010 0.074 0.008 0.003 0.085 0.320 123 H 0.088 0.299 0.013 0.030 0.009 0.019 0.103 0.014 0.005 0.124 0.296 124 L 0.122 0.224 0.023 0.032 0.011 0.022 0.107 0.011 0.011 0.082 0.356 125 Y 0.183 0.112 0.008 0.022 0.013 0.023 0.101 0.006 0.004 0.067 0.462 126 H 0.045 0.247 0.003 0.019 0.005 0.013 0.084 0.005 0.002 0.074 0.503 127 H 0.051 0.761 0.002 0.003 0.001 0.003 0.024 0.003 0.001 0.037 0.114 128 R 0.012 0.897 0.001 0.003 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.017 0.055 129 S 0.005 0.887 0.001 0.002 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.032 0.054 130 Q 0.004 0.950 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.020 0.013 131 L 0.010 0.915 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.049 0.014 132 L 0.003 0.393 0.002 0.008 0.007 0.005 0.006 0.001 0.001 0.554 0.021 133 D 0.008 0.929 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.004 0.001 0.024 0.021 134 Y 0.010 0.889 0.014 0.003 0.002 0.003 0.005 0.007 0.005 0.030 0.032 135 L 0.032 0.101 0.368 0.001 0.003 0.003 0.018 0.009 0.321 0.065 0.079 136 N 0.749 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 0.003 0.016 0.152 137 L 0.141 0.010 0.005 0.003 0.001 0.005 0.054 0.011 0.006 0.042 0.722 138 L 0.036 0.005 0.003 0.012 0.001 0.003 0.091 0.001 0.001 0.014 0.834 139 G 0.003 0.001 0.001 0.015 0.007 0.018 0.109 0.001 0.001 0.023 0.823 140 Y 0.017 0.001 0.001 0.009 0.025 0.010 0.081 0.002 0.001 0.034 0.820 141 D 0.061 0.004 0.001 0.049 0.015 0.014 0.122 0.003 0.001 0.032 0.699 142 I 0.016 0.001 0.001 0.010 0.016 0.014 0.112 0.013 0.001 0.018 0.800 143 K 0.029 0.014 0.001 0.073 0.012 0.016 0.134 0.007 0.001 0.018 0.697 144 L 0.039 0.003 0.001 0.066 0.042 0.064 0.102 0.017 0.001 0.033 0.633 145 D 0.058 0.011 0.002 0.224 0.047 0.071 0.082 0.002 0.001 0.042 0.461 146 L 0.016 0.012 0.003 0.156 0.031 0.075 0.089 0.002 0.001 0.023 0.592 147 F 0.122 0.030 0.005 0.075 0.081 0.073 0.097 0.005 0.002 0.059 0.450 148 E 0.067 0.019 0.002 0.037 0.031 0.038 0.125 0.006 0.001 0.036 0.637