# TARGET T0369 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.059 0.054 0.092 0.089 0.117 0.152 0.116 0.111 0.080 0.057 2 T 0.242 0.192 0.137 0.183 0.115 0.060 0.044 0.016 0.008 0.003 0.001 3 D 0.159 0.165 0.174 0.247 0.137 0.066 0.035 0.011 0.004 0.002 0.001 4 W 0.007 0.010 0.017 0.025 0.032 0.052 0.140 0.164 0.213 0.206 0.135 5 Q 0.011 0.012 0.068 0.080 0.119 0.192 0.279 0.117 0.073 0.033 0.016 6 Q 0.016 0.048 0.483 0.303 0.094 0.033 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 7 A 0.007 0.018 0.064 0.057 0.092 0.171 0.281 0.147 0.084 0.053 0.027 8 L 0.003 0.005 0.044 0.020 0.017 0.022 0.080 0.118 0.225 0.249 0.217 9 D 0.008 0.020 0.119 0.116 0.185 0.204 0.222 0.070 0.037 0.014 0.005 10 R 0.040 0.067 0.483 0.243 0.095 0.046 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 11 H 0.035 0.047 0.075 0.068 0.100 0.137 0.249 0.119 0.090 0.053 0.028 12 V 0.010 0.009 0.019 0.021 0.019 0.029 0.099 0.133 0.191 0.215 0.255 13 G 0.120 0.187 0.232 0.189 0.146 0.072 0.035 0.011 0.005 0.002 0.001 14 V 0.112 0.097 0.149 0.148 0.125 0.124 0.129 0.055 0.032 0.017 0.010 15 G 0.057 0.115 0.082 0.110 0.102 0.112 0.177 0.098 0.070 0.047 0.029 16 V 0.021 0.020 0.030 0.036 0.035 0.055 0.152 0.125 0.181 0.170 0.176 17 R 0.295 0.136 0.238 0.171 0.082 0.039 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 18 T 0.005 0.039 0.083 0.128 0.134 0.189 0.221 0.101 0.059 0.028 0.014 19 T 0.001 0.002 0.012 0.008 0.012 0.025 0.119 0.168 0.230 0.223 0.199 20 R 0.034 0.020 0.083 0.174 0.191 0.219 0.192 0.050 0.023 0.010 0.004 21 D 0.010 0.043 0.415 0.286 0.151 0.059 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.018 0.013 0.016 0.032 0.144 0.170 0.228 0.209 0.168 23 I 0.001 0.001 0.012 0.007 0.015 0.031 0.194 0.198 0.246 0.194 0.103 24 R 0.002 0.009 0.573 0.198 0.125 0.057 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 25 L 0.001 0.009 0.092 0.103 0.197 0.270 0.245 0.054 0.020 0.007 0.002 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.081 0.151 0.253 0.289 0.210 27 Q 0.184 0.469 0.162 0.115 0.042 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 28 P 0.088 0.119 0.310 0.210 0.152 0.071 0.037 0.009 0.003 0.001 0.001 29 E 0.699 0.151 0.051 0.051 0.023 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 30 D 0.200 0.239 0.154 0.193 0.102 0.057 0.040 0.009 0.005 0.002 0.001 31 W 0.035 0.023 0.022 0.038 0.068 0.142 0.227 0.169 0.136 0.091 0.048 32 D 0.393 0.251 0.173 0.109 0.039 0.019 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 33 K 0.158 0.122 0.132 0.187 0.132 0.109 0.093 0.035 0.019 0.010 0.004 34 R 0.122 0.210 0.050 0.177 0.139 0.101 0.087 0.048 0.032 0.022 0.013 35 P 0.080 0.038 0.026 0.064 0.069 0.104 0.163 0.130 0.145 0.101 0.080 36 I 0.088 0.062 0.038 0.091 0.119 0.138 0.199 0.116 0.083 0.044 0.022 37 S 0.273 0.328 0.097 0.143 0.069 0.035 0.026 0.014 0.009 0.004 0.002 38 G 0.367 0.116 0.037 0.112 0.096 0.089 0.083 0.045 0.029 0.018 0.008 39 K 0.130 0.096 0.051 0.155 0.157 0.146 0.131 0.060 0.040 0.022 0.012 40 R 0.020 0.042 0.043 0.124 0.144 0.157 0.207 0.126 0.083 0.039 0.015 41 S 0.007 0.041 0.027 0.111 0.138 0.152 0.197 0.139 0.095 0.058 0.035 42 V 0.005 0.004 0.007 0.015 0.024 0.040 0.138 0.182 0.238 0.206 0.141 43 Y 0.036 0.031 0.059 0.151 0.200 0.204 0.181 0.062 0.046 0.021 0.009 44 E 0.002 0.013 0.052 0.171 0.164 0.155 0.253 0.110 0.048 0.021 0.010 45 V 0.001 0.001 0.008 0.005 0.005 0.010 0.051 0.109 0.242 0.311 0.257 46 A 0.001 0.001 0.014 0.011 0.015 0.030 0.175 0.187 0.212 0.217 0.137 47 V 0.001 0.003 0.157 0.145 0.181 0.170 0.159 0.086 0.057 0.029 0.012 48 H 0.001 0.001 0.012 0.005 0.010 0.043 0.254 0.206 0.196 0.171 0.101 49 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.004 0.028 0.101 0.247 0.348 0.261 50 A 0.003 0.004 0.043 0.014 0.019 0.047 0.181 0.155 0.184 0.191 0.161 51 V 0.003 0.009 0.220 0.089 0.082 0.077 0.142 0.118 0.120 0.086 0.052 52 L 0.001 0.004 0.023 0.010 0.010 0.021 0.099 0.141 0.250 0.254 0.188 53 L 0.005 0.004 0.026 0.021 0.024 0.051 0.152 0.158 0.224 0.199 0.136 54 E 0.013 0.018 0.119 0.096 0.122 0.148 0.220 0.106 0.083 0.046 0.028 55 A 0.010 0.012 0.097 0.053 0.045 0.068 0.150 0.133 0.173 0.144 0.115 56 D 0.010 0.009 0.036 0.041 0.038 0.058 0.158 0.149 0.205 0.173 0.122 57 L 0.004 0.005 0.044 0.032 0.031 0.058 0.139 0.145 0.191 0.186 0.165 58 R 0.009 0.020 0.133 0.092 0.119 0.170 0.217 0.107 0.071 0.041 0.021 59 I 0.005 0.009 0.035 0.037 0.048 0.073 0.185 0.155 0.186 0.152 0.114 60 A 0.003 0.004 0.009 0.011 0.018 0.033 0.103 0.124 0.213 0.249 0.232 61 T 0.082 0.212 0.127 0.209 0.141 0.088 0.075 0.030 0.020 0.010 0.005 62 G 0.331 0.132 0.102 0.146 0.108 0.079 0.059 0.021 0.013 0.006 0.002 63 A 0.429 0.147 0.074 0.095 0.069 0.052 0.057 0.029 0.021 0.015 0.011 64 T 0.087 0.217 0.096 0.155 0.108 0.100 0.106 0.050 0.042 0.025 0.015 65 A 0.049 0.036 0.035 0.075 0.106 0.150 0.196 0.134 0.117 0.067 0.033 66 D 0.496 0.161 0.203 0.092 0.029 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 67 E 0.053 0.087 0.207 0.196 0.147 0.123 0.106 0.039 0.024 0.011 0.006 68 M 0.029 0.018 0.021 0.040 0.050 0.093 0.179 0.163 0.167 0.142 0.098 69 A 0.072 0.077 0.154 0.131 0.127 0.139 0.159 0.067 0.043 0.021 0.010 70 Q 0.118 0.155 0.448 0.153 0.069 0.028 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 71 F 0.031 0.035 0.028 0.064 0.084 0.117 0.216 0.150 0.129 0.093 0.052 72 Y 0.061 0.053 0.031 0.074 0.092 0.114 0.191 0.140 0.120 0.079 0.044 73 A 0.405 0.238 0.095 0.105 0.069 0.040 0.026 0.010 0.006 0.003 0.002 74 V 0.115 0.123 0.062 0.143 0.131 0.127 0.144 0.077 0.046 0.024 0.008 75 P 0.661 0.093 0.040 0.069 0.044 0.030 0.028 0.015 0.011 0.006 0.004 76 V 0.155 0.219 0.097 0.168 0.131 0.089 0.078 0.033 0.018 0.008 0.004 77 L 0.009 0.062 0.029 0.061 0.063 0.113 0.194 0.176 0.138 0.102 0.052 78 P 0.064 0.057 0.059 0.165 0.206 0.208 0.151 0.051 0.024 0.010 0.004 79 E 0.577 0.136 0.210 0.057 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.009 0.029 0.077 0.262 0.210 0.179 0.151 0.053 0.021 0.007 0.002 81 L 0.001 0.002 0.009 0.005 0.006 0.018 0.098 0.159 0.248 0.263 0.191 82 V 0.001 0.005 0.193 0.192 0.226 0.225 0.122 0.024 0.008 0.002 0.001 83 D 0.007 0.020 0.776 0.133 0.043 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.001 0.003 0.018 0.024 0.046 0.145 0.378 0.188 0.112 0.061 0.025 85 L 0.001 0.001 0.019 0.005 0.008 0.022 0.161 0.204 0.266 0.205 0.108 86 D 0.005 0.016 0.646 0.188 0.096 0.033 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 87 Q 0.010 0.034 0.657 0.160 0.084 0.037 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 88 S 0.002 0.005 0.026 0.012 0.015 0.039 0.203 0.190 0.243 0.173 0.092 89 W 0.001 0.002 0.020 0.029 0.059 0.147 0.358 0.185 0.113 0.060 0.026 90 Q 0.017 0.035 0.856 0.063 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.010 0.030 0.168 0.169 0.200 0.212 0.156 0.036 0.013 0.005 0.002 92 Y 0.002 0.003 0.009 0.004 0.005 0.013 0.079 0.131 0.261 0.285 0.206 93 Q 0.006 0.016 0.091 0.161 0.209 0.221 0.196 0.060 0.028 0.010 0.003 94 D 0.031 0.037 0.831 0.072 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 95 R 0.024 0.032 0.133 0.119 0.145 0.210 0.223 0.065 0.030 0.014 0.006 96 L 0.008 0.008 0.028 0.015 0.017 0.040 0.162 0.189 0.227 0.192 0.113 97 M 0.011 0.037 0.284 0.175 0.181 0.142 0.108 0.035 0.017 0.007 0.003 98 A 0.053 0.072 0.709 0.100 0.037 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 99 D 0.068 0.088 0.139 0.143 0.152 0.144 0.150 0.055 0.034 0.018 0.008 100 F 0.042 0.031 0.040 0.036 0.042 0.072 0.161 0.142 0.172 0.150 0.112 101 S 0.248 0.210 0.217 0.136 0.085 0.046 0.034 0.012 0.007 0.003 0.002 102 T 0.363 0.170 0.209 0.111 0.056 0.036 0.029 0.012 0.008 0.004 0.002 103 E 0.288 0.170 0.070 0.128 0.099 0.074 0.077 0.038 0.027 0.018 0.012 104 T 0.211 0.096 0.053 0.096 0.092 0.103 0.116 0.079 0.071 0.050 0.034 105 T 0.272 0.177 0.087 0.153 0.112 0.074 0.061 0.030 0.020 0.011 0.006 106 Y 0.091 0.079 0.054 0.116 0.118 0.126 0.149 0.105 0.080 0.052 0.030 107 W 0.054 0.063 0.027 0.082 0.103 0.109 0.164 0.139 0.117 0.086 0.057 108 G 0.163 0.093 0.047 0.114 0.097 0.089 0.106 0.084 0.080 0.068 0.060 109 V 0.081 0.058 0.036 0.093 0.108 0.115 0.149 0.115 0.108 0.082 0.055 110 T 0.214 0.205 0.092 0.167 0.099 0.071 0.065 0.036 0.027 0.016 0.009 111 D 0.215 0.110 0.059 0.145 0.132 0.109 0.100 0.054 0.039 0.024 0.013 112 S 0.109 0.149 0.054 0.105 0.091 0.087 0.115 0.086 0.084 0.067 0.051 113 T 0.015 0.050 0.031 0.096 0.126 0.166 0.207 0.116 0.095 0.059 0.038 114 T 0.059 0.034 0.031 0.078 0.102 0.146 0.207 0.120 0.108 0.070 0.046 115 G 0.066 0.076 0.088 0.247 0.189 0.136 0.106 0.045 0.026 0.013 0.008 116 W 0.004 0.011 0.031 0.052 0.043 0.048 0.123 0.158 0.210 0.183 0.138 117 L 0.002 0.002 0.014 0.015 0.017 0.027 0.087 0.124 0.206 0.247 0.259 118 L 0.004 0.008 0.184 0.130 0.146 0.169 0.193 0.078 0.052 0.025 0.011 119 E 0.002 0.009 0.100 0.142 0.161 0.199 0.237 0.082 0.040 0.019 0.009 120 A 0.001 0.002 0.009 0.007 0.009 0.021 0.120 0.151 0.246 0.255 0.178 121 A 0.012 0.008 0.048 0.054 0.054 0.088 0.211 0.173 0.161 0.121 0.068 122 V 0.013 0.032 0.275 0.185 0.165 0.133 0.112 0.046 0.024 0.011 0.005 123 H 0.003 0.012 0.054 0.042 0.052 0.096 0.241 0.175 0.157 0.112 0.056 124 L 0.012 0.014 0.037 0.049 0.055 0.065 0.172 0.166 0.192 0.152 0.085 125 Y 0.048 0.042 0.121 0.106 0.120 0.141 0.184 0.095 0.076 0.043 0.025 126 H 0.015 0.033 0.087 0.110 0.126 0.140 0.221 0.124 0.082 0.044 0.019 127 H 0.008 0.014 0.036 0.030 0.027 0.037 0.131 0.164 0.223 0.208 0.122 128 R 0.017 0.020 0.060 0.079 0.103 0.142 0.239 0.127 0.104 0.070 0.039 129 S 0.029 0.036 0.215 0.140 0.115 0.105 0.143 0.085 0.068 0.042 0.022 130 Q 0.002 0.007 0.029 0.031 0.038 0.066 0.201 0.202 0.200 0.148 0.075 131 L 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.008 0.054 0.117 0.232 0.309 0.263 132 L 0.001 0.004 0.037 0.055 0.092 0.145 0.216 0.144 0.133 0.102 0.072 133 D 0.006 0.018 0.153 0.097 0.094 0.116 0.207 0.124 0.102 0.057 0.026 134 Y 0.001 0.003 0.019 0.033 0.032 0.043 0.149 0.190 0.220 0.187 0.124 135 L 0.001 0.001 0.016 0.007 0.005 0.008 0.035 0.077 0.201 0.308 0.341 136 N 0.001 0.003 0.040 0.103 0.202 0.217 0.234 0.106 0.058 0.024 0.012 137 L 0.003 0.014 0.111 0.072 0.090 0.143 0.214 0.129 0.129 0.065 0.031 138 L 0.004 0.007 0.006 0.032 0.065 0.134 0.312 0.200 0.129 0.076 0.035 139 G 0.566 0.201 0.062 0.092 0.034 0.017 0.013 0.007 0.004 0.002 0.002 140 Y 0.018 0.034 0.029 0.103 0.137 0.160 0.199 0.139 0.088 0.057 0.035 141 D 0.469 0.335 0.066 0.096 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 142 I 0.006 0.003 0.002 0.006 0.010 0.022 0.089 0.144 0.249 0.243 0.225 143 K 0.215 0.302 0.077 0.229 0.107 0.042 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 144 L 0.008 0.009 0.004 0.015 0.021 0.039 0.119 0.146 0.240 0.213 0.186 145 D 0.141 0.236 0.121 0.261 0.123 0.064 0.033 0.010 0.005 0.003 0.002 146 L 0.038 0.041 0.024 0.091 0.103 0.126 0.179 0.143 0.120 0.087 0.049 147 F 0.042 0.047 0.035 0.084 0.097 0.116 0.157 0.125 0.132 0.097 0.068 148 E 0.095 0.142 0.091 0.233 0.178 0.092 0.079 0.042 0.028 0.013 0.007