# TARGET T0369 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.058 0.038 0.015 0.040 0.107 0.010 0.639 2 T 0.057 0.081 0.020 0.012 0.022 0.190 0.008 0.610 3 D 0.039 0.113 0.009 0.006 0.010 0.100 0.005 0.719 4 W 0.068 0.477 0.011 0.009 0.018 0.082 0.006 0.329 5 Q 0.024 0.770 0.013 0.009 0.018 0.031 0.005 0.130 6 Q 0.009 0.877 0.005 0.005 0.008 0.013 0.003 0.081 7 A 0.010 0.938 0.003 0.002 0.004 0.005 0.002 0.036 8 L 0.025 0.917 0.002 0.002 0.004 0.005 0.006 0.039 9 D 0.023 0.920 0.003 0.002 0.003 0.005 0.006 0.037 10 R 0.054 0.849 0.004 0.003 0.002 0.008 0.021 0.059 11 H 0.153 0.730 0.009 0.003 0.003 0.013 0.031 0.059 12 V 0.043 0.842 0.020 0.008 0.006 0.008 0.016 0.058 13 G 0.063 0.571 0.059 0.020 0.021 0.034 0.029 0.203 14 V 0.062 0.382 0.098 0.026 0.027 0.046 0.013 0.347 15 G 0.046 0.456 0.046 0.027 0.032 0.061 0.011 0.321 16 V 0.052 0.402 0.062 0.020 0.035 0.052 0.010 0.368 17 R 0.022 0.543 0.036 0.025 0.025 0.063 0.006 0.280 18 T 0.037 0.501 0.015 0.010 0.012 0.082 0.008 0.334 19 T 0.044 0.676 0.010 0.006 0.013 0.048 0.009 0.193 20 R 0.009 0.871 0.007 0.003 0.005 0.010 0.002 0.093 21 D 0.008 0.859 0.003 0.002 0.004 0.033 0.004 0.088 22 L 0.021 0.923 0.002 0.001 0.003 0.015 0.005 0.032 23 I 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 24 R 0.014 0.963 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.008 25 L 0.271 0.593 0.009 0.004 0.003 0.002 0.075 0.043 26 I 0.360 0.409 0.042 0.014 0.019 0.006 0.077 0.073 27 Q 0.027 0.100 0.038 0.027 0.037 0.037 0.011 0.722 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 29 E 0.013 0.008 0.010 0.011 0.021 0.157 0.007 0.774 30 D 0.502 0.009 0.005 0.003 0.002 0.078 0.020 0.382 31 W 0.409 0.071 0.048 0.017 0.019 0.070 0.009 0.358 32 D 0.131 0.071 0.042 0.054 0.078 0.239 0.016 0.369 33 K 0.179 0.036 0.042 0.024 0.043 0.052 0.031 0.593 34 R 0.246 0.026 0.074 0.136 0.131 0.199 0.011 0.177 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 36 I 0.008 0.007 0.074 0.099 0.358 0.124 0.004 0.327 37 S 0.037 0.003 0.011 0.012 0.015 0.051 0.004 0.867 38 G 0.107 0.015 0.015 0.017 0.036 0.089 0.009 0.711 39 K 0.483 0.013 0.034 0.010 0.019 0.140 0.007 0.292 40 R 0.147 0.027 0.058 0.033 0.025 0.145 0.014 0.551 41 S 0.054 0.023 0.024 0.024 0.041 0.185 0.008 0.641 42 V 0.059 0.082 0.041 0.030 0.090 0.078 0.005 0.616 43 Y 0.023 0.060 0.012 0.009 0.029 0.355 0.005 0.508 44 E 0.038 0.104 0.003 0.004 0.008 0.585 0.004 0.254 45 V 0.015 0.902 0.002 0.002 0.002 0.012 0.001 0.064 46 A 0.004 0.939 0.002 0.002 0.004 0.009 0.002 0.039 47 V 0.004 0.964 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.021 48 H 0.004 0.981 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 49 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 50 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 51 V 0.012 0.967 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.009 52 L 0.023 0.948 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 0.014 53 L 0.021 0.915 0.006 0.003 0.004 0.005 0.010 0.036 54 E 0.028 0.893 0.006 0.003 0.003 0.006 0.012 0.049 55 A 0.055 0.813 0.013 0.004 0.007 0.021 0.016 0.070 56 D 0.068 0.801 0.006 0.005 0.005 0.018 0.019 0.078 57 L 0.050 0.819 0.032 0.008 0.009 0.014 0.012 0.056 58 R 0.047 0.825 0.019 0.015 0.013 0.020 0.012 0.049 59 I 0.055 0.736 0.047 0.013 0.017 0.013 0.019 0.100 60 A 0.047 0.782 0.053 0.024 0.027 0.011 0.012 0.043 61 T 0.048 0.569 0.076 0.030 0.031 0.033 0.030 0.183 62 G 0.149 0.254 0.059 0.023 0.033 0.029 0.046 0.406 63 A 0.229 0.137 0.089 0.017 0.029 0.136 0.024 0.339 64 T 0.072 0.093 0.026 0.015 0.021 0.191 0.020 0.563 65 A 0.063 0.129 0.043 0.014 0.033 0.049 0.008 0.662 66 D 0.035 0.157 0.021 0.018 0.028 0.124 0.010 0.606 67 E 0.127 0.155 0.019 0.010 0.022 0.156 0.017 0.494 68 M 0.150 0.500 0.018 0.014 0.032 0.070 0.012 0.203 69 A 0.136 0.390 0.021 0.023 0.030 0.079 0.030 0.292 70 Q 0.263 0.250 0.024 0.018 0.018 0.062 0.042 0.324 71 F 0.316 0.179 0.043 0.020 0.028 0.047 0.035 0.332 72 Y 0.076 0.160 0.073 0.036 0.049 0.064 0.026 0.516 73 A 0.030 0.053 0.039 0.016 0.027 0.045 0.021 0.770 74 V 0.092 0.022 0.046 0.027 0.027 0.055 0.009 0.722 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 76 V 0.018 0.009 0.041 0.034 0.055 0.130 0.005 0.707 77 L 0.105 0.021 0.023 0.019 0.019 0.087 0.004 0.723 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 79 E 0.011 0.010 0.006 0.004 0.016 0.146 0.001 0.805 80 Q 0.073 0.041 0.002 0.001 0.002 0.173 0.003 0.705 81 L 0.077 0.504 0.002 0.002 0.004 0.034 0.003 0.374 82 V 0.008 0.859 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.121 83 D 0.003 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.060 84 R 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.027 85 L 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 86 D 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 87 Q 0.010 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 88 S 0.037 0.924 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.024 89 W 0.024 0.890 0.021 0.002 0.003 0.004 0.007 0.050 90 Q 0.023 0.794 0.013 0.003 0.003 0.035 0.009 0.121 91 Y 0.029 0.838 0.010 0.001 0.002 0.011 0.007 0.101 92 Y 0.030 0.896 0.005 0.001 0.002 0.008 0.006 0.052 93 Q 0.043 0.801 0.021 0.003 0.004 0.020 0.014 0.094 94 D 0.052 0.762 0.011 0.004 0.004 0.014 0.014 0.140 95 R 0.124 0.652 0.020 0.005 0.007 0.029 0.022 0.141 96 L 0.083 0.728 0.016 0.006 0.009 0.031 0.017 0.110 97 M 0.100 0.553 0.038 0.011 0.025 0.057 0.025 0.192 98 A 0.090 0.482 0.022 0.010 0.015 0.070 0.020 0.291 99 D 0.158 0.368 0.017 0.008 0.011 0.045 0.030 0.363 100 F 0.234 0.332 0.029 0.016 0.020 0.047 0.033 0.289 101 S 0.156 0.159 0.044 0.029 0.035 0.114 0.045 0.418 102 T 0.107 0.074 0.051 0.025 0.035 0.072 0.023 0.614 103 E 0.102 0.059 0.046 0.027 0.045 0.182 0.022 0.516 104 T 0.061 0.043 0.060 0.038 0.039 0.093 0.015 0.651 105 T 0.022 0.023 0.081 0.048 0.055 0.068 0.010 0.694 106 Y 0.034 0.013 0.085 0.065 0.101 0.087 0.007 0.608 107 W 0.044 0.013 0.096 0.093 0.141 0.091 0.007 0.514 108 G 0.042 0.014 0.067 0.089 0.131 0.093 0.007 0.558 109 V 0.066 0.014 0.102 0.073 0.128 0.110 0.006 0.500 110 T 0.024 0.018 0.043 0.060 0.080 0.105 0.004 0.666 111 D 0.025 0.012 0.022 0.017 0.038 0.064 0.004 0.818 112 S 0.039 0.022 0.015 0.015 0.026 0.273 0.007 0.602 113 T 0.096 0.054 0.017 0.013 0.021 0.204 0.012 0.582 114 T 0.062 0.187 0.023 0.012 0.024 0.277 0.008 0.406 115 G 0.062 0.319 0.013 0.011 0.023 0.240 0.008 0.322 116 W 0.026 0.774 0.006 0.006 0.010 0.038 0.002 0.137 117 L 0.019 0.842 0.004 0.005 0.014 0.028 0.005 0.083 118 L 0.014 0.929 0.002 0.003 0.005 0.005 0.002 0.040 119 E 0.012 0.944 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.032 120 A 0.020 0.929 0.003 0.002 0.003 0.003 0.007 0.033 121 A 0.018 0.933 0.002 0.002 0.003 0.004 0.006 0.032 122 V 0.018 0.910 0.006 0.003 0.003 0.006 0.008 0.045 123 H 0.043 0.863 0.010 0.004 0.003 0.007 0.014 0.057 124 L 0.031 0.884 0.019 0.005 0.006 0.006 0.009 0.040 125 Y 0.034 0.801 0.020 0.011 0.012 0.017 0.013 0.092 126 H 0.072 0.601 0.040 0.016 0.015 0.042 0.020 0.194 127 H 0.069 0.656 0.015 0.009 0.010 0.038 0.013 0.189 128 R 0.045 0.664 0.027 0.006 0.013 0.034 0.010 0.202 129 S 0.025 0.582 0.009 0.004 0.005 0.055 0.010 0.310 130 Q 0.084 0.533 0.005 0.003 0.003 0.110 0.013 0.250 131 L 0.010 0.941 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.035 132 L 0.001 0.974 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 133 D 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 134 Y 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 135 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 136 N 0.009 0.972 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.006 137 L 0.033 0.931 0.006 0.003 0.003 0.002 0.011 0.010 138 L 0.082 0.795 0.016 0.011 0.006 0.005 0.049 0.036 139 G 0.473 0.126 0.040 0.018 0.012 0.015 0.151 0.165 140 Y 0.115 0.068 0.519 0.043 0.030 0.031 0.027 0.166 141 D 0.021 0.026 0.103 0.036 0.054 0.080 0.011 0.670 142 I 0.025 0.014 0.150 0.037 0.053 0.048 0.006 0.667 143 K 0.020 0.012 0.119 0.031 0.047 0.259 0.008 0.502 144 L 0.118 0.011 0.215 0.030 0.059 0.130 0.011 0.426 145 D 0.020 0.022 0.096 0.040 0.042 0.136 0.005 0.638 146 L 0.046 0.020 0.078 0.031 0.083 0.176 0.008 0.557 147 F 0.128 0.063 0.106 0.053 0.099 0.179 0.015 0.357 148 E 0.102 0.076 0.121 0.063 0.110 0.176 0.018 0.334