# TARGET T0369 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.992 2 T 0.006 0.004 0.007 0.818 0.001 0.023 0.140 3 D 0.008 0.005 0.021 0.765 0.028 0.071 0.102 4 W 0.004 0.003 0.028 0.860 0.018 0.055 0.033 5 Q 0.004 0.001 0.010 0.940 0.011 0.017 0.018 6 Q 0.002 0.001 0.010 0.963 0.006 0.009 0.010 7 A 0.001 0.001 0.007 0.969 0.002 0.016 0.004 8 L 0.001 0.001 0.005 0.968 0.002 0.020 0.004 9 D 0.001 0.001 0.008 0.972 0.002 0.015 0.002 10 R 0.001 0.001 0.006 0.971 0.003 0.017 0.002 11 H 0.001 0.001 0.011 0.955 0.002 0.029 0.002 12 V 0.003 0.003 0.007 0.945 0.008 0.025 0.009 13 G 0.005 0.001 0.008 0.916 0.011 0.043 0.017 14 V 0.006 0.001 0.008 0.905 0.014 0.050 0.017 15 G 0.004 0.001 0.006 0.926 0.009 0.041 0.014 16 V 0.002 0.001 0.002 0.957 0.009 0.017 0.012 17 R 0.001 0.001 0.003 0.974 0.005 0.010 0.007 18 T 0.002 0.001 0.004 0.966 0.005 0.016 0.006 19 T 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.007 0.003 20 R 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 0.001 21 D 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 22 L 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.010 0.001 23 I 0.001 0.001 0.033 0.944 0.001 0.020 0.002 24 R 0.001 0.001 0.044 0.821 0.003 0.130 0.002 25 L 0.001 0.001 0.072 0.656 0.016 0.244 0.011 26 I 0.003 0.010 0.029 0.183 0.456 0.064 0.255 27 Q 0.006 0.012 0.029 0.041 0.079 0.054 0.779 28 P 0.001 0.002 0.610 0.137 0.024 0.202 0.025 29 E 0.001 0.001 0.691 0.071 0.027 0.193 0.016 30 D 0.006 0.004 0.737 0.081 0.031 0.092 0.050 31 W 0.048 0.022 0.158 0.107 0.162 0.166 0.336 32 D 0.081 0.015 0.050 0.021 0.133 0.190 0.509 33 K 0.182 0.060 0.016 0.017 0.178 0.029 0.519 34 R 0.144 0.036 0.006 0.008 0.077 0.012 0.717 35 P 0.095 0.039 0.011 0.014 0.119 0.033 0.688 36 I 0.035 0.016 0.025 0.015 0.148 0.062 0.698 37 S 0.010 0.005 0.105 0.025 0.245 0.437 0.174 38 G 0.011 0.003 0.105 0.023 0.203 0.485 0.171 39 K 0.054 0.025 0.090 0.035 0.216 0.171 0.409 40 R 0.094 0.076 0.013 0.028 0.216 0.038 0.535 41 S 0.094 0.049 0.003 0.065 0.089 0.009 0.690 42 V 0.001 0.001 0.007 0.978 0.004 0.004 0.005 43 Y 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.001 44 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 47 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 48 H 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.010 0.001 49 L 0.001 0.001 0.010 0.967 0.001 0.018 0.002 50 A 0.001 0.001 0.020 0.894 0.005 0.076 0.004 51 V 0.001 0.001 0.026 0.804 0.013 0.142 0.013 52 L 0.004 0.004 0.032 0.822 0.026 0.070 0.042 53 L 0.007 0.003 0.032 0.831 0.022 0.069 0.034 54 E 0.009 0.001 0.037 0.839 0.029 0.054 0.031 55 A 0.017 0.002 0.043 0.839 0.025 0.044 0.028 56 D 0.038 0.003 0.033 0.840 0.015 0.040 0.030 57 L 0.062 0.003 0.047 0.769 0.020 0.057 0.043 58 R 0.085 0.002 0.040 0.711 0.035 0.084 0.043 59 I 0.092 0.008 0.035 0.639 0.040 0.137 0.048 60 A 0.094 0.016 0.018 0.416 0.131 0.108 0.217 61 T 0.052 0.007 0.018 0.258 0.125 0.212 0.327 62 G 0.026 0.005 0.048 0.417 0.146 0.206 0.152 63 A 0.032 0.009 0.081 0.462 0.115 0.121 0.180 64 T 0.042 0.014 0.082 0.498 0.081 0.073 0.209 65 A 0.021 0.006 0.133 0.554 0.057 0.085 0.144 66 D 0.022 0.005 0.170 0.455 0.059 0.154 0.136 67 E 0.015 0.009 0.167 0.474 0.079 0.129 0.127 68 M 0.022 0.014 0.103 0.322 0.132 0.149 0.258 69 A 0.019 0.008 0.079 0.182 0.117 0.270 0.326 70 Q 0.019 0.015 0.051 0.151 0.227 0.184 0.355 71 F 0.014 0.011 0.026 0.111 0.273 0.081 0.485 72 Y 0.015 0.009 0.030 0.114 0.153 0.163 0.516 73 A 0.015 0.016 0.046 0.142 0.104 0.128 0.550 74 V 0.012 0.007 0.038 0.348 0.095 0.041 0.459 75 P 0.007 0.003 0.038 0.830 0.017 0.037 0.069 76 V 0.006 0.006 0.035 0.836 0.026 0.040 0.051 77 L 0.004 0.004 0.022 0.851 0.024 0.040 0.056 78 P 0.001 0.001 0.007 0.954 0.010 0.013 0.014 79 E 0.001 0.001 0.004 0.967 0.007 0.012 0.008 80 Q 0.001 0.001 0.003 0.974 0.003 0.011 0.007 81 L 0.001 0.001 0.001 0.978 0.004 0.009 0.006 82 V 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.009 0.003 83 D 0.001 0.001 0.001 0.978 0.003 0.015 0.003 84 R 0.001 0.001 0.001 0.972 0.003 0.016 0.007 85 L 0.001 0.001 0.001 0.976 0.004 0.010 0.008 86 D 0.001 0.001 0.001 0.974 0.005 0.014 0.005 87 Q 0.001 0.001 0.002 0.955 0.004 0.034 0.005 88 S 0.001 0.001 0.002 0.942 0.006 0.037 0.012 89 W 0.001 0.001 0.003 0.951 0.011 0.019 0.013 90 Q 0.002 0.001 0.008 0.944 0.008 0.028 0.010 91 Y 0.001 0.001 0.009 0.930 0.006 0.043 0.010 92 Y 0.001 0.001 0.011 0.912 0.012 0.045 0.018 93 Q 0.001 0.001 0.013 0.911 0.015 0.044 0.014 94 D 0.002 0.001 0.022 0.895 0.012 0.052 0.016 95 R 0.001 0.001 0.021 0.854 0.024 0.064 0.034 96 L 0.005 0.005 0.030 0.715 0.031 0.123 0.092 97 M 0.007 0.003 0.099 0.614 0.035 0.179 0.062 98 A 0.013 0.004 0.110 0.567 0.049 0.187 0.070 99 D 0.011 0.006 0.096 0.558 0.074 0.152 0.103 100 F 0.037 0.016 0.043 0.328 0.157 0.151 0.268 101 S 0.044 0.009 0.039 0.125 0.149 0.230 0.404 102 T 0.087 0.013 0.039 0.116 0.306 0.152 0.287 103 E 0.150 0.012 0.034 0.087 0.152 0.090 0.475 104 T 0.237 0.027 0.036 0.074 0.128 0.068 0.429 105 T 0.309 0.017 0.038 0.053 0.106 0.066 0.412 106 Y 0.367 0.043 0.050 0.047 0.108 0.061 0.325 107 W 0.370 0.034 0.050 0.064 0.104 0.064 0.314 108 G 0.276 0.025 0.053 0.047 0.120 0.138 0.341 109 V 0.211 0.018 0.034 0.051 0.183 0.167 0.336 110 T 0.136 0.019 0.016 0.041 0.235 0.123 0.430 111 D 0.049 0.015 0.026 0.212 0.301 0.084 0.313 112 S 0.049 0.018 0.016 0.319 0.133 0.049 0.416 113 T 0.006 0.001 0.018 0.911 0.015 0.023 0.026 114 T 0.005 0.001 0.007 0.963 0.005 0.009 0.010 115 G 0.005 0.001 0.006 0.970 0.004 0.006 0.007 116 W 0.005 0.001 0.004 0.977 0.003 0.006 0.004 117 L 0.005 0.001 0.004 0.972 0.003 0.010 0.006 118 L 0.003 0.001 0.003 0.972 0.004 0.013 0.004 119 E 0.003 0.001 0.003 0.961 0.007 0.018 0.008 120 A 0.002 0.001 0.002 0.976 0.005 0.010 0.006 121 A 0.001 0.001 0.002 0.979 0.003 0.011 0.004 122 V 0.001 0.001 0.002 0.974 0.003 0.016 0.003 123 H 0.001 0.001 0.004 0.959 0.004 0.027 0.004 124 L 0.001 0.001 0.005 0.965 0.006 0.018 0.005 125 Y 0.001 0.001 0.007 0.961 0.004 0.023 0.004 126 H 0.001 0.001 0.008 0.915 0.008 0.061 0.008 127 H 0.001 0.001 0.005 0.949 0.004 0.031 0.009 128 R 0.001 0.001 0.002 0.977 0.002 0.017 0.002 129 S 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.011 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 132 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 133 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 135 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 136 N 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.014 0.001 137 L 0.001 0.001 0.005 0.913 0.005 0.072 0.004 138 L 0.001 0.001 0.009 0.406 0.029 0.539 0.016 139 G 0.001 0.002 0.006 0.043 0.090 0.742 0.116 140 Y 0.007 0.018 0.008 0.021 0.158 0.037 0.752 141 D 0.016 0.019 0.012 0.013 0.112 0.020 0.807 142 I 0.021 0.009 0.109 0.054 0.133 0.330 0.345 143 K 0.034 0.014 0.076 0.036 0.118 0.354 0.368 144 L 0.069 0.018 0.074 0.074 0.122 0.035 0.609 145 D 0.270 0.036 0.058 0.102 0.039 0.052 0.442 146 L 0.219 0.024 0.075 0.082 0.082 0.116 0.402 147 F 0.190 0.048 0.051 0.060 0.014 0.106 0.531 148 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.991