# TARGET T0369 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.052 0.038 0.019 0.038 0.013 0.015 0.531 0.158 0.082 0.022 2 T 0.005 0.030 0.017 0.007 0.013 0.009 0.015 0.758 0.129 0.013 0.003 3 D 0.004 0.009 0.004 0.001 0.006 0.001 0.005 0.864 0.093 0.010 0.003 4 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.894 0.091 0.009 0.001 5 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.058 0.002 0.001 6 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.931 0.060 0.002 0.001 7 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.946 0.035 0.004 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.881 0.101 0.011 0.001 9 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.891 0.091 0.005 0.001 10 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.899 0.073 0.005 0.001 11 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.856 0.089 0.022 0.001 12 V 0.006 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.006 0.822 0.125 0.016 0.003 13 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.836 0.122 0.015 0.001 14 V 0.001 0.007 0.003 0.002 0.005 0.003 0.025 0.853 0.087 0.012 0.001 15 G 0.007 0.005 0.002 0.002 0.007 0.002 0.010 0.799 0.120 0.043 0.005 16 V 0.005 0.009 0.002 0.001 0.011 0.002 0.010 0.839 0.111 0.008 0.002 17 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.900 0.066 0.005 0.002 18 T 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.916 0.055 0.009 0.001 19 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.073 0.004 0.001 20 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.923 0.070 0.002 0.001 21 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.936 0.050 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.889 0.095 0.004 0.001 23 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.708 0.265 0.009 0.001 24 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.044 0.720 0.201 0.016 0.002 25 L 0.005 0.007 0.002 0.002 0.007 0.007 0.055 0.167 0.121 0.619 0.009 26 I 0.025 0.421 0.377 0.017 0.120 0.003 0.004 0.007 0.006 0.011 0.009 27 Q 0.014 0.580 0.307 0.021 0.041 0.002 0.002 0.009 0.007 0.010 0.007 28 P 0.004 0.009 0.004 0.004 0.013 0.013 0.051 0.397 0.487 0.016 0.002 29 E 0.007 0.008 0.008 0.006 0.009 0.008 0.031 0.425 0.387 0.099 0.011 30 D 0.027 0.048 0.009 0.004 0.056 0.012 0.072 0.210 0.164 0.367 0.031 31 W 0.096 0.120 0.022 0.011 0.168 0.016 0.017 0.129 0.120 0.231 0.068 32 D 0.050 0.065 0.054 0.044 0.109 0.018 0.041 0.112 0.155 0.286 0.064 33 K 0.105 0.291 0.138 0.011 0.229 0.003 0.008 0.036 0.031 0.109 0.040 34 R 0.030 0.482 0.253 0.016 0.131 0.006 0.027 0.029 0.011 0.007 0.008 35 P 0.085 0.363 0.143 0.017 0.223 0.011 0.020 0.030 0.022 0.038 0.049 36 I 0.067 0.274 0.183 0.033 0.236 0.014 0.026 0.057 0.049 0.029 0.032 37 S 0.028 0.086 0.033 0.026 0.057 0.071 0.113 0.211 0.252 0.104 0.020 38 G 0.050 0.061 0.040 0.021 0.091 0.026 0.047 0.129 0.178 0.302 0.054 39 K 0.092 0.086 0.020 0.008 0.089 0.012 0.029 0.081 0.115 0.364 0.104 40 R 0.028 0.280 0.139 0.039 0.118 0.031 0.048 0.091 0.069 0.126 0.029 41 S 0.008 0.617 0.308 0.003 0.032 0.001 0.001 0.015 0.005 0.007 0.004 42 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.754 0.224 0.014 0.001 43 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.056 0.001 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.040 0.003 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.048 0.002 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.064 0.002 0.001 47 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.947 0.044 0.001 0.001 48 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.929 0.052 0.006 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.838 0.139 0.007 0.001 50 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.852 0.107 0.011 0.001 51 V 0.002 0.006 0.004 0.003 0.004 0.010 0.054 0.680 0.130 0.103 0.004 52 L 0.033 0.066 0.019 0.007 0.056 0.009 0.044 0.578 0.117 0.056 0.015 53 L 0.014 0.063 0.017 0.006 0.030 0.010 0.049 0.619 0.146 0.038 0.008 54 E 0.013 0.021 0.011 0.007 0.021 0.015 0.040 0.639 0.126 0.092 0.016 55 A 0.030 0.038 0.012 0.006 0.046 0.008 0.021 0.652 0.127 0.043 0.017 56 D 0.011 0.014 0.005 0.003 0.021 0.006 0.021 0.745 0.136 0.033 0.005 57 L 0.024 0.015 0.003 0.003 0.041 0.005 0.016 0.715 0.145 0.025 0.008 58 R 0.016 0.025 0.007 0.005 0.041 0.009 0.044 0.701 0.120 0.025 0.007 59 I 0.080 0.027 0.006 0.003 0.079 0.008 0.056 0.518 0.093 0.098 0.032 60 A 0.073 0.177 0.056 0.023 0.164 0.024 0.046 0.249 0.071 0.090 0.029 61 T 0.061 0.180 0.087 0.054 0.103 0.050 0.065 0.222 0.073 0.075 0.030 62 G 0.071 0.101 0.079 0.039 0.094 0.017 0.019 0.192 0.105 0.204 0.080 63 A 0.060 0.185 0.085 0.021 0.122 0.017 0.035 0.314 0.095 0.040 0.024 64 T 0.075 0.125 0.054 0.017 0.107 0.013 0.024 0.354 0.129 0.070 0.033 65 A 0.028 0.095 0.038 0.026 0.063 0.025 0.035 0.421 0.192 0.062 0.015 66 D 0.052 0.089 0.056 0.019 0.080 0.013 0.029 0.350 0.168 0.108 0.036 67 E 0.052 0.089 0.060 0.024 0.087 0.023 0.051 0.318 0.148 0.116 0.030 68 M 0.060 0.188 0.100 0.033 0.153 0.017 0.032 0.193 0.110 0.082 0.031 69 A 0.043 0.107 0.055 0.033 0.088 0.041 0.087 0.253 0.166 0.099 0.028 70 Q 0.062 0.120 0.080 0.029 0.121 0.025 0.063 0.174 0.104 0.182 0.040 71 F 0.065 0.201 0.167 0.051 0.140 0.031 0.038 0.100 0.068 0.098 0.042 72 Y 0.051 0.210 0.102 0.033 0.132 0.029 0.053 0.166 0.097 0.086 0.041 73 A 0.073 0.126 0.055 0.021 0.128 0.019 0.033 0.137 0.119 0.238 0.050 74 V 0.052 0.365 0.157 0.010 0.171 0.005 0.009 0.115 0.058 0.041 0.016 75 P 0.063 0.093 0.027 0.005 0.094 0.010 0.017 0.467 0.139 0.050 0.034 76 V 0.030 0.100 0.029 0.005 0.071 0.005 0.025 0.607 0.084 0.030 0.015 77 L 0.015 0.115 0.055 0.004 0.025 0.002 0.004 0.660 0.081 0.033 0.006 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.899 0.086 0.004 0.001 79 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.038 0.001 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.931 0.050 0.013 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.050 0.003 0.001 82 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.040 0.001 0.001 83 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.034 0.005 0.001 84 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.941 0.045 0.007 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.061 0.004 0.001 86 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.931 0.051 0.004 0.001 87 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.917 0.040 0.006 0.001 88 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.888 0.076 0.018 0.002 89 W 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.863 0.105 0.015 0.001 90 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.878 0.091 0.006 0.001 91 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.028 0.872 0.075 0.014 0.001 92 Y 0.005 0.014 0.006 0.002 0.010 0.005 0.024 0.707 0.159 0.065 0.004 93 Q 0.012 0.035 0.007 0.003 0.022 0.004 0.022 0.686 0.165 0.037 0.007 94 D 0.007 0.020 0.008 0.006 0.017 0.014 0.065 0.634 0.150 0.071 0.008 95 R 0.022 0.071 0.047 0.013 0.048 0.020 0.066 0.491 0.122 0.088 0.014 96 L 0.067 0.058 0.015 0.003 0.079 0.004 0.012 0.453 0.186 0.087 0.036 97 M 0.009 0.021 0.008 0.007 0.019 0.014 0.034 0.555 0.288 0.039 0.007 98 A 0.018 0.059 0.028 0.008 0.052 0.008 0.047 0.538 0.165 0.067 0.009 99 D 0.052 0.053 0.023 0.010 0.073 0.017 0.063 0.353 0.183 0.148 0.025 100 F 0.067 0.200 0.077 0.024 0.174 0.015 0.031 0.192 0.124 0.072 0.024 101 S 0.054 0.054 0.033 0.024 0.075 0.019 0.044 0.272 0.232 0.154 0.040 102 T 0.062 0.180 0.082 0.022 0.157 0.020 0.050 0.169 0.107 0.119 0.032 103 E 0.121 0.113 0.050 0.029 0.185 0.026 0.057 0.112 0.091 0.139 0.078 104 T 0.106 0.193 0.102 0.044 0.212 0.021 0.034 0.076 0.068 0.094 0.050 105 T 0.082 0.184 0.131 0.053 0.178 0.031 0.060 0.101 0.070 0.069 0.040 106 Y 0.107 0.222 0.133 0.030 0.203 0.020 0.030 0.074 0.061 0.072 0.047 107 W 0.095 0.202 0.090 0.031 0.200 0.025 0.050 0.106 0.072 0.069 0.060 108 G 0.087 0.170 0.101 0.036 0.168 0.024 0.025 0.084 0.088 0.150 0.066 109 V 0.068 0.162 0.091 0.041 0.141 0.041 0.057 0.161 0.113 0.092 0.034 110 T 0.079 0.205 0.137 0.028 0.126 0.016 0.020 0.101 0.068 0.165 0.054 111 D 0.043 0.165 0.091 0.028 0.088 0.019 0.026 0.275 0.129 0.097 0.038 112 S 0.017 0.270 0.101 0.008 0.058 0.005 0.015 0.416 0.075 0.025 0.009 113 T 0.004 0.008 0.005 0.001 0.006 0.002 0.004 0.812 0.136 0.019 0.003 114 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.903 0.087 0.003 0.001 115 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.043 0.001 0.001 116 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.043 0.002 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.052 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.947 0.046 0.001 0.001 119 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.947 0.043 0.004 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.922 0.070 0.002 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.908 0.072 0.002 0.001 122 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.891 0.070 0.012 0.002 123 H 0.002 0.003 0.001 0.002 0.004 0.004 0.014 0.838 0.115 0.016 0.001 124 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.020 0.846 0.110 0.007 0.001 125 Y 0.007 0.004 0.001 0.002 0.008 0.007 0.056 0.767 0.097 0.046 0.004 126 H 0.011 0.072 0.048 0.017 0.034 0.033 0.125 0.542 0.057 0.054 0.007 127 H 0.092 0.150 0.076 0.014 0.061 0.011 0.013 0.361 0.071 0.105 0.046 128 R 0.002 0.010 0.005 0.004 0.006 0.011 0.018 0.792 0.143 0.009 0.002 129 S 0.003 0.013 0.005 0.002 0.007 0.002 0.007 0.827 0.101 0.028 0.004 130 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.917 0.067 0.008 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.039 0.002 0.001 132 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.050 0.001 0.001 133 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.967 0.027 0.001 0.001 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.033 0.001 0.001 135 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.931 0.059 0.003 0.001 136 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.833 0.127 0.007 0.001 137 L 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.007 0.123 0.763 0.081 0.013 0.001 138 L 0.001 0.714 0.215 0.008 0.028 0.003 0.007 0.010 0.005 0.008 0.001 139 G 0.093 0.016 0.011 0.015 0.019 0.005 0.005 0.011 0.023 0.460 0.342 140 Y 0.029 0.461 0.262 0.023 0.130 0.008 0.011 0.026 0.023 0.016 0.014 141 D 0.101 0.309 0.105 0.022 0.226 0.016 0.026 0.055 0.057 0.037 0.045 142 I 0.067 0.387 0.180 0.015 0.194 0.012 0.015 0.039 0.051 0.021 0.020 143 K 0.179 0.081 0.031 0.010 0.213 0.018 0.050 0.089 0.098 0.140 0.090 144 L 0.106 0.293 0.108 0.018 0.299 0.008 0.008 0.025 0.035 0.061 0.038 145 D 0.183 0.171 0.059 0.007 0.415 0.005 0.012 0.049 0.035 0.026 0.038 146 L 0.108 0.075 0.037 0.025 0.160 0.029 0.044 0.193 0.183 0.101 0.046 147 F 0.092 0.161 0.077 0.030 0.196 0.017 0.036 0.143 0.084 0.111 0.054 148 E 0.099 0.152 0.083 0.035 0.170 0.033 0.053 0.137 0.079 0.102 0.057