# TARGET T0369 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.591 0.216 0.109 0.064 0.017 0.004 0.001 2 T 0.750 0.175 0.055 0.015 0.005 0.001 0.001 3 D 0.548 0.271 0.116 0.049 0.013 0.002 0.001 4 W 0.276 0.167 0.137 0.184 0.159 0.073 0.005 5 Q 0.175 0.239 0.251 0.221 0.089 0.024 0.002 6 Q 0.398 0.355 0.159 0.063 0.021 0.004 0.001 7 A 0.306 0.253 0.202 0.145 0.077 0.016 0.001 8 L 0.254 0.118 0.077 0.163 0.206 0.173 0.010 9 D 0.119 0.207 0.270 0.282 0.101 0.019 0.001 10 R 0.366 0.385 0.163 0.060 0.021 0.004 0.001 11 H 0.204 0.191 0.232 0.241 0.106 0.024 0.001 12 V 0.113 0.080 0.103 0.255 0.290 0.151 0.008 13 G 0.125 0.339 0.298 0.173 0.056 0.008 0.001 14 V 0.249 0.359 0.195 0.128 0.054 0.012 0.001 15 G 0.054 0.150 0.244 0.272 0.177 0.092 0.010 16 V 0.019 0.051 0.090 0.230 0.380 0.216 0.014 17 R 0.095 0.284 0.311 0.202 0.082 0.023 0.002 18 T 0.062 0.159 0.203 0.275 0.205 0.086 0.010 19 T 0.014 0.025 0.034 0.093 0.258 0.486 0.090 20 R 0.032 0.103 0.205 0.321 0.240 0.091 0.007 21 D 0.072 0.314 0.353 0.186 0.060 0.013 0.001 22 L 0.010 0.024 0.063 0.201 0.397 0.288 0.018 23 I 0.008 0.020 0.063 0.239 0.409 0.248 0.014 24 R 0.104 0.417 0.295 0.135 0.038 0.009 0.001 25 L 0.113 0.365 0.335 0.147 0.035 0.005 0.001 26 I 0.021 0.071 0.185 0.380 0.293 0.049 0.001 27 Q 0.290 0.396 0.214 0.080 0.018 0.002 0.001 28 P 0.570 0.270 0.110 0.042 0.007 0.001 0.001 29 E 0.710 0.213 0.057 0.016 0.003 0.001 0.001 30 D 0.697 0.233 0.055 0.012 0.002 0.001 0.001 31 W 0.280 0.175 0.214 0.217 0.098 0.015 0.001 32 D 0.573 0.276 0.096 0.040 0.012 0.002 0.001 33 K 0.186 0.233 0.242 0.221 0.099 0.018 0.001 34 R 0.249 0.290 0.253 0.155 0.045 0.008 0.001 35 P 0.248 0.242 0.190 0.198 0.100 0.020 0.001 36 I 0.408 0.293 0.160 0.097 0.036 0.006 0.001 37 S 0.463 0.273 0.147 0.089 0.025 0.004 0.001 38 G 0.511 0.300 0.113 0.054 0.018 0.005 0.001 39 K 0.128 0.283 0.261 0.203 0.098 0.024 0.002 40 R 0.056 0.161 0.222 0.291 0.205 0.060 0.006 41 S 0.015 0.062 0.116 0.230 0.307 0.225 0.045 42 V 0.003 0.007 0.013 0.046 0.183 0.503 0.245 43 Y 0.005 0.031 0.082 0.214 0.325 0.268 0.076 44 E 0.004 0.018 0.052 0.160 0.308 0.337 0.121 45 V 0.001 0.002 0.002 0.009 0.048 0.316 0.623 46 A 0.001 0.001 0.003 0.011 0.040 0.252 0.692 47 V 0.002 0.013 0.031 0.096 0.146 0.310 0.401 48 H 0.001 0.003 0.007 0.034 0.136 0.357 0.461 49 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.201 0.775 50 A 0.002 0.005 0.013 0.042 0.119 0.344 0.476 51 V 0.005 0.020 0.045 0.130 0.227 0.305 0.267 52 L 0.004 0.008 0.016 0.042 0.132 0.405 0.393 53 L 0.006 0.017 0.036 0.104 0.210 0.392 0.235 54 E 0.020 0.064 0.130 0.195 0.251 0.257 0.082 55 A 0.023 0.044 0.073 0.161 0.287 0.302 0.110 56 D 0.027 0.046 0.067 0.128 0.229 0.363 0.140 57 L 0.025 0.042 0.077 0.177 0.267 0.324 0.087 58 R 0.058 0.116 0.156 0.202 0.230 0.196 0.041 59 I 0.055 0.097 0.134 0.196 0.230 0.236 0.052 60 A 0.030 0.045 0.096 0.221 0.339 0.240 0.029 61 T 0.166 0.320 0.260 0.166 0.067 0.019 0.002 62 G 0.269 0.340 0.209 0.122 0.046 0.013 0.001 63 A 0.379 0.310 0.176 0.091 0.032 0.010 0.001 64 T 0.301 0.257 0.207 0.148 0.068 0.017 0.001 65 A 0.192 0.207 0.214 0.215 0.135 0.035 0.002 66 D 0.341 0.305 0.197 0.104 0.040 0.011 0.001 67 E 0.305 0.245 0.188 0.153 0.080 0.026 0.003 68 M 0.148 0.159 0.194 0.233 0.188 0.072 0.005 69 A 0.255 0.239 0.202 0.171 0.095 0.036 0.003 70 Q 0.400 0.277 0.165 0.097 0.045 0.016 0.002 71 F 0.285 0.201 0.181 0.184 0.108 0.038 0.003 72 Y 0.413 0.191 0.141 0.131 0.089 0.032 0.003 73 A 0.485 0.272 0.138 0.073 0.025 0.005 0.001 74 V 0.357 0.283 0.180 0.119 0.047 0.012 0.001 75 P 0.351 0.265 0.175 0.130 0.059 0.018 0.002 76 V 0.392 0.330 0.154 0.078 0.034 0.011 0.002 77 L 0.077 0.183 0.215 0.268 0.191 0.062 0.005 78 P 0.042 0.143 0.269 0.300 0.185 0.056 0.004 79 E 0.370 0.412 0.152 0.050 0.012 0.003 0.001 80 Q 0.082 0.238 0.310 0.249 0.098 0.021 0.002 81 L 0.014 0.021 0.042 0.147 0.385 0.362 0.030 82 V 0.029 0.154 0.307 0.321 0.151 0.035 0.003 83 D 0.162 0.480 0.243 0.084 0.024 0.007 0.001 84 R 0.015 0.064 0.177 0.339 0.293 0.104 0.007 85 L 0.007 0.018 0.051 0.189 0.394 0.314 0.027 86 D 0.174 0.382 0.267 0.126 0.040 0.011 0.002 87 Q 0.311 0.396 0.191 0.074 0.023 0.005 0.001 88 S 0.059 0.112 0.148 0.234 0.264 0.167 0.016 89 W 0.048 0.097 0.195 0.329 0.258 0.070 0.003 90 Q 0.399 0.374 0.144 0.059 0.019 0.004 0.001 91 Y 0.148 0.288 0.296 0.192 0.063 0.012 0.001 92 Y 0.056 0.069 0.116 0.282 0.341 0.130 0.006 93 Q 0.231 0.296 0.250 0.155 0.056 0.012 0.001 94 D 0.654 0.257 0.065 0.020 0.004 0.001 0.001 95 R 0.228 0.292 0.272 0.148 0.049 0.009 0.001 96 L 0.180 0.165 0.195 0.233 0.175 0.050 0.003 97 M 0.243 0.245 0.215 0.181 0.091 0.024 0.002 98 A 0.498 0.299 0.126 0.053 0.018 0.005 0.001 99 D 0.245 0.251 0.210 0.191 0.085 0.018 0.001 100 F 0.270 0.206 0.199 0.184 0.108 0.031 0.002 101 S 0.611 0.210 0.092 0.056 0.023 0.007 0.001 102 T 0.679 0.202 0.070 0.031 0.012 0.004 0.001 103 E 0.504 0.239 0.129 0.080 0.036 0.011 0.002 104 T 0.260 0.217 0.196 0.178 0.109 0.036 0.004 105 T 0.329 0.270 0.182 0.135 0.060 0.021 0.002 106 Y 0.174 0.186 0.199 0.217 0.150 0.068 0.007 107 W 0.109 0.103 0.125 0.219 0.253 0.169 0.022 108 G 0.120 0.131 0.146 0.189 0.216 0.165 0.034 109 V 0.149 0.158 0.170 0.222 0.183 0.098 0.020 110 T 0.224 0.252 0.190 0.162 0.103 0.057 0.012 111 D 0.128 0.154 0.178 0.213 0.184 0.116 0.025 112 S 0.145 0.213 0.201 0.204 0.146 0.074 0.017 113 T 0.074 0.131 0.159 0.210 0.224 0.169 0.034 114 T 0.083 0.131 0.163 0.222 0.233 0.144 0.024 115 G 0.180 0.316 0.244 0.171 0.067 0.020 0.003 116 W 0.082 0.094 0.129 0.219 0.271 0.182 0.023 117 L 0.108 0.089 0.091 0.155 0.247 0.266 0.045 118 L 0.220 0.276 0.208 0.181 0.083 0.028 0.003 119 E 0.154 0.250 0.271 0.211 0.085 0.025 0.003 120 A 0.118 0.130 0.132 0.183 0.248 0.165 0.024 121 A 0.140 0.188 0.197 0.217 0.154 0.085 0.020 122 V 0.248 0.292 0.218 0.141 0.070 0.027 0.005 123 H 0.153 0.177 0.181 0.201 0.180 0.091 0.017 124 L 0.178 0.157 0.132 0.173 0.165 0.153 0.043 125 Y 0.186 0.133 0.142 0.177 0.184 0.135 0.043 126 H 0.142 0.143 0.139 0.163 0.172 0.163 0.078 127 H 0.046 0.054 0.073 0.179 0.239 0.293 0.116 128 R 0.030 0.049 0.086 0.152 0.220 0.288 0.175 129 S 0.129 0.127 0.133 0.152 0.170 0.178 0.112 130 Q 0.049 0.087 0.096 0.169 0.219 0.213 0.167 131 L 0.011 0.009 0.012 0.041 0.135 0.488 0.304 132 L 0.017 0.047 0.095 0.226 0.264 0.270 0.080 133 D 0.079 0.191 0.179 0.168 0.175 0.162 0.047 134 Y 0.020 0.035 0.089 0.233 0.328 0.263 0.032 135 L 0.058 0.063 0.070 0.171 0.318 0.296 0.024 136 N 0.142 0.288 0.274 0.199 0.075 0.020 0.002 137 L 0.429 0.315 0.152 0.073 0.026 0.005 0.001 138 L 0.273 0.269 0.228 0.168 0.054 0.008 0.001 139 G 0.593 0.264 0.095 0.037 0.009 0.001 0.001 140 Y 0.412 0.272 0.184 0.106 0.023 0.002 0.001 141 D 0.577 0.298 0.093 0.026 0.005 0.001 0.001 142 I 0.130 0.140 0.243 0.300 0.160 0.026 0.001 143 K 0.426 0.310 0.139 0.077 0.036 0.011 0.001 144 L 0.129 0.084 0.171 0.280 0.228 0.099 0.009 145 D 0.466 0.312 0.126 0.064 0.023 0.008 0.001 146 L 0.214 0.174 0.206 0.220 0.139 0.044 0.003 147 F 0.263 0.193 0.197 0.203 0.114 0.028 0.002 148 E 0.615 0.266 0.083 0.028 0.007 0.001 0.001