# TARGET T0369 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.605 0.002 0.004 0.003 0.006 0.039 0.012 0.001 0.030 0.269 2 T 0.015 0.747 0.001 0.003 0.002 0.003 0.023 0.002 0.001 0.029 0.175 3 D 0.003 0.963 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.007 0.017 4 W 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 5 Q 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.019 0.010 6 Q 0.006 0.806 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.146 0.029 7 A 0.014 0.772 0.038 0.002 0.001 0.001 0.012 0.020 0.008 0.093 0.040 8 L 0.056 0.781 0.007 0.003 0.001 0.001 0.012 0.015 0.002 0.063 0.060 9 D 0.029 0.535 0.023 0.003 0.001 0.002 0.030 0.004 0.014 0.123 0.236 10 R 0.043 0.736 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.001 0.032 0.159 11 H 0.028 0.694 0.018 0.003 0.001 0.001 0.022 0.008 0.008 0.078 0.138 12 V 0.042 0.815 0.002 0.002 0.001 0.002 0.023 0.003 0.001 0.021 0.089 13 G 0.026 0.807 0.002 0.004 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.032 0.109 14 V 0.037 0.184 0.002 0.005 0.001 0.002 0.035 0.002 0.001 0.620 0.111 15 G 0.004 0.093 0.002 0.004 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.837 0.044 16 V 0.027 0.755 0.004 0.003 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.103 0.088 17 R 0.029 0.641 0.011 0.008 0.001 0.002 0.015 0.007 0.002 0.168 0.116 18 T 0.007 0.823 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.061 0.088 19 T 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.016 20 R 0.021 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.021 0.028 21 D 0.013 0.759 0.040 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.036 0.060 0.068 22 L 0.292 0.458 0.027 0.001 0.001 0.001 0.028 0.054 0.011 0.047 0.082 23 I 0.384 0.135 0.014 0.010 0.001 0.002 0.058 0.078 0.015 0.107 0.197 24 R 0.055 0.009 0.001 0.008 0.001 0.003 0.134 0.001 0.001 0.017 0.771 25 L 0.001 0.009 0.001 0.020 0.002 0.005 0.092 0.001 0.001 0.009 0.861 26 I 0.011 0.032 0.003 0.006 0.013 0.011 0.180 0.016 0.001 0.031 0.696 27 Q 0.382 0.414 0.004 0.004 0.001 0.001 0.022 0.017 0.003 0.042 0.110 28 P 0.333 0.323 0.013 0.003 0.001 0.001 0.024 0.006 0.004 0.065 0.229 29 E 0.220 0.219 0.007 0.006 0.003 0.010 0.057 0.008 0.003 0.056 0.411 30 D 0.267 0.116 0.006 0.012 0.009 0.024 0.072 0.017 0.003 0.081 0.394 31 W 0.201 0.037 0.002 0.021 0.017 0.026 0.091 0.006 0.001 0.058 0.539 32 D 0.020 0.015 0.001 0.020 0.033 0.068 0.108 0.002 0.001 0.023 0.710 33 K 0.012 0.006 0.001 0.013 0.028 0.039 0.107 0.001 0.001 0.022 0.770 34 R 0.021 0.009 0.003 0.035 0.060 0.066 0.186 0.011 0.002 0.087 0.522 35 P 0.197 0.027 0.004 0.020 0.010 0.015 0.097 0.006 0.002 0.074 0.547 36 I 0.368 0.039 0.003 0.017 0.006 0.009 0.072 0.007 0.001 0.071 0.408 37 S 0.041 0.020 0.001 0.013 0.004 0.008 0.108 0.003 0.001 0.049 0.752 38 G 0.038 0.141 0.001 0.017 0.008 0.017 0.121 0.007 0.001 0.056 0.593 39 K 0.071 0.316 0.002 0.018 0.018 0.016 0.083 0.007 0.001 0.095 0.374 40 R 0.021 0.596 0.002 0.013 0.011 0.017 0.051 0.004 0.001 0.055 0.230 41 S 0.018 0.847 0.001 0.004 0.004 0.006 0.015 0.002 0.001 0.046 0.057 42 V 0.009 0.912 0.002 0.003 0.002 0.003 0.007 0.002 0.001 0.031 0.030 43 Y 0.010 0.891 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.058 0.023 44 E 0.006 0.897 0.002 0.003 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.057 0.022 45 V 0.008 0.926 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.002 0.001 0.028 0.021 46 A 0.009 0.938 0.002 0.003 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.020 0.016 47 V 0.013 0.893 0.002 0.004 0.004 0.005 0.010 0.002 0.001 0.029 0.038 48 H 0.015 0.885 0.004 0.005 0.004 0.005 0.013 0.004 0.001 0.025 0.040 49 L 0.027 0.845 0.004 0.007 0.005 0.006 0.017 0.005 0.001 0.024 0.059 50 A 0.047 0.722 0.011 0.011 0.010 0.013 0.031 0.008 0.003 0.036 0.108 51 V 0.058 0.654 0.005 0.012 0.007 0.010 0.038 0.007 0.002 0.041 0.165 52 L 0.076 0.406 0.029 0.018 0.011 0.015 0.060 0.011 0.013 0.137 0.225 53 L 0.093 0.559 0.007 0.014 0.011 0.017 0.049 0.011 0.003 0.060 0.177 54 E 0.056 0.578 0.010 0.012 0.009 0.018 0.039 0.009 0.004 0.030 0.235 55 A 0.052 0.547 0.007 0.014 0.018 0.028 0.045 0.009 0.002 0.024 0.255 56 D 0.055 0.535 0.006 0.019 0.020 0.049 0.041 0.016 0.002 0.049 0.209 57 L 0.129 0.144 0.013 0.028 0.035 0.058 0.067 0.009 0.004 0.171 0.342 58 R 0.057 0.073 0.044 0.075 0.038 0.087 0.106 0.007 0.020 0.177 0.316 59 I 0.166 0.019 0.016 0.032 0.021 0.046 0.090 0.008 0.008 0.079 0.515 60 A 0.251 0.013 0.003 0.031 0.014 0.022 0.081 0.007 0.002 0.063 0.513 61 T 0.028 0.003 0.001 0.009 0.007 0.017 0.102 0.002 0.001 0.024 0.807 62 G 0.016 0.004 0.001 0.009 0.006 0.012 0.089 0.001 0.001 0.014 0.848 63 A 0.008 0.005 0.001 0.008 0.025 0.027 0.148 0.006 0.001 0.020 0.754 64 T 0.136 0.126 0.002 0.009 0.009 0.011 0.080 0.007 0.001 0.023 0.596 65 A 0.179 0.361 0.003 0.008 0.009 0.013 0.052 0.016 0.001 0.038 0.320 66 D 0.094 0.420 0.006 0.005 0.009 0.018 0.055 0.005 0.003 0.037 0.348 67 E 0.133 0.336 0.029 0.007 0.017 0.036 0.057 0.008 0.008 0.039 0.331 68 M 0.254 0.102 0.008 0.005 0.028 0.036 0.051 0.017 0.004 0.049 0.444 69 A 0.239 0.021 0.003 0.005 0.013 0.020 0.053 0.006 0.001 0.036 0.603 70 Q 0.036 0.005 0.001 0.009 0.012 0.027 0.064 0.003 0.001 0.024 0.819 71 F 0.017 0.002 0.001 0.006 0.011 0.018 0.064 0.001 0.001 0.016 0.863 72 Y 0.014 0.002 0.001 0.010 0.046 0.032 0.104 0.003 0.001 0.031 0.758 73 A 0.017 0.008 0.001 0.008 0.014 0.012 0.120 0.004 0.001 0.016 0.800 74 V 0.073 0.007 0.001 0.008 0.013 0.010 0.156 0.008 0.001 0.033 0.692 75 P 0.025 0.016 0.001 0.028 0.006 0.008 0.168 0.002 0.001 0.061 0.686 76 V 0.006 0.103 0.001 0.031 0.004 0.008 0.108 0.003 0.001 0.065 0.672 77 L 0.023 0.912 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.021 0.028 78 P 0.017 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.011 0.024 79 E 0.013 0.805 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.114 0.054 80 Q 0.006 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.014 0.014 81 L 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.010 82 V 0.006 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 0.018 83 D 0.012 0.892 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.051 0.034 84 R 0.011 0.125 0.013 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.003 0.807 0.027 85 L 0.024 0.606 0.008 0.002 0.001 0.001 0.018 0.008 0.003 0.268 0.064 86 D 0.028 0.766 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.039 0.146 87 Q 0.008 0.808 0.005 0.002 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.036 0.123 88 S 0.017 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.005 0.034 89 W 0.067 0.836 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.025 0.048 90 Q 0.041 0.656 0.024 0.002 0.001 0.001 0.027 0.006 0.018 0.090 0.136 91 Y 0.144 0.459 0.023 0.003 0.001 0.001 0.065 0.012 0.012 0.058 0.222 92 Y 0.216 0.334 0.015 0.006 0.001 0.002 0.056 0.038 0.007 0.076 0.248 93 Q 0.125 0.160 0.002 0.007 0.002 0.004 0.102 0.006 0.001 0.041 0.550 94 D 0.023 0.177 0.007 0.015 0.003 0.011 0.088 0.002 0.003 0.031 0.640 95 R 0.043 0.215 0.014 0.007 0.006 0.011 0.080 0.010 0.004 0.036 0.575 96 L 0.231 0.451 0.003 0.003 0.004 0.006 0.032 0.018 0.002 0.034 0.217 97 M 0.223 0.246 0.011 0.006 0.001 0.003 0.042 0.006 0.004 0.067 0.390 98 A 0.083 0.096 0.012 0.014 0.005 0.012 0.080 0.006 0.003 0.129 0.561 99 D 0.122 0.064 0.008 0.015 0.013 0.029 0.093 0.010 0.003 0.163 0.481 100 F 0.173 0.021 0.006 0.030 0.012 0.019 0.092 0.006 0.002 0.106 0.533 101 S 0.050 0.013 0.001 0.030 0.020 0.033 0.107 0.003 0.001 0.063 0.679 102 T 0.022 0.010 0.001 0.018 0.031 0.052 0.122 0.003 0.001 0.033 0.710 103 E 0.020 0.005 0.002 0.032 0.038 0.064 0.137 0.010 0.001 0.054 0.637 104 T 0.046 0.005 0.003 0.050 0.045 0.064 0.143 0.007 0.002 0.063 0.573 105 T 0.152 0.003 0.002 0.055 0.025 0.051 0.080 0.007 0.001 0.082 0.542 106 Y 0.106 0.002 0.001 0.040 0.008 0.013 0.093 0.002 0.001 0.042 0.692 107 W 0.010 0.001 0.001 0.026 0.013 0.025 0.125 0.003 0.001 0.020 0.777 108 G 0.030 0.003 0.001 0.024 0.007 0.010 0.119 0.001 0.001 0.021 0.783 109 V 0.013 0.001 0.001 0.023 0.028 0.035 0.191 0.005 0.001 0.079 0.624 110 T 0.025 0.015 0.001 0.028 0.011 0.015 0.139 0.001 0.001 0.247 0.516 111 D 0.029 0.171 0.003 0.024 0.015 0.023 0.106 0.006 0.001 0.192 0.431 112 S 0.035 0.566 0.002 0.008 0.005 0.008 0.044 0.005 0.001 0.101 0.225 113 T 0.014 0.842 0.001 0.003 0.003 0.006 0.014 0.004 0.001 0.047 0.066 114 T 0.015 0.910 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.027 0.035 115 G 0.007 0.913 0.002 0.003 0.003 0.004 0.006 0.002 0.001 0.036 0.025 116 W 0.006 0.947 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.016 0.019 117 L 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 0.016 118 L 0.014 0.895 0.003 0.003 0.002 0.002 0.008 0.003 0.001 0.047 0.023 119 E 0.013 0.876 0.005 0.005 0.002 0.002 0.010 0.004 0.001 0.051 0.031 120 A 0.047 0.768 0.020 0.006 0.003 0.004 0.023 0.014 0.006 0.039 0.071 121 A 0.117 0.597 0.009 0.012 0.006 0.008 0.036 0.013 0.003 0.068 0.130 122 V 0.076 0.368 0.008 0.016 0.006 0.011 0.075 0.007 0.004 0.090 0.338 123 H 0.083 0.263 0.012 0.027 0.009 0.017 0.110 0.013 0.005 0.113 0.348 124 L 0.103 0.266 0.016 0.028 0.010 0.020 0.103 0.011 0.008 0.088 0.346 125 Y 0.162 0.151 0.008 0.017 0.011 0.019 0.101 0.006 0.004 0.072 0.449 126 H 0.035 0.303 0.003 0.016 0.004 0.011 0.078 0.004 0.002 0.083 0.460 127 H 0.034 0.837 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 0.002 0.001 0.034 0.071 128 R 0.008 0.938 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.014 0.030 129 S 0.004 0.918 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.035 0.030 130 Q 0.002 0.952 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.027 0.010 131 L 0.005 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.006 132 L 0.002 0.495 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.475 0.013 133 D 0.005 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.020 0.013 134 Y 0.008 0.922 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.004 0.022 0.021 135 L 0.016 0.043 0.430 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.423 0.042 0.034 136 N 0.807 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.002 0.010 0.121 137 L 0.090 0.012 0.003 0.002 0.001 0.003 0.048 0.011 0.005 0.036 0.789 138 L 0.028 0.006 0.002 0.013 0.001 0.002 0.113 0.001 0.001 0.013 0.822 139 G 0.002 0.001 0.001 0.014 0.011 0.029 0.107 0.001 0.001 0.028 0.807 140 Y 0.006 0.001 0.001 0.009 0.014 0.008 0.083 0.001 0.001 0.025 0.854 141 D 0.081 0.004 0.001 0.046 0.019 0.022 0.124 0.006 0.001 0.050 0.647 142 I 0.084 0.002 0.001 0.006 0.005 0.005 0.102 0.016 0.001 0.032 0.748 143 K 0.070 0.007 0.001 0.016 0.004 0.006 0.108 0.014 0.001 0.019 0.756 144 L 0.061 0.002 0.001 0.020 0.010 0.024 0.090 0.008 0.001 0.026 0.758 145 D 0.034 0.002 0.001 0.060 0.031 0.061 0.095 0.001 0.001 0.034 0.680 146 L 0.010 0.004 0.002 0.053 0.030 0.061 0.091 0.001 0.001 0.019 0.729 147 F 0.079 0.009 0.002 0.028 0.073 0.051 0.109 0.004 0.001 0.041 0.602 148 E 0.097 0.011 0.001 0.014 0.023 0.020 0.131 0.006 0.001 0.037 0.659