# TARGET T0369 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.412 0.079 0.059 0.105 0.080 0.075 0.070 0.043 0.038 0.024 0.014 2 T 0.238 0.129 0.052 0.083 0.079 0.080 0.136 0.089 0.065 0.034 0.016 3 D 0.139 0.372 0.135 0.206 0.079 0.035 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 4 W 0.026 0.063 0.015 0.053 0.065 0.088 0.146 0.136 0.178 0.135 0.096 5 Q 0.043 0.032 0.056 0.144 0.218 0.221 0.168 0.060 0.037 0.014 0.005 6 Q 0.126 0.140 0.347 0.291 0.067 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 7 A 0.002 0.018 0.037 0.110 0.137 0.199 0.274 0.122 0.064 0.026 0.011 8 L 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.019 0.089 0.163 0.276 0.253 0.181 9 D 0.003 0.011 0.150 0.167 0.224 0.236 0.158 0.032 0.013 0.004 0.001 10 R 0.006 0.038 0.559 0.223 0.096 0.044 0.022 0.006 0.003 0.002 0.001 11 H 0.001 0.002 0.007 0.009 0.014 0.038 0.161 0.168 0.249 0.215 0.137 12 V 0.001 0.001 0.004 0.006 0.008 0.019 0.097 0.152 0.253 0.270 0.188 13 G 0.015 0.061 0.395 0.231 0.161 0.078 0.038 0.011 0.006 0.002 0.001 14 V 0.019 0.035 0.089 0.125 0.133 0.171 0.221 0.098 0.063 0.032 0.013 15 G 0.011 0.013 0.014 0.020 0.020 0.037 0.131 0.160 0.244 0.211 0.138 16 V 0.004 0.005 0.011 0.028 0.062 0.151 0.297 0.171 0.136 0.084 0.052 17 R 0.056 0.070 0.464 0.174 0.096 0.055 0.046 0.018 0.012 0.006 0.003 18 T 0.001 0.014 0.037 0.082 0.133 0.207 0.257 0.120 0.084 0.046 0.020 19 T 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.008 0.046 0.099 0.243 0.293 0.300 20 R 0.007 0.009 0.040 0.147 0.244 0.261 0.195 0.053 0.028 0.012 0.004 21 D 0.009 0.045 0.406 0.246 0.149 0.080 0.046 0.011 0.005 0.002 0.001 22 L 0.001 0.001 0.006 0.010 0.016 0.037 0.181 0.194 0.241 0.188 0.126 23 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.012 0.076 0.140 0.266 0.278 0.217 24 R 0.002 0.014 0.368 0.280 0.206 0.084 0.034 0.007 0.003 0.001 0.001 25 L 0.005 0.026 0.144 0.132 0.176 0.234 0.212 0.045 0.019 0.006 0.002 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.066 0.137 0.241 0.305 0.241 27 Q 0.116 0.676 0.081 0.070 0.025 0.013 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 28 P 0.198 0.119 0.137 0.202 0.156 0.110 0.055 0.014 0.006 0.002 0.001 29 E 0.809 0.108 0.026 0.031 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 30 D 0.056 0.140 0.121 0.279 0.159 0.119 0.083 0.025 0.011 0.004 0.002 31 W 0.025 0.013 0.010 0.020 0.032 0.078 0.187 0.184 0.196 0.154 0.103 32 D 0.197 0.245 0.271 0.131 0.068 0.048 0.026 0.007 0.004 0.002 0.001 33 K 0.105 0.120 0.245 0.195 0.110 0.087 0.070 0.026 0.022 0.015 0.006 34 R 0.150 0.161 0.056 0.158 0.130 0.115 0.101 0.049 0.040 0.024 0.016 35 P 0.145 0.073 0.036 0.082 0.090 0.109 0.149 0.106 0.101 0.068 0.042 36 I 0.156 0.093 0.044 0.105 0.105 0.106 0.140 0.088 0.081 0.051 0.031 37 S 0.307 0.188 0.070 0.129 0.085 0.063 0.063 0.037 0.030 0.018 0.010 38 G 0.342 0.161 0.042 0.103 0.085 0.076 0.073 0.041 0.038 0.024 0.015 39 K 0.093 0.101 0.046 0.164 0.176 0.158 0.128 0.062 0.041 0.022 0.011 40 R 0.041 0.070 0.064 0.160 0.170 0.163 0.165 0.076 0.054 0.027 0.011 41 S 0.007 0.032 0.021 0.084 0.109 0.139 0.217 0.160 0.121 0.069 0.041 42 V 0.005 0.003 0.005 0.014 0.020 0.032 0.110 0.159 0.258 0.233 0.161 43 Y 0.011 0.015 0.036 0.093 0.143 0.185 0.243 0.110 0.091 0.049 0.025 44 E 0.003 0.021 0.102 0.185 0.170 0.160 0.176 0.081 0.057 0.031 0.014 45 V 0.001 0.001 0.008 0.012 0.013 0.022 0.104 0.150 0.258 0.245 0.188 46 A 0.001 0.001 0.010 0.007 0.007 0.013 0.072 0.128 0.250 0.297 0.214 47 V 0.001 0.003 0.049 0.095 0.176 0.224 0.237 0.105 0.069 0.032 0.011 48 H 0.001 0.002 0.019 0.014 0.022 0.057 0.221 0.198 0.209 0.154 0.103 49 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.009 0.064 0.118 0.251 0.321 0.229 50 A 0.001 0.003 0.020 0.013 0.013 0.031 0.136 0.158 0.238 0.224 0.163 51 V 0.002 0.009 0.063 0.074 0.087 0.114 0.201 0.149 0.136 0.100 0.064 52 L 0.001 0.003 0.011 0.010 0.012 0.023 0.099 0.141 0.245 0.263 0.193 53 L 0.001 0.004 0.010 0.021 0.027 0.053 0.163 0.172 0.234 0.199 0.116 54 E 0.013 0.025 0.097 0.134 0.144 0.168 0.198 0.095 0.069 0.039 0.018 55 A 0.006 0.015 0.053 0.076 0.086 0.119 0.207 0.141 0.137 0.099 0.061 56 D 0.006 0.008 0.028 0.032 0.026 0.036 0.109 0.131 0.222 0.220 0.181 57 L 0.002 0.003 0.014 0.021 0.027 0.053 0.143 0.154 0.210 0.199 0.173 58 R 0.008 0.026 0.193 0.135 0.140 0.149 0.164 0.078 0.057 0.032 0.019 59 I 0.002 0.008 0.027 0.049 0.073 0.115 0.250 0.163 0.148 0.098 0.067 60 A 0.003 0.005 0.008 0.012 0.014 0.024 0.076 0.108 0.220 0.258 0.272 61 T 0.062 0.119 0.106 0.193 0.159 0.133 0.128 0.047 0.031 0.015 0.007 62 G 0.386 0.160 0.093 0.143 0.078 0.053 0.044 0.019 0.013 0.007 0.004 63 A 0.078 0.071 0.038 0.091 0.100 0.106 0.178 0.118 0.098 0.072 0.050 64 T 0.222 0.450 0.079 0.135 0.058 0.028 0.015 0.005 0.004 0.002 0.001 65 A 0.116 0.042 0.019 0.052 0.065 0.083 0.133 0.118 0.151 0.125 0.095 66 D 0.415 0.238 0.088 0.131 0.061 0.030 0.020 0.007 0.005 0.002 0.001 67 E 0.096 0.109 0.089 0.198 0.145 0.123 0.118 0.055 0.038 0.020 0.010 68 M 0.049 0.032 0.023 0.063 0.077 0.114 0.203 0.145 0.135 0.091 0.067 69 A 0.074 0.068 0.120 0.116 0.121 0.138 0.155 0.082 0.067 0.039 0.021 70 Q 0.088 0.150 0.239 0.230 0.126 0.075 0.054 0.017 0.012 0.006 0.003 71 F 0.096 0.067 0.052 0.094 0.097 0.118 0.177 0.109 0.096 0.060 0.033 72 Y 0.031 0.032 0.025 0.060 0.085 0.124 0.230 0.159 0.135 0.080 0.041 73 A 0.252 0.276 0.096 0.147 0.096 0.054 0.037 0.016 0.013 0.008 0.006 74 V 0.046 0.040 0.026 0.071 0.097 0.133 0.213 0.133 0.123 0.079 0.039 75 P 0.405 0.107 0.041 0.106 0.087 0.076 0.086 0.043 0.028 0.014 0.007 76 V 0.281 0.227 0.096 0.180 0.098 0.050 0.040 0.016 0.008 0.003 0.002 77 L 0.011 0.125 0.029 0.078 0.087 0.127 0.168 0.126 0.118 0.082 0.050 78 P 0.036 0.035 0.036 0.129 0.227 0.250 0.181 0.061 0.031 0.011 0.004 79 E 0.771 0.107 0.088 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.006 0.038 0.130 0.369 0.221 0.137 0.075 0.017 0.005 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.017 0.088 0.143 0.251 0.267 0.220 82 V 0.002 0.007 0.170 0.165 0.231 0.257 0.137 0.022 0.007 0.002 0.001 83 D 0.009 0.023 0.863 0.078 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.001 0.002 0.009 0.014 0.040 0.157 0.391 0.178 0.122 0.062 0.026 85 L 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.014 0.108 0.156 0.253 0.259 0.196 86 D 0.005 0.018 0.625 0.197 0.097 0.039 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 87 Q 0.005 0.035 0.593 0.218 0.096 0.038 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 88 S 0.001 0.002 0.007 0.004 0.006 0.019 0.118 0.150 0.274 0.251 0.169 89 W 0.001 0.002 0.014 0.028 0.073 0.179 0.386 0.166 0.094 0.042 0.013 90 Q 0.011 0.032 0.857 0.071 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.001 0.007 0.067 0.078 0.138 0.270 0.317 0.076 0.032 0.011 0.003 92 Y 0.001 0.002 0.008 0.005 0.005 0.010 0.057 0.102 0.253 0.300 0.257 93 Q 0.011 0.039 0.173 0.211 0.235 0.172 0.108 0.029 0.015 0.006 0.002 94 D 0.083 0.088 0.570 0.149 0.060 0.029 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 95 R 0.040 0.030 0.032 0.056 0.085 0.155 0.291 0.148 0.092 0.050 0.020 96 L 0.050 0.137 0.073 0.077 0.062 0.085 0.167 0.112 0.113 0.078 0.046 97 M 0.068 0.075 0.136 0.166 0.185 0.158 0.120 0.045 0.028 0.014 0.006 98 A 0.357 0.161 0.263 0.121 0.046 0.022 0.015 0.005 0.005 0.003 0.002 99 D 0.052 0.112 0.135 0.251 0.166 0.122 0.097 0.035 0.019 0.009 0.004 100 F 0.020 0.016 0.012 0.025 0.032 0.063 0.149 0.147 0.184 0.176 0.175 101 S 0.082 0.133 0.177 0.148 0.135 0.128 0.108 0.042 0.028 0.014 0.007 102 T 0.198 0.162 0.283 0.187 0.075 0.041 0.029 0.010 0.007 0.004 0.002 103 E 0.264 0.187 0.084 0.175 0.113 0.080 0.057 0.019 0.012 0.006 0.004 104 T 0.044 0.023 0.016 0.035 0.043 0.064 0.126 0.131 0.180 0.175 0.164 105 T 0.156 0.280 0.122 0.225 0.116 0.054 0.030 0.009 0.005 0.002 0.001 106 Y 0.044 0.037 0.037 0.056 0.067 0.095 0.154 0.138 0.163 0.127 0.082 107 W 0.084 0.082 0.037 0.117 0.124 0.132 0.172 0.097 0.077 0.047 0.032 108 G 0.316 0.162 0.047 0.127 0.091 0.070 0.066 0.041 0.036 0.026 0.020 109 V 0.090 0.067 0.035 0.094 0.108 0.113 0.147 0.100 0.104 0.081 0.061 110 T 0.293 0.230 0.068 0.140 0.083 0.059 0.050 0.029 0.024 0.015 0.011 111 D 0.104 0.060 0.028 0.100 0.119 0.133 0.167 0.105 0.087 0.059 0.037 112 S 0.163 0.240 0.070 0.154 0.105 0.074 0.072 0.042 0.038 0.024 0.019 113 T 0.042 0.053 0.029 0.097 0.127 0.149 0.183 0.116 0.103 0.066 0.036 114 T 0.055 0.035 0.020 0.074 0.108 0.140 0.200 0.123 0.119 0.077 0.049 115 G 0.060 0.069 0.088 0.188 0.152 0.139 0.146 0.068 0.049 0.027 0.015 116 W 0.004 0.010 0.021 0.052 0.062 0.091 0.198 0.164 0.178 0.136 0.085 117 L 0.004 0.004 0.022 0.018 0.014 0.021 0.077 0.116 0.227 0.262 0.235 118 L 0.004 0.010 0.109 0.106 0.117 0.139 0.196 0.115 0.105 0.067 0.032 119 E 0.002 0.011 0.092 0.086 0.101 0.140 0.224 0.131 0.110 0.067 0.036 120 A 0.001 0.003 0.018 0.016 0.013 0.023 0.105 0.136 0.231 0.254 0.199 121 A 0.006 0.011 0.057 0.041 0.033 0.051 0.157 0.157 0.202 0.176 0.109 122 V 0.013 0.038 0.152 0.167 0.158 0.147 0.143 0.073 0.057 0.034 0.020 123 H 0.008 0.020 0.045 0.046 0.049 0.076 0.194 0.164 0.185 0.133 0.080 124 L 0.023 0.031 0.043 0.089 0.091 0.122 0.207 0.136 0.129 0.085 0.044 125 Y 0.064 0.065 0.094 0.101 0.095 0.113 0.158 0.100 0.094 0.067 0.049 126 H 0.021 0.050 0.058 0.112 0.117 0.131 0.184 0.117 0.104 0.065 0.042 127 H 0.007 0.015 0.015 0.030 0.035 0.055 0.146 0.160 0.226 0.188 0.123 128 R 0.021 0.022 0.029 0.089 0.135 0.185 0.227 0.116 0.092 0.057 0.028 129 S 0.032 0.046 0.086 0.130 0.132 0.142 0.169 0.101 0.082 0.050 0.030 130 Q 0.001 0.005 0.009 0.023 0.030 0.054 0.152 0.169 0.221 0.195 0.142 131 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.008 0.043 0.091 0.233 0.309 0.305 132 L 0.002 0.006 0.048 0.082 0.122 0.169 0.206 0.123 0.116 0.082 0.047 133 D 0.002 0.008 0.067 0.109 0.113 0.135 0.211 0.127 0.114 0.077 0.039 134 Y 0.001 0.002 0.015 0.017 0.013 0.017 0.078 0.126 0.235 0.261 0.236 135 L 0.001 0.001 0.006 0.008 0.012 0.027 0.085 0.132 0.239 0.271 0.220 136 N 0.001 0.007 0.076 0.147 0.215 0.200 0.202 0.084 0.044 0.017 0.007 137 L 0.001 0.008 0.041 0.043 0.070 0.144 0.279 0.171 0.136 0.077 0.032 138 L 0.008 0.014 0.014 0.045 0.053 0.095 0.248 0.179 0.171 0.115 0.059 139 G 0.602 0.186 0.054 0.075 0.033 0.019 0.015 0.006 0.005 0.003 0.002 140 Y 0.027 0.037 0.035 0.099 0.110 0.134 0.214 0.144 0.110 0.062 0.029 141 D 0.375 0.335 0.080 0.122 0.049 0.021 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 142 I 0.034 0.021 0.008 0.025 0.034 0.059 0.146 0.155 0.204 0.173 0.142 143 K 0.180 0.211 0.079 0.175 0.128 0.091 0.070 0.029 0.020 0.010 0.007 144 L 0.067 0.068 0.033 0.110 0.115 0.118 0.163 0.112 0.105 0.070 0.039 145 D 0.388 0.190 0.057 0.130 0.085 0.057 0.043 0.020 0.015 0.009 0.005 146 L 0.085 0.056 0.034 0.096 0.100 0.118 0.165 0.122 0.109 0.072 0.042 147 F 0.083 0.073 0.029 0.072 0.077 0.091 0.149 0.127 0.137 0.098 0.063 148 E 0.352 0.264 0.109 0.157 0.064 0.028 0.014 0.005 0.004 0.002 0.001