# TARGET T0369 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.027 0.060 0.013 0.026 0.100 0.013 0.655 2 T 0.152 0.028 0.056 0.016 0.024 0.181 0.014 0.529 3 D 0.051 0.030 0.026 0.009 0.017 0.146 0.006 0.714 4 W 0.052 0.059 0.018 0.007 0.020 0.166 0.004 0.674 5 Q 0.038 0.087 0.013 0.004 0.017 0.570 0.005 0.266 6 Q 0.060 0.376 0.006 0.003 0.008 0.244 0.005 0.298 7 A 0.015 0.891 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.070 8 L 0.018 0.910 0.002 0.001 0.003 0.007 0.003 0.055 9 D 0.014 0.952 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.026 10 R 0.030 0.925 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.031 11 H 0.055 0.902 0.003 0.001 0.001 0.003 0.012 0.023 12 V 0.026 0.920 0.006 0.002 0.002 0.003 0.010 0.031 13 G 0.043 0.802 0.016 0.004 0.004 0.012 0.015 0.103 14 V 0.043 0.751 0.032 0.006 0.006 0.018 0.010 0.135 15 G 0.038 0.784 0.015 0.005 0.007 0.023 0.009 0.118 16 V 0.036 0.773 0.025 0.005 0.008 0.019 0.008 0.126 17 R 0.018 0.801 0.010 0.007 0.006 0.020 0.006 0.133 18 T 0.038 0.721 0.012 0.004 0.005 0.037 0.010 0.173 19 T 0.028 0.826 0.007 0.004 0.006 0.022 0.007 0.100 20 R 0.009 0.870 0.008 0.003 0.006 0.008 0.003 0.094 21 D 0.009 0.807 0.003 0.002 0.003 0.034 0.004 0.139 22 L 0.014 0.926 0.001 0.001 0.002 0.011 0.003 0.043 23 I 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 24 R 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 25 L 0.326 0.543 0.005 0.002 0.001 0.001 0.084 0.037 26 I 0.455 0.356 0.034 0.006 0.006 0.004 0.083 0.055 27 Q 0.042 0.128 0.065 0.018 0.030 0.047 0.016 0.653 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 29 E 0.009 0.011 0.012 0.005 0.011 0.180 0.005 0.767 30 D 0.381 0.017 0.006 0.002 0.002 0.172 0.017 0.404 31 W 0.390 0.209 0.040 0.011 0.013 0.057 0.008 0.271 32 D 0.130 0.250 0.037 0.036 0.052 0.123 0.015 0.357 33 K 0.187 0.100 0.055 0.021 0.037 0.051 0.043 0.506 34 R 0.302 0.072 0.052 0.075 0.083 0.168 0.019 0.228 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 36 I 0.013 0.015 0.056 0.058 0.162 0.174 0.005 0.516 37 S 0.068 0.011 0.020 0.011 0.012 0.065 0.008 0.805 38 G 0.140 0.022 0.016 0.009 0.020 0.092 0.010 0.691 39 K 0.373 0.023 0.047 0.009 0.014 0.128 0.008 0.399 40 R 0.067 0.036 0.048 0.015 0.013 0.129 0.009 0.683 41 S 0.046 0.029 0.015 0.010 0.021 0.214 0.006 0.660 42 V 0.052 0.197 0.028 0.017 0.045 0.098 0.004 0.558 43 Y 0.025 0.187 0.010 0.006 0.019 0.344 0.005 0.405 44 E 0.032 0.295 0.002 0.002 0.005 0.505 0.004 0.155 45 V 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 46 A 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 47 V 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 48 H 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 49 L 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 51 V 0.011 0.969 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.008 52 L 0.020 0.947 0.005 0.004 0.003 0.002 0.006 0.014 53 L 0.013 0.931 0.007 0.006 0.005 0.004 0.008 0.027 54 E 0.020 0.869 0.008 0.007 0.007 0.007 0.012 0.068 55 A 0.045 0.795 0.018 0.011 0.017 0.022 0.012 0.080 56 D 0.032 0.831 0.008 0.013 0.015 0.018 0.011 0.072 57 L 0.037 0.817 0.025 0.018 0.026 0.013 0.010 0.053 58 R 0.040 0.803 0.017 0.027 0.024 0.018 0.013 0.059 59 I 0.081 0.682 0.032 0.021 0.032 0.016 0.026 0.111 60 A 0.067 0.744 0.039 0.030 0.032 0.015 0.016 0.057 61 T 0.091 0.451 0.064 0.036 0.038 0.043 0.055 0.223 62 G 0.292 0.154 0.049 0.021 0.023 0.026 0.077 0.358 63 A 0.415 0.052 0.126 0.013 0.020 0.096 0.029 0.249 64 T 0.026 0.021 0.028 0.010 0.011 0.099 0.009 0.796 65 A 0.019 0.017 0.026 0.007 0.018 0.045 0.003 0.865 66 D 0.023 0.030 0.020 0.009 0.018 0.273 0.005 0.622 67 E 0.081 0.042 0.012 0.005 0.012 0.279 0.007 0.560 68 M 0.106 0.279 0.013 0.008 0.019 0.195 0.007 0.373 69 A 0.109 0.373 0.011 0.010 0.019 0.139 0.015 0.324 70 Q 0.132 0.552 0.013 0.013 0.012 0.043 0.019 0.217 71 F 0.269 0.223 0.013 0.011 0.017 0.035 0.045 0.389 72 Y 0.287 0.216 0.056 0.030 0.039 0.038 0.035 0.299 73 A 0.049 0.065 0.031 0.017 0.026 0.040 0.022 0.750 74 V 0.069 0.020 0.023 0.021 0.028 0.037 0.006 0.796 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 76 V 0.022 0.008 0.022 0.025 0.037 0.140 0.005 0.741 77 L 0.143 0.021 0.014 0.013 0.015 0.105 0.004 0.686 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 79 E 0.007 0.010 0.004 0.003 0.013 0.119 0.001 0.843 80 Q 0.063 0.040 0.001 0.001 0.001 0.183 0.003 0.707 81 L 0.062 0.678 0.001 0.001 0.003 0.018 0.002 0.236 82 V 0.007 0.918 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.067 83 D 0.005 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.049 84 R 0.025 0.937 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.030 85 L 0.029 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 86 D 0.020 0.924 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.044 87 Q 0.025 0.882 0.007 0.001 0.001 0.007 0.011 0.067 88 S 0.050 0.855 0.006 0.001 0.001 0.006 0.013 0.069 89 W 0.018 0.851 0.023 0.002 0.003 0.006 0.006 0.091 90 Q 0.020 0.750 0.012 0.002 0.003 0.049 0.007 0.156 91 Y 0.022 0.895 0.009 0.001 0.002 0.009 0.004 0.058 92 Y 0.020 0.933 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.034 93 Q 0.077 0.771 0.013 0.003 0.004 0.018 0.023 0.091 94 D 0.200 0.602 0.015 0.004 0.002 0.011 0.039 0.127 95 R 0.237 0.489 0.044 0.005 0.006 0.025 0.034 0.159 96 L 0.093 0.393 0.036 0.008 0.016 0.161 0.027 0.267 97 M 0.074 0.309 0.043 0.007 0.025 0.090 0.014 0.438 98 A 0.038 0.257 0.015 0.003 0.007 0.133 0.008 0.538 99 D 0.094 0.340 0.009 0.003 0.004 0.138 0.020 0.393 100 F 0.153 0.634 0.012 0.005 0.007 0.019 0.016 0.154 101 S 0.083 0.536 0.030 0.018 0.028 0.074 0.024 0.208 102 T 0.131 0.293 0.043 0.032 0.035 0.048 0.030 0.388 103 E 0.142 0.188 0.047 0.023 0.037 0.052 0.023 0.488 104 T 0.075 0.201 0.120 0.081 0.078 0.061 0.018 0.365 105 T 0.022 0.072 0.116 0.062 0.077 0.065 0.015 0.571 106 Y 0.038 0.048 0.083 0.053 0.086 0.078 0.011 0.604 107 W 0.099 0.034 0.087 0.058 0.076 0.177 0.020 0.449 108 G 0.103 0.021 0.043 0.032 0.035 0.118 0.019 0.630 109 V 0.104 0.018 0.111 0.035 0.050 0.114 0.009 0.558 110 T 0.012 0.011 0.027 0.021 0.028 0.088 0.003 0.811 111 D 0.029 0.009 0.017 0.012 0.026 0.069 0.005 0.833 112 S 0.035 0.015 0.015 0.010 0.017 0.232 0.005 0.671 113 T 0.067 0.031 0.015 0.009 0.015 0.208 0.008 0.647 114 T 0.044 0.111 0.019 0.008 0.017 0.330 0.006 0.464 115 G 0.055 0.242 0.010 0.008 0.017 0.291 0.006 0.371 116 W 0.030 0.736 0.005 0.006 0.009 0.054 0.002 0.158 117 L 0.017 0.869 0.004 0.004 0.011 0.024 0.003 0.069 118 L 0.009 0.951 0.002 0.003 0.005 0.004 0.002 0.025 119 E 0.008 0.964 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.018 120 A 0.014 0.949 0.003 0.002 0.003 0.002 0.006 0.019 121 A 0.014 0.948 0.002 0.003 0.004 0.003 0.005 0.021 122 V 0.016 0.914 0.008 0.004 0.005 0.005 0.009 0.038 123 H 0.042 0.838 0.012 0.008 0.006 0.007 0.020 0.066 124 L 0.050 0.783 0.032 0.011 0.011 0.012 0.017 0.085 125 Y 0.044 0.653 0.025 0.018 0.020 0.033 0.016 0.191 126 H 0.085 0.457 0.049 0.026 0.026 0.061 0.025 0.269 127 H 0.069 0.537 0.018 0.015 0.014 0.057 0.014 0.277 128 R 0.042 0.634 0.030 0.010 0.018 0.041 0.009 0.217 129 S 0.027 0.571 0.011 0.010 0.011 0.047 0.011 0.312 130 Q 0.108 0.433 0.009 0.006 0.008 0.125 0.014 0.297 131 L 0.011 0.911 0.006 0.005 0.005 0.012 0.002 0.048 132 L 0.002 0.961 0.003 0.003 0.005 0.004 0.001 0.022 133 D 0.001 0.975 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 134 Y 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 135 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 136 N 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 137 L 0.024 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 138 L 0.061 0.860 0.007 0.006 0.003 0.002 0.043 0.019 139 G 0.607 0.077 0.020 0.009 0.005 0.006 0.183 0.092 140 Y 0.073 0.048 0.699 0.026 0.015 0.016 0.018 0.105 141 D 0.014 0.026 0.105 0.034 0.050 0.069 0.009 0.694 142 I 0.016 0.012 0.135 0.027 0.049 0.054 0.004 0.703 143 K 0.011 0.017 0.107 0.034 0.050 0.178 0.004 0.599 144 L 0.077 0.020 0.145 0.031 0.051 0.152 0.011 0.513 145 D 0.084 0.050 0.056 0.044 0.048 0.211 0.012 0.494 146 L 0.138 0.051 0.062 0.039 0.078 0.134 0.012 0.485 147 F 0.102 0.075 0.052 0.054 0.109 0.223 0.014 0.371 148 E 0.097 0.068 0.035 0.039 0.073 0.174 0.018 0.496