# TARGET T0369 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.285 0.063 0.123 0.100 0.093 0.010 0.078 0.130 0.012 0.104 0.001 2 T 0.433 0.107 0.289 0.063 0.047 0.025 0.009 0.006 0.005 0.015 0.001 3 D 0.282 0.083 0.309 0.052 0.024 0.167 0.017 0.003 0.057 0.005 0.001 4 W 0.971 0.001 0.002 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.989 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 A 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 L 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 H 0.919 0.001 0.001 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.732 0.017 0.032 0.204 0.002 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 13 G 0.760 0.004 0.015 0.030 0.006 0.004 0.086 0.070 0.001 0.023 0.001 14 V 0.810 0.035 0.037 0.101 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 G 0.747 0.017 0.039 0.081 0.017 0.008 0.020 0.043 0.004 0.023 0.001 16 V 0.905 0.023 0.029 0.025 0.003 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 17 R 0.943 0.006 0.010 0.031 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 T 0.933 0.010 0.011 0.028 0.004 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 19 T 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.987 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.277 0.001 0.002 0.716 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 26 I 0.014 0.049 0.872 0.014 0.001 0.037 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 27 Q 0.003 0.049 0.832 0.001 0.014 0.067 0.001 0.001 0.029 0.004 0.001 28 P 0.961 0.001 0.017 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.935 0.002 0.011 0.041 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 30 D 0.610 0.003 0.011 0.361 0.001 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 31 W 0.572 0.046 0.146 0.151 0.008 0.016 0.033 0.013 0.010 0.005 0.001 32 D 0.454 0.047 0.104 0.258 0.012 0.044 0.061 0.005 0.014 0.001 0.001 33 K 0.176 0.310 0.211 0.196 0.052 0.018 0.011 0.003 0.023 0.001 0.001 34 R 0.027 0.247 0.539 0.002 0.010 0.024 0.008 0.001 0.141 0.001 0.001 35 P 0.085 0.006 0.862 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 36 I 0.210 0.228 0.329 0.060 0.044 0.047 0.010 0.006 0.056 0.008 0.001 37 S 0.176 0.044 0.414 0.168 0.031 0.021 0.069 0.017 0.014 0.045 0.001 38 G 0.053 0.012 0.051 0.054 0.063 0.004 0.073 0.551 0.003 0.138 0.001 39 K 0.168 0.209 0.309 0.172 0.050 0.031 0.024 0.011 0.011 0.014 0.001 40 R 0.082 0.219 0.397 0.044 0.104 0.043 0.052 0.020 0.017 0.023 0.001 41 S 0.394 0.071 0.406 0.014 0.064 0.028 0.002 0.004 0.005 0.011 0.001 42 V 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 V 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 H 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.964 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.950 0.005 0.006 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 53 L 0.931 0.006 0.011 0.042 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 E 0.896 0.010 0.013 0.053 0.003 0.008 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 55 A 0.883 0.033 0.028 0.039 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.892 0.016 0.022 0.031 0.004 0.016 0.010 0.003 0.005 0.001 0.001 57 L 0.898 0.030 0.016 0.044 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 58 R 0.930 0.017 0.015 0.027 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 I 0.865 0.028 0.020 0.069 0.006 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 60 A 0.709 0.049 0.094 0.112 0.006 0.014 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 61 T 0.349 0.069 0.123 0.411 0.014 0.010 0.009 0.001 0.012 0.002 0.001 62 G 0.059 0.004 0.020 0.034 0.025 0.002 0.089 0.664 0.003 0.099 0.001 63 A 0.103 0.154 0.610 0.045 0.031 0.029 0.008 0.002 0.013 0.004 0.001 64 T 0.084 0.148 0.611 0.029 0.018 0.064 0.009 0.002 0.029 0.003 0.003 65 A 0.609 0.053 0.209 0.052 0.024 0.022 0.008 0.005 0.007 0.009 0.002 66 D 0.548 0.053 0.153 0.116 0.018 0.058 0.022 0.005 0.022 0.003 0.001 67 E 0.822 0.034 0.049 0.066 0.008 0.008 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 68 M 0.781 0.036 0.084 0.067 0.008 0.009 0.005 0.003 0.004 0.002 0.001 69 A 0.682 0.051 0.099 0.100 0.014 0.021 0.016 0.004 0.009 0.003 0.002 70 Q 0.471 0.124 0.127 0.204 0.030 0.013 0.012 0.005 0.011 0.002 0.001 71 F 0.295 0.087 0.214 0.192 0.023 0.053 0.087 0.012 0.034 0.004 0.001 72 Y 0.201 0.272 0.264 0.098 0.049 0.033 0.030 0.004 0.046 0.003 0.001 73 A 0.227 0.087 0.472 0.087 0.027 0.048 0.018 0.005 0.016 0.006 0.007 74 V 0.077 0.322 0.439 0.009 0.018 0.031 0.014 0.001 0.086 0.001 0.001 75 P 0.048 0.010 0.871 0.002 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 76 V 0.398 0.143 0.274 0.123 0.009 0.041 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 77 L 0.017 0.295 0.442 0.002 0.083 0.040 0.002 0.001 0.114 0.004 0.001 78 P 0.966 0.001 0.023 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.977 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 D 0.991 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 Q 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 S 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 W 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.980 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 Y 0.937 0.002 0.004 0.052 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 Q 0.947 0.004 0.009 0.031 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 94 D 0.810 0.007 0.012 0.144 0.004 0.008 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 95 R 0.656 0.056 0.110 0.129 0.007 0.023 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 96 L 0.533 0.091 0.194 0.079 0.022 0.036 0.007 0.003 0.032 0.003 0.001 97 M 0.901 0.007 0.022 0.045 0.001 0.009 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 98 A 0.885 0.015 0.033 0.045 0.005 0.004 0.005 0.003 0.002 0.004 0.001 99 D 0.702 0.009 0.026 0.222 0.003 0.015 0.012 0.002 0.007 0.001 0.001 100 F 0.711 0.016 0.067 0.165 0.003 0.014 0.015 0.004 0.005 0.001 0.001 101 S 0.678 0.031 0.058 0.187 0.010 0.010 0.012 0.007 0.005 0.002 0.001 102 T 0.340 0.258 0.201 0.102 0.061 0.014 0.010 0.002 0.012 0.002 0.001 103 E 0.229 0.189 0.378 0.117 0.017 0.038 0.007 0.002 0.022 0.001 0.001 104 T 0.059 0.413 0.296 0.060 0.040 0.054 0.007 0.001 0.069 0.001 0.001 105 T 0.116 0.244 0.420 0.052 0.033 0.090 0.010 0.002 0.029 0.003 0.001 106 Y 0.185 0.274 0.214 0.155 0.040 0.061 0.014 0.006 0.046 0.004 0.001 107 W 0.130 0.159 0.250 0.261 0.054 0.030 0.061 0.008 0.039 0.007 0.001 108 G 0.035 0.017 0.078 0.035 0.105 0.007 0.082 0.503 0.003 0.135 0.001 109 V 0.111 0.366 0.343 0.059 0.062 0.021 0.006 0.007 0.016 0.009 0.001 110 T 0.162 0.219 0.385 0.071 0.046 0.051 0.015 0.009 0.020 0.021 0.001 111 D 0.143 0.182 0.317 0.095 0.058 0.093 0.049 0.007 0.048 0.007 0.001 112 S 0.424 0.073 0.350 0.038 0.064 0.021 0.004 0.005 0.007 0.010 0.003 113 T 0.920 0.004 0.011 0.056 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 114 T 0.940 0.008 0.015 0.027 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 115 G 0.975 0.003 0.004 0.008 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 116 W 0.991 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.989 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 L 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 E 0.985 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.985 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.972 0.004 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 V 0.930 0.006 0.004 0.055 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 H 0.821 0.015 0.014 0.123 0.003 0.009 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 124 L 0.896 0.010 0.011 0.055 0.002 0.007 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 125 Y 0.915 0.010 0.010 0.052 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 126 H 0.862 0.010 0.013 0.085 0.003 0.008 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 127 H 0.891 0.009 0.017 0.056 0.002 0.011 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 128 R 0.985 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 S 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 Y 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 N 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.972 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 L 0.222 0.001 0.007 0.770 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 G 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.364 0.610 0.001 0.005 0.001 140 Y 0.022 0.273 0.620 0.014 0.012 0.039 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 141 D 0.038 0.131 0.572 0.024 0.009 0.180 0.015 0.001 0.028 0.001 0.002 142 I 0.087 0.484 0.279 0.029 0.046 0.037 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 143 K 0.116 0.174 0.480 0.029 0.018 0.115 0.016 0.003 0.046 0.002 0.002 144 L 0.357 0.245 0.191 0.093 0.048 0.035 0.004 0.002 0.021 0.004 0.001 145 D 0.328 0.089 0.202 0.104 0.021 0.126 0.070 0.004 0.052 0.002 0.001 146 L 0.432 0.108 0.134 0.263 0.012 0.028 0.006 0.002 0.013 0.001 0.001 147 F 0.259 0.179 0.249 0.111 0.059 0.046 0.037 0.018 0.030 0.013 0.001 148 E 0.378 0.159 0.230 0.075 0.041 0.028 0.033 0.013 0.018 0.026 0.001