# TARGET T0369 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.261 0.096 0.067 0.118 0.086 0.091 0.087 0.066 0.059 0.042 0.028 2 T 0.234 0.123 0.051 0.086 0.083 0.075 0.121 0.087 0.073 0.046 0.021 3 D 0.283 0.292 0.114 0.155 0.085 0.034 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 4 W 0.029 0.048 0.012 0.042 0.054 0.078 0.147 0.150 0.172 0.166 0.102 5 Q 0.048 0.050 0.075 0.176 0.213 0.186 0.142 0.051 0.035 0.015 0.008 6 Q 0.238 0.139 0.269 0.241 0.068 0.024 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 7 A 0.009 0.026 0.044 0.101 0.119 0.184 0.241 0.136 0.082 0.040 0.018 8 L 0.002 0.002 0.008 0.007 0.011 0.025 0.091 0.153 0.251 0.247 0.204 9 D 0.006 0.017 0.139 0.167 0.205 0.202 0.166 0.053 0.029 0.011 0.004 10 R 0.015 0.045 0.520 0.226 0.098 0.053 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 11 H 0.004 0.007 0.014 0.024 0.035 0.072 0.207 0.186 0.199 0.158 0.094 12 V 0.005 0.004 0.008 0.014 0.020 0.045 0.138 0.181 0.236 0.205 0.145 13 G 0.060 0.105 0.375 0.205 0.128 0.069 0.034 0.012 0.007 0.003 0.001 14 V 0.028 0.044 0.094 0.124 0.131 0.157 0.194 0.097 0.071 0.041 0.019 15 G 0.041 0.058 0.038 0.055 0.045 0.061 0.150 0.155 0.167 0.138 0.092 16 V 0.016 0.017 0.023 0.064 0.092 0.174 0.253 0.135 0.111 0.067 0.048 17 R 0.196 0.099 0.331 0.142 0.082 0.057 0.048 0.020 0.013 0.007 0.004 18 T 0.002 0.017 0.033 0.085 0.116 0.180 0.240 0.137 0.102 0.059 0.029 19 T 0.001 0.002 0.005 0.004 0.006 0.013 0.078 0.139 0.245 0.265 0.242 20 R 0.009 0.012 0.061 0.212 0.269 0.243 0.130 0.036 0.017 0.007 0.003 21 D 0.011 0.046 0.408 0.240 0.156 0.084 0.041 0.009 0.003 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.004 0.008 0.013 0.029 0.135 0.182 0.242 0.214 0.171 23 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.014 0.123 0.187 0.283 0.246 0.138 24 R 0.003 0.012 0.467 0.274 0.153 0.061 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 25 L 0.001 0.012 0.077 0.083 0.162 0.268 0.303 0.058 0.024 0.008 0.002 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.053 0.131 0.220 0.306 0.283 27 Q 0.256 0.588 0.070 0.058 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 P 0.112 0.117 0.195 0.231 0.189 0.096 0.044 0.011 0.004 0.001 0.001 29 E 0.830 0.100 0.023 0.025 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 30 D 0.117 0.159 0.137 0.231 0.142 0.103 0.076 0.019 0.010 0.003 0.002 31 W 0.020 0.015 0.017 0.028 0.049 0.112 0.211 0.187 0.164 0.125 0.071 32 D 0.207 0.207 0.266 0.142 0.067 0.050 0.037 0.011 0.006 0.003 0.002 33 K 0.143 0.128 0.203 0.199 0.119 0.084 0.069 0.027 0.016 0.009 0.004 34 R 0.184 0.176 0.053 0.151 0.120 0.092 0.090 0.051 0.037 0.027 0.018 35 P 0.168 0.077 0.048 0.098 0.092 0.116 0.144 0.088 0.080 0.051 0.037 36 I 0.167 0.091 0.046 0.092 0.103 0.111 0.149 0.092 0.075 0.048 0.027 37 S 0.290 0.230 0.080 0.131 0.084 0.055 0.050 0.032 0.025 0.014 0.007 38 G 0.289 0.133 0.040 0.102 0.092 0.088 0.096 0.059 0.046 0.033 0.020 39 K 0.118 0.098 0.047 0.164 0.161 0.141 0.127 0.063 0.043 0.025 0.014 40 R 0.037 0.053 0.044 0.134 0.170 0.178 0.175 0.096 0.067 0.032 0.013 41 S 0.006 0.032 0.021 0.083 0.105 0.129 0.209 0.163 0.127 0.076 0.049 42 V 0.003 0.002 0.003 0.008 0.014 0.025 0.103 0.160 0.243 0.245 0.194 43 Y 0.022 0.018 0.039 0.097 0.141 0.194 0.234 0.100 0.082 0.046 0.025 44 E 0.002 0.013 0.063 0.201 0.178 0.157 0.211 0.097 0.047 0.021 0.010 45 V 0.001 0.001 0.006 0.005 0.006 0.010 0.059 0.118 0.237 0.300 0.259 46 A 0.001 0.001 0.005 0.007 0.009 0.017 0.102 0.154 0.231 0.281 0.192 47 V 0.001 0.003 0.109 0.107 0.162 0.199 0.204 0.098 0.070 0.034 0.014 48 H 0.001 0.001 0.016 0.009 0.017 0.065 0.311 0.216 0.170 0.129 0.066 49 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.004 0.033 0.111 0.245 0.348 0.249 50 A 0.003 0.004 0.025 0.012 0.014 0.033 0.132 0.152 0.210 0.228 0.187 51 V 0.004 0.011 0.180 0.102 0.105 0.093 0.150 0.124 0.116 0.074 0.041 52 L 0.001 0.003 0.017 0.008 0.010 0.021 0.101 0.146 0.259 0.257 0.177 53 L 0.002 0.004 0.017 0.021 0.027 0.055 0.182 0.186 0.228 0.177 0.101 54 E 0.015 0.023 0.113 0.108 0.136 0.173 0.208 0.092 0.070 0.040 0.022 55 A 0.009 0.013 0.074 0.068 0.071 0.093 0.186 0.142 0.152 0.111 0.082 56 D 0.004 0.004 0.016 0.023 0.019 0.027 0.094 0.136 0.245 0.243 0.188 57 L 0.002 0.002 0.020 0.019 0.021 0.045 0.128 0.144 0.201 0.208 0.209 58 R 0.005 0.014 0.207 0.119 0.129 0.170 0.168 0.084 0.056 0.031 0.018 59 I 0.002 0.005 0.026 0.037 0.066 0.126 0.274 0.170 0.142 0.094 0.058 60 A 0.002 0.002 0.004 0.005 0.007 0.013 0.056 0.095 0.222 0.300 0.295 61 T 0.031 0.063 0.064 0.147 0.159 0.159 0.189 0.086 0.060 0.029 0.013 62 G 0.214 0.133 0.130 0.174 0.113 0.087 0.073 0.034 0.023 0.012 0.006 63 A 0.098 0.097 0.052 0.109 0.117 0.122 0.169 0.100 0.063 0.048 0.026 64 T 0.280 0.389 0.084 0.128 0.056 0.028 0.019 0.007 0.005 0.003 0.002 65 A 0.063 0.031 0.014 0.042 0.065 0.095 0.151 0.142 0.177 0.131 0.088 66 D 0.576 0.217 0.069 0.084 0.029 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 67 E 0.097 0.097 0.077 0.135 0.132 0.129 0.154 0.077 0.058 0.029 0.016 68 M 0.065 0.041 0.034 0.084 0.083 0.114 0.166 0.137 0.119 0.095 0.061 69 A 0.085 0.072 0.115 0.138 0.136 0.134 0.147 0.076 0.053 0.030 0.014 70 Q 0.113 0.146 0.327 0.198 0.099 0.050 0.037 0.015 0.009 0.004 0.002 71 F 0.041 0.035 0.037 0.067 0.076 0.108 0.203 0.154 0.129 0.096 0.053 72 Y 0.055 0.052 0.040 0.081 0.101 0.122 0.196 0.133 0.111 0.072 0.036 73 A 0.279 0.231 0.134 0.129 0.091 0.051 0.043 0.018 0.013 0.007 0.004 74 V 0.045 0.044 0.037 0.096 0.111 0.135 0.211 0.129 0.097 0.066 0.028 75 P 0.447 0.120 0.058 0.110 0.080 0.054 0.061 0.029 0.023 0.012 0.006 76 V 0.186 0.162 0.090 0.155 0.135 0.096 0.094 0.045 0.023 0.010 0.004 77 L 0.018 0.198 0.047 0.097 0.093 0.126 0.149 0.101 0.077 0.060 0.034 78 P 0.020 0.034 0.021 0.094 0.193 0.238 0.212 0.095 0.057 0.025 0.011 79 E 0.873 0.069 0.037 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.043 0.103 0.146 0.391 0.191 0.081 0.034 0.007 0.002 0.001 0.001 81 L 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.016 0.083 0.169 0.256 0.264 0.201 82 V 0.001 0.004 0.036 0.108 0.224 0.340 0.213 0.048 0.018 0.006 0.002 83 D 0.023 0.029 0.892 0.045 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.001 0.002 0.009 0.031 0.066 0.218 0.419 0.150 0.063 0.031 0.011 85 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.062 0.137 0.266 0.295 0.227 86 D 0.006 0.016 0.471 0.276 0.149 0.060 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 87 Q 0.012 0.030 0.781 0.113 0.043 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 88 S 0.001 0.001 0.005 0.005 0.008 0.038 0.239 0.213 0.233 0.167 0.091 89 W 0.001 0.001 0.010 0.013 0.032 0.108 0.362 0.217 0.148 0.077 0.031 90 Q 0.008 0.022 0.870 0.067 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.004 0.021 0.169 0.163 0.202 0.225 0.154 0.039 0.014 0.006 0.002 92 Y 0.002 0.002 0.009 0.003 0.004 0.009 0.054 0.105 0.248 0.307 0.255 93 Q 0.012 0.026 0.133 0.202 0.226 0.190 0.150 0.038 0.016 0.005 0.002 94 D 0.027 0.038 0.784 0.092 0.035 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 95 R 0.025 0.030 0.091 0.096 0.125 0.192 0.260 0.094 0.046 0.027 0.013 96 L 0.015 0.022 0.032 0.023 0.026 0.058 0.196 0.186 0.196 0.159 0.086 97 M 0.016 0.053 0.262 0.192 0.178 0.138 0.095 0.035 0.018 0.008 0.003 98 A 0.185 0.101 0.540 0.102 0.039 0.017 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 99 D 0.111 0.110 0.199 0.185 0.132 0.100 0.093 0.034 0.020 0.010 0.005 100 F 0.019 0.014 0.025 0.025 0.035 0.077 0.178 0.161 0.196 0.164 0.107 101 S 0.064 0.106 0.216 0.162 0.139 0.117 0.107 0.043 0.028 0.013 0.006 102 T 0.147 0.133 0.463 0.135 0.056 0.031 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 103 E 0.112 0.109 0.093 0.165 0.143 0.120 0.126 0.058 0.039 0.024 0.013 104 T 0.096 0.059 0.044 0.070 0.074 0.101 0.154 0.126 0.124 0.090 0.063 105 T 0.171 0.154 0.103 0.183 0.147 0.102 0.076 0.032 0.018 0.009 0.004 106 Y 0.077 0.065 0.067 0.092 0.089 0.099 0.148 0.119 0.112 0.079 0.052 107 W 0.068 0.063 0.028 0.079 0.097 0.107 0.175 0.136 0.114 0.081 0.052 108 G 0.298 0.158 0.052 0.118 0.090 0.071 0.073 0.047 0.041 0.031 0.022 109 V 0.115 0.076 0.041 0.110 0.116 0.125 0.141 0.097 0.083 0.060 0.036 110 T 0.380 0.179 0.070 0.130 0.074 0.052 0.048 0.027 0.020 0.012 0.007 111 D 0.075 0.064 0.033 0.121 0.143 0.139 0.166 0.109 0.082 0.046 0.023 112 S 0.077 0.159 0.039 0.096 0.090 0.093 0.118 0.101 0.096 0.075 0.055 113 T 0.018 0.036 0.018 0.079 0.131 0.175 0.218 0.128 0.099 0.062 0.036 114 T 0.069 0.038 0.023 0.077 0.108 0.148 0.204 0.116 0.108 0.067 0.042 115 G 0.033 0.050 0.049 0.221 0.191 0.155 0.154 0.072 0.043 0.021 0.012 116 W 0.004 0.007 0.021 0.040 0.035 0.040 0.118 0.163 0.222 0.203 0.147 117 L 0.002 0.001 0.014 0.014 0.015 0.023 0.081 0.123 0.205 0.259 0.263 118 L 0.001 0.005 0.130 0.118 0.132 0.162 0.201 0.107 0.078 0.044 0.021 119 E 0.001 0.004 0.041 0.057 0.087 0.167 0.314 0.155 0.095 0.055 0.025 120 A 0.001 0.002 0.009 0.007 0.007 0.015 0.087 0.142 0.248 0.277 0.206 121 A 0.007 0.007 0.034 0.041 0.042 0.062 0.166 0.168 0.192 0.169 0.111 122 V 0.012 0.032 0.151 0.135 0.146 0.145 0.171 0.090 0.066 0.034 0.017 123 H 0.006 0.015 0.042 0.041 0.045 0.078 0.206 0.178 0.185 0.135 0.070 124 L 0.030 0.031 0.041 0.084 0.100 0.113 0.211 0.144 0.124 0.079 0.042 125 Y 0.075 0.054 0.087 0.099 0.102 0.117 0.168 0.105 0.095 0.059 0.039 126 H 0.018 0.029 0.039 0.082 0.102 0.124 0.219 0.153 0.122 0.074 0.037 127 H 0.008 0.011 0.018 0.025 0.028 0.045 0.149 0.175 0.226 0.197 0.118 128 R 0.018 0.019 0.049 0.078 0.106 0.141 0.226 0.134 0.112 0.077 0.042 129 S 0.016 0.024 0.096 0.101 0.103 0.119 0.184 0.129 0.112 0.073 0.042 130 Q 0.001 0.004 0.016 0.015 0.017 0.031 0.120 0.180 0.240 0.229 0.147 131 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.008 0.053 0.117 0.227 0.306 0.275 132 L 0.001 0.004 0.046 0.053 0.076 0.117 0.198 0.140 0.150 0.121 0.093 133 D 0.003 0.008 0.084 0.070 0.073 0.098 0.226 0.157 0.144 0.090 0.048 134 Y 0.001 0.001 0.012 0.016 0.014 0.020 0.092 0.156 0.243 0.250 0.195 135 L 0.001 0.001 0.011 0.008 0.008 0.014 0.059 0.106 0.224 0.288 0.282 136 N 0.001 0.002 0.044 0.086 0.158 0.205 0.260 0.127 0.075 0.030 0.013 137 L 0.001 0.005 0.038 0.037 0.063 0.142 0.269 0.173 0.156 0.080 0.034 138 L 0.004 0.007 0.006 0.023 0.035 0.073 0.231 0.223 0.195 0.140 0.064 139 G 0.423 0.199 0.067 0.123 0.059 0.040 0.037 0.022 0.015 0.009 0.006 140 Y 0.026 0.043 0.034 0.089 0.113 0.137 0.187 0.149 0.109 0.073 0.040 141 D 0.428 0.324 0.062 0.116 0.045 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 142 I 0.032 0.018 0.007 0.021 0.033 0.050 0.132 0.162 0.217 0.180 0.148 143 K 0.265 0.272 0.067 0.161 0.092 0.055 0.046 0.018 0.012 0.006 0.004 144 L 0.083 0.072 0.030 0.108 0.125 0.133 0.153 0.103 0.094 0.064 0.036 145 D 0.309 0.177 0.070 0.152 0.088 0.061 0.056 0.032 0.025 0.017 0.012 146 L 0.113 0.062 0.043 0.106 0.103 0.112 0.160 0.110 0.093 0.063 0.036 147 F 0.085 0.077 0.031 0.082 0.086 0.099 0.144 0.128 0.120 0.091 0.055 148 E 0.227 0.213 0.062 0.153 0.115 0.066 0.056 0.041 0.033 0.021 0.013