# TARGET T0369 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.409 0.301 0.152 0.084 0.036 0.015 0.002 2 T 0.272 0.209 0.178 0.168 0.121 0.046 0.006 3 D 0.412 0.345 0.138 0.067 0.025 0.010 0.002 4 W 0.047 0.087 0.181 0.326 0.263 0.089 0.007 5 Q 0.097 0.254 0.318 0.217 0.088 0.024 0.003 6 Q 0.315 0.408 0.186 0.066 0.019 0.005 0.001 7 A 0.040 0.082 0.176 0.280 0.279 0.131 0.011 8 L 0.042 0.032 0.046 0.134 0.306 0.379 0.061 9 D 0.061 0.169 0.277 0.314 0.137 0.039 0.002 10 R 0.161 0.326 0.265 0.164 0.062 0.019 0.002 11 H 0.053 0.080 0.110 0.185 0.266 0.261 0.045 12 V 0.057 0.049 0.089 0.180 0.281 0.287 0.059 13 G 0.218 0.290 0.224 0.154 0.076 0.031 0.006 14 V 0.152 0.226 0.232 0.204 0.123 0.052 0.011 15 G 0.059 0.113 0.141 0.196 0.236 0.214 0.041 16 V 0.047 0.115 0.172 0.234 0.242 0.162 0.028 17 R 0.149 0.288 0.255 0.169 0.095 0.036 0.007 18 T 0.028 0.076 0.158 0.279 0.283 0.152 0.023 19 T 0.014 0.023 0.036 0.098 0.252 0.460 0.116 20 R 0.033 0.104 0.231 0.333 0.216 0.079 0.005 21 D 0.056 0.255 0.371 0.229 0.075 0.013 0.001 22 L 0.004 0.011 0.033 0.135 0.365 0.421 0.031 23 I 0.007 0.015 0.048 0.209 0.478 0.232 0.011 24 R 0.127 0.465 0.281 0.100 0.023 0.004 0.001 25 L 0.042 0.232 0.398 0.272 0.052 0.005 0.001 26 I 0.003 0.017 0.078 0.291 0.453 0.155 0.003 27 Q 0.188 0.446 0.263 0.086 0.016 0.001 0.001 28 P 0.620 0.285 0.070 0.020 0.004 0.001 0.001 29 E 0.570 0.289 0.110 0.026 0.004 0.001 0.001 30 D 0.591 0.292 0.083 0.029 0.005 0.001 0.001 31 W 0.151 0.176 0.284 0.278 0.102 0.009 0.001 32 D 0.546 0.318 0.104 0.027 0.005 0.001 0.001 33 K 0.408 0.296 0.185 0.091 0.018 0.002 0.001 34 R 0.310 0.325 0.204 0.115 0.038 0.007 0.001 35 P 0.188 0.221 0.232 0.220 0.114 0.024 0.001 36 I 0.321 0.270 0.198 0.131 0.064 0.015 0.001 37 S 0.569 0.254 0.105 0.047 0.019 0.006 0.001 38 G 0.363 0.281 0.180 0.118 0.045 0.012 0.001 39 K 0.161 0.266 0.261 0.196 0.087 0.027 0.002 40 R 0.057 0.153 0.221 0.265 0.215 0.081 0.008 41 S 0.008 0.030 0.084 0.191 0.310 0.300 0.077 42 V 0.003 0.008 0.017 0.063 0.188 0.440 0.281 43 Y 0.002 0.018 0.064 0.186 0.312 0.318 0.100 44 E 0.002 0.012 0.044 0.133 0.266 0.379 0.163 45 V 0.001 0.003 0.005 0.011 0.047 0.312 0.621 46 A 0.001 0.001 0.003 0.011 0.056 0.295 0.634 47 V 0.001 0.003 0.021 0.113 0.262 0.313 0.288 48 H 0.001 0.001 0.003 0.013 0.071 0.376 0.536 49 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.197 0.784 50 A 0.001 0.004 0.011 0.036 0.103 0.317 0.529 51 V 0.003 0.013 0.040 0.105 0.194 0.283 0.363 52 L 0.002 0.004 0.007 0.026 0.099 0.371 0.491 53 L 0.002 0.009 0.018 0.055 0.133 0.415 0.368 54 E 0.006 0.041 0.116 0.218 0.249 0.244 0.125 55 A 0.011 0.033 0.084 0.165 0.264 0.316 0.128 56 D 0.008 0.023 0.042 0.089 0.190 0.422 0.226 57 L 0.009 0.017 0.035 0.112 0.263 0.431 0.132 58 R 0.033 0.153 0.245 0.280 0.187 0.086 0.015 59 I 0.018 0.056 0.150 0.303 0.310 0.148 0.015 60 A 0.014 0.023 0.050 0.166 0.385 0.328 0.033 61 T 0.130 0.249 0.283 0.227 0.091 0.018 0.001 62 G 0.298 0.347 0.209 0.103 0.034 0.007 0.001 63 A 0.265 0.317 0.237 0.131 0.042 0.008 0.001 64 T 0.471 0.286 0.139 0.071 0.026 0.006 0.001 65 A 0.201 0.190 0.217 0.225 0.132 0.033 0.002 66 D 0.484 0.293 0.131 0.059 0.024 0.007 0.001 67 E 0.203 0.249 0.246 0.196 0.084 0.021 0.001 68 M 0.168 0.206 0.216 0.213 0.140 0.054 0.004 69 A 0.253 0.237 0.218 0.177 0.089 0.024 0.002 70 Q 0.377 0.284 0.185 0.101 0.040 0.011 0.001 71 F 0.239 0.188 0.189 0.206 0.129 0.046 0.003 72 Y 0.203 0.217 0.226 0.199 0.115 0.037 0.003 73 A 0.482 0.273 0.133 0.071 0.030 0.010 0.001 74 V 0.213 0.236 0.240 0.193 0.092 0.025 0.002 75 P 0.393 0.276 0.160 0.101 0.050 0.018 0.002 76 V 0.359 0.277 0.167 0.114 0.059 0.021 0.003 77 L 0.153 0.259 0.252 0.212 0.103 0.021 0.001 78 P 0.105 0.244 0.287 0.235 0.104 0.024 0.001 79 E 0.718 0.221 0.047 0.011 0.003 0.001 0.001 80 Q 0.367 0.422 0.163 0.040 0.007 0.001 0.001 81 L 0.026 0.041 0.101 0.350 0.385 0.095 0.002 82 V 0.040 0.164 0.312 0.328 0.131 0.023 0.001 83 D 0.314 0.528 0.132 0.023 0.003 0.001 0.001 84 R 0.025 0.098 0.286 0.390 0.172 0.028 0.001 85 L 0.006 0.010 0.032 0.133 0.438 0.367 0.014 86 D 0.132 0.337 0.347 0.151 0.029 0.004 0.001 87 Q 0.190 0.477 0.240 0.078 0.014 0.002 0.001 88 S 0.018 0.041 0.102 0.272 0.380 0.179 0.007 89 W 0.025 0.074 0.165 0.347 0.289 0.095 0.005 90 Q 0.278 0.429 0.199 0.071 0.019 0.004 0.001 91 Y 0.085 0.204 0.295 0.278 0.111 0.026 0.002 92 Y 0.039 0.046 0.087 0.223 0.369 0.222 0.014 93 Q 0.165 0.276 0.289 0.189 0.067 0.014 0.001 94 D 0.510 0.342 0.107 0.032 0.008 0.001 0.001 95 R 0.159 0.284 0.272 0.188 0.077 0.019 0.002 96 L 0.072 0.123 0.197 0.315 0.226 0.065 0.002 97 M 0.281 0.311 0.227 0.127 0.046 0.008 0.001 98 A 0.678 0.237 0.061 0.019 0.005 0.001 0.001 99 D 0.331 0.309 0.192 0.116 0.040 0.010 0.001 100 F 0.134 0.127 0.193 0.295 0.191 0.058 0.003 101 S 0.434 0.303 0.160 0.075 0.024 0.005 0.001 102 T 0.566 0.259 0.111 0.048 0.014 0.003 0.001 103 E 0.260 0.250 0.220 0.167 0.080 0.022 0.002 104 T 0.257 0.211 0.202 0.185 0.105 0.038 0.003 105 T 0.245 0.280 0.215 0.152 0.077 0.027 0.003 106 Y 0.167 0.176 0.192 0.210 0.170 0.075 0.010 107 W 0.140 0.150 0.175 0.231 0.196 0.096 0.013 108 G 0.323 0.258 0.185 0.126 0.068 0.032 0.007 109 V 0.273 0.221 0.187 0.171 0.098 0.041 0.009 110 T 0.375 0.255 0.160 0.110 0.062 0.029 0.009 111 D 0.147 0.209 0.216 0.194 0.134 0.078 0.022 112 S 0.058 0.099 0.133 0.192 0.223 0.207 0.087 113 T 0.026 0.067 0.118 0.196 0.240 0.236 0.118 114 T 0.020 0.057 0.105 0.189 0.240 0.279 0.111 115 G 0.021 0.080 0.163 0.240 0.243 0.187 0.066 116 W 0.011 0.021 0.049 0.113 0.219 0.368 0.220 117 L 0.008 0.011 0.015 0.039 0.114 0.390 0.422 118 L 0.011 0.036 0.090 0.198 0.254 0.273 0.139 119 E 0.015 0.028 0.058 0.134 0.226 0.324 0.215 120 A 0.012 0.013 0.013 0.023 0.073 0.318 0.549 121 A 0.018 0.036 0.060 0.132 0.192 0.314 0.249 122 V 0.020 0.056 0.121 0.210 0.234 0.208 0.151 123 H 0.012 0.023 0.036 0.081 0.188 0.401 0.260 124 L 0.016 0.038 0.067 0.149 0.238 0.322 0.169 125 Y 0.020 0.056 0.092 0.141 0.197 0.302 0.192 126 H 0.014 0.035 0.079 0.164 0.225 0.277 0.206 127 H 0.006 0.015 0.034 0.092 0.183 0.398 0.273 128 R 0.011 0.047 0.079 0.148 0.217 0.277 0.221 129 S 0.006 0.019 0.046 0.115 0.227 0.362 0.225 130 Q 0.004 0.009 0.017 0.044 0.124 0.345 0.458 131 L 0.002 0.004 0.006 0.017 0.056 0.277 0.638 132 L 0.004 0.013 0.033 0.096 0.182 0.327 0.345 133 D 0.008 0.031 0.067 0.122 0.173 0.298 0.301 134 Y 0.004 0.009 0.018 0.058 0.150 0.414 0.347 135 L 0.008 0.016 0.029 0.077 0.180 0.424 0.266 136 N 0.023 0.075 0.121 0.220 0.263 0.231 0.066 137 L 0.042 0.099 0.168 0.214 0.242 0.193 0.042 138 L 0.060 0.097 0.157 0.227 0.245 0.174 0.039 139 G 0.251 0.261 0.195 0.148 0.090 0.047 0.008 140 Y 0.259 0.217 0.191 0.185 0.111 0.033 0.004 141 D 0.541 0.288 0.105 0.045 0.015 0.004 0.001 142 I 0.288 0.172 0.167 0.196 0.128 0.045 0.004 143 K 0.460 0.295 0.142 0.069 0.024 0.008 0.001 144 L 0.437 0.205 0.148 0.120 0.067 0.021 0.002 145 D 0.558 0.231 0.117 0.064 0.023 0.006 0.001 146 L 0.507 0.236 0.141 0.077 0.031 0.008 0.001 147 F 0.589 0.199 0.119 0.065 0.023 0.005 0.001 148 E 0.711 0.178 0.072 0.028 0.009 0.002 0.001