# TARGET T0368 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 783 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.002 0.003 0.010 0.100 0.860 2 K 0.113 0.025 0.026 0.046 0.147 0.642 3 P 0.171 0.044 0.039 0.058 0.182 0.507 4 L 0.191 0.076 0.072 0.083 0.261 0.317 5 K 0.136 0.032 0.034 0.053 0.261 0.485 6 E 0.033 0.015 0.013 0.015 0.640 0.284 7 V 0.007 0.005 0.075 0.082 0.694 0.137 8 V 0.006 0.006 0.064 0.118 0.676 0.130 9 G 0.007 0.017 0.075 0.243 0.536 0.120 10 A 0.002 0.001 0.039 0.781 0.122 0.053 11 Y 0.003 0.001 0.027 0.852 0.090 0.027 12 L 0.003 0.001 0.035 0.845 0.095 0.020 13 A 0.004 0.002 0.018 0.870 0.068 0.038 14 L 0.003 0.001 0.007 0.918 0.041 0.031 15 S 0.001 0.001 0.003 0.961 0.018 0.017 16 D 0.001 0.001 0.001 0.968 0.012 0.018 17 A 0.001 0.001 0.004 0.920 0.025 0.049 18 Q 0.002 0.001 0.005 0.954 0.019 0.020 19 R 0.003 0.001 0.008 0.958 0.021 0.010 20 Q 0.002 0.001 0.013 0.954 0.022 0.008 21 L 0.002 0.001 0.028 0.910 0.040 0.019 22 V 0.001 0.001 0.023 0.882 0.059 0.034 23 A 0.001 0.001 0.009 0.844 0.070 0.077 24 G 0.002 0.002 0.004 0.196 0.166 0.630 25 E 0.009 0.007 0.011 0.222 0.166 0.585 26 Y 0.009 0.002 0.016 0.786 0.078 0.108 27 D 0.004 0.001 0.010 0.897 0.045 0.044 28 E 0.003 0.001 0.010 0.934 0.025 0.027 29 A 0.004 0.001 0.004 0.956 0.013 0.023 30 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.004 31 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 32 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 33 C 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.003 34 R 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.003 35 R 0.001 0.001 0.002 0.982 0.008 0.007 36 A 0.001 0.001 0.002 0.978 0.009 0.010 37 M 0.002 0.001 0.006 0.965 0.013 0.013 38 E 0.006 0.002 0.007 0.921 0.033 0.031 39 I 0.002 0.003 0.009 0.864 0.038 0.084 40 S 0.003 0.009 0.011 0.200 0.369 0.409 41 H 0.002 0.003 0.037 0.149 0.485 0.324 42 T 0.002 0.004 0.043 0.108 0.521 0.321 43 M 0.002 0.011 0.064 0.217 0.478 0.228 44 P 0.003 0.007 0.081 0.393 0.238 0.278 45 P 0.003 0.003 0.109 0.616 0.176 0.093 46 E 0.005 0.003 0.130 0.640 0.166 0.057 47 E 0.005 0.003 0.131 0.660 0.146 0.055 48 A 0.007 0.006 0.109 0.582 0.191 0.105 49 F 0.008 0.009 0.120 0.541 0.192 0.129 50 D 0.009 0.008 0.093 0.403 0.284 0.203 51 H 0.006 0.005 0.068 0.390 0.274 0.257 52 A 0.005 0.006 0.059 0.318 0.363 0.249 53 G 0.004 0.003 0.072 0.504 0.294 0.123 54 F 0.004 0.005 0.058 0.571 0.230 0.130 55 D 0.006 0.005 0.037 0.650 0.145 0.156 56 A 0.003 0.001 0.022 0.890 0.040 0.044 57 F 0.005 0.002 0.025 0.910 0.035 0.023 58 C 0.004 0.001 0.033 0.917 0.031 0.014 59 H 0.004 0.001 0.019 0.928 0.027 0.021 60 A 0.002 0.001 0.008 0.949 0.021 0.020 61 G 0.001 0.001 0.003 0.963 0.012 0.020 62 L 0.001 0.001 0.001 0.974 0.007 0.015 63 A 0.001 0.001 0.004 0.952 0.016 0.025 64 E 0.003 0.001 0.006 0.963 0.015 0.013 65 A 0.003 0.001 0.009 0.964 0.017 0.007 66 L 0.002 0.001 0.014 0.956 0.020 0.007 67 A 0.002 0.001 0.032 0.905 0.042 0.018 68 G 0.001 0.001 0.025 0.894 0.050 0.030 69 L 0.001 0.001 0.009 0.856 0.057 0.077 70 R 0.002 0.002 0.003 0.134 0.128 0.731 71 S 0.008 0.006 0.007 0.168 0.125 0.685 72 F 0.005 0.001 0.013 0.876 0.046 0.058 73 D 0.002 0.001 0.010 0.937 0.029 0.021 74 E 0.002 0.001 0.010 0.958 0.017 0.013 75 A 0.002 0.001 0.003 0.975 0.008 0.012 76 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 77 H 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 78 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 79 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 80 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.003 82 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.007 0.005 83 L 0.001 0.001 0.004 0.977 0.009 0.009 84 H 0.003 0.003 0.005 0.925 0.031 0.032 85 Y 0.002 0.004 0.008 0.827 0.043 0.116 86 F 0.004 0.013 0.010 0.142 0.461 0.370 87 N 0.003 0.003 0.054 0.091 0.673 0.175 88 R 0.004 0.006 0.083 0.065 0.740 0.103 89 R 0.009 0.017 0.130 0.062 0.691 0.090 90 G 0.025 0.021 0.142 0.114 0.426 0.272 91 E 0.021 0.021 0.136 0.166 0.382 0.274 92 L 0.016 0.020 0.121 0.201 0.423 0.220 93 N 0.019 0.019 0.069 0.206 0.392 0.295 94 Q 0.020 0.007 0.077 0.221 0.500 0.176 95 D 0.013 0.004 0.063 0.359 0.436 0.125 96 E 0.012 0.005 0.048 0.431 0.366 0.139 97 G 0.015 0.006 0.022 0.387 0.321 0.249 98 K 0.019 0.005 0.025 0.554 0.197 0.201 99 L 0.034 0.014 0.038 0.633 0.142 0.139 100 W 0.050 0.008 0.047 0.696 0.098 0.100 101 I 0.046 0.003 0.042 0.772 0.064 0.073 102 S 0.037 0.003 0.033 0.839 0.042 0.047 103 A 0.025 0.002 0.028 0.880 0.031 0.034 104 V 0.015 0.002 0.021 0.891 0.028 0.044 105 Y 0.009 0.001 0.013 0.913 0.023 0.041 106 S 0.006 0.001 0.005 0.927 0.014 0.046 107 R 0.002 0.001 0.002 0.977 0.005 0.014 108 A 0.002 0.001 0.003 0.976 0.007 0.011 109 L 0.003 0.001 0.003 0.979 0.008 0.007 110 A 0.003 0.001 0.005 0.978 0.009 0.005 111 L 0.002 0.001 0.009 0.969 0.015 0.006 112 D 0.001 0.001 0.018 0.934 0.033 0.013 113 G 0.001 0.001 0.013 0.937 0.030 0.019 114 L 0.001 0.001 0.006 0.904 0.034 0.056 115 G 0.001 0.001 0.002 0.137 0.102 0.756 116 R 0.007 0.005 0.009 0.227 0.128 0.624 117 G 0.008 0.002 0.019 0.813 0.072 0.087 118 A 0.003 0.001 0.017 0.900 0.044 0.036 119 E 0.002 0.001 0.014 0.932 0.026 0.024 120 A 0.002 0.001 0.004 0.955 0.013 0.024 121 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 122 P 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 123 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 124 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 125 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 126 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.005 0.004 127 V 0.001 0.001 0.002 0.984 0.007 0.006 128 V 0.001 0.001 0.005 0.973 0.011 0.009 129 E 0.004 0.004 0.009 0.911 0.041 0.030 130 M 0.003 0.004 0.014 0.810 0.056 0.113 131 I 0.002 0.007 0.008 0.094 0.564 0.325 132 E 0.001 0.001 0.038 0.085 0.733 0.142 133 E 0.001 0.003 0.036 0.072 0.776 0.113 134 R 0.002 0.007 0.049 0.165 0.678 0.099 135 K 0.002 0.002 0.047 0.627 0.222 0.099 136 G 0.004 0.003 0.061 0.683 0.201 0.048 137 E 0.008 0.003 0.072 0.631 0.246 0.041 138 T 0.008 0.003 0.043 0.717 0.159 0.071 139 P 0.006 0.003 0.023 0.732 0.147 0.090 140 G 0.004 0.001 0.011 0.766 0.085 0.132 141 K 0.005 0.002 0.004 0.846 0.046 0.097 142 E 0.004 0.002 0.007 0.829 0.058 0.100 143 R 0.008 0.002 0.007 0.906 0.039 0.039 144 M 0.009 0.001 0.009 0.929 0.031 0.020 145 M 0.006 0.001 0.014 0.934 0.030 0.015 146 E 0.004 0.001 0.028 0.896 0.044 0.027 147 V 0.002 0.001 0.019 0.896 0.046 0.037 148 A 0.001 0.001 0.006 0.891 0.037 0.065 149 I 0.002 0.001 0.003 0.192 0.109 0.693 150 D 0.007 0.005 0.008 0.271 0.116 0.593 151 R 0.006 0.001 0.012 0.870 0.045 0.066 152 I 0.004 0.001 0.010 0.918 0.036 0.033 153 A 0.002 0.001 0.010 0.946 0.021 0.020 154 Q 0.002 0.001 0.004 0.963 0.012 0.018 155 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.004 156 G 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.004 157 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 158 S 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.004 159 N 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.003 160 Q 0.001 0.001 0.002 0.979 0.011 0.007 161 Q 0.001 0.001 0.004 0.972 0.014 0.010 162 K 0.001 0.001 0.007 0.967 0.013 0.011 163 K 0.004 0.003 0.008 0.901 0.044 0.040 164 P 0.003 0.004 0.012 0.759 0.061 0.161 165 G 0.003 0.006 0.009 0.092 0.411 0.479 166 Y 0.001 0.002 0.095 0.167 0.574 0.160 167 K 0.003 0.003 0.160 0.128 0.634 0.072 168 A 0.010 0.012 0.222 0.108 0.582 0.066 169 W 0.041 0.025 0.216 0.153 0.351 0.214 170 W 0.083 0.021 0.231 0.153 0.327 0.184 171 E 0.072 0.009 0.206 0.124 0.329 0.259 172 F 0.068 0.022 0.098 0.121 0.216 0.475 173 W 0.054 0.026 0.016 0.053 0.141 0.710 174 S 0.002 0.003 0.001 0.005 0.019 0.971