# TARGET T0368 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 783 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.485 0.001 0.015 0.441 0.001 0.001 0.004 0.021 0.011 0.006 0.010 2 K 0.001 0.015 0.137 0.001 0.035 0.758 0.001 0.001 0.005 0.010 0.025 0.003 0.009 3 P 0.001 0.006 0.049 0.001 0.072 0.755 0.001 0.001 0.003 0.043 0.064 0.002 0.004 4 L 0.001 0.005 0.115 0.001 0.087 0.492 0.001 0.001 0.006 0.047 0.235 0.005 0.004 5 K 0.002 0.017 0.186 0.001 0.048 0.353 0.001 0.001 0.004 0.100 0.282 0.002 0.005 6 E 0.001 0.005 0.587 0.001 0.007 0.077 0.001 0.001 0.003 0.277 0.038 0.001 0.004 7 V 0.001 0.004 0.119 0.001 0.086 0.449 0.001 0.001 0.001 0.077 0.263 0.001 0.001 8 V 0.001 0.007 0.066 0.001 0.054 0.504 0.001 0.001 0.001 0.103 0.264 0.001 0.001 9 G 0.001 0.002 0.240 0.001 0.027 0.636 0.001 0.001 0.001 0.063 0.030 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 11 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 15 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 16 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 20 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.849 0.001 0.001 0.001 0.006 0.123 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.018 0.001 0.015 0.279 0.001 0.001 0.001 0.014 0.672 0.001 0.001 24 G 0.001 0.002 0.075 0.001 0.007 0.073 0.001 0.001 0.001 0.070 0.771 0.001 0.001 25 E 0.001 0.019 0.612 0.001 0.014 0.129 0.001 0.001 0.001 0.170 0.051 0.001 0.003 26 Y 0.001 0.003 0.066 0.001 0.009 0.844 0.001 0.001 0.001 0.056 0.021 0.001 0.001 27 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 29 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 32 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 33 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 37 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.937 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 0.001 0.001 38 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.009 0.839 0.001 0.001 0.001 0.013 0.121 0.001 0.001 39 I 0.001 0.004 0.085 0.001 0.010 0.659 0.001 0.001 0.001 0.084 0.156 0.001 0.001 40 S 0.001 0.008 0.552 0.001 0.012 0.166 0.001 0.001 0.001 0.192 0.065 0.001 0.002 41 H 0.001 0.003 0.180 0.001 0.065 0.195 0.001 0.001 0.001 0.090 0.463 0.001 0.002 42 T 0.001 0.005 0.206 0.001 0.102 0.204 0.001 0.001 0.001 0.111 0.369 0.001 0.001 43 M 0.001 0.008 0.436 0.001 0.080 0.205 0.001 0.001 0.002 0.210 0.054 0.002 0.003 44 P 0.001 0.013 0.355 0.001 0.129 0.318 0.001 0.001 0.002 0.067 0.108 0.001 0.006 45 P 0.001 0.005 0.105 0.001 0.191 0.482 0.001 0.001 0.001 0.071 0.140 0.002 0.002 46 E 0.001 0.003 0.069 0.001 0.223 0.536 0.001 0.001 0.001 0.041 0.122 0.001 0.002 47 E 0.001 0.006 0.077 0.001 0.202 0.545 0.001 0.001 0.002 0.050 0.110 0.002 0.004 48 A 0.001 0.007 0.089 0.001 0.133 0.565 0.001 0.001 0.002 0.038 0.158 0.002 0.004 49 F 0.001 0.006 0.098 0.001 0.108 0.497 0.001 0.001 0.002 0.066 0.217 0.002 0.003 50 D 0.001 0.006 0.154 0.001 0.091 0.327 0.001 0.001 0.002 0.106 0.306 0.002 0.003 51 H 0.001 0.012 0.235 0.001 0.071 0.280 0.001 0.001 0.002 0.163 0.229 0.002 0.004 52 A 0.001 0.012 0.379 0.001 0.051 0.191 0.001 0.001 0.002 0.211 0.147 0.002 0.004 53 G 0.001 0.008 0.231 0.001 0.097 0.316 0.001 0.001 0.002 0.104 0.238 0.001 0.002 54 F 0.001 0.008 0.232 0.001 0.051 0.384 0.001 0.001 0.003 0.164 0.151 0.003 0.002 55 D 0.001 0.005 0.351 0.001 0.015 0.527 0.001 0.001 0.002 0.069 0.027 0.001 0.003 56 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 57 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 58 C 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 59 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 60 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 61 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 67 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.914 0.001 0.001 0.001 0.002 0.071 0.001 0.001 68 G 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.772 0.001 0.001 0.001 0.007 0.197 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.037 0.001 0.017 0.259 0.001 0.001 0.001 0.028 0.655 0.001 0.001 70 R 0.001 0.006 0.143 0.001 0.010 0.076 0.001 0.001 0.001 0.117 0.645 0.001 0.001 71 S 0.001 0.014 0.661 0.001 0.010 0.103 0.001 0.001 0.001 0.179 0.028 0.001 0.004 72 F 0.001 0.001 0.024 0.001 0.009 0.919 0.001 0.001 0.001 0.024 0.022 0.001 0.001 73 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 78 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.906 0.001 0.001 0.001 0.008 0.066 0.001 0.001 84 H 0.001 0.001 0.022 0.001 0.012 0.782 0.001 0.001 0.001 0.016 0.165 0.001 0.001 85 Y 0.001 0.009 0.129 0.001 0.013 0.582 0.001 0.001 0.001 0.131 0.130 0.001 0.004 86 F 0.001 0.010 0.653 0.001 0.008 0.110 0.001 0.001 0.001 0.177 0.035 0.002 0.004 87 N 0.001 0.002 0.099 0.001 0.112 0.200 0.001 0.001 0.001 0.083 0.500 0.001 0.002 88 R 0.001 0.004 0.077 0.001 0.149 0.172 0.001 0.001 0.001 0.115 0.478 0.002 0.001 89 R 0.001 0.015 0.267 0.001 0.210 0.202 0.001 0.001 0.002 0.180 0.111 0.003 0.009 90 G 0.002 0.013 0.255 0.001 0.159 0.282 0.001 0.001 0.003 0.117 0.154 0.004 0.010 91 E 0.003 0.015 0.209 0.003 0.196 0.266 0.001 0.001 0.003 0.098 0.191 0.005 0.010 92 L 0.005 0.018 0.227 0.002 0.206 0.235 0.001 0.001 0.003 0.114 0.166 0.008 0.015 93 N 0.004 0.022 0.261 0.001 0.138 0.194 0.001 0.001 0.003 0.135 0.220 0.006 0.014 94 Q 0.002 0.011 0.280 0.001 0.091 0.177 0.001 0.001 0.002 0.185 0.239 0.005 0.008 95 D 0.001 0.005 0.192 0.001 0.065 0.236 0.001 0.001 0.001 0.140 0.355 0.003 0.004 96 E 0.001 0.006 0.160 0.001 0.042 0.338 0.001 0.001 0.001 0.151 0.298 0.001 0.003 97 G 0.001 0.007 0.202 0.001 0.026 0.487 0.001 0.001 0.001 0.153 0.116 0.002 0.003 98 K 0.001 0.004 0.087 0.001 0.027 0.790 0.001 0.001 0.001 0.037 0.048 0.001 0.004 99 L 0.004 0.003 0.041 0.001 0.015 0.891 0.001 0.001 0.001 0.017 0.022 0.002 0.003 100 W 0.003 0.002 0.017 0.001 0.009 0.944 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.001 0.003 101 I 0.002 0.001 0.006 0.001 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 102 S 0.002 0.001 0.004 0.001 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 103 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 105 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 106 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 107 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 112 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 113 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.834 0.001 0.001 0.001 0.004 0.147 0.001 0.001 114 L 0.001 0.001 0.023 0.001 0.012 0.247 0.001 0.001 0.001 0.019 0.697 0.001 0.001 115 G 0.001 0.004 0.124 0.001 0.008 0.056 0.001 0.001 0.001 0.094 0.712 0.001 0.001 116 R 0.001 0.017 0.694 0.001 0.012 0.076 0.001 0.001 0.001 0.167 0.030 0.001 0.004 117 G 0.001 0.002 0.055 0.001 0.013 0.855 0.001 0.001 0.001 0.046 0.029 0.001 0.001 118 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 119 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 121 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 123 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 124 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 125 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 126 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 127 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 128 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.908 0.001 0.001 0.001 0.007 0.070 0.001 0.001 129 E 0.001 0.001 0.026 0.001 0.014 0.700 0.001 0.001 0.001 0.020 0.237 0.001 0.001 130 M 0.001 0.011 0.213 0.001 0.013 0.404 0.001 0.001 0.001 0.202 0.153 0.001 0.003 131 I 0.001 0.006 0.701 0.001 0.005 0.054 0.001 0.001 0.001 0.202 0.027 0.001 0.002 132 E 0.001 0.001 0.057 0.001 0.095 0.234 0.001 0.001 0.001 0.068 0.543 0.001 0.001 133 E 0.001 0.002 0.066 0.001 0.096 0.241 0.001 0.001 0.001 0.093 0.500 0.001 0.001 134 R 0.001 0.002 0.284 0.001 0.070 0.469 0.001 0.001 0.001 0.108 0.064 0.001 0.002 135 K 0.001 0.001 0.017 0.001 0.018 0.911 0.001 0.001 0.001 0.010 0.043 0.001 0.001 136 G 0.001 0.001 0.012 0.001 0.027 0.909 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 0.001 0.001 137 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.022 0.951 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 138 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 139 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.953 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.001 0.001 140 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.948 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 141 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 142 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 143 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 144 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 145 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.903 0.001 0.001 0.001 0.004 0.083 0.001 0.001 148 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.007 0.427 0.001 0.001 0.001 0.015 0.530 0.001 0.001 149 I 0.001 0.002 0.117 0.001 0.005 0.111 0.001 0.001 0.001 0.073 0.688 0.001 0.001 150 D 0.001 0.012 0.626 0.001 0.012 0.145 0.001 0.001 0.001 0.159 0.043 0.001 0.003 151 R 0.001 0.002 0.058 0.001 0.013 0.866 0.001 0.001 0.001 0.035 0.024 0.001 0.001 152 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 153 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 154 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 155 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 156 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 157 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 158 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 159 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 160 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 161 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 162 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.937 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.001 0.001 163 K 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.843 0.001 0.001 0.001 0.010 0.124 0.001 0.001 164 P 0.001 0.004 0.068 0.001 0.007 0.692 0.001 0.001 0.001 0.092 0.135 0.001 0.001 165 G 0.001 0.006 0.605 0.001 0.009 0.162 0.001 0.001 0.001 0.168 0.045 0.001 0.002 166 Y 0.001 0.001 0.059 0.001 0.169 0.242 0.001 0.001 0.001 0.046 0.482 0.001 0.001 167 K 0.001 0.001 0.031 0.001 0.304 0.193 0.001 0.001 0.001 0.049 0.420 0.001 0.001 168 A 0.001 0.010 0.112 0.001 0.352 0.280 0.001 0.001 0.003 0.103 0.130 0.003 0.007 169 W 0.004 0.028 0.193 0.002 0.153 0.347 0.002 0.001 0.011 0.078 0.158 0.004 0.019 170 W 0.011 0.016 0.183 0.005 0.126 0.384 0.002 0.002 0.015 0.125 0.099 0.018 0.016 171 E 0.009 0.017 0.180 0.004 0.199 0.346 0.002 0.001 0.013 0.099 0.090 0.013 0.026 172 F 0.005 0.017 0.172 0.003 0.162 0.297 0.002 0.001 0.012 0.092 0.207 0.008 0.023 173 W 0.004 0.038 0.396 0.001 0.069 0.195 0.001 0.001 0.016 0.052 0.196 0.011 0.020 174 S 0.001 0.008 0.836 0.001 0.013 0.054 0.001 0.001 0.004 0.053 0.016 0.004 0.011