# TARGET T0368 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 783 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.065 0.068 0.084 0.078 0.100 0.137 0.117 0.115 0.090 0.066 2 K 0.147 0.204 0.106 0.152 0.128 0.093 0.080 0.038 0.025 0.017 0.010 3 P 0.139 0.069 0.053 0.068 0.070 0.073 0.108 0.102 0.123 0.110 0.084 4 L 0.158 0.090 0.051 0.125 0.146 0.118 0.146 0.070 0.051 0.028 0.016 5 K 0.204 0.162 0.176 0.192 0.106 0.059 0.044 0.022 0.016 0.011 0.009 6 E 0.122 0.190 0.091 0.150 0.112 0.101 0.093 0.055 0.040 0.028 0.016 7 V 0.068 0.038 0.030 0.052 0.079 0.119 0.172 0.136 0.135 0.103 0.067 8 V 0.321 0.206 0.106 0.117 0.079 0.052 0.054 0.025 0.021 0.012 0.007 9 G 0.060 0.109 0.081 0.196 0.154 0.129 0.125 0.055 0.045 0.028 0.019 10 A 0.022 0.010 0.016 0.022 0.025 0.048 0.122 0.131 0.204 0.201 0.199 11 Y 0.058 0.035 0.096 0.188 0.153 0.185 0.152 0.061 0.040 0.021 0.011 12 L 0.008 0.021 0.227 0.133 0.111 0.105 0.149 0.104 0.076 0.044 0.022 13 A 0.001 0.005 0.037 0.020 0.018 0.031 0.095 0.132 0.197 0.234 0.229 14 L 0.001 0.002 0.015 0.019 0.039 0.076 0.201 0.179 0.215 0.159 0.094 15 S 0.024 0.055 0.419 0.188 0.117 0.086 0.059 0.023 0.016 0.009 0.004 16 D 0.003 0.015 0.039 0.085 0.131 0.213 0.284 0.108 0.071 0.036 0.015 17 A 0.004 0.002 0.009 0.005 0.004 0.007 0.038 0.087 0.241 0.307 0.296 18 Q 0.009 0.010 0.058 0.150 0.171 0.240 0.219 0.075 0.042 0.018 0.008 19 R 0.004 0.016 0.591 0.143 0.084 0.056 0.053 0.024 0.016 0.008 0.004 20 Q 0.003 0.004 0.039 0.030 0.041 0.105 0.272 0.173 0.152 0.107 0.073 21 L 0.002 0.003 0.024 0.025 0.045 0.078 0.234 0.199 0.197 0.129 0.062 22 V 0.009 0.048 0.431 0.138 0.108 0.103 0.093 0.035 0.019 0.011 0.006 23 A 0.033 0.044 0.114 0.135 0.164 0.160 0.215 0.069 0.041 0.018 0.007 24 G 0.711 0.123 0.062 0.044 0.023 0.014 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 25 E 0.033 0.317 0.124 0.195 0.117 0.101 0.061 0.023 0.015 0.011 0.006 26 Y 0.019 0.044 0.057 0.077 0.126 0.191 0.234 0.116 0.083 0.036 0.016 27 D 0.796 0.091 0.066 0.032 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.049 0.110 0.387 0.278 0.114 0.040 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 29 A 0.003 0.002 0.019 0.009 0.010 0.033 0.149 0.183 0.222 0.220 0.151 30 A 0.001 0.002 0.065 0.095 0.180 0.311 0.257 0.059 0.021 0.007 0.002 31 A 0.004 0.014 0.861 0.087 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 N 0.001 0.004 0.042 0.049 0.100 0.232 0.332 0.127 0.063 0.039 0.013 33 C 0.001 0.001 0.013 0.002 0.003 0.006 0.069 0.127 0.260 0.284 0.236 34 R 0.006 0.017 0.505 0.245 0.153 0.052 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 35 R 0.003 0.023 0.624 0.156 0.111 0.052 0.024 0.004 0.002 0.001 0.001 36 A 0.001 0.002 0.030 0.010 0.012 0.023 0.111 0.141 0.249 0.228 0.193 37 M 0.001 0.001 0.007 0.011 0.025 0.080 0.321 0.224 0.179 0.107 0.043 38 E 0.008 0.037 0.614 0.169 0.095 0.043 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 39 I 0.002 0.008 0.026 0.027 0.055 0.132 0.313 0.171 0.123 0.093 0.050 40 S 0.106 0.090 0.049 0.083 0.080 0.068 0.157 0.121 0.121 0.083 0.043 41 H 0.288 0.135 0.091 0.143 0.102 0.091 0.078 0.031 0.020 0.014 0.007 42 T 0.448 0.178 0.078 0.127 0.072 0.037 0.031 0.014 0.009 0.005 0.002 43 M 0.058 0.041 0.020 0.056 0.078 0.103 0.199 0.168 0.123 0.099 0.055 44 P 0.155 0.324 0.060 0.116 0.093 0.074 0.069 0.038 0.029 0.024 0.017 45 P 0.151 0.158 0.069 0.156 0.145 0.124 0.083 0.045 0.036 0.022 0.010 46 E 0.672 0.114 0.044 0.078 0.040 0.020 0.014 0.007 0.005 0.003 0.002 47 E 0.293 0.149 0.170 0.193 0.093 0.041 0.030 0.012 0.009 0.005 0.004 48 A 0.106 0.060 0.050 0.100 0.077 0.110 0.182 0.123 0.090 0.062 0.038 49 F 0.040 0.042 0.088 0.108 0.113 0.161 0.183 0.105 0.077 0.052 0.031 50 D 0.068 0.144 0.414 0.162 0.072 0.050 0.041 0.018 0.015 0.010 0.007 51 H 0.130 0.105 0.121 0.145 0.114 0.098 0.109 0.058 0.052 0.043 0.024 52 A 0.343 0.117 0.046 0.090 0.077 0.071 0.080 0.051 0.056 0.044 0.026 53 G 0.323 0.155 0.053 0.119 0.098 0.081 0.067 0.036 0.034 0.021 0.013 54 F 0.041 0.049 0.031 0.090 0.105 0.126 0.156 0.123 0.125 0.091 0.062 55 D 0.036 0.071 0.032 0.119 0.155 0.165 0.175 0.100 0.080 0.043 0.023 56 A 0.066 0.032 0.036 0.068 0.078 0.105 0.158 0.137 0.145 0.106 0.069 57 F 0.044 0.037 0.036 0.124 0.148 0.155 0.176 0.107 0.084 0.052 0.036 58 C 0.004 0.007 0.015 0.019 0.018 0.026 0.078 0.137 0.230 0.241 0.226 59 H 0.002 0.003 0.008 0.022 0.036 0.066 0.164 0.174 0.207 0.181 0.137 60 A 0.008 0.011 0.077 0.071 0.094 0.126 0.182 0.122 0.137 0.101 0.071 61 G 0.003 0.017 0.048 0.084 0.099 0.153 0.231 0.144 0.110 0.072 0.039 62 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.009 0.019 0.086 0.140 0.253 0.266 0.217 63 A 0.006 0.003 0.018 0.015 0.015 0.031 0.103 0.128 0.216 0.249 0.216 64 E 0.003 0.013 0.111 0.217 0.230 0.190 0.141 0.051 0.027 0.011 0.006 65 A 0.001 0.003 0.051 0.023 0.018 0.027 0.098 0.138 0.223 0.217 0.202 66 L 0.001 0.001 0.006 0.010 0.015 0.039 0.135 0.164 0.224 0.232 0.174 67 A 0.003 0.010 0.142 0.096 0.127 0.150 0.233 0.108 0.078 0.036 0.017 68 G 0.006 0.022 0.124 0.116 0.146 0.215 0.231 0.075 0.037 0.018 0.007 69 L 0.007 0.007 0.010 0.018 0.024 0.049 0.209 0.182 0.216 0.177 0.102 70 R 0.297 0.174 0.118 0.146 0.085 0.059 0.058 0.030 0.017 0.009 0.005 71 S 0.060 0.370 0.185 0.175 0.089 0.061 0.034 0.013 0.007 0.004 0.003 72 F 0.011 0.022 0.028 0.064 0.120 0.211 0.287 0.127 0.080 0.034 0.015 73 D 0.820 0.090 0.047 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.021 0.068 0.233 0.380 0.188 0.074 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 75 A 0.003 0.003 0.027 0.008 0.008 0.023 0.111 0.166 0.230 0.246 0.175 76 L 0.001 0.002 0.059 0.096 0.167 0.284 0.276 0.074 0.028 0.009 0.003 77 H 0.003 0.015 0.809 0.114 0.037 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 78 S 0.001 0.005 0.029 0.046 0.089 0.217 0.342 0.141 0.070 0.045 0.018 79 A 0.001 0.001 0.018 0.003 0.005 0.011 0.107 0.164 0.282 0.245 0.164 80 D 0.017 0.025 0.464 0.247 0.149 0.062 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 81 K 0.002 0.020 0.475 0.205 0.167 0.081 0.040 0.007 0.002 0.001 0.001 82 A 0.001 0.002 0.025 0.007 0.007 0.014 0.082 0.120 0.248 0.263 0.233 83 L 0.001 0.001 0.010 0.015 0.041 0.126 0.344 0.206 0.148 0.081 0.028 84 H 0.006 0.036 0.702 0.146 0.067 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 85 Y 0.002 0.009 0.029 0.038 0.091 0.197 0.341 0.139 0.078 0.053 0.022 86 F 0.013 0.016 0.018 0.029 0.033 0.042 0.145 0.174 0.200 0.196 0.135 87 N 0.091 0.084 0.081 0.173 0.183 0.144 0.122 0.054 0.033 0.022 0.013 88 R 0.129 0.121 0.221 0.169 0.119 0.085 0.082 0.034 0.021 0.013 0.006 89 R 0.139 0.120 0.065 0.135 0.118 0.099 0.150 0.071 0.049 0.037 0.018 90 G 0.492 0.112 0.042 0.062 0.050 0.058 0.065 0.038 0.036 0.029 0.017 91 E 0.286 0.227 0.082 0.172 0.099 0.051 0.041 0.018 0.012 0.008 0.005 92 L 0.052 0.047 0.029 0.065 0.068 0.083 0.141 0.115 0.126 0.143 0.130 93 N 0.110 0.234 0.092 0.242 0.152 0.075 0.049 0.021 0.013 0.008 0.004 94 Q 0.275 0.122 0.100 0.172 0.128 0.090 0.059 0.025 0.016 0.009 0.004 95 D 0.478 0.168 0.079 0.113 0.058 0.035 0.028 0.014 0.012 0.009 0.006 96 E 0.306 0.186 0.079 0.122 0.082 0.059 0.065 0.035 0.033 0.022 0.010 97 G 0.350 0.169 0.059 0.122 0.077 0.069 0.067 0.031 0.028 0.018 0.010 98 K 0.155 0.166 0.151 0.205 0.137 0.089 0.053 0.019 0.014 0.007 0.004 99 L 0.034 0.048 0.055 0.152 0.131 0.150 0.171 0.103 0.086 0.045 0.024 100 W 0.006 0.014 0.017 0.070 0.109 0.156 0.224 0.162 0.134 0.071 0.037 101 I 0.015 0.008 0.041 0.037 0.047 0.085 0.179 0.172 0.194 0.140 0.083 102 S 0.012 0.022 0.092 0.210 0.226 0.191 0.133 0.056 0.035 0.017 0.007 103 A 0.003 0.008 0.038 0.032 0.031 0.045 0.126 0.154 0.222 0.197 0.145 104 V 0.001 0.002 0.006 0.013 0.018 0.038 0.114 0.154 0.234 0.243 0.177 105 Y 0.003 0.004 0.033 0.032 0.056 0.093 0.196 0.171 0.194 0.135 0.083 106 S 0.003 0.017 0.085 0.099 0.109 0.155 0.211 0.130 0.098 0.063 0.031 107 R 0.001 0.003 0.007 0.013 0.021 0.050 0.175 0.169 0.231 0.200 0.131 108 A 0.007 0.003 0.015 0.012 0.010 0.018 0.064 0.106 0.211 0.276 0.279 109 L 0.002 0.008 0.050 0.117 0.157 0.200 0.217 0.114 0.073 0.039 0.023 110 A 0.001 0.003 0.049 0.017 0.013 0.016 0.061 0.107 0.205 0.243 0.284 111 L 0.001 0.001 0.006 0.012 0.024 0.065 0.189 0.177 0.205 0.181 0.139 112 D 0.004 0.014 0.112 0.116 0.155 0.160 0.218 0.097 0.073 0.034 0.017 113 G 0.019 0.040 0.122 0.108 0.126 0.184 0.221 0.078 0.053 0.032 0.017 114 L 0.011 0.010 0.008 0.025 0.034 0.056 0.201 0.184 0.202 0.170 0.100 115 G 0.401 0.225 0.083 0.103 0.065 0.044 0.037 0.018 0.011 0.007 0.005 116 R 0.047 0.268 0.085 0.144 0.121 0.115 0.099 0.050 0.034 0.023 0.013 117 G 0.160 0.168 0.046 0.150 0.170 0.125 0.098 0.039 0.024 0.012 0.007 118 A 0.679 0.118 0.054 0.071 0.038 0.019 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 119 E 0.197 0.220 0.158 0.228 0.115 0.047 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 120 A 0.002 0.003 0.003 0.007 0.011 0.044 0.157 0.205 0.223 0.198 0.147 121 M 0.006 0.013 0.025 0.089 0.185 0.268 0.270 0.087 0.038 0.015 0.005 122 P 0.161 0.084 0.683 0.058 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.001 0.007 0.024 0.075 0.110 0.218 0.334 0.122 0.062 0.034 0.013 124 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.057 0.119 0.235 0.280 0.296 125 K 0.013 0.024 0.326 0.317 0.187 0.095 0.030 0.006 0.002 0.001 0.001 126 K 0.002 0.023 0.462 0.198 0.157 0.099 0.045 0.009 0.003 0.001 0.001 127 V 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.013 0.098 0.151 0.250 0.266 0.211 128 V 0.001 0.001 0.007 0.019 0.043 0.113 0.347 0.208 0.146 0.085 0.030 129 E 0.006 0.032 0.725 0.134 0.062 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 130 M 0.001 0.007 0.027 0.033 0.068 0.161 0.322 0.160 0.107 0.077 0.036 131 I 0.010 0.024 0.025 0.044 0.054 0.071 0.183 0.189 0.192 0.144 0.064 132 E 0.187 0.140 0.166 0.190 0.144 0.082 0.052 0.019 0.011 0.006 0.003 133 E 0.282 0.183 0.260 0.150 0.068 0.029 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 134 R 0.055 0.056 0.046 0.082 0.083 0.115 0.216 0.137 0.102 0.071 0.039 135 K 0.196 0.151 0.095 0.160 0.112 0.099 0.091 0.041 0.030 0.017 0.009 136 G 0.414 0.176 0.177 0.099 0.051 0.030 0.024 0.012 0.009 0.006 0.004 137 E 0.136 0.102 0.082 0.141 0.107 0.108 0.136 0.073 0.057 0.038 0.020 138 T 0.139 0.098 0.041 0.087 0.085 0.102 0.141 0.100 0.098 0.069 0.040 139 P 0.237 0.161 0.079 0.147 0.115 0.081 0.071 0.044 0.037 0.019 0.009 140 G 0.155 0.220 0.072 0.125 0.092 0.089 0.085 0.057 0.051 0.035 0.019 141 K 0.016 0.022 0.013 0.060 0.103 0.145 0.193 0.149 0.146 0.096 0.057 142 E 0.123 0.077 0.067 0.137 0.140 0.169 0.148 0.067 0.044 0.020 0.008 143 R 0.011 0.041 0.073 0.261 0.223 0.167 0.127 0.057 0.028 0.009 0.004 144 M 0.003 0.004 0.013 0.011 0.009 0.012 0.052 0.125 0.239 0.272 0.261 145 M 0.002 0.002 0.020 0.038 0.060 0.111 0.214 0.172 0.172 0.127 0.081 146 E 0.003 0.015 0.479 0.205 0.130 0.081 0.054 0.017 0.010 0.004 0.002 147 V 0.001 0.004 0.032 0.046 0.080 0.216 0.356 0.143 0.072 0.036 0.014 148 A 0.004 0.004 0.011 0.011 0.013 0.025 0.118 0.172 0.247 0.255 0.141 149 I 0.045 0.048 0.141 0.137 0.134 0.131 0.156 0.090 0.061 0.037 0.021 150 D 0.038 0.103 0.418 0.180 0.116 0.073 0.041 0.015 0.009 0.005 0.002 151 R 0.030 0.051 0.065 0.086 0.104 0.150 0.240 0.112 0.087 0.052 0.024 152 I 0.211 0.067 0.102 0.109 0.093 0.100 0.133 0.074 0.063 0.033 0.015 153 A 0.122 0.102 0.405 0.165 0.089 0.052 0.036 0.013 0.008 0.005 0.003 154 Q 0.028 0.034 0.134 0.072 0.059 0.102 0.203 0.136 0.114 0.079 0.039 155 L 0.020 0.019 0.072 0.066 0.079 0.133 0.221 0.142 0.122 0.084 0.040 156 G 0.106 0.125 0.540 0.124 0.052 0.026 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 157 A 0.030 0.046 0.213 0.121 0.107 0.114 0.134 0.073 0.077 0.055 0.029 158 S 0.046 0.028 0.076 0.046 0.047 0.071 0.160 0.124 0.179 0.135 0.087 159 N 0.055 0.049 0.260 0.199 0.135 0.122 0.092 0.040 0.029 0.014 0.006 160 Q 0.030 0.060 0.358 0.151 0.127 0.104 0.094 0.037 0.023 0.011 0.005 161 Q 0.039 0.024 0.128 0.050 0.046 0.070 0.139 0.117 0.151 0.130 0.105 162 K 0.030 0.041 0.074 0.105 0.138 0.179 0.227 0.100 0.060 0.030 0.014 163 K 0.103 0.189 0.349 0.153 0.082 0.049 0.036 0.017 0.012 0.006 0.004 164 P 0.331 0.148 0.115 0.119 0.099 0.072 0.063 0.025 0.014 0.009 0.005 165 G 0.541 0.242 0.053 0.084 0.040 0.019 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 166 Y 0.014 0.016 0.008 0.031 0.051 0.082 0.161 0.162 0.208 0.152 0.115 167 K 0.372 0.271 0.111 0.148 0.060 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 168 A 0.105 0.074 0.057 0.116 0.117 0.133 0.168 0.097 0.073 0.039 0.021 169 W 0.037 0.026 0.016 0.049 0.056 0.097 0.175 0.167 0.159 0.125 0.091 170 W 0.022 0.024 0.026 0.061 0.075 0.117 0.201 0.164 0.155 0.101 0.056 171 E 0.049 0.062 0.121 0.146 0.108 0.104 0.137 0.101 0.081 0.056 0.035 172 F 0.035 0.033 0.043 0.068 0.064 0.077 0.140 0.140 0.159 0.142 0.099 173 W 0.034 0.028 0.024 0.050 0.059 0.073 0.122 0.141 0.186 0.161 0.123 174 S 0.065 0.091 0.045 0.106 0.107 0.108 0.135 0.114 0.112 0.074 0.044