# TARGET T0368 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 783 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.288 0.040 0.146 0.160 0.038 0.015 0.146 0.139 0.007 0.020 0.001 2 K 0.177 0.271 0.365 0.006 0.042 0.010 0.017 0.001 0.106 0.006 0.001 3 P 0.331 0.006 0.586 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 4 L 0.414 0.161 0.203 0.110 0.029 0.046 0.013 0.003 0.019 0.001 0.001 5 K 0.405 0.179 0.241 0.088 0.040 0.022 0.010 0.003 0.010 0.002 0.001 6 E 0.148 0.205 0.304 0.064 0.061 0.086 0.036 0.004 0.089 0.003 0.001 7 V 0.587 0.089 0.170 0.083 0.013 0.037 0.008 0.003 0.009 0.001 0.001 8 V 0.710 0.051 0.082 0.131 0.007 0.008 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 9 G 0.565 0.026 0.086 0.088 0.070 0.007 0.025 0.067 0.008 0.057 0.001 10 A 0.933 0.009 0.032 0.015 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 11 Y 0.960 0.008 0.010 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.976 0.004 0.004 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.959 0.004 0.005 0.025 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.947 0.003 0.004 0.039 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 S 0.947 0.005 0.010 0.028 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.932 0.003 0.004 0.048 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 17 A 0.990 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.983 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.480 0.003 0.009 0.503 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 G 0.018 0.001 0.008 0.018 0.008 0.001 0.212 0.713 0.001 0.020 0.001 25 E 0.210 0.070 0.275 0.097 0.035 0.231 0.041 0.002 0.021 0.017 0.001 26 Y 0.873 0.020 0.040 0.040 0.006 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 27 D 0.986 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.976 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 N 0.893 0.001 0.001 0.105 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 C 0.956 0.001 0.008 0.027 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.988 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.984 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.963 0.002 0.005 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 M 0.893 0.015 0.015 0.068 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 38 E 0.745 0.043 0.059 0.094 0.010 0.017 0.020 0.003 0.008 0.001 0.001 39 I 0.517 0.107 0.156 0.187 0.005 0.016 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 40 S 0.110 0.163 0.407 0.059 0.073 0.070 0.022 0.004 0.089 0.004 0.001 41 H 0.787 0.026 0.087 0.070 0.009 0.009 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 42 T 0.317 0.033 0.054 0.538 0.006 0.020 0.013 0.007 0.010 0.001 0.001 43 M 0.025 0.228 0.415 0.010 0.014 0.031 0.010 0.001 0.265 0.001 0.001 44 P 0.046 0.008 0.877 0.001 0.001 0.023 0.002 0.001 0.008 0.001 0.035 45 P 0.326 0.005 0.608 0.011 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 46 E 0.733 0.031 0.111 0.074 0.012 0.013 0.008 0.009 0.005 0.003 0.001 47 E 0.644 0.055 0.119 0.113 0.028 0.010 0.012 0.005 0.008 0.005 0.001 48 A 0.427 0.081 0.177 0.225 0.028 0.026 0.013 0.005 0.013 0.002 0.002 49 F 0.334 0.134 0.206 0.164 0.050 0.037 0.032 0.012 0.022 0.008 0.001 50 D 0.321 0.086 0.203 0.157 0.025 0.103 0.059 0.006 0.033 0.005 0.001 51 H 0.276 0.124 0.142 0.260 0.023 0.068 0.044 0.007 0.054 0.002 0.001 52 A 0.402 0.063 0.218 0.226 0.016 0.014 0.039 0.005 0.011 0.004 0.001 53 G 0.176 0.007 0.054 0.057 0.037 0.003 0.060 0.378 0.002 0.226 0.001 54 F 0.417 0.090 0.226 0.162 0.021 0.041 0.020 0.006 0.013 0.004 0.001 55 D 0.416 0.116 0.222 0.105 0.022 0.054 0.022 0.005 0.032 0.005 0.001 56 A 0.942 0.008 0.021 0.017 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.952 0.007 0.010 0.022 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 C 0.963 0.004 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 H 0.969 0.003 0.003 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 A 0.965 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 G 0.963 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 62 L 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.972 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 G 0.865 0.001 0.003 0.108 0.002 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 69 L 0.438 0.008 0.020 0.512 0.003 0.005 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 70 R 0.097 0.049 0.111 0.228 0.069 0.018 0.311 0.095 0.009 0.012 0.001 71 S 0.044 0.148 0.421 0.025 0.098 0.177 0.023 0.002 0.045 0.016 0.001 72 F 0.965 0.004 0.006 0.017 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 D 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 H 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 S 0.961 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.983 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 H 0.970 0.005 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.797 0.009 0.009 0.178 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 86 F 0.507 0.062 0.144 0.118 0.011 0.042 0.033 0.004 0.076 0.002 0.001 87 N 0.717 0.016 0.094 0.102 0.009 0.023 0.023 0.005 0.003 0.007 0.001 88 R 0.635 0.034 0.048 0.214 0.013 0.015 0.024 0.007 0.008 0.002 0.001 89 R 0.320 0.048 0.105 0.466 0.011 0.013 0.016 0.003 0.016 0.001 0.001 90 G 0.249 0.021 0.144 0.034 0.069 0.004 0.056 0.237 0.004 0.183 0.001 91 E 0.495 0.086 0.253 0.089 0.021 0.025 0.010 0.003 0.011 0.003 0.003 92 L 0.553 0.096 0.183 0.129 0.009 0.018 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 93 N 0.282 0.127 0.182 0.180 0.027 0.123 0.022 0.004 0.050 0.003 0.001 94 Q 0.617 0.066 0.119 0.120 0.015 0.021 0.013 0.004 0.017 0.009 0.001 95 D 0.702 0.033 0.065 0.128 0.007 0.021 0.024 0.005 0.012 0.002 0.001 96 E 0.418 0.024 0.090 0.412 0.007 0.007 0.032 0.004 0.005 0.001 0.001 97 G 0.112 0.013 0.069 0.070 0.033 0.005 0.172 0.444 0.003 0.080 0.001 98 K 0.466 0.127 0.197 0.096 0.021 0.030 0.044 0.006 0.010 0.005 0.001 99 L 0.270 0.240 0.308 0.066 0.023 0.047 0.018 0.003 0.023 0.002 0.001 100 W 0.599 0.185 0.117 0.037 0.024 0.017 0.007 0.002 0.009 0.003 0.001 101 I 0.808 0.084 0.063 0.015 0.009 0.012 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 102 S 0.920 0.024 0.031 0.010 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 103 A 0.974 0.005 0.004 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 V 0.974 0.006 0.002 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 Y 0.980 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 S 0.984 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 R 0.985 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 D 0.949 0.002 0.006 0.034 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 113 G 0.828 0.003 0.006 0.099 0.003 0.002 0.042 0.015 0.001 0.001 0.001 114 L 0.401 0.006 0.036 0.540 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 115 G 0.011 0.001 0.006 0.019 0.008 0.001 0.166 0.747 0.001 0.040 0.001 116 R 0.083 0.099 0.561 0.119 0.025 0.072 0.025 0.001 0.010 0.005 0.001 117 G 0.214 0.059 0.483 0.060 0.085 0.033 0.015 0.018 0.012 0.020 0.001 118 A 0.953 0.002 0.010 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 E 0.870 0.005 0.019 0.097 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 120 A 0.872 0.002 0.012 0.105 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 121 M 0.952 0.003 0.032 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 122 P 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.971 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 F 0.966 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 K 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 126 K 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 V 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.982 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 E 0.969 0.006 0.007 0.013 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 130 M 0.925 0.006 0.014 0.052 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 I 0.611 0.051 0.165 0.052 0.012 0.031 0.009 0.002 0.064 0.002 0.001 132 E 0.948 0.003 0.025 0.016 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.718 0.012 0.037 0.211 0.007 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 134 R 0.188 0.083 0.297 0.284 0.021 0.040 0.016 0.002 0.067 0.001 0.001 135 K 0.651 0.017 0.210 0.078 0.005 0.007 0.022 0.004 0.003 0.002 0.001 136 G 0.347 0.005 0.041 0.124 0.017 0.002 0.024 0.358 0.001 0.081 0.001 137 E 0.283 0.034 0.449 0.171 0.009 0.035 0.008 0.002 0.005 0.003 0.002 138 T 0.148 0.300 0.306 0.009 0.032 0.013 0.009 0.001 0.177 0.006 0.001 139 P 0.636 0.001 0.312 0.017 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 140 G 0.272 0.008 0.030 0.175 0.019 0.010 0.107 0.360 0.006 0.011 0.001 141 K 0.663 0.065 0.092 0.129 0.007 0.028 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 142 E 0.694 0.107 0.121 0.029 0.017 0.009 0.009 0.006 0.003 0.003 0.001 143 R 0.881 0.043 0.033 0.019 0.010 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 144 M 0.982 0.005 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.948 0.002 0.002 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.809 0.006 0.015 0.160 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 149 I 0.808 0.014 0.055 0.033 0.012 0.004 0.040 0.023 0.002 0.009 0.001 150 D 0.770 0.018 0.084 0.046 0.011 0.046 0.012 0.005 0.006 0.003 0.001 151 R 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 I 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 Q 0.978 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 L 0.969 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.968 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 157 A 0.951 0.001 0.004 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 S 0.928 0.003 0.007 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 N 0.935 0.004 0.012 0.032 0.002 0.003 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 160 Q 0.753 0.013 0.014 0.203 0.003 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 161 Q 0.704 0.050 0.143 0.063 0.009 0.014 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 162 K 0.574 0.031 0.060 0.313 0.004 0.010 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 163 K 0.101 0.205 0.432 0.004 0.053 0.009 0.020 0.002 0.166 0.008 0.001 164 P 0.525 0.002 0.390 0.019 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 165 G 0.224 0.077 0.148 0.131 0.130 0.035 0.060 0.116 0.050 0.028 0.001 166 Y 0.674 0.045 0.124 0.112 0.010 0.018 0.007 0.002 0.004 0.002 0.001 167 K 0.702 0.022 0.048 0.181 0.005 0.011 0.020 0.005 0.005 0.001 0.001 168 A 0.525 0.120 0.131 0.125 0.062 0.011 0.007 0.003 0.013 0.002 0.001 169 W 0.722 0.061 0.102 0.062 0.012 0.020 0.008 0.002 0.009 0.002 0.001 170 W 0.705 0.087 0.083 0.085 0.009 0.016 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 171 E 0.619 0.092 0.101 0.099 0.034 0.019 0.015 0.004 0.014 0.002 0.001 172 F 0.554 0.066 0.123 0.181 0.013 0.030 0.012 0.003 0.016 0.001 0.001 173 W 0.275 0.138 0.199 0.253 0.030 0.037 0.027 0.007 0.031 0.003 0.001 174 S 0.153 0.124 0.398 0.061 0.142 0.024 0.018 0.013 0.013 0.054 0.001