# TARGET T0368 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.007 0.895 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.002 0.053 0.019 0.002 0.008 2 K 0.001 0.014 0.835 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.104 0.004 0.026 0.004 3 P 0.001 0.021 0.902 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.002 0.018 0.005 0.001 0.035 4 L 0.001 0.008 0.233 0.001 0.024 0.667 0.001 0.001 0.002 0.026 0.027 0.005 0.006 5 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.015 0.960 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 6 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 7 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 8 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 9 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 11 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.891 0.001 0.001 0.001 0.005 0.092 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.018 0.001 0.007 0.873 0.001 0.001 0.001 0.016 0.085 0.001 0.001 15 S 0.001 0.001 0.013 0.001 0.008 0.906 0.001 0.001 0.001 0.013 0.058 0.001 0.001 16 D 0.001 0.001 0.017 0.001 0.015 0.897 0.001 0.001 0.001 0.010 0.059 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.020 0.001 0.012 0.929 0.001 0.001 0.001 0.008 0.027 0.001 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.028 0.001 0.013 0.924 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.001 0.002 19 R 0.001 0.001 0.021 0.001 0.011 0.922 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.004 0.003 20 Q 0.001 0.001 0.023 0.001 0.009 0.920 0.001 0.001 0.002 0.008 0.031 0.002 0.002 21 L 0.001 0.002 0.037 0.001 0.012 0.891 0.001 0.001 0.002 0.016 0.035 0.001 0.003 22 V 0.001 0.003 0.057 0.001 0.016 0.807 0.001 0.001 0.003 0.027 0.078 0.003 0.003 23 A 0.001 0.002 0.050 0.001 0.031 0.700 0.001 0.001 0.002 0.027 0.182 0.001 0.002 24 G 0.001 0.002 0.114 0.001 0.043 0.458 0.001 0.001 0.002 0.129 0.246 0.003 0.002 25 E 0.001 0.011 0.182 0.001 0.046 0.472 0.001 0.001 0.004 0.091 0.186 0.001 0.005 26 Y 0.001 0.005 0.126 0.001 0.024 0.707 0.001 0.001 0.003 0.064 0.066 0.001 0.003 27 D 0.001 0.001 0.019 0.001 0.009 0.943 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.013 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 29 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.920 0.001 0.001 0.001 0.005 0.052 0.001 0.001 32 N 0.001 0.001 0.015 0.001 0.006 0.880 0.001 0.001 0.001 0.013 0.084 0.001 0.001 33 C 0.001 0.001 0.042 0.001 0.010 0.881 0.001 0.001 0.001 0.018 0.045 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.029 0.001 0.029 0.859 0.001 0.001 0.001 0.027 0.050 0.001 0.002 35 R 0.001 0.001 0.031 0.001 0.030 0.824 0.001 0.001 0.001 0.019 0.083 0.003 0.004 36 A 0.002 0.001 0.047 0.001 0.039 0.828 0.001 0.001 0.004 0.014 0.054 0.001 0.007 37 M 0.004 0.005 0.072 0.003 0.031 0.767 0.001 0.001 0.009 0.034 0.048 0.010 0.014 38 E 0.008 0.009 0.087 0.004 0.049 0.645 0.004 0.003 0.021 0.025 0.074 0.038 0.034 39 I 0.011 0.009 0.097 0.002 0.072 0.606 0.004 0.005 0.020 0.039 0.079 0.014 0.042 40 S 0.012 0.012 0.155 0.004 0.068 0.448 0.003 0.005 0.022 0.065 0.151 0.013 0.041 41 H 0.006 0.007 0.175 0.004 0.063 0.204 0.003 0.002 0.015 0.172 0.282 0.039 0.028 42 T 0.005 0.022 0.406 0.003 0.031 0.070 0.002 0.001 0.015 0.215 0.156 0.007 0.067 43 M 0.001 0.029 0.517 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 0.375 0.006 0.050 0.008 44 P 0.001 0.011 0.921 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.047 0.002 0.001 0.012 45 P 0.001 0.009 0.145 0.002 0.191 0.207 0.001 0.001 0.002 0.066 0.373 0.001 0.003 46 E 0.001 0.005 0.064 0.002 0.349 0.241 0.001 0.001 0.002 0.077 0.251 0.004 0.003 47 E 0.002 0.008 0.095 0.006 0.378 0.307 0.001 0.001 0.007 0.087 0.092 0.004 0.013 48 A 0.008 0.052 0.183 0.005 0.126 0.394 0.003 0.005 0.022 0.054 0.094 0.011 0.043 49 F 0.014 0.040 0.192 0.008 0.059 0.290 0.005 0.006 0.025 0.105 0.155 0.062 0.040 50 D 0.005 0.040 0.278 0.003 0.047 0.267 0.001 0.003 0.015 0.128 0.159 0.010 0.044 51 H 0.002 0.007 0.169 0.001 0.066 0.371 0.001 0.001 0.003 0.150 0.212 0.007 0.010 52 A 0.001 0.006 0.087 0.001 0.042 0.252 0.001 0.001 0.001 0.149 0.452 0.003 0.004 53 G 0.002 0.010 0.137 0.003 0.062 0.190 0.001 0.001 0.002 0.145 0.436 0.003 0.007 54 F 0.011 0.020 0.411 0.003 0.032 0.254 0.003 0.001 0.012 0.129 0.066 0.016 0.042 55 D 0.010 0.005 0.208 0.008 0.026 0.518 0.003 0.004 0.006 0.147 0.032 0.014 0.019 56 A 0.027 0.003 0.022 0.001 0.013 0.810 0.013 0.025 0.026 0.019 0.015 0.007 0.018 57 F 0.024 0.002 0.010 0.001 0.008 0.887 0.015 0.014 0.009 0.004 0.013 0.005 0.007 58 C 0.035 0.002 0.019 0.002 0.008 0.853 0.012 0.008 0.017 0.007 0.022 0.006 0.009 59 H 0.026 0.001 0.036 0.002 0.014 0.815 0.008 0.011 0.028 0.008 0.024 0.012 0.013 60 A 0.010 0.002 0.050 0.001 0.024 0.787 0.003 0.003 0.014 0.022 0.066 0.008 0.012 61 G 0.011 0.007 0.057 0.001 0.022 0.744 0.002 0.001 0.006 0.045 0.083 0.008 0.013 62 L 0.003 0.003 0.022 0.001 0.016 0.869 0.001 0.001 0.003 0.015 0.059 0.002 0.006 63 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.014 0.932 0.001 0.001 0.001 0.011 0.028 0.001 0.001 64 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.032 0.912 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.001 0.002 65 A 0.002 0.001 0.008 0.001 0.039 0.917 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.001 0.002 66 L 0.001 0.002 0.012 0.001 0.038 0.899 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.001 0.002 67 A 0.001 0.002 0.015 0.001 0.084 0.699 0.001 0.001 0.001 0.017 0.174 0.003 0.002 68 G 0.001 0.001 0.032 0.001 0.080 0.566 0.001 0.001 0.001 0.028 0.287 0.001 0.002 69 L 0.001 0.006 0.174 0.001 0.101 0.467 0.001 0.001 0.003 0.076 0.167 0.001 0.004 70 R 0.001 0.007 0.120 0.001 0.111 0.384 0.001 0.001 0.002 0.133 0.237 0.003 0.002 71 S 0.001 0.010 0.120 0.001 0.115 0.474 0.001 0.001 0.004 0.094 0.173 0.001 0.007 72 F 0.001 0.003 0.104 0.001 0.060 0.730 0.001 0.001 0.005 0.050 0.043 0.001 0.003 73 D 0.001 0.001 0.017 0.001 0.036 0.906 0.001 0.001 0.001 0.012 0.029 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.046 0.892 0.001 0.001 0.001 0.009 0.038 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.039 0.899 0.001 0.001 0.001 0.007 0.042 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.013 0.938 0.001 0.001 0.001 0.010 0.027 0.001 0.001 77 H 0.001 0.001 0.012 0.001 0.013 0.927 0.001 0.001 0.001 0.008 0.038 0.001 0.001 78 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.937 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.007 0.947 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 0.944 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.021 0.922 0.001 0.001 0.001 0.005 0.044 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.028 0.919 0.001 0.001 0.001 0.004 0.038 0.001 0.001 83 L 0.001 0.002 0.013 0.001 0.039 0.892 0.001 0.001 0.001 0.012 0.036 0.001 0.002 84 H 0.001 0.001 0.014 0.001 0.065 0.800 0.001 0.001 0.002 0.010 0.100 0.003 0.003 85 Y 0.002 0.001 0.013 0.001 0.060 0.792 0.001 0.001 0.003 0.014 0.109 0.001 0.004 86 F 0.006 0.012 0.083 0.001 0.028 0.642 0.001 0.002 0.009 0.100 0.090 0.010 0.015 87 N 0.004 0.012 0.213 0.008 0.038 0.336 0.001 0.001 0.010 0.098 0.233 0.017 0.028 88 R 0.008 0.009 0.175 0.006 0.047 0.219 0.002 0.001 0.010 0.201 0.267 0.022 0.032 89 R 0.009 0.018 0.278 0.010 0.036 0.124 0.002 0.001 0.009 0.206 0.247 0.013 0.047 90 G 0.005 0.007 0.351 0.004 0.036 0.062 0.001 0.001 0.006 0.296 0.155 0.060 0.017 91 E 0.013 0.039 0.509 0.006 0.023 0.045 0.002 0.001 0.011 0.081 0.073 0.024 0.173 92 L 0.039 0.085 0.366 0.017 0.031 0.078 0.005 0.001 0.007 0.084 0.076 0.078 0.133 93 N 0.033 0.038 0.424 0.004 0.017 0.074 0.002 0.001 0.006 0.108 0.058 0.079 0.157 94 Q 0.007 0.005 0.194 0.003 0.098 0.183 0.001 0.001 0.001 0.119 0.328 0.006 0.055 95 D 0.008 0.008 0.090 0.002 0.097 0.148 0.001 0.001 0.001 0.103 0.466 0.053 0.023 96 E 0.001 0.003 0.061 0.006 0.045 0.084 0.001 0.001 0.001 0.075 0.710 0.005 0.009 97 G 0.002 0.002 0.194 0.005 0.011 0.058 0.001 0.001 0.001 0.238 0.473 0.007 0.010 98 K 0.033 0.009 0.394 0.004 0.004 0.193 0.004 0.001 0.002 0.127 0.078 0.052 0.100 99 L 0.271 0.029 0.089 0.001 0.002 0.180 0.028 0.002 0.006 0.024 0.010 0.053 0.304 100 W 0.501 0.004 0.028 0.004 0.002 0.178 0.041 0.002 0.003 0.003 0.002 0.140 0.093 101 I 0.421 0.001 0.021 0.011 0.003 0.308 0.039 0.002 0.003 0.003 0.003 0.049 0.137 102 S 0.351 0.001 0.014 0.014 0.006 0.441 0.027 0.002 0.004 0.004 0.006 0.094 0.036 103 A 0.323 0.001 0.018 0.004 0.006 0.390 0.046 0.002 0.006 0.010 0.010 0.063 0.121 104 V 0.162 0.002 0.031 0.011 0.008 0.623 0.026 0.003 0.006 0.013 0.021 0.044 0.049 105 Y 0.057 0.005 0.030 0.008 0.008 0.769 0.009 0.001 0.005 0.022 0.028 0.021 0.037 106 S 0.010 0.001 0.025 0.002 0.009 0.871 0.001 0.001 0.001 0.021 0.039 0.008 0.011 107 R 0.008 0.001 0.023 0.001 0.011 0.899 0.001 0.001 0.002 0.012 0.029 0.005 0.008 108 A 0.006 0.001 0.029 0.001 0.014 0.906 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 0.003 0.008 109 L 0.008 0.003 0.021 0.001 0.024 0.871 0.001 0.001 0.003 0.008 0.043 0.009 0.007 110 A 0.008 0.002 0.015 0.001 0.038 0.831 0.002 0.001 0.002 0.011 0.076 0.003 0.008 111 L 0.003 0.004 0.030 0.001 0.049 0.784 0.001 0.001 0.003 0.025 0.090 0.003 0.006 112 D 0.001 0.003 0.025 0.001 0.067 0.593 0.001 0.001 0.002 0.031 0.270 0.002 0.004 113 G 0.001 0.003 0.041 0.001 0.059 0.370 0.001 0.001 0.002 0.058 0.459 0.002 0.004 114 L 0.001 0.018 0.210 0.001 0.045 0.206 0.001 0.001 0.006 0.183 0.317 0.004 0.008 115 G 0.001 0.022 0.319 0.003 0.023 0.045 0.001 0.001 0.004 0.345 0.226 0.007 0.006 116 R 0.001 0.021 0.454 0.001 0.021 0.043 0.001 0.001 0.005 0.354 0.085 0.005 0.010 117 G 0.001 0.010 0.345 0.001 0.119 0.241 0.001 0.001 0.005 0.145 0.124 0.003 0.007 118 A 0.001 0.002 0.044 0.001 0.434 0.331 0.001 0.001 0.001 0.040 0.146 0.001 0.001 119 E 0.001 0.006 0.053 0.001 0.480 0.252 0.001 0.001 0.001 0.033 0.172 0.001 0.001 120 A 0.001 0.007 0.040 0.001 0.313 0.416 0.001 0.001 0.001 0.023 0.197 0.001 0.002 121 M 0.001 0.004 0.121 0.001 0.101 0.670 0.001 0.001 0.001 0.060 0.041 0.001 0.002 122 P 0.001 0.001 0.016 0.001 0.071 0.862 0.001 0.001 0.001 0.007 0.044 0.001 0.001 123 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.044 0.899 0.001 0.001 0.001 0.007 0.042 0.001 0.001 124 F 0.001 0.001 0.011 0.001 0.016 0.948 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 125 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.937 0.001 0.001 0.001 0.008 0.036 0.001 0.001 126 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.927 0.001 0.001 0.001 0.007 0.049 0.001 0.001 127 V 0.001 0.001 0.018 0.001 0.006 0.953 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 128 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 129 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 130 M 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 131 I 0.001 0.001 0.011 0.001 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.003 132 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.002 0.002 133 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.022 0.916 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 0.001 0.002 134 R 0.001 0.003 0.043 0.001 0.025 0.804 0.001 0.001 0.001 0.027 0.088 0.002 0.005 135 K 0.001 0.005 0.083 0.001 0.017 0.392 0.001 0.001 0.001 0.049 0.445 0.001 0.005 136 G 0.001 0.002 0.214 0.001 0.009 0.067 0.001 0.001 0.001 0.246 0.456 0.003 0.001 137 E 0.001 0.012 0.567 0.001 0.007 0.028 0.001 0.001 0.002 0.262 0.115 0.001 0.006 138 T 0.001 0.037 0.650 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 0.003 0.252 0.025 0.007 0.003 139 P 0.001 0.009 0.318 0.001 0.027 0.068 0.001 0.001 0.001 0.121 0.451 0.001 0.003 140 G 0.001 0.006 0.184 0.001 0.047 0.098 0.001 0.001 0.002 0.133 0.526 0.001 0.002 141 K 0.001 0.006 0.186 0.001 0.048 0.599 0.001 0.001 0.003 0.085 0.063 0.003 0.006 142 E 0.001 0.001 0.047 0.001 0.021 0.884 0.001 0.001 0.001 0.015 0.026 0.002 0.002 143 R 0.001 0.005 0.031 0.001 0.013 0.913 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.002 0.004 144 M 0.002 0.002 0.021 0.001 0.008 0.941 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.004 145 M 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 148 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 150 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 151 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 152 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 153 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.001 0.001 154 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.014 0.835 0.001 0.001 0.001 0.007 0.132 0.001 0.001 155 L 0.001 0.001 0.038 0.001 0.023 0.640 0.001 0.001 0.001 0.034 0.261 0.001 0.002 156 G 0.001 0.008 0.145 0.001 0.041 0.326 0.001 0.001 0.001 0.086 0.382 0.004 0.005 157 A 0.001 0.008 0.260 0.001 0.086 0.281 0.001 0.001 0.001 0.095 0.249 0.003 0.014 158 S 0.001 0.010 0.313 0.002 0.103 0.244 0.001 0.001 0.002 0.122 0.182 0.008 0.013 159 N 0.001 0.013 0.423 0.002 0.129 0.139 0.001 0.001 0.002 0.126 0.137 0.009 0.020 160 Q 0.001 0.008 0.370 0.004 0.152 0.102 0.001 0.001 0.003 0.143 0.180 0.010 0.027 161 Q 0.001 0.008 0.326 0.002 0.124 0.093 0.001 0.001 0.003 0.148 0.261 0.017 0.016 162 K 0.001 0.032 0.393 0.001 0.049 0.071 0.001 0.001 0.004 0.245 0.166 0.004 0.032 163 K 0.001 0.014 0.629 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.002 0.307 0.015 0.015 0.005 164 P 0.001 0.005 0.332 0.015 0.024 0.014 0.001 0.001 0.001 0.145 0.454 0.001 0.010 165 G 0.003 0.009 0.226 0.010 0.029 0.010 0.001 0.001 0.003 0.177 0.508 0.013 0.013 166 Y 0.033 0.031 0.398 0.003 0.017 0.015 0.008 0.002 0.022 0.132 0.036 0.150 0.152 167 K 0.135 0.011 0.304 0.022 0.006 0.015 0.033 0.007 0.036 0.050 0.013 0.070 0.297 168 A 0.398 0.005 0.067 0.013 0.003 0.012 0.061 0.011 0.022 0.016 0.004 0.284 0.105 169 W 0.541 0.002 0.024 0.009 0.003 0.012 0.071 0.007 0.011 0.005 0.003 0.084 0.228 170 W 0.666 0.001 0.017 0.012 0.002 0.012 0.056 0.004 0.007 0.003 0.003 0.138 0.079 171 E 0.738 0.001 0.011 0.004 0.002 0.011 0.050 0.004 0.007 0.003 0.003 0.068 0.097 172 F 0.600 0.002 0.039 0.004 0.004 0.013 0.040 0.003 0.009 0.012 0.010 0.141 0.123 173 W 0.344 0.017 0.148 0.011 0.006 0.020 0.025 0.002 0.010 0.059 0.033 0.080 0.242 174 S 0.030 0.021 0.477 0.011 0.011 0.021 0.002 0.001 0.006 0.158 0.050 0.099 0.113