# TARGET T0368 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.018 0.009 0.011 0.027 0.105 0.016 0.797 2 K 0.045 0.085 0.019 0.078 0.037 0.147 0.055 0.535 3 P 0.050 0.664 0.006 0.005 0.007 0.024 0.037 0.207 4 L 0.037 0.903 0.002 0.002 0.002 0.006 0.025 0.024 5 K 0.010 0.880 0.013 0.004 0.003 0.007 0.042 0.041 6 E 0.014 0.900 0.005 0.002 0.003 0.007 0.038 0.032 7 V 0.019 0.909 0.008 0.001 0.001 0.005 0.046 0.011 8 V 0.011 0.926 0.004 0.001 0.002 0.006 0.031 0.019 9 G 0.007 0.887 0.005 0.002 0.002 0.005 0.053 0.039 10 A 0.008 0.934 0.003 0.001 0.001 0.006 0.029 0.019 11 Y 0.032 0.227 0.022 0.005 0.004 0.012 0.675 0.023 12 L 0.027 0.467 0.016 0.007 0.005 0.026 0.368 0.084 13 A 0.062 0.642 0.017 0.002 0.004 0.033 0.065 0.175 14 L 0.037 0.616 0.018 0.006 0.004 0.037 0.114 0.167 15 S 0.032 0.731 0.005 0.002 0.003 0.025 0.055 0.146 16 D 0.043 0.805 0.004 0.001 0.001 0.018 0.039 0.089 17 A 0.014 0.913 0.003 0.001 0.001 0.009 0.024 0.035 18 Q 0.033 0.829 0.007 0.001 0.002 0.012 0.064 0.052 19 R 0.012 0.833 0.014 0.003 0.003 0.012 0.062 0.060 20 Q 0.035 0.652 0.069 0.006 0.007 0.026 0.094 0.109 21 L 0.155 0.443 0.052 0.008 0.006 0.047 0.139 0.150 22 V 0.079 0.511 0.021 0.005 0.006 0.039 0.102 0.238 23 A 0.043 0.397 0.011 0.003 0.004 0.041 0.052 0.449 24 G 0.024 0.608 0.016 0.008 0.007 0.061 0.050 0.227 25 E 0.020 0.841 0.005 0.003 0.003 0.018 0.020 0.091 26 Y 0.022 0.939 0.003 0.001 0.001 0.004 0.011 0.020 27 D 0.016 0.949 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 0.017 28 E 0.030 0.585 0.015 0.002 0.002 0.012 0.293 0.062 29 A 0.026 0.837 0.004 0.001 0.001 0.008 0.093 0.029 30 A 0.057 0.826 0.004 0.001 0.001 0.010 0.047 0.056 31 A 0.018 0.682 0.005 0.002 0.002 0.020 0.086 0.184 32 N 0.011 0.867 0.002 0.001 0.001 0.010 0.045 0.063 33 C 0.029 0.884 0.002 0.001 0.001 0.008 0.041 0.033 34 R 0.037 0.827 0.013 0.004 0.003 0.014 0.046 0.056 35 R 0.056 0.715 0.007 0.002 0.003 0.022 0.042 0.152 36 A 0.037 0.193 0.085 0.006 0.008 0.060 0.438 0.174 37 M 0.031 0.210 0.069 0.020 0.022 0.072 0.376 0.199 38 E 0.116 0.058 0.055 0.014 0.024 0.073 0.222 0.438 39 I 0.101 0.033 0.048 0.040 0.047 0.128 0.155 0.448 40 S 0.047 0.009 0.040 0.021 0.048 0.100 0.052 0.684 41 H 0.024 0.005 0.028 0.028 0.051 0.148 0.029 0.687 42 T 0.007 0.007 0.026 0.018 0.027 0.151 0.022 0.741 43 M 0.018 0.016 0.028 0.024 0.019 0.176 0.020 0.698 44 P 0.172 0.160 0.021 0.012 0.011 0.088 0.077 0.461 45 P 0.360 0.295 0.012 0.006 0.006 0.046 0.093 0.182 46 E 0.132 0.217 0.024 0.010 0.015 0.075 0.093 0.434 47 E 0.095 0.199 0.034 0.022 0.036 0.086 0.085 0.443 48 A 0.055 0.096 0.037 0.019 0.041 0.164 0.044 0.544 49 F 0.037 0.056 0.065 0.032 0.046 0.127 0.124 0.513 50 D 0.257 0.206 0.015 0.009 0.013 0.076 0.110 0.314 51 H 0.161 0.220 0.016 0.006 0.006 0.079 0.119 0.393 52 A 0.021 0.331 0.017 0.009 0.015 0.103 0.036 0.467 53 G 0.031 0.609 0.018 0.004 0.010 0.045 0.072 0.211 54 F 0.026 0.773 0.009 0.010 0.008 0.022 0.095 0.058 55 D 0.016 0.816 0.011 0.004 0.008 0.009 0.102 0.034 56 A 0.010 0.866 0.013 0.005 0.008 0.011 0.049 0.037 57 F 0.014 0.658 0.089 0.018 0.022 0.018 0.135 0.047 58 C 0.027 0.830 0.024 0.007 0.007 0.010 0.065 0.030 59 H 0.044 0.753 0.023 0.003 0.005 0.013 0.107 0.053 60 A 0.014 0.731 0.034 0.009 0.007 0.021 0.096 0.087 61 G 0.017 0.830 0.011 0.003 0.004 0.019 0.044 0.073 62 L 0.036 0.879 0.011 0.002 0.002 0.007 0.034 0.029 63 A 0.026 0.888 0.006 0.002 0.002 0.008 0.027 0.041 64 E 0.044 0.586 0.039 0.003 0.003 0.025 0.141 0.159 65 A 0.133 0.613 0.032 0.005 0.004 0.031 0.086 0.096 66 L 0.384 0.153 0.064 0.005 0.005 0.042 0.116 0.230 67 A 0.075 0.055 0.027 0.005 0.006 0.087 0.065 0.680 68 G 0.033 0.099 0.020 0.003 0.006 0.083 0.059 0.697 69 L 0.048 0.176 0.017 0.005 0.006 0.122 0.045 0.580 70 R 0.062 0.363 0.041 0.015 0.015 0.110 0.057 0.336 71 S 0.035 0.623 0.013 0.003 0.005 0.041 0.045 0.234 72 F 0.036 0.848 0.011 0.002 0.002 0.009 0.057 0.035 73 D 0.073 0.834 0.007 0.002 0.002 0.009 0.038 0.037 74 E 0.034 0.358 0.021 0.004 0.004 0.028 0.401 0.150 75 A 0.029 0.662 0.011 0.002 0.002 0.023 0.194 0.077 76 L 0.062 0.698 0.010 0.002 0.002 0.025 0.108 0.092 77 H 0.023 0.615 0.009 0.003 0.003 0.031 0.089 0.228 78 S 0.024 0.830 0.004 0.001 0.001 0.012 0.071 0.056 79 A 0.038 0.865 0.003 0.001 0.001 0.011 0.048 0.034 80 D 0.043 0.813 0.009 0.002 0.002 0.013 0.059 0.059 81 K 0.018 0.858 0.005 0.001 0.002 0.013 0.023 0.081 82 A 0.049 0.687 0.029 0.003 0.007 0.036 0.083 0.106 83 L 0.043 0.314 0.074 0.016 0.015 0.055 0.342 0.140 84 H 0.043 0.291 0.057 0.017 0.025 0.077 0.187 0.303 85 Y 0.053 0.208 0.125 0.028 0.049 0.092 0.132 0.313 86 F 0.049 0.086 0.123 0.055 0.086 0.128 0.086 0.386 87 N 0.215 0.043 0.061 0.037 0.047 0.094 0.087 0.416 88 R 0.109 0.044 0.016 0.028 0.032 0.098 0.032 0.642 89 R 0.020 0.013 0.020 0.019 0.059 0.106 0.027 0.735 90 G 0.056 0.024 0.020 0.052 0.070 0.130 0.051 0.597 91 E 0.048 0.019 0.022 0.190 0.121 0.108 0.044 0.448 92 L 0.024 0.007 0.013 0.035 0.051 0.085 0.026 0.759 93 N 0.142 0.031 0.019 0.092 0.124 0.089 0.166 0.339 94 Q 0.235 0.018 0.007 0.018 0.026 0.076 0.034 0.586 95 D 0.226 0.056 0.005 0.023 0.036 0.077 0.032 0.544 96 E 0.027 0.079 0.009 0.016 0.068 0.109 0.013 0.678 97 G 0.027 0.176 0.013 0.057 0.261 0.086 0.048 0.331 98 K 0.004 0.096 0.030 0.256 0.305 0.040 0.127 0.141 99 L 0.001 0.181 0.034 0.254 0.406 0.013 0.059 0.053 100 W 0.004 0.305 0.031 0.236 0.349 0.006 0.037 0.031 101 I 0.007 0.285 0.039 0.331 0.254 0.007 0.046 0.031 102 S 0.005 0.185 0.061 0.181 0.267 0.011 0.252 0.038 103 A 0.007 0.387 0.039 0.146 0.180 0.016 0.183 0.040 104 V 0.021 0.673 0.033 0.077 0.096 0.014 0.046 0.040 105 Y 0.040 0.625 0.026 0.059 0.073 0.020 0.058 0.099 106 S 0.026 0.711 0.011 0.025 0.036 0.019 0.052 0.120 107 R 0.041 0.654 0.014 0.014 0.018 0.031 0.078 0.151 108 A 0.060 0.505 0.030 0.023 0.020 0.051 0.138 0.173 109 L 0.067 0.333 0.067 0.039 0.038 0.071 0.126 0.259 110 A 0.172 0.219 0.063 0.017 0.031 0.082 0.093 0.323 111 L 0.183 0.066 0.088 0.035 0.038 0.079 0.165 0.346 112 D 0.165 0.029 0.017 0.013 0.018 0.091 0.034 0.634 113 G 0.049 0.018 0.020 0.009 0.017 0.101 0.032 0.754 114 L 0.022 0.027 0.020 0.008 0.014 0.160 0.016 0.733 115 G 0.099 0.062 0.036 0.014 0.017 0.125 0.047 0.599 116 R 0.058 0.105 0.019 0.012 0.008 0.088 0.044 0.666 117 G 0.227 0.421 0.012 0.004 0.006 0.028 0.121 0.182 118 A 0.292 0.333 0.010 0.004 0.004 0.045 0.080 0.231 119 E 0.023 0.210 0.020 0.013 0.011 0.077 0.095 0.551 120 A 0.028 0.608 0.007 0.002 0.004 0.036 0.038 0.278 121 M 0.099 0.767 0.005 0.002 0.003 0.022 0.039 0.063 122 P 0.043 0.747 0.007 0.004 0.003 0.020 0.059 0.117 123 E 0.027 0.874 0.002 0.001 0.001 0.007 0.044 0.046 124 F 0.021 0.890 0.004 0.001 0.001 0.009 0.045 0.030 125 K 0.007 0.855 0.007 0.004 0.003 0.013 0.047 0.064 126 K 0.005 0.904 0.004 0.001 0.002 0.008 0.030 0.047 127 V 0.009 0.955 0.002 0.001 0.001 0.003 0.022 0.007 128 V 0.010 0.927 0.004 0.002 0.002 0.004 0.036 0.014 129 E 0.004 0.894 0.006 0.003 0.004 0.008 0.034 0.048 130 M 0.013 0.770 0.032 0.011 0.010 0.017 0.101 0.046 131 I 0.108 0.653 0.026 0.017 0.012 0.019 0.116 0.049 132 E 0.121 0.161 0.056 0.027 0.037 0.055 0.210 0.333 133 E 0.194 0.026 0.012 0.010 0.014 0.076 0.055 0.613 134 R 0.282 0.012 0.008 0.018 0.014 0.069 0.073 0.525 135 K 0.014 0.002 0.002 0.003 0.006 0.094 0.006 0.873 136 G 0.008 0.004 0.008 0.008 0.019 0.117 0.012 0.823 137 E 0.038 0.017 0.005 0.013 0.009 0.118 0.011 0.789 138 T 0.328 0.178 0.011 0.015 0.010 0.080 0.039 0.339 139 P 0.053 0.312 0.005 0.007 0.009 0.070 0.022 0.524 140 G 0.033 0.800 0.003 0.002 0.004 0.014 0.033 0.112 141 K 0.011 0.960 0.001 0.002 0.001 0.003 0.011 0.012 142 E 0.006 0.960 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.016 143 R 0.008 0.934 0.002 0.003 0.004 0.004 0.029 0.016 144 M 0.006 0.938 0.001 0.001 0.002 0.003 0.042 0.007 145 M 0.004 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.007 146 E 0.004 0.904 0.002 0.002 0.002 0.003 0.066 0.017 147 V 0.010 0.858 0.004 0.003 0.002 0.008 0.094 0.022 148 A 0.017 0.939 0.002 0.001 0.001 0.003 0.025 0.011 149 I 0.027 0.896 0.003 0.001 0.001 0.006 0.025 0.041 150 D 0.013 0.794 0.012 0.003 0.003 0.015 0.052 0.108 151 R 0.033 0.857 0.007 0.002 0.002 0.013 0.030 0.055 152 I 0.189 0.464 0.064 0.005 0.004 0.033 0.128 0.111 153 A 0.152 0.387 0.031 0.010 0.009 0.055 0.053 0.303 154 Q 0.100 0.083 0.032 0.004 0.006 0.067 0.098 0.611 155 L 0.027 0.048 0.043 0.012 0.011 0.126 0.314 0.419 156 G 0.120 0.113 0.025 0.012 0.017 0.098 0.091 0.523 157 A 0.137 0.053 0.009 0.006 0.009 0.097 0.034 0.655 158 S 0.047 0.045 0.020 0.011 0.014 0.113 0.057 0.693 159 N 0.213 0.082 0.011 0.013 0.020 0.072 0.070 0.519 160 Q 0.167 0.034 0.011 0.013 0.015 0.108 0.064 0.589 161 Q 0.019 0.012 0.031 0.027 0.030 0.121 0.061 0.699 162 K 0.097 0.012 0.013 0.011 0.023 0.092 0.035 0.718 163 K 0.302 0.024 0.019 0.018 0.017 0.087 0.059 0.475 164 P 0.017 0.018 0.022 0.016 0.041 0.139 0.015 0.732 165 G 0.020 0.064 0.027 0.014 0.058 0.085 0.055 0.677 166 Y 0.045 0.242 0.040 0.137 0.109 0.076 0.067 0.284 167 K 0.023 0.227 0.078 0.123 0.182 0.043 0.071 0.252 168 A 0.010 0.181 0.081 0.161 0.292 0.032 0.093 0.149 169 W 0.015 0.107 0.133 0.177 0.335 0.025 0.120 0.089 170 W 0.011 0.039 0.047 0.389 0.264 0.018 0.142 0.089 171 E 0.012 0.034 0.064 0.178 0.308 0.050 0.141 0.212 172 F 0.050 0.045 0.035 0.204 0.275 0.063 0.119 0.209 173 W 0.048 0.027 0.023 0.101 0.144 0.085 0.073 0.498 174 S 0.078 0.032 0.013 0.051 0.082 0.078 0.063 0.603