# TARGET T0368 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.356 0.047 0.062 0.025 0.009 0.017 0.030 0.010 0.001 0.007 0.437 2 K 0.043 0.010 0.029 0.060 0.027 0.033 0.125 0.003 0.001 0.002 0.668 3 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 4 L 0.010 0.003 0.001 0.103 0.015 0.080 0.196 0.001 0.001 0.002 0.590 5 K 0.081 0.025 0.001 0.041 0.006 0.016 0.084 0.001 0.001 0.003 0.744 6 E 0.068 0.223 0.001 0.025 0.007 0.008 0.069 0.001 0.001 0.001 0.598 7 V 0.097 0.460 0.002 0.015 0.006 0.012 0.052 0.001 0.001 0.002 0.354 8 V 0.045 0.774 0.001 0.014 0.008 0.025 0.028 0.002 0.001 0.002 0.100 9 G 0.019 0.865 0.002 0.003 0.004 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.077 10 A 0.029 0.901 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.056 11 Y 0.026 0.932 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.022 12 L 0.029 0.883 0.008 0.003 0.005 0.008 0.005 0.012 0.001 0.001 0.046 13 A 0.024 0.887 0.019 0.005 0.006 0.011 0.010 0.008 0.001 0.001 0.029 14 L 0.043 0.849 0.007 0.013 0.007 0.017 0.009 0.017 0.001 0.001 0.037 15 S 0.054 0.720 0.015 0.010 0.004 0.006 0.024 0.011 0.001 0.001 0.154 16 D 0.033 0.510 0.015 0.007 0.004 0.005 0.068 0.013 0.001 0.002 0.343 17 A 0.050 0.574 0.016 0.005 0.004 0.006 0.062 0.007 0.001 0.003 0.272 18 Q 0.036 0.630 0.004 0.006 0.007 0.017 0.126 0.014 0.001 0.008 0.152 19 R 0.064 0.765 0.005 0.002 0.002 0.004 0.017 0.006 0.001 0.002 0.133 20 Q 0.071 0.831 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.083 21 L 0.058 0.860 0.005 0.002 0.003 0.004 0.004 0.010 0.001 0.001 0.053 22 V 0.050 0.764 0.011 0.003 0.006 0.010 0.010 0.016 0.001 0.001 0.128 23 A 0.094 0.614 0.011 0.006 0.002 0.006 0.016 0.041 0.001 0.001 0.210 24 G 0.341 0.321 0.023 0.007 0.002 0.003 0.021 0.038 0.001 0.003 0.241 25 E 0.259 0.219 0.065 0.006 0.002 0.003 0.140 0.013 0.001 0.005 0.288 26 Y 0.043 0.309 0.041 0.019 0.006 0.011 0.115 0.007 0.001 0.003 0.446 27 D 0.011 0.396 0.002 0.010 0.002 0.004 0.065 0.002 0.001 0.001 0.507 28 E 0.020 0.387 0.001 0.002 0.002 0.002 0.218 0.004 0.001 0.004 0.362 29 A 0.052 0.815 0.002 0.001 0.001 0.002 0.048 0.004 0.001 0.003 0.071 30 A 0.025 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.019 31 A 0.016 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.020 32 N 0.035 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.045 33 C 0.028 0.923 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.035 34 R 0.016 0.903 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.056 35 R 0.033 0.846 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.001 0.001 0.085 36 A 0.024 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 37 M 0.013 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.023 38 E 0.028 0.903 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.051 39 I 0.038 0.905 0.004 0.002 0.003 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 0.031 40 S 0.051 0.854 0.004 0.007 0.005 0.007 0.004 0.020 0.001 0.001 0.047 41 H 0.101 0.640 0.017 0.012 0.014 0.019 0.019 0.055 0.001 0.002 0.121 42 T 0.350 0.277 0.029 0.011 0.005 0.010 0.017 0.093 0.001 0.002 0.206 43 M 0.239 0.106 0.177 0.055 0.012 0.017 0.029 0.044 0.001 0.003 0.317 44 P 0.029 0.005 0.018 0.010 0.005 0.007 0.071 0.002 0.001 0.001 0.852 45 P 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.986 46 E 0.006 0.002 0.001 0.030 0.008 0.029 0.137 0.001 0.001 0.002 0.788 47 E 0.389 0.009 0.001 0.013 0.007 0.012 0.109 0.001 0.001 0.012 0.448 48 A 0.353 0.180 0.001 0.037 0.013 0.015 0.044 0.002 0.001 0.002 0.352 49 F 0.188 0.222 0.004 0.071 0.036 0.059 0.091 0.002 0.001 0.006 0.320 50 D 0.128 0.183 0.003 0.025 0.022 0.034 0.102 0.005 0.001 0.005 0.492 51 H 0.145 0.193 0.013 0.019 0.024 0.039 0.059 0.008 0.001 0.006 0.494 52 A 0.101 0.100 0.010 0.017 0.016 0.022 0.217 0.012 0.001 0.009 0.496 53 G 0.199 0.041 0.023 0.022 0.019 0.021 0.163 0.009 0.001 0.028 0.474 54 F 0.124 0.116 0.086 0.068 0.032 0.067 0.233 0.003 0.001 0.016 0.256 55 D 0.027 0.147 0.008 0.066 0.038 0.055 0.129 0.002 0.001 0.003 0.523 56 A 0.029 0.280 0.002 0.107 0.049 0.070 0.063 0.002 0.001 0.004 0.394 57 F 0.021 0.402 0.003 0.031 0.020 0.040 0.091 0.002 0.001 0.003 0.389 58 C 0.024 0.642 0.002 0.038 0.033 0.058 0.072 0.003 0.001 0.003 0.125 59 H 0.015 0.858 0.001 0.015 0.006 0.021 0.012 0.003 0.001 0.001 0.068 60 A 0.025 0.868 0.002 0.004 0.003 0.007 0.010 0.006 0.001 0.001 0.074 61 G 0.041 0.873 0.003 0.002 0.002 0.002 0.009 0.009 0.001 0.001 0.059 62 L 0.028 0.870 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.080 63 A 0.005 0.924 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.056 64 E 0.023 0.850 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.012 0.001 0.001 0.097 65 A 0.035 0.925 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.029 66 L 0.020 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.015 67 A 0.027 0.910 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.033 68 G 0.174 0.639 0.011 0.001 0.002 0.001 0.005 0.050 0.001 0.001 0.116 69 L 0.185 0.348 0.235 0.004 0.001 0.002 0.009 0.025 0.001 0.002 0.188 70 R 0.064 0.110 0.055 0.037 0.009 0.010 0.057 0.053 0.001 0.003 0.603 71 S 0.254 0.057 0.066 0.012 0.003 0.004 0.107 0.007 0.001 0.007 0.484 72 F 0.056 0.146 0.016 0.028 0.005 0.010 0.099 0.005 0.001 0.003 0.631 73 D 0.020 0.164 0.002 0.031 0.005 0.007 0.178 0.003 0.001 0.005 0.584 74 E 0.030 0.172 0.001 0.005 0.003 0.004 0.445 0.003 0.001 0.014 0.323 75 A 0.065 0.749 0.003 0.004 0.002 0.005 0.085 0.005 0.001 0.004 0.078 76 L 0.045 0.895 0.002 0.003 0.001 0.003 0.013 0.009 0.001 0.001 0.028 77 H 0.043 0.898 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.041 78 S 0.074 0.813 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.088 79 A 0.038 0.862 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.076 80 D 0.018 0.839 0.003 0.001 0.001 0.002 0.019 0.018 0.001 0.002 0.096 81 K 0.020 0.797 0.006 0.001 0.001 0.002 0.052 0.011 0.001 0.001 0.110 82 A 0.021 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.021 83 L 0.020 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 84 H 0.018 0.940 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 0.022 85 Y 0.063 0.852 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 0.044 86 F 0.087 0.800 0.009 0.009 0.009 0.009 0.003 0.034 0.001 0.001 0.039 87 N 0.047 0.566 0.026 0.042 0.045 0.070 0.024 0.054 0.001 0.002 0.123 88 R 0.075 0.258 0.051 0.054 0.052 0.078 0.056 0.027 0.001 0.003 0.346 89 R 0.078 0.108 0.020 0.049 0.028 0.070 0.116 0.016 0.001 0.009 0.506 90 G 0.171 0.048 0.032 0.061 0.054 0.058 0.124 0.012 0.001 0.021 0.418 91 E 0.126 0.053 0.056 0.035 0.036 0.039 0.154 0.003 0.001 0.012 0.486 92 L 0.038 0.031 0.013 0.058 0.106 0.137 0.076 0.002 0.001 0.005 0.534 93 N 0.039 0.020 0.002 0.067 0.158 0.259 0.097 0.002 0.001 0.005 0.351 94 Q 0.055 0.035 0.003 0.043 0.100 0.129 0.112 0.003 0.001 0.007 0.513 95 D 0.077 0.058 0.003 0.020 0.039 0.056 0.220 0.003 0.001 0.010 0.514 96 E 0.070 0.030 0.003 0.011 0.017 0.024 0.345 0.004 0.001 0.029 0.467 97 G 0.257 0.036 0.007 0.012 0.012 0.015 0.348 0.006 0.001 0.071 0.236 98 K 0.253 0.097 0.072 0.016 0.010 0.014 0.241 0.002 0.001 0.033 0.262 99 L 0.019 0.148 0.013 0.041 0.044 0.047 0.156 0.001 0.001 0.004 0.526 100 W 0.017 0.179 0.004 0.048 0.085 0.230 0.142 0.001 0.001 0.004 0.289 101 I 0.009 0.476 0.001 0.062 0.098 0.229 0.029 0.001 0.001 0.001 0.093 102 S 0.006 0.735 0.001 0.016 0.028 0.065 0.016 0.001 0.001 0.001 0.132 103 A 0.018 0.813 0.001 0.008 0.020 0.027 0.010 0.003 0.001 0.001 0.100 104 V 0.020 0.906 0.001 0.007 0.006 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.035 105 Y 0.012 0.916 0.005 0.006 0.005 0.016 0.005 0.006 0.001 0.001 0.029 106 S 0.018 0.892 0.004 0.002 0.004 0.006 0.004 0.007 0.001 0.001 0.063 107 R 0.026 0.893 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 0.053 108 A 0.029 0.886 0.014 0.002 0.003 0.004 0.005 0.009 0.001 0.001 0.048 109 L 0.019 0.890 0.007 0.006 0.010 0.010 0.010 0.010 0.001 0.001 0.038 110 A 0.024 0.879 0.007 0.006 0.007 0.011 0.005 0.007 0.001 0.001 0.055 111 L 0.027 0.873 0.007 0.010 0.010 0.023 0.007 0.005 0.001 0.001 0.037 112 D 0.020 0.758 0.004 0.019 0.021 0.023 0.011 0.021 0.001 0.001 0.123 113 G 0.160 0.498 0.014 0.010 0.012 0.016 0.030 0.037 0.001 0.005 0.219 114 L 0.228 0.365 0.078 0.010 0.007 0.014 0.099 0.036 0.001 0.006 0.157 115 G 0.190 0.129 0.036 0.034 0.016 0.013 0.087 0.054 0.001 0.010 0.430 116 R 0.107 0.051 0.190 0.011 0.005 0.008 0.119 0.002 0.001 0.005 0.500 117 G 0.014 0.024 0.004 0.014 0.007 0.009 0.069 0.001 0.001 0.001 0.858 118 A 0.021 0.031 0.001 0.011 0.002 0.004 0.047 0.001 0.001 0.002 0.882 119 E 0.054 0.065 0.001 0.006 0.003 0.007 0.254 0.001 0.001 0.004 0.605 120 A 0.401 0.315 0.002 0.012 0.005 0.011 0.050 0.004 0.001 0.004 0.197 121 M 0.204 0.628 0.002 0.011 0.002 0.009 0.014 0.003 0.001 0.002 0.126 122 P 0.019 0.291 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.680 123 E 0.064 0.481 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.010 0.001 0.001 0.430 124 F 0.126 0.789 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.065 125 K 0.016 0.900 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.067 126 K 0.023 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.124 127 V 0.026 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.047 128 V 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 129 E 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.022 130 M 0.019 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 131 I 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 132 E 0.018 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.030 133 E 0.021 0.920 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.015 0.001 0.001 0.032 134 R 0.167 0.680 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 0.116 135 K 0.284 0.489 0.020 0.007 0.004 0.004 0.012 0.063 0.001 0.001 0.116 136 G 0.216 0.075 0.041 0.012 0.009 0.007 0.032 0.083 0.001 0.004 0.523 137 E 0.152 0.030 0.287 0.012 0.003 0.004 0.077 0.004 0.001 0.003 0.428 138 T 0.052 0.013 0.013 0.050 0.014 0.021 0.213 0.004 0.001 0.003 0.617 139 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.992 140 G 0.009 0.001 0.001 0.009 0.003 0.005 0.462 0.001 0.001 0.005 0.505 141 K 0.689 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.085 0.001 0.001 0.017 0.194 142 E 0.077 0.126 0.001 0.018 0.002 0.002 0.118 0.001 0.001 0.002 0.652 143 R 0.126 0.188 0.002 0.013 0.004 0.007 0.162 0.001 0.001 0.006 0.491 144 M 0.087 0.564 0.002 0.006 0.003 0.009 0.064 0.002 0.001 0.003 0.260 145 M 0.016 0.851 0.001 0.003 0.003 0.006 0.019 0.002 0.001 0.001 0.099 146 E 0.012 0.792 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 0.003 0.001 0.001 0.169 147 V 0.020 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.048 148 A 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.011 149 I 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 150 D 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 151 R 0.022 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.018 152 I 0.021 0.957 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 153 A 0.008 0.949 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.019 154 Q 0.047 0.888 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.041 155 L 0.103 0.796 0.011 0.003 0.002 0.003 0.003 0.025 0.001 0.001 0.055 156 G 0.130 0.510 0.028 0.009 0.005 0.008 0.021 0.062 0.001 0.002 0.224 157 A 0.113 0.233 0.133 0.008 0.005 0.008 0.036 0.013 0.001 0.002 0.448 158 S 0.054 0.156 0.007 0.016 0.010 0.013 0.061 0.015 0.001 0.002 0.666 159 N 0.176 0.149 0.008 0.020 0.011 0.011 0.107 0.007 0.001 0.006 0.506 160 Q 0.135 0.155 0.009 0.010 0.007 0.010 0.100 0.004 0.001 0.005 0.566 161 Q 0.204 0.171 0.006 0.020 0.017 0.035 0.133 0.010 0.001 0.008 0.396 162 K 0.355 0.148 0.008 0.015 0.010 0.016 0.043 0.011 0.001 0.005 0.389 163 K 0.236 0.166 0.014 0.017 0.026 0.041 0.062 0.009 0.001 0.004 0.425 164 P 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.985 165 G 0.062 0.004 0.002 0.022 0.023 0.035 0.105 0.003 0.001 0.005 0.739 166 Y 0.546 0.010 0.021 0.029 0.011 0.022 0.051 0.001 0.001 0.013 0.297 167 K 0.036 0.039 0.004 0.132 0.061 0.083 0.080 0.001 0.001 0.002 0.561 168 A 0.025 0.022 0.002 0.296 0.137 0.219 0.058 0.001 0.001 0.003 0.238 169 W 0.016 0.050 0.001 0.301 0.126 0.271 0.052 0.001 0.001 0.002 0.180 170 W 0.012 0.070 0.002 0.233 0.205 0.311 0.030 0.001 0.001 0.002 0.132 171 E 0.019 0.093 0.002 0.153 0.162 0.314 0.043 0.003 0.001 0.003 0.207 172 F 0.041 0.086 0.004 0.102 0.154 0.267 0.058 0.008 0.001 0.007 0.274 173 W 0.054 0.083 0.012 0.109 0.187 0.298 0.075 0.009 0.001 0.009 0.163 174 S 0.036 0.071 0.011 0.051 0.092 0.143 0.131 0.007 0.001 0.006 0.452