# TARGET T0368 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.220 0.145 0.276 0.177 0.048 0.027 0.055 0.022 0.021 0.008 0.001 2 K 0.279 0.202 0.408 0.002 0.030 0.013 0.014 0.001 0.043 0.007 0.001 3 P 0.534 0.002 0.416 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 4 L 0.969 0.003 0.014 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.987 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.983 0.002 0.002 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.963 0.004 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 V 0.977 0.006 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 G 0.984 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 10 A 0.977 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 Y 0.975 0.003 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.975 0.005 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.913 0.006 0.010 0.060 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 L 0.849 0.007 0.016 0.108 0.002 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 15 S 0.926 0.006 0.025 0.025 0.002 0.003 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 16 D 0.918 0.002 0.007 0.055 0.001 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 17 A 0.970 0.002 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.957 0.005 0.006 0.025 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.962 0.006 0.006 0.019 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 Q 0.905 0.008 0.008 0.072 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 21 L 0.765 0.031 0.075 0.090 0.002 0.019 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 22 V 0.744 0.054 0.067 0.095 0.007 0.013 0.007 0.001 0.010 0.002 0.001 23 A 0.563 0.029 0.104 0.203 0.023 0.010 0.035 0.012 0.008 0.013 0.001 24 G 0.267 0.027 0.134 0.071 0.062 0.009 0.083 0.229 0.004 0.113 0.001 25 E 0.418 0.122 0.219 0.089 0.036 0.069 0.012 0.003 0.024 0.007 0.001 26 Y 0.805 0.028 0.056 0.058 0.007 0.021 0.008 0.003 0.010 0.003 0.001 27 D 0.968 0.003 0.007 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.979 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.976 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.968 0.002 0.003 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.973 0.002 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 N 0.837 0.004 0.007 0.136 0.003 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 33 C 0.943 0.002 0.006 0.038 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 34 R 0.972 0.004 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.977 0.002 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.975 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 M 0.938 0.014 0.015 0.023 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 38 E 0.937 0.010 0.020 0.020 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 I 0.832 0.034 0.023 0.099 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 40 S 0.725 0.030 0.066 0.137 0.013 0.007 0.009 0.005 0.005 0.002 0.001 41 H 0.421 0.082 0.096 0.216 0.046 0.027 0.079 0.017 0.011 0.004 0.001 42 T 0.211 0.177 0.252 0.265 0.025 0.033 0.014 0.002 0.018 0.002 0.001 43 M 0.014 0.372 0.476 0.002 0.022 0.017 0.004 0.001 0.092 0.001 0.001 44 P 0.004 0.001 0.978 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 45 P 0.821 0.001 0.141 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 46 E 0.779 0.016 0.046 0.101 0.012 0.008 0.014 0.018 0.004 0.003 0.001 47 E 0.614 0.064 0.100 0.185 0.019 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 48 A 0.472 0.165 0.149 0.115 0.041 0.021 0.010 0.007 0.014 0.005 0.001 49 F 0.198 0.289 0.154 0.143 0.065 0.074 0.019 0.006 0.047 0.004 0.001 50 D 0.176 0.118 0.211 0.146 0.044 0.179 0.026 0.003 0.092 0.005 0.001 51 H 0.472 0.073 0.085 0.257 0.027 0.033 0.025 0.006 0.020 0.002 0.001 52 A 0.603 0.020 0.141 0.183 0.008 0.007 0.026 0.006 0.002 0.004 0.001 53 G 0.378 0.003 0.012 0.062 0.021 0.002 0.040 0.403 0.002 0.075 0.001 54 F 0.644 0.045 0.138 0.067 0.010 0.044 0.024 0.010 0.010 0.005 0.001 55 D 0.867 0.020 0.025 0.062 0.002 0.013 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 56 A 0.948 0.017 0.009 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.965 0.010 0.006 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 C 0.940 0.012 0.004 0.034 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 59 H 0.928 0.011 0.006 0.040 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 60 A 0.936 0.008 0.009 0.038 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 G 0.897 0.006 0.009 0.060 0.005 0.007 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 62 L 0.872 0.006 0.007 0.101 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 63 A 0.946 0.006 0.016 0.021 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.957 0.002 0.004 0.028 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 65 A 0.952 0.004 0.005 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.935 0.006 0.007 0.046 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.854 0.011 0.034 0.091 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 68 G 0.589 0.005 0.017 0.174 0.009 0.006 0.087 0.093 0.005 0.015 0.001 69 L 0.593 0.032 0.087 0.245 0.003 0.022 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 70 R 0.589 0.066 0.111 0.096 0.035 0.013 0.040 0.024 0.006 0.019 0.001 71 S 0.497 0.086 0.197 0.089 0.035 0.044 0.014 0.007 0.021 0.010 0.001 72 F 0.898 0.011 0.023 0.044 0.003 0.007 0.006 0.003 0.004 0.001 0.001 73 D 0.967 0.002 0.005 0.019 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.977 0.002 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.974 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.973 0.002 0.003 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 H 0.971 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 S 0.910 0.003 0.004 0.071 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 79 A 0.975 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.981 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.983 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 H 0.984 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.856 0.007 0.003 0.130 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 86 F 0.606 0.053 0.077 0.190 0.007 0.022 0.017 0.007 0.020 0.001 0.001 87 N 0.491 0.045 0.120 0.124 0.018 0.083 0.078 0.009 0.022 0.009 0.001 88 R 0.647 0.046 0.052 0.181 0.010 0.032 0.019 0.003 0.009 0.001 0.001 89 R 0.302 0.051 0.092 0.485 0.013 0.015 0.020 0.004 0.016 0.001 0.001 90 G 0.101 0.022 0.091 0.026 0.137 0.004 0.080 0.298 0.005 0.235 0.001 91 E 0.262 0.218 0.339 0.073 0.031 0.041 0.009 0.002 0.018 0.003 0.004 92 L 0.289 0.178 0.340 0.109 0.017 0.037 0.008 0.002 0.014 0.004 0.001 93 N 0.141 0.150 0.284 0.086 0.035 0.162 0.057 0.011 0.067 0.007 0.001 94 Q 0.614 0.085 0.119 0.107 0.019 0.018 0.015 0.005 0.013 0.006 0.001 95 D 0.650 0.036 0.066 0.162 0.012 0.019 0.032 0.008 0.012 0.003 0.001 96 E 0.431 0.031 0.088 0.402 0.010 0.004 0.021 0.003 0.006 0.004 0.001 97 G 0.163 0.005 0.046 0.020 0.027 0.002 0.047 0.540 0.001 0.149 0.001 98 K 0.627 0.074 0.161 0.085 0.009 0.024 0.008 0.002 0.006 0.002 0.002 99 L 0.582 0.188 0.158 0.021 0.010 0.022 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 100 W 0.773 0.108 0.080 0.014 0.010 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 101 I 0.892 0.061 0.024 0.004 0.005 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 102 S 0.970 0.013 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.963 0.012 0.004 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 V 0.933 0.022 0.007 0.028 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 105 Y 0.916 0.022 0.012 0.037 0.004 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 106 S 0.907 0.012 0.014 0.051 0.005 0.005 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 107 R 0.792 0.022 0.016 0.134 0.007 0.009 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 108 A 0.878 0.032 0.040 0.026 0.007 0.007 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 109 L 0.906 0.022 0.022 0.037 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 A 0.854 0.027 0.024 0.058 0.014 0.006 0.005 0.004 0.004 0.003 0.001 111 L 0.763 0.044 0.044 0.116 0.005 0.013 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 112 D 0.664 0.033 0.104 0.100 0.011 0.014 0.051 0.006 0.007 0.008 0.001 113 G 0.645 0.015 0.037 0.107 0.024 0.009 0.081 0.062 0.004 0.016 0.001 114 L 0.450 0.027 0.086 0.417 0.004 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 115 G 0.085 0.017 0.081 0.064 0.054 0.009 0.145 0.389 0.008 0.150 0.001 116 R 0.098 0.126 0.582 0.112 0.023 0.026 0.012 0.002 0.013 0.005 0.001 117 G 0.221 0.028 0.394 0.045 0.069 0.019 0.034 0.072 0.011 0.106 0.001 118 A 0.881 0.008 0.032 0.047 0.004 0.007 0.009 0.007 0.002 0.002 0.001 119 E 0.823 0.013 0.057 0.088 0.005 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 120 A 0.678 0.011 0.075 0.193 0.009 0.007 0.005 0.008 0.003 0.009 0.001 121 M 0.764 0.015 0.175 0.005 0.006 0.009 0.002 0.001 0.015 0.007 0.001 122 P 0.992 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.952 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 F 0.816 0.009 0.011 0.156 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 K 0.951 0.004 0.008 0.007 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 126 K 0.936 0.010 0.007 0.036 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 127 V 0.939 0.005 0.006 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.971 0.006 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 E 0.973 0.005 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 M 0.950 0.004 0.006 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 I 0.899 0.025 0.030 0.028 0.003 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 132 E 0.908 0.021 0.024 0.030 0.004 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 133 E 0.817 0.046 0.038 0.078 0.007 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 134 R 0.614 0.076 0.089 0.159 0.010 0.020 0.010 0.002 0.018 0.001 0.001 135 K 0.276 0.087 0.130 0.365 0.017 0.028 0.053 0.003 0.038 0.002 0.001 136 G 0.070 0.008 0.061 0.025 0.067 0.003 0.035 0.427 0.002 0.303 0.001 137 E 0.189 0.108 0.410 0.201 0.030 0.033 0.010 0.003 0.009 0.005 0.002 138 T 0.042 0.292 0.406 0.002 0.031 0.018 0.013 0.001 0.191 0.005 0.001 139 P 0.274 0.001 0.661 0.018 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 140 G 0.204 0.013 0.069 0.055 0.038 0.012 0.059 0.493 0.006 0.051 0.001 141 K 0.812 0.032 0.064 0.061 0.007 0.010 0.004 0.002 0.005 0.002 0.001 142 E 0.881 0.027 0.050 0.025 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 143 R 0.963 0.007 0.015 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 M 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 I 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 D 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 R 0.978 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 I 0.984 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.990 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 Q 0.911 0.003 0.004 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 L 0.640 0.009 0.048 0.292 0.001 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 156 G 0.374 0.015 0.066 0.042 0.028 0.008 0.108 0.226 0.007 0.128 0.001 157 A 0.572 0.051 0.147 0.158 0.019 0.022 0.012 0.004 0.007 0.008 0.001 158 S 0.430 0.072 0.153 0.254 0.025 0.028 0.013 0.005 0.014 0.005 0.001 159 N 0.237 0.143 0.210 0.191 0.051 0.056 0.056 0.006 0.046 0.004 0.001 160 Q 0.469 0.110 0.167 0.137 0.029 0.028 0.029 0.008 0.019 0.004 0.001 161 Q 0.395 0.139 0.241 0.144 0.020 0.026 0.013 0.004 0.013 0.003 0.001 162 K 0.182 0.166 0.363 0.141 0.018 0.061 0.025 0.003 0.039 0.002 0.001 163 K 0.043 0.248 0.465 0.002 0.022 0.016 0.014 0.001 0.188 0.002 0.001 164 P 0.100 0.001 0.816 0.013 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 165 G 0.060 0.024 0.071 0.033 0.087 0.005 0.038 0.570 0.004 0.106 0.001 166 Y 0.138 0.300 0.370 0.046 0.056 0.048 0.012 0.003 0.023 0.003 0.001 167 K 0.114 0.437 0.309 0.052 0.019 0.035 0.009 0.001 0.024 0.001 0.001 168 A 0.154 0.425 0.268 0.011 0.105 0.019 0.003 0.002 0.011 0.002 0.001 169 W 0.179 0.551 0.136 0.017 0.067 0.028 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 170 W 0.232 0.471 0.115 0.024 0.088 0.035 0.003 0.001 0.029 0.002 0.001 171 E 0.264 0.417 0.174 0.030 0.045 0.046 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 172 F 0.334 0.268 0.124 0.116 0.047 0.050 0.013 0.003 0.042 0.002 0.001 173 W 0.186 0.244 0.201 0.191 0.056 0.046 0.028 0.007 0.037 0.003 0.001 174 S 0.094 0.187 0.375 0.038 0.194 0.034 0.023 0.010 0.020 0.024 0.001