# TARGET T0368 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.005 0.004 0.012 0.091 0.874 2 K 0.048 0.024 0.004 0.040 0.079 0.805 3 P 0.055 0.032 0.008 0.082 0.095 0.728 4 L 0.047 0.012 0.055 0.482 0.131 0.273 5 K 0.022 0.002 0.070 0.806 0.050 0.049 6 E 0.018 0.002 0.082 0.843 0.030 0.025 7 V 0.005 0.001 0.021 0.951 0.011 0.011 8 V 0.003 0.001 0.007 0.974 0.006 0.009 9 G 0.002 0.001 0.006 0.979 0.006 0.006 10 A 0.001 0.001 0.006 0.982 0.006 0.004 11 Y 0.002 0.001 0.010 0.981 0.006 0.002 12 L 0.002 0.001 0.016 0.973 0.008 0.002 13 A 0.002 0.001 0.025 0.953 0.013 0.007 14 L 0.002 0.001 0.015 0.924 0.020 0.038 15 S 0.002 0.001 0.008 0.866 0.029 0.094 16 D 0.001 0.001 0.005 0.962 0.011 0.020 17 A 0.001 0.001 0.006 0.973 0.010 0.009 18 Q 0.002 0.001 0.007 0.973 0.010 0.008 19 R 0.003 0.001 0.013 0.964 0.012 0.007 20 Q 0.003 0.001 0.009 0.965 0.012 0.011 21 L 0.002 0.001 0.007 0.947 0.020 0.024 22 V 0.002 0.002 0.005 0.903 0.032 0.057 23 A 0.002 0.001 0.009 0.813 0.066 0.109 24 G 0.008 0.003 0.014 0.458 0.191 0.326 25 E 0.012 0.007 0.015 0.572 0.090 0.304 26 Y 0.007 0.002 0.007 0.909 0.023 0.051 27 D 0.002 0.001 0.006 0.973 0.009 0.009 28 E 0.001 0.001 0.009 0.976 0.009 0.005 29 A 0.001 0.001 0.008 0.976 0.009 0.005 30 A 0.001 0.001 0.005 0.977 0.009 0.007 31 A 0.001 0.001 0.008 0.953 0.016 0.022 32 N 0.003 0.001 0.020 0.789 0.067 0.121 33 C 0.008 0.003 0.051 0.617 0.140 0.180 34 R 0.028 0.005 0.075 0.577 0.178 0.136 35 R 0.043 0.003 0.061 0.700 0.098 0.094 36 A 0.039 0.002 0.036 0.824 0.042 0.057 37 M 0.085 0.004 0.032 0.726 0.064 0.089 38 E 0.127 0.005 0.058 0.613 0.087 0.110 39 I 0.143 0.008 0.055 0.568 0.079 0.147 40 S 0.134 0.007 0.080 0.385 0.182 0.211 41 H 0.229 0.007 0.064 0.145 0.205 0.350 42 T 0.246 0.019 0.015 0.063 0.140 0.517 43 M 0.192 0.040 0.002 0.013 0.092 0.660 44 P 0.076 0.009 0.001 0.003 0.067 0.844 45 P 0.017 0.002 0.356 0.470 0.090 0.064 46 E 0.026 0.001 0.534 0.288 0.116 0.035 47 E 0.028 0.003 0.629 0.243 0.083 0.014 48 A 0.104 0.027 0.149 0.437 0.153 0.130 49 F 0.061 0.029 0.061 0.550 0.174 0.124 50 D 0.041 0.020 0.036 0.401 0.295 0.206 51 H 0.016 0.014 0.048 0.285 0.392 0.245 52 A 0.014 0.014 0.054 0.266 0.408 0.245 53 G 0.023 0.014 0.052 0.266 0.338 0.308 54 F 0.031 0.017 0.030 0.659 0.118 0.145 55 D 0.021 0.005 0.018 0.811 0.055 0.090 56 A 0.015 0.002 0.014 0.934 0.017 0.017 57 F 0.008 0.001 0.009 0.970 0.007 0.005 58 C 0.004 0.001 0.013 0.968 0.008 0.005 59 H 0.003 0.001 0.017 0.960 0.012 0.008 60 A 0.004 0.001 0.029 0.923 0.026 0.017 61 G 0.004 0.002 0.019 0.926 0.021 0.029 62 L 0.001 0.001 0.012 0.959 0.013 0.013 63 A 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 64 E 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 65 A 0.001 0.001 0.009 0.975 0.009 0.005 66 L 0.001 0.001 0.011 0.948 0.021 0.018 67 A 0.002 0.001 0.017 0.883 0.040 0.058 68 G 0.003 0.003 0.029 0.657 0.105 0.203 69 L 0.004 0.002 0.099 0.442 0.227 0.225 70 R 0.011 0.006 0.084 0.442 0.212 0.245 71 S 0.012 0.007 0.044 0.617 0.122 0.197 72 F 0.002 0.001 0.012 0.929 0.022 0.034 73 D 0.001 0.001 0.009 0.962 0.014 0.014 74 E 0.001 0.001 0.013 0.972 0.009 0.004 75 A 0.002 0.001 0.011 0.972 0.010 0.005 76 L 0.002 0.001 0.013 0.957 0.016 0.012 77 H 0.002 0.001 0.009 0.941 0.022 0.025 78 S 0.002 0.002 0.005 0.909 0.021 0.061 79 A 0.001 0.001 0.004 0.984 0.005 0.006 80 D 0.001 0.001 0.008 0.978 0.008 0.005 81 K 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.002 82 A 0.001 0.001 0.006 0.983 0.005 0.004 83 L 0.002 0.001 0.010 0.973 0.008 0.007 84 H 0.005 0.001 0.029 0.912 0.030 0.022 85 Y 0.008 0.002 0.039 0.873 0.046 0.031 86 F 0.022 0.006 0.045 0.743 0.102 0.082 87 N 0.026 0.010 0.048 0.527 0.209 0.180 88 R 0.030 0.010 0.029 0.400 0.275 0.257 89 R 0.032 0.005 0.026 0.290 0.295 0.352 90 G 0.069 0.009 0.028 0.081 0.302 0.512 91 E 0.241 0.059 0.051 0.110 0.219 0.320 92 L 0.291 0.068 0.061 0.115 0.212 0.253 93 N 0.202 0.041 0.044 0.076 0.357 0.281 94 Q 0.056 0.010 0.209 0.106 0.528 0.092 95 D 0.032 0.007 0.255 0.201 0.447 0.057 96 E 0.023 0.007 0.204 0.231 0.468 0.066 97 G 0.042 0.009 0.059 0.152 0.449 0.290 98 K 0.073 0.011 0.013 0.409 0.130 0.364 99 L 0.271 0.012 0.010 0.605 0.038 0.063 100 W 0.294 0.003 0.004 0.677 0.012 0.012 101 I 0.117 0.001 0.002 0.873 0.004 0.003 102 S 0.061 0.001 0.002 0.931 0.004 0.002 103 A 0.048 0.001 0.002 0.944 0.004 0.002 104 V 0.024 0.001 0.003 0.958 0.006 0.008 105 Y 0.019 0.001 0.008 0.947 0.013 0.012 106 S 0.019 0.001 0.011 0.931 0.018 0.020 107 R 0.014 0.002 0.031 0.845 0.037 0.070 108 A 0.012 0.003 0.095 0.792 0.056 0.041 109 L 0.021 0.004 0.127 0.746 0.077 0.025 110 A 0.024 0.005 0.136 0.719 0.082 0.033 111 L 0.011 0.009 0.109 0.704 0.136 0.032 112 D 0.008 0.004 0.112 0.559 0.252 0.065 113 G 0.006 0.006 0.075 0.275 0.443 0.197 114 L 0.008 0.016 0.060 0.157 0.489 0.271 115 G 0.008 0.014 0.014 0.034 0.381 0.549 116 R 0.006 0.016 0.029 0.151 0.348 0.450 117 G 0.009 0.019 0.056 0.134 0.416 0.367 118 A 0.002 0.003 0.307 0.391 0.247 0.051 119 E 0.002 0.002 0.354 0.484 0.122 0.036 120 A 0.003 0.004 0.219 0.645 0.096 0.033 121 M 0.006 0.006 0.064 0.618 0.170 0.136 122 P 0.001 0.001 0.083 0.813 0.067 0.035 123 E 0.003 0.002 0.078 0.819 0.068 0.030 124 F 0.002 0.001 0.027 0.921 0.032 0.016 125 K 0.002 0.001 0.010 0.952 0.017 0.020 126 K 0.001 0.001 0.004 0.972 0.010 0.012 127 V 0.001 0.001 0.006 0.981 0.006 0.006 128 V 0.001 0.001 0.006 0.984 0.004 0.005 129 E 0.001 0.001 0.005 0.987 0.004 0.004 130 M 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.005 131 I 0.001 0.001 0.007 0.982 0.004 0.005 132 E 0.001 0.001 0.014 0.972 0.008 0.004 133 E 0.001 0.001 0.013 0.972 0.011 0.003 134 R 0.001 0.001 0.009 0.958 0.022 0.010 135 K 0.001 0.002 0.015 0.786 0.095 0.102 136 G 0.002 0.003 0.016 0.082 0.266 0.631 137 E 0.007 0.012 0.020 0.034 0.239 0.688 138 T 0.011 0.020 0.018 0.026 0.559 0.366 139 P 0.003 0.007 0.022 0.082 0.551 0.335 140 G 0.001 0.002 0.038 0.434 0.307 0.217 141 K 0.002 0.001 0.016 0.916 0.047 0.018 142 E 0.001 0.001 0.007 0.970 0.011 0.011 143 R 0.002 0.001 0.009 0.970 0.010 0.008 144 M 0.001 0.001 0.006 0.981 0.005 0.005 145 M 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 146 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 148 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 149 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 150 D 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 151 R 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.005 152 I 0.001 0.001 0.011 0.973 0.007 0.007 153 A 0.002 0.001 0.025 0.949 0.014 0.010 154 Q 0.002 0.001 0.026 0.921 0.022 0.028 155 L 0.005 0.006 0.028 0.777 0.061 0.124 156 G 0.006 0.005 0.038 0.380 0.210 0.362 157 A 0.004 0.003 0.157 0.249 0.336 0.251 158 S 0.010 0.009 0.188 0.231 0.353 0.210 159 N 0.010 0.012 0.217 0.109 0.456 0.197 160 Q 0.008 0.008 0.173 0.117 0.444 0.249 161 Q 0.033 0.014 0.129 0.083 0.436 0.305 162 K 0.074 0.050 0.070 0.076 0.353 0.378 163 K 0.073 0.047 0.022 0.025 0.696 0.137 164 P 0.030 0.007 0.012 0.014 0.794 0.143 165 G 0.030 0.005 0.010 0.004 0.728 0.222 166 Y 0.515 0.048 0.003 0.001 0.308 0.126 167 K 0.770 0.005 0.001 0.001 0.042 0.182 168 A 0.979 0.003 0.001 0.001 0.005 0.012 169 W 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 170 W 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 171 E 0.945 0.001 0.001 0.003 0.015 0.035 172 F 0.586 0.007 0.005 0.006 0.087 0.309 173 W 0.217 0.018 0.003 0.006 0.125 0.631 174 S 0.042 0.009 0.001 0.003 0.130 0.815