# TARGET T0368 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.339 0.070 0.263 0.175 0.020 0.029 0.063 0.018 0.018 0.005 0.001 2 K 0.431 0.139 0.333 0.004 0.020 0.008 0.020 0.002 0.030 0.011 0.001 3 P 0.791 0.002 0.186 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 4 L 0.971 0.002 0.013 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.985 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 V 0.989 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 G 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 Y 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.985 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.963 0.002 0.004 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.885 0.003 0.007 0.096 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 15 S 0.954 0.003 0.016 0.021 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.934 0.001 0.004 0.052 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 17 A 0.972 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.972 0.002 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.973 0.004 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 Q 0.968 0.003 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.905 0.008 0.019 0.059 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 22 V 0.881 0.017 0.025 0.066 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 23 A 0.642 0.017 0.060 0.238 0.012 0.006 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 24 G 0.297 0.025 0.180 0.073 0.063 0.008 0.073 0.194 0.005 0.082 0.001 25 E 0.457 0.089 0.220 0.078 0.035 0.072 0.013 0.003 0.024 0.008 0.002 26 Y 0.900 0.015 0.026 0.038 0.005 0.008 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 27 D 0.983 0.001 0.003 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.981 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.981 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 N 0.789 0.002 0.005 0.193 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 33 C 0.925 0.003 0.011 0.050 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 34 R 0.976 0.003 0.007 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.975 0.002 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.961 0.002 0.006 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 M 0.914 0.012 0.021 0.040 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 38 E 0.915 0.013 0.028 0.028 0.002 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 39 I 0.832 0.029 0.032 0.095 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 40 S 0.691 0.028 0.114 0.133 0.010 0.006 0.008 0.004 0.004 0.002 0.001 41 H 0.324 0.067 0.077 0.283 0.045 0.025 0.127 0.037 0.011 0.005 0.001 42 T 0.139 0.225 0.365 0.172 0.037 0.031 0.013 0.002 0.013 0.003 0.001 43 M 0.010 0.473 0.381 0.002 0.021 0.016 0.003 0.001 0.094 0.001 0.001 44 P 0.005 0.002 0.975 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 45 P 0.718 0.002 0.224 0.017 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 46 E 0.756 0.034 0.041 0.122 0.018 0.005 0.007 0.011 0.003 0.002 0.001 47 E 0.306 0.224 0.244 0.124 0.060 0.016 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 48 A 0.335 0.282 0.175 0.074 0.078 0.023 0.006 0.005 0.016 0.004 0.002 49 F 0.175 0.341 0.152 0.090 0.082 0.086 0.010 0.003 0.056 0.004 0.001 50 D 0.123 0.207 0.187 0.100 0.043 0.197 0.022 0.002 0.113 0.005 0.001 51 H 0.509 0.072 0.077 0.166 0.029 0.063 0.046 0.005 0.027 0.004 0.002 52 A 0.631 0.026 0.132 0.139 0.013 0.009 0.034 0.008 0.003 0.004 0.001 53 G 0.427 0.004 0.013 0.038 0.027 0.001 0.027 0.339 0.001 0.122 0.001 54 F 0.866 0.018 0.057 0.027 0.004 0.018 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 55 D 0.974 0.003 0.004 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 A 0.982 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.981 0.004 0.002 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 C 0.969 0.005 0.002 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 H 0.969 0.004 0.002 0.018 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 A 0.968 0.002 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 G 0.966 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.968 0.001 0.002 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.986 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.978 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.973 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.906 0.003 0.009 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 G 0.757 0.002 0.007 0.097 0.004 0.002 0.069 0.051 0.002 0.009 0.001 69 L 0.687 0.012 0.043 0.234 0.002 0.012 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 70 R 0.651 0.041 0.089 0.100 0.029 0.009 0.042 0.024 0.004 0.011 0.001 71 S 0.618 0.052 0.137 0.102 0.020 0.035 0.011 0.004 0.015 0.006 0.001 72 F 0.906 0.011 0.020 0.050 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 73 D 0.976 0.001 0.003 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.980 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.979 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.974 0.002 0.004 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 H 0.956 0.004 0.006 0.027 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 S 0.930 0.003 0.004 0.054 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 79 A 0.977 0.001 0.003 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.984 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.969 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.978 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.975 0.004 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 H 0.974 0.005 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.837 0.011 0.004 0.140 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 86 F 0.609 0.049 0.074 0.199 0.008 0.018 0.018 0.005 0.019 0.002 0.001 87 N 0.376 0.071 0.136 0.145 0.028 0.071 0.130 0.011 0.024 0.007 0.001 88 R 0.604 0.088 0.078 0.139 0.019 0.030 0.023 0.005 0.012 0.002 0.001 89 R 0.288 0.105 0.122 0.421 0.014 0.015 0.013 0.002 0.017 0.001 0.001 90 G 0.105 0.017 0.085 0.020 0.119 0.002 0.055 0.274 0.003 0.320 0.001 91 E 0.326 0.201 0.335 0.042 0.033 0.032 0.007 0.002 0.014 0.002 0.006 92 L 0.377 0.115 0.343 0.099 0.007 0.039 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 93 N 0.170 0.147 0.265 0.114 0.041 0.147 0.046 0.008 0.056 0.004 0.001 94 Q 0.655 0.092 0.110 0.084 0.020 0.014 0.010 0.003 0.006 0.004 0.001 95 D 0.697 0.034 0.049 0.147 0.010 0.016 0.029 0.005 0.010 0.002 0.001 96 E 0.467 0.034 0.073 0.391 0.009 0.004 0.015 0.002 0.004 0.001 0.001 97 G 0.216 0.004 0.044 0.025 0.027 0.001 0.060 0.450 0.001 0.170 0.001 98 K 0.704 0.056 0.142 0.061 0.008 0.018 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 99 L 0.693 0.124 0.133 0.020 0.006 0.013 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 100 W 0.882 0.068 0.031 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 I 0.947 0.034 0.012 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 S 0.990 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.987 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 V 0.971 0.007 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 Y 0.961 0.008 0.005 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 S 0.951 0.002 0.004 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 R 0.903 0.010 0.006 0.062 0.004 0.003 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 108 A 0.943 0.016 0.018 0.014 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 L 0.957 0.011 0.008 0.018 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 A 0.925 0.013 0.009 0.039 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 111 L 0.855 0.023 0.019 0.088 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 112 D 0.740 0.025 0.070 0.105 0.008 0.012 0.029 0.003 0.005 0.003 0.001 113 G 0.659 0.013 0.036 0.097 0.023 0.007 0.093 0.056 0.004 0.012 0.001 114 L 0.493 0.027 0.071 0.392 0.004 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 115 G 0.075 0.011 0.062 0.055 0.056 0.005 0.136 0.442 0.003 0.155 0.001 116 R 0.128 0.131 0.525 0.129 0.029 0.029 0.010 0.001 0.013 0.005 0.001 117 G 0.244 0.037 0.445 0.052 0.075 0.020 0.025 0.036 0.008 0.057 0.001 118 A 0.915 0.006 0.025 0.038 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 119 E 0.871 0.008 0.038 0.073 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 120 A 0.812 0.004 0.023 0.144 0.003 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 121 M 0.887 0.005 0.079 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 122 P 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.927 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 F 0.684 0.014 0.021 0.271 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 K 0.920 0.005 0.015 0.008 0.002 0.006 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 126 K 0.886 0.016 0.016 0.064 0.007 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 127 V 0.936 0.005 0.010 0.041 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.978 0.005 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 E 0.982 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 M 0.958 0.002 0.004 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 I 0.942 0.013 0.019 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 132 E 0.959 0.008 0.011 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.889 0.022 0.025 0.052 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 134 R 0.758 0.046 0.052 0.112 0.007 0.009 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 135 K 0.289 0.077 0.109 0.420 0.016 0.014 0.036 0.003 0.034 0.001 0.001 136 G 0.044 0.004 0.032 0.017 0.036 0.001 0.032 0.546 0.001 0.289 0.001 137 E 0.254 0.083 0.376 0.194 0.023 0.038 0.013 0.003 0.006 0.008 0.002 138 T 0.060 0.319 0.369 0.004 0.024 0.018 0.009 0.001 0.194 0.003 0.001 139 P 0.277 0.001 0.664 0.011 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 140 G 0.210 0.012 0.080 0.089 0.041 0.011 0.062 0.447 0.006 0.042 0.001 141 K 0.773 0.048 0.102 0.045 0.008 0.013 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 142 E 0.878 0.021 0.061 0.026 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 143 R 0.953 0.008 0.017 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 M 0.985 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 I 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 D 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 R 0.976 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 I 0.985 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 Q 0.949 0.002 0.004 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 L 0.723 0.005 0.022 0.245 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 156 G 0.538 0.015 0.066 0.058 0.021 0.006 0.077 0.167 0.007 0.045 0.001 157 A 0.652 0.035 0.125 0.142 0.011 0.012 0.010 0.004 0.004 0.005 0.001 158 S 0.559 0.055 0.134 0.206 0.015 0.012 0.007 0.003 0.005 0.002 0.001 159 N 0.246 0.095 0.210 0.214 0.050 0.057 0.062 0.008 0.053 0.006 0.001 160 Q 0.522 0.078 0.163 0.130 0.024 0.023 0.028 0.011 0.015 0.005 0.001 161 Q 0.487 0.121 0.193 0.138 0.014 0.022 0.011 0.004 0.007 0.002 0.001 162 K 0.243 0.153 0.345 0.163 0.013 0.043 0.015 0.002 0.022 0.001 0.001 163 K 0.048 0.262 0.454 0.003 0.021 0.015 0.013 0.001 0.180 0.002 0.001 164 P 0.142 0.002 0.796 0.011 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 165 G 0.071 0.015 0.069 0.039 0.076 0.003 0.046 0.587 0.002 0.091 0.001 166 Y 0.192 0.275 0.373 0.053 0.047 0.030 0.010 0.004 0.012 0.003 0.001 167 K 0.170 0.402 0.296 0.047 0.029 0.024 0.008 0.002 0.020 0.001 0.001 168 A 0.212 0.349 0.333 0.013 0.062 0.020 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 169 W 0.288 0.475 0.096 0.033 0.067 0.022 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 170 W 0.318 0.449 0.101 0.023 0.076 0.017 0.002 0.001 0.012 0.002 0.001 171 E 0.404 0.328 0.147 0.029 0.038 0.033 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 172 F 0.467 0.209 0.106 0.118 0.031 0.032 0.009 0.002 0.025 0.001 0.001 173 W 0.218 0.246 0.194 0.203 0.048 0.035 0.017 0.004 0.033 0.002 0.001 174 S 0.124 0.181 0.348 0.065 0.172 0.022 0.018 0.012 0.015 0.043 0.001