# TARGET T0368 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.150 0.120 0.017 0.123 0.014 0.032 0.076 0.073 0.226 0.081 2 K 0.009 0.503 0.335 0.006 0.083 0.002 0.010 0.041 0.006 0.002 0.003 3 P 0.017 0.602 0.138 0.002 0.069 0.001 0.004 0.131 0.024 0.009 0.005 4 L 0.010 0.014 0.004 0.001 0.013 0.004 0.012 0.670 0.251 0.015 0.007 5 K 0.001 0.011 0.003 0.002 0.006 0.006 0.010 0.859 0.098 0.004 0.001 6 E 0.004 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.014 0.880 0.066 0.018 0.002 7 V 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.804 0.103 0.077 0.002 8 V 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.839 0.123 0.010 0.001 9 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.923 0.059 0.002 0.001 10 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.912 0.061 0.006 0.001 11 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.868 0.104 0.015 0.001 12 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.876 0.109 0.005 0.001 13 A 0.002 0.009 0.003 0.001 0.003 0.002 0.021 0.853 0.069 0.033 0.003 14 L 0.006 0.022 0.008 0.002 0.013 0.003 0.017 0.693 0.121 0.109 0.006 15 S 0.004 0.195 0.066 0.004 0.025 0.005 0.012 0.612 0.066 0.011 0.001 16 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.846 0.097 0.041 0.004 17 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.935 0.045 0.008 0.001 18 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.916 0.063 0.011 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.042 0.004 0.001 20 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.928 0.037 0.013 0.001 21 L 0.005 0.012 0.004 0.001 0.008 0.003 0.017 0.824 0.085 0.037 0.004 22 V 0.007 0.015 0.009 0.005 0.010 0.004 0.020 0.785 0.099 0.042 0.005 23 A 0.006 0.121 0.048 0.026 0.026 0.043 0.129 0.470 0.085 0.041 0.004 24 G 0.015 0.048 0.040 0.043 0.023 0.023 0.040 0.387 0.101 0.225 0.055 25 E 0.043 0.069 0.022 0.006 0.046 0.011 0.028 0.604 0.086 0.065 0.021 26 Y 0.014 0.025 0.007 0.003 0.021 0.002 0.002 0.788 0.097 0.033 0.009 27 D 0.002 0.008 0.002 0.001 0.005 0.004 0.008 0.898 0.065 0.006 0.001 28 E 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.913 0.047 0.020 0.003 29 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.931 0.048 0.012 0.001 30 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.049 0.005 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.945 0.038 0.001 0.001 32 N 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.925 0.034 0.018 0.001 33 C 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.876 0.072 0.038 0.002 34 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.869 0.094 0.010 0.001 35 R 0.003 0.004 0.002 0.002 0.005 0.002 0.020 0.854 0.073 0.034 0.002 36 A 0.005 0.010 0.005 0.002 0.014 0.006 0.030 0.835 0.066 0.026 0.002 37 M 0.023 0.044 0.005 0.002 0.066 0.002 0.007 0.732 0.091 0.022 0.007 38 E 0.044 0.013 0.004 0.002 0.043 0.006 0.032 0.741 0.077 0.027 0.011 39 I 0.023 0.033 0.010 0.006 0.062 0.011 0.040 0.499 0.152 0.148 0.016 40 S 0.047 0.081 0.014 0.006 0.120 0.013 0.051 0.432 0.152 0.065 0.018 41 H 0.045 0.105 0.037 0.009 0.129 0.010 0.056 0.245 0.134 0.199 0.032 42 T 0.110 0.112 0.074 0.009 0.141 0.012 0.046 0.063 0.066 0.280 0.087 43 M 0.016 0.539 0.288 0.016 0.094 0.003 0.010 0.019 0.006 0.004 0.005 44 P 0.002 0.660 0.302 0.003 0.022 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 45 P 0.004 0.011 0.004 0.001 0.007 0.002 0.010 0.375 0.571 0.012 0.003 46 E 0.004 0.011 0.004 0.002 0.007 0.004 0.015 0.533 0.380 0.034 0.006 47 E 0.013 0.012 0.002 0.002 0.017 0.003 0.027 0.404 0.273 0.240 0.007 48 A 0.027 0.038 0.009 0.003 0.047 0.007 0.036 0.508 0.178 0.132 0.014 49 F 0.035 0.099 0.036 0.013 0.092 0.027 0.068 0.201 0.152 0.229 0.046 50 D 0.190 0.060 0.051 0.010 0.147 0.011 0.034 0.071 0.075 0.180 0.171 51 H 0.032 0.098 0.039 0.012 0.075 0.007 0.017 0.321 0.269 0.106 0.024 52 A 0.004 0.047 0.036 0.034 0.012 0.090 0.292 0.302 0.129 0.050 0.003 53 G 0.043 0.027 0.027 0.020 0.047 0.009 0.027 0.133 0.115 0.441 0.111 54 F 0.042 0.033 0.012 0.003 0.054 0.004 0.009 0.546 0.222 0.046 0.028 55 D 0.005 0.006 0.002 0.003 0.011 0.007 0.023 0.803 0.119 0.016 0.004 56 A 0.009 0.011 0.002 0.001 0.017 0.002 0.007 0.806 0.131 0.011 0.003 57 F 0.004 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.013 0.885 0.074 0.007 0.002 58 C 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.870 0.089 0.012 0.003 59 H 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.873 0.083 0.015 0.002 60 A 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.004 0.018 0.889 0.071 0.003 0.001 61 G 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.013 0.894 0.062 0.016 0.002 62 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.781 0.162 0.039 0.001 63 A 0.001 0.016 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.857 0.109 0.003 0.001 64 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.862 0.108 0.012 0.001 65 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.039 0.848 0.084 0.015 0.001 66 L 0.004 0.016 0.004 0.002 0.009 0.003 0.017 0.709 0.183 0.049 0.004 67 A 0.002 0.039 0.018 0.005 0.008 0.013 0.052 0.644 0.194 0.022 0.002 68 G 0.010 0.007 0.005 0.004 0.006 0.007 0.052 0.509 0.120 0.248 0.031 69 L 0.035 0.110 0.022 0.009 0.071 0.019 0.047 0.377 0.134 0.145 0.030 70 R 0.010 0.036 0.019 0.039 0.026 0.058 0.054 0.527 0.148 0.067 0.015 71 S 0.084 0.084 0.052 0.007 0.090 0.004 0.020 0.428 0.084 0.118 0.029 72 F 0.005 0.012 0.005 0.002 0.009 0.002 0.004 0.759 0.152 0.047 0.004 73 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.890 0.083 0.007 0.001 74 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.876 0.090 0.015 0.001 75 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.919 0.049 0.015 0.001 76 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.876 0.079 0.023 0.003 77 H 0.002 0.007 0.003 0.001 0.004 0.005 0.022 0.862 0.073 0.018 0.002 78 S 0.007 0.016 0.009 0.002 0.009 0.001 0.008 0.798 0.075 0.069 0.006 79 A 0.001 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.849 0.123 0.013 0.001 80 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.935 0.047 0.001 0.001 81 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.896 0.064 0.023 0.001 82 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.907 0.056 0.024 0.001 83 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.901 0.080 0.008 0.001 84 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.914 0.064 0.005 0.001 85 Y 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.922 0.035 0.011 0.001 86 F 0.006 0.019 0.006 0.002 0.020 0.006 0.023 0.786 0.088 0.042 0.003 87 N 0.041 0.036 0.023 0.006 0.032 0.007 0.030 0.616 0.108 0.080 0.020 88 R 0.011 0.025 0.018 0.009 0.016 0.022 0.093 0.602 0.122 0.075 0.007 89 R 0.016 0.455 0.172 0.046 0.082 0.015 0.046 0.070 0.035 0.051 0.012 90 G 0.045 0.068 0.076 0.140 0.042 0.037 0.018 0.117 0.086 0.255 0.117 91 E 0.099 0.179 0.046 0.006 0.226 0.011 0.041 0.231 0.066 0.062 0.032 92 L 0.106 0.247 0.038 0.009 0.239 0.015 0.019 0.142 0.063 0.070 0.052 93 N 0.145 0.163 0.114 0.022 0.291 0.012 0.016 0.066 0.036 0.084 0.050 94 Q 0.039 0.087 0.101 0.017 0.045 0.011 0.030 0.426 0.185 0.045 0.015 95 D 0.013 0.033 0.032 0.019 0.017 0.044 0.157 0.550 0.095 0.031 0.009 96 E 0.012 0.360 0.139 0.088 0.044 0.028 0.073 0.135 0.042 0.066 0.013 97 G 0.014 0.028 0.044 0.108 0.012 0.047 0.012 0.169 0.087 0.394 0.085 98 K 0.022 0.056 0.014 0.010 0.056 0.018 0.039 0.647 0.104 0.026 0.008 99 L 0.048 0.079 0.029 0.004 0.116 0.009 0.013 0.626 0.050 0.012 0.013 100 W 0.015 0.014 0.004 0.002 0.026 0.002 0.007 0.895 0.030 0.003 0.003 101 I 0.014 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.896 0.057 0.008 0.003 102 S 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.949 0.035 0.001 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.974 0.017 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.956 0.030 0.003 0.001 105 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.929 0.053 0.003 0.001 106 S 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.004 0.013 0.931 0.040 0.002 0.001 107 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.846 0.083 0.053 0.002 108 A 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.877 0.091 0.008 0.002 109 L 0.003 0.010 0.002 0.001 0.007 0.005 0.025 0.802 0.131 0.010 0.003 110 A 0.005 0.009 0.005 0.002 0.008 0.002 0.025 0.833 0.076 0.032 0.003 111 L 0.031 0.034 0.016 0.005 0.054 0.007 0.021 0.588 0.149 0.079 0.014 112 D 0.004 0.031 0.017 0.010 0.009 0.028 0.103 0.630 0.152 0.011 0.003 113 G 0.020 0.012 0.009 0.008 0.016 0.009 0.080 0.489 0.155 0.170 0.032 114 L 0.020 0.342 0.200 0.047 0.080 0.040 0.087 0.075 0.036 0.055 0.018 115 G 0.034 0.059 0.072 0.131 0.032 0.049 0.022 0.066 0.042 0.333 0.160 116 R 0.027 0.237 0.177 0.072 0.068 0.062 0.088 0.111 0.066 0.072 0.020 117 G 0.046 0.154 0.164 0.051 0.088 0.015 0.008 0.103 0.088 0.189 0.094 118 A 0.007 0.019 0.003 0.003 0.017 0.007 0.023 0.386 0.470 0.052 0.013 119 E 0.012 0.012 0.006 0.002 0.012 0.003 0.027 0.395 0.300 0.215 0.018 120 A 0.003 0.050 0.021 0.003 0.011 0.002 0.010 0.418 0.255 0.225 0.002 121 M 0.009 0.049 0.013 0.001 0.021 0.001 0.003 0.702 0.174 0.020 0.008 122 P 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 0.809 0.169 0.002 0.001 123 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.848 0.084 0.053 0.001 124 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.823 0.123 0.043 0.002 125 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.932 0.052 0.001 0.001 126 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.051 0.026 0.001 127 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.055 0.004 0.001 128 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.029 0.001 0.001 129 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.018 0.001 0.001 130 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.026 0.007 0.001 131 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.898 0.085 0.008 0.001 132 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.897 0.071 0.009 0.001 133 E 0.006 0.021 0.014 0.002 0.012 0.006 0.097 0.744 0.076 0.019 0.003 134 R 0.032 0.029 0.030 0.021 0.034 0.020 0.081 0.532 0.107 0.092 0.021 135 K 0.017 0.406 0.133 0.067 0.080 0.052 0.105 0.081 0.028 0.021 0.008 136 G 0.014 0.016 0.028 0.111 0.011 0.029 0.014 0.059 0.058 0.544 0.116 137 E 0.085 0.250 0.099 0.017 0.186 0.025 0.072 0.108 0.051 0.069 0.037 138 T 0.045 0.340 0.269 0.037 0.171 0.013 0.012 0.049 0.019 0.024 0.022 139 P 0.020 0.096 0.068 0.058 0.039 0.107 0.189 0.288 0.085 0.037 0.013 140 G 0.017 0.085 0.141 0.054 0.022 0.023 0.012 0.113 0.073 0.412 0.049 141 K 0.018 0.111 0.048 0.013 0.052 0.008 0.008 0.554 0.107 0.069 0.012 142 E 0.005 0.028 0.010 0.002 0.015 0.005 0.010 0.844 0.063 0.015 0.003 143 R 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.926 0.043 0.013 0.002 144 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.024 0.007 0.001 145 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.023 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.010 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.016 0.002 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.033 0.006 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.039 0.001 0.001 150 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.965 0.019 0.002 0.001 151 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.945 0.032 0.013 0.001 152 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.893 0.087 0.011 0.001 153 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.851 0.118 0.004 0.001 154 Q 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.003 0.041 0.828 0.084 0.030 0.002 155 L 0.028 0.171 0.089 0.015 0.084 0.021 0.068 0.374 0.081 0.057 0.011 156 G 0.048 0.054 0.030 0.035 0.037 0.031 0.039 0.256 0.121 0.270 0.077 157 A 0.074 0.073 0.029 0.009 0.092 0.015 0.049 0.290 0.157 0.169 0.042 158 S 0.048 0.146 0.062 0.018 0.127 0.033 0.065 0.220 0.130 0.115 0.037 159 N 0.085 0.167 0.073 0.028 0.183 0.011 0.021 0.129 0.102 0.147 0.054 160 Q 0.054 0.101 0.055 0.013 0.116 0.015 0.037 0.275 0.217 0.091 0.025 161 Q 0.053 0.091 0.041 0.013 0.100 0.017 0.060 0.311 0.155 0.125 0.033 162 K 0.101 0.187 0.119 0.028 0.138 0.016 0.040 0.081 0.060 0.155 0.076 163 K 0.018 0.343 0.469 0.037 0.087 0.007 0.005 0.018 0.005 0.004 0.006 164 P 0.015 0.096 0.059 0.026 0.035 0.082 0.290 0.267 0.103 0.018 0.008 165 G 0.049 0.060 0.043 0.034 0.055 0.029 0.025 0.074 0.105 0.426 0.097 166 Y 0.157 0.202 0.029 0.006 0.394 0.009 0.014 0.058 0.037 0.048 0.046 167 K 0.209 0.110 0.024 0.010 0.380 0.014 0.036 0.066 0.032 0.055 0.063 168 A 0.208 0.194 0.038 0.010 0.400 0.004 0.007 0.053 0.024 0.030 0.032 169 W 0.208 0.105 0.011 0.006 0.435 0.007 0.017 0.121 0.032 0.017 0.040 170 W 0.193 0.106 0.014 0.006 0.367 0.009 0.022 0.160 0.048 0.026 0.048 171 E 0.157 0.072 0.023 0.010 0.250 0.020 0.079 0.235 0.060 0.047 0.047 172 F 0.114 0.126 0.038 0.018 0.158 0.023 0.065 0.258 0.079 0.078 0.044 173 W 0.071 0.086 0.033 0.030 0.082 0.034 0.057 0.136 0.114 0.271 0.087 174 S 0.070 0.275 0.152 0.038 0.184 0.023 0.033 0.086 0.055 0.050 0.033