# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0367/T0367.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.007 0.028 0.021 0.001 0.107 0.003 0.001 0.001 0.001 0.106 0.105 0.599 0.001 0.001 0.002 2 D 0.001 0.022 0.005 0.007 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.377 0.477 0.001 0.001 0.001 3 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.051 0.819 0.001 0.001 0.001 4 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.058 0.934 0.001 0.001 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 10 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 13 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.005 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 17 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.004 0.001 0.007 18 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.001 19 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.006 0.001 0.002 20 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.960 0.010 0.010 0.007 21 E 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.887 0.013 0.010 0.056 22 F 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.927 0.003 0.008 0.012 23 E 0.002 0.005 0.007 0.001 0.009 0.004 0.068 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.214 0.659 0.002 0.015 24 M 0.002 0.005 0.007 0.002 0.001 0.003 0.003 0.037 0.001 0.001 0.010 0.012 0.251 0.002 0.661 0.005 25 G 0.002 0.003 0.018 0.002 0.001 0.009 0.003 0.001 0.022 0.033 0.029 0.024 0.565 0.001 0.002 0.287 26 L 0.189 0.004 0.007 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.135 0.596 0.001 0.001 0.002 27 Y 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.122 0.809 0.001 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.037 0.933 0.001 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.942 0.001 0.001 0.001 30 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 31 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 32 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 33 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 38 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 40 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 43 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 45 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.003 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.071 0.003 0.005 47 L 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.841 0.020 0.092 0.023 48 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.860 0.001 0.016 49 Y 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.921 0.003 50 G 0.003 0.005 0.014 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.110 0.068 0.002 0.004 0.020 0.002 0.001 0.762 51 R 0.944 0.009 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 52 D 0.009 0.036 0.376 0.059 0.007 0.388 0.009 0.004 0.002 0.005 0.010 0.049 0.036 0.002 0.002 0.005 53 S 0.009 0.066 0.043 0.100 0.015 0.259 0.005 0.014 0.003 0.003 0.365 0.031 0.078 0.001 0.003 0.004 54 K 0.007 0.177 0.030 0.126 0.015 0.029 0.009 0.009 0.017 0.004 0.118 0.384 0.060 0.005 0.002 0.008 55 T 0.021 0.040 0.130 0.098 0.008 0.088 0.016 0.015 0.008 0.004 0.020 0.179 0.334 0.002 0.023 0.015 56 H 0.011 0.031 0.145 0.042 0.014 0.106 0.038 0.007 0.008 0.008 0.123 0.039 0.372 0.012 0.003 0.043 57 R 0.039 0.122 0.082 0.190 0.001 0.024 0.001 0.033 0.005 0.001 0.076 0.147 0.251 0.001 0.022 0.007 58 G 0.014 0.009 0.102 0.228 0.001 0.050 0.001 0.002 0.011 0.009 0.063 0.067 0.419 0.001 0.001 0.025 59 T 0.017 0.016 0.045 0.156 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.048 0.611 0.001 0.001 0.001 60 I 0.001 0.009 0.012 0.152 0.002 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.032 0.716 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.001 0.026 0.005 0.150 0.002 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.748 0.001 0.001 0.002 62 L 0.002 0.011 0.005 0.098 0.010 0.060 0.009 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.757 0.010 0.002 0.010 63 I 0.002 0.016 0.024 0.031 0.003 0.050 0.008 0.010 0.001 0.001 0.034 0.019 0.760 0.008 0.027 0.007 64 W 0.002 0.013 0.008 0.016 0.001 0.032 0.003 0.003 0.003 0.003 0.068 0.034 0.778 0.004 0.011 0.021 65 E 0.024 0.021 0.016 0.027 0.001 0.009 0.005 0.002 0.003 0.001 0.054 0.076 0.708 0.008 0.006 0.039 66 C 0.009 0.019 0.066 0.022 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.067 0.759 0.002 0.009 0.015 67 R 0.002 0.006 0.035 0.023 0.002 0.024 0.014 0.001 0.001 0.001 0.018 0.009 0.855 0.003 0.001 0.008 68 E 0.002 0.021 0.012 0.034 0.002 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 0.021 0.036 0.835 0.001 0.003 0.003 69 E 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 0.900 0.001 0.006 70 L 0.001 0.003 0.012 0.005 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.919 0.001 71 G 0.002 0.004 0.021 0.008 0.001 0.004 0.005 0.001 0.046 0.051 0.004 0.002 0.045 0.002 0.002 0.803 72 L 0.917 0.008 0.015 0.025 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.001 0.001 0.005 73 S 0.015 0.053 0.414 0.079 0.014 0.237 0.016 0.011 0.002 0.005 0.018 0.035 0.076 0.006 0.009 0.009 74 D 0.005 0.047 0.032 0.056 0.009 0.471 0.008 0.019 0.003 0.006 0.191 0.033 0.105 0.002 0.007 0.005 75 D 0.007 0.092 0.011 0.067 0.002 0.032 0.001 0.014 0.011 0.003 0.465 0.199 0.086 0.001 0.003 0.005 76 D 0.024 0.067 0.074 0.064 0.002 0.031 0.010 0.002 0.013 0.002 0.025 0.425 0.217 0.005 0.006 0.031 77 C 0.020 0.020 0.329 0.078 0.002 0.028 0.020 0.003 0.002 0.001 0.019 0.031 0.416 0.004 0.010 0.020 78 S 0.007 0.033 0.132 0.107 0.004 0.134 0.015 0.005 0.002 0.002 0.031 0.037 0.470 0.003 0.005 0.014 79 K 0.016 0.075 0.045 0.248 0.006 0.051 0.008 0.009 0.005 0.002 0.112 0.036 0.345 0.010 0.004 0.028 80 L 0.017 0.043 0.102 0.197 0.018 0.062 0.038 0.006 0.008 0.002 0.028 0.080 0.335 0.027 0.014 0.022 81 S 0.009 0.073 0.226 0.166 0.004 0.035 0.015 0.018 0.002 0.002 0.022 0.025 0.340 0.004 0.030 0.027 82 R 0.014 0.023 0.044 0.133 0.010 0.259 0.009 0.010 0.007 0.012 0.058 0.041 0.334 0.009 0.005 0.032 83 A 0.024 0.031 0.044 0.052 0.013 0.082 0.015 0.013 0.002 0.002 0.296 0.054 0.337 0.016 0.010 0.008 84 F 0.006 0.082 0.041 0.083 0.002 0.027 0.006 0.023 0.005 0.003 0.067 0.273 0.336 0.005 0.027 0.014 85 D 0.015 0.015 0.033 0.058 0.004 0.075 0.013 0.005 0.011 0.005 0.026 0.059 0.607 0.013 0.010 0.050 86 L 0.018 0.034 0.108 0.046 0.002 0.035 0.020 0.005 0.001 0.001 0.100 0.039 0.544 0.008 0.017 0.020 87 R 0.010 0.038 0.100 0.062 0.004 0.060 0.025 0.008 0.004 0.003 0.030 0.110 0.474 0.018 0.018 0.036 88 E 0.019 0.029 0.072 0.056 0.005 0.051 0.027 0.008 0.005 0.002 0.074 0.030 0.531 0.021 0.022 0.047 89 E 0.023 0.178 0.196 0.103 0.004 0.015 0.030 0.007 0.009 0.002 0.022 0.042 0.208 0.024 0.027 0.109 90 S 0.037 0.025 0.288 0.100 0.006 0.111 0.031 0.008 0.004 0.005 0.015 0.032 0.272 0.005 0.026 0.034 91 D 0.019 0.069 0.132 0.044 0.034 0.180 0.058 0.010 0.003 0.004 0.152 0.023 0.208 0.028 0.004 0.031 92 Y 0.023 0.161 0.051 0.143 0.003 0.048 0.005 0.072 0.007 0.002 0.133 0.146 0.146 0.004 0.046 0.010 93 G 0.016 0.048 0.123 0.110 0.012 0.088 0.029 0.006 0.037 0.026 0.043 0.134 0.239 0.013 0.007 0.070 94 I 0.081 0.060 0.134 0.133 0.003 0.062 0.011 0.023 0.003 0.001 0.091 0.059 0.292 0.004 0.026 0.016 95 Y 0.009 0.056 0.216 0.146 0.003 0.100 0.010 0.007 0.010 0.005 0.062 0.093 0.239 0.004 0.007 0.033 96 K 0.042 0.079 0.132 0.254 0.002 0.033 0.005 0.006 0.003 0.001 0.060 0.068 0.289 0.001 0.007 0.019 97 E 0.030 0.027 0.152 0.239 0.008 0.134 0.011 0.002 0.005 0.003 0.035 0.038 0.276 0.007 0.002 0.031 98 V 0.012 0.134 0.197 0.259 0.002 0.037 0.004 0.006 0.001 0.001 0.046 0.043 0.242 0.001 0.008 0.007 99 S 0.001 0.004 0.004 0.011 0.001 0.667 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.044 0.243 0.001 0.001 0.002 100 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.605 0.021 0.337 0.001 0.001 0.001 101 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.757 0.216 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.987 0.001 0.001 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 104 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 106 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 108 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 109 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.004 110 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 111 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 113 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 115 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 116 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.003 117 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 118 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.002 120 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.877 0.052 0.003 0.049 121 V 0.002 0.003 0.021 0.004 0.001 0.002 0.034 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.851 0.031 0.031 0.011 122 N 0.002 0.005 0.037 0.006 0.006 0.011 0.074 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.592 0.125 0.033 0.097 123 K 0.026 0.040 0.064 0.028 0.004 0.008 0.035 0.030 0.007 0.004 0.043 0.008 0.365 0.050 0.146 0.143 124 N 0.034 0.025 0.109 0.013 0.025 0.074 0.155 0.007 0.013 0.015 0.031 0.059 0.246 0.069 0.034 0.091 125 R 0.073 0.103 0.106 0.026 0.014 0.030 0.064 0.049 0.005 0.003 0.166 0.044 0.161 0.039 0.077 0.039